genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  261  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80314155--80314188	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
80320355--80320384	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
80320634--80320697	28	2.3	28	89	5	94	34	28	7	29	1.85
80320803--80320892	28	3.2	27	79	7	92	18	22	25	33	1.97
80320803--80320917	55	2.1	56	80	8	128	18	22	23	35	1.95
80329030--80329098	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
80330727--80330764	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
80332078--80332258	40	4.5	41	81	8	214	24	27	23	24	2.00
80332079--80332258	79	2.3	80	81	9	217	25	27	23	24	2.00
80338571--80338706	40	3.4	40	77	12	118	27	17	25	28	1.98
80342842--80342895	23	2.3	23	78	6	56	29	20	14	35	1.93
80344313--80344342	8	3.8	8	100	0	60	36	0	26	36	1.57
80350048--80350234	37	5.1	37	93	0	302	28	31	17	22	1.97
80350380--80350561	47	3.9	46	77	13	133	25	30	10	34	1.89
80350444--80350926	47	10.1	47	89	4	705	26	30	12	31	1.93
80350444--80350904	245	1.9	241	92	1	769	26	29	12	31	1.93
80350848--80350925	23	3.2	25	63	17	65	29	32	10	28	1.90
80355358--80355565	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
80355358--80355563	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
80357912--80358121	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
80366047--80366153	40	2.7	40	100	0	214	27	23	28	20	1.99
80367378--80367463	24	3.6	24	81	9	88	29	18	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80370357--80370404	23	2.1	23	96	0	87	43	29	6	20	1.76
80374660--80374826	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
80382665--80382806	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
80382704--80382832	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
80385028--80385106	25	3.3	25	63	22	69	36	5	27	30	1.78
80385000--80385334	47	7.0	47	92	3	517	34	8	28	29	1.86
80385001--80385334	147	2.3	143	95	3	605	34	8	28	29	1.86
80385326--80385429	48	2.2	48	94	0	181	32	6	28	31	1.83
80385469--80385559	37	2.4	37	92	1	146	24	17	31	26	1.97
80394068--80394174	36	2.9	37	92	2	180	26	32	18	22	1.97
80394307--80394510	48	4.2	48	88	2	309	32	25	5	35	1.80
80394300--80394512	98	2.2	98	92	0	345	33	25	5	35	1.80
80396946--80396988	21	2.0	21	100	0	86	44	18	9	27	1.80
80401329--80401410	43	1.9	42	82	9	103	30	19	23	26	1.98
80403253--80403351	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
80407508--80407659	40	3.8	40	83	5	173	28	22	25	23	1.99
80407504--80407681	40	4.5	38	77	9	162	29	20	25	23	1.99
80409062--80409216	42	3.7	41	79	11	165	27	23	17	30	1.97
80409062--80409226	84	2.0	84	83	4	208	29	23	16	30	1.96
80411423--80411563	27	5.2	27	83	11	182	35	22	23	18	1.96
80411423--80411563	54	2.6	54	94	2	239	35	22	23	18	1.96
80413168--80413275	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80418784--80418967	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
80418824--80419012	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
80431709--80431892	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
80431749--80431937	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
80443138--80443313	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80443134--80443305	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80446255--80446334	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
80446246--80446333	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
80448245--80448420	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80448241--80448412	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80453038--80453117	23	3.4	23	76	13	83	36	15	21	27	1.93
80453057--80453151	24	3.9	24	79	6	86	37	16	18	26	1.92
80456865--80457270	47	8.4	47	86	5	571	31	11	30	27	1.91
80456865--80457270	100	4.2	94	89	6	582	31	11	30	27	1.91
80457157--80457234	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
80457252--80457304	27	2.0	27	96	0	97	37	5	26	30	1.79
80457300--80457390	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
80457534--80457678	37	3.9	37	93	0	236	24	17	31	26	1.97
80458947--80459178	40	5.8	40	95	0	410	22	21	30	25	1.99
80461712--80461919	40	5.2	40	82	0	200	26	22	25	25	2.00
80470521--80470730	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80477065--80477249	79	2.3	80	81	8	225	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80477103--80477256	40	3.9	39	78	8	143	25	22	26	24	2.00
80478960--80478993	14	2.4	14	90	0	50	26	2	26	44	1.69
80479002--80479143	7	20.0	7	70	5	61	20	1	32	45	1.60
80479530--80479576	21	2.2	21	92	0	76	17	4	36	42	1.68
80480371--80480480	41	2.6	42	84	4	134	37	12	20	29	1.90
80483973--80484154	40	4.6	40	87	4	262	21	23	29	25	1.99
80483973--80484154	80	2.3	80	95	0	321	21	23	29	25	1.99
80485576--80485607	14	2.3	14	100	0	64	50	12	0	37	1.41
80493227--80493434	40	5.2	40	83	7	244	25	22	26	25	2.00
80493227--80493448	79	2.8	79	80	9	245	25	21	26	26	2.00
80496016--80496204	50	3.9	50	92	4	293	21	17	30	30	1.96
80496116--80496213	43	2.3	43	90	0	160	21	17	29	31	1.96
80503395--80503453	26	2.3	26	82	5	75	20	11	28	38	1.88
80506455--80506927	144	3.3	142	79	8	460	23	27	17	30	1.97
80506466--80506927	48	9.6	48	78	7	413	23	27	17	30	1.97
80506454--80506916	96	4.8	96	84	4	549	23	28	17	30	1.97
80510547--80510590	21	2.1	21	91	0	70	29	25	31	13	1.94
80513520--80513557	17	2.2	18	85	4	51	36	5	5	52	1.47
80517355--80517393	18	2.2	18	100	0	78	41	5	17	35	1.72
80519654--80519690	13	2.7	14	87	8	58	18	0	0	81	0.70
80519655--80519693	16	2.4	16	83	8	53	17	0	0	82	0.68
80521929--80521955	12	2.2	12	100	0	54	22	25	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80522248--80522349	49	2.1	49	92	0	168	17	16	9	55	1.67
80524616--80524772	42	3.7	42	84	3	208	29	25	15	29	1.96
80524616--80524772	85	1.9	84	86	4	226	29	25	15	29	1.96
80535304--80535410	52	2.1	52	91	3	171	19	14	18	47	1.82
80542463--80542495	10	3.4	10	87	8	50	36	0	0	63	0.95
80549751--80549879	50	2.6	50	80	10	149	22	28	23	25	1.99
80549698--80550022	46	6.9	46	72	11	209	24	29	20	26	1.99
80552447--80552474	12	2.3	12	100	0	56	7	32	28	32	1.84
80552516--80552556	22	2.0	20	90	9	64	36	14	9	39	1.79
80555983--80556061	25	3.2	25	89	3	97	29	7	25	37	1.83
80556408--80556461	27	2.0	27	92	0	90	38	12	20	27	1.89
80558314--80558639	89	3.6	89	85	7	397	35	19	9	34	1.84
80558797--80558926	10	13.3	10	63	18	51	63	3	1	31	1.22
80558794--80558880	30	2.9	31	83	6	90	63	3	1	32	1.19
80558857--80558936	28	2.9	27	85	5	97	63	3	3	28	1.29
80558857--80558927	28	2.5	28	88	4	99	63	2	2	30	1.23
80558884--80558938	19	2.9	20	84	10	55	65	3	1	29	1.20
80559116--80559161	22	2.1	22	88	8	67	26	8	4	60	1.44
80559159--80559240	29	2.8	29	80	10	94	30	4	1	63	1.23
80559115--80559264	19	7.5	19	73	12	72	30	6	2	60	1.37
80559199--80559264	10	6.9	9	72	17	53	31	6	1	60	1.30
80559480--80559665	94	2.0	94	84	4	241	35	13	17	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80560097--80560459	180	2.0	180	97	0	681	41	19	12	27	1.86
80561254--80561308	27	2.0	27	92	0	92	49	5	12	32	1.64
80567336--80567389	27	2.0	27	100	0	108	37	11	7	44	1.68
80573488--80573659	94	1.8	93	85	4	240	27	18	29	23	1.98
80576031--80576059	8	3.6	8	100	0	58	13	10	0	75	1.04
80583751--80583783	13	2.4	14	90	5	50	54	9	0	36	1.32
80586685--80586712	13	2.2	13	100	0	56	46	7	14	32	1.71
80587115--80587249	39	3.5	39	91	0	207	45	20	3	29	1.68
80587137--80587248	22	5.5	22	66	27	68	47	20	3	28	1.67
80598869--80598942	29	2.6	29	85	8	89	31	35	16	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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