Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  216  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65880521--65880558
9
3.7
10
86
13
51
76
7
5
10
1.15
65880521--65880559
20
1.9
20
94
5
69
76
7
5
10
1.13
65883118--65883214
30
3.2
30
71
8
90
27
15
28
27
1.96
65885322--65885404
30
2.7
30
81
9
89
13
21
1
63
1.35
65885355--65885410
18
3.1
18
76
5
51
7
19
3
69
1.27
65885380--65885404
12
2.1
12
100
0
50
8
16
0
76
1.02
65885407--65885437
12
2.6
12
100
0
62
25
16
12
45
1.83
65885485--65885541
5
11.0
5
75
20
55
3
17
1
77
1.00
65885485--65885541
16
3.7
14
82
15
60
3
17
1
77
1.00
65885483--65885552
20
3.3
20
73
18
63
4
18
1
75
1.04
65886458--65886508
12
4.5
11
85
9
52
15
3
7
72
1.23
65886469--65886507
11
3.7
10
90
10
60
15
2
7
74
1.15
65886467--65886510
12
4.0
11
88
11
72
18
2
9
70
1.24
65888158--65888254
30
3.2
30
71
8
90
27
15
28
27
1.96
65890940--65890979
19
2.1
19
85
0
53
25
35
17
22
1.95
65892219--65892266
14
3.4
14
85
0
60
18
31
6
43
1.75
65894213--65894251
18
2.1
18
85
4
51
25
35
15
23
1.94
65895671--65895703
17
1.9
17
100
0
66
27
6
6
60
1.44
65905009--65905045
14
2.7
14
91
4
58
10
5
8
75
1.17
65907923--65907982
30
2.0
31
86
3
86
18
25
15
41
1.89
65910410--65910655
49
5.0
49
81
3
285
29
27
17
25
1.98
65910415--65910654
100
2.4
99
87
2
338
30
26
18
25
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65910977--65911043
35
1.9
35
93
0
116
50
13
1
34
1.51
65910989--65911046
19
3.2
19
68
22
61
51
10
1
36
1.46
65911236--65911293
30
1.9
30
86
6
82
27
29
8
34
1.87
65913340--65913378
15
2.5
15
91
4
60
56
15
12
15
1.68
65914863--65914911
20
2.4
20
86
3
62
20
26
22
30
1.98
65916380--65916430
20
2.6
19
88
11
84
70
3
3
21
1.20
65916383--65916431
21
2.3
21
92
0
89
73
4
4
18
1.15
65917365--65917405
19
2.1
20
95
4
75
70
4
24
0
1.06
65919665--65919713
20
2.4
20
86
3
62
20
26
22
30
1.98
65922560--65922805
49
5.0
49
80
3
276
28
26
17
26
1.98
65922574--65922805
100
2.3
98
83
2
302
29
26
18
25
1.98
65923127--65923193
35
1.9
35
93
0
116
50
13
1
34
1.51
65923139--65923196
19
3.2
19
68
22
61
51
10
1
36
1.46
65923386--65923443
30
1.9
30
86
6
82
27
29
8
34
1.87
65926426--65926500
37
2.0
37
100
0
150
49
5
13
32
1.64
65927492--65927560
12
5.6
12
73
11
59
68
0
20
11
1.20
65927514--65927570
18
3.1
18
82
2
78
66
0
19
14
1.25
65927533--65927589
30
1.9
30
85
0
78
61
1
24
12
1.40
65927513--65927614
42
2.4
43
81
4
127
62
0
22
13
1.37
65936260--65936356
30
3.2
30
71
8
90
27
15
28
27
1.96
65938469--65938551
30
2.7
30
80
9
80
13
20
1
65
1.34
65938502--65938557
18
3.1
18
76
5
51
7
19
3
69
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65938527--65938551
12
2.1
12
100
0
50
8
16
0
76
1.02
65938620--65938675
5
11.0
5
75
24
55
1
17
5
75
1.09
65938620--65938682
20
3.2
18
78
17
63
1
17
6
74
1.10
65939613--65939651
12
3.4
11
82
10
51
23
5
2
69
1.21
65939608--65939652
11
3.7
12
88
11
65
20
6
2
71
1.20
65946689--65946763
21
3.7
20
81
13
66
66
2
22
8
1.31
65948607--65948654
20
2.4
20
71
0
51
20
27
20
31
1.98
65953032--65953077
24
1.9
24
90
0
74
69
2
17
10
1.27
65953006--65953069
29
2.1
30
86
11
87
68
3
15
12
1.32
65957203--65957300
48
2.1
47
90
1
151
22
23
14
39
1.90
65958567--65958681
29
4.0
28
80
8
124
28
28
14
27
1.95
65958834--65958881
15
3.3
15
73
5
53
29
0
27
43
1.55
65958828--65958871
14
3.1
14
74
6
52
27
0
34
38
1.57
65958828--65958887
29
2.1
29
93
0
102
28
0
30
41
1.56
65962115--65962170
30
1.9
28
85
7
76
12
30
3
53
1.55
65963479--65963526
15
3.3
15
73
5
53
29
0
27
43
1.55
65963473--65963516
14
3.1
14
74
6
52
27
0
34
38
1.57
65963473--65963532
29
2.1
29
93
0
102
28
0
30
41
1.56
65966004--65966038
18
1.9
18
88
0
52
22
5
14
57
1.59
65969037--65969093
30
1.9
30
85
0
78
29
22
15
31
1.95
65975295--65975342
20
2.4
20
71
0
51
33
18
27
20
1.96
65976897--65976967
29
2.5
28
82
11
81
14
23
1
60
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65977006--65977058
22
2.4
21
81
12
63
9
22
1
66
1.31
65981274--65981312
18
2.1
19
85
4
53
7
23
2
66
1.30
65981318--65981356
12
3.2
12
85
0
51
20
25
0
53
1.45
65981318--65981367
24
2.1
24
84
0
64
18
24
0
58
1.40
65981327--65981367
12
3.4
12
86
0
55
14
21
0
63
1.30
65981323--65981358
12
3.0
12
87
0
54
13
25
0
61
1.33
65981327--65981380
18
3.0
18
75
0
54
12
18
1
66
1.33
65981439--65981497
5
11.4
5
73
20
50
3
16
3
76
1.06
65981439--65981497
16
3.8
15
76
14
57
3
16
3
76
1.06
65981439--65981502
21
3.1
21
72
14
53
3
15
4
76
1.08
65983801--65983826
12
2.2
12
100
0
52
69
7
0
23
1.14
65985025--65985073
10
4.9
10
84
0
71
44
24
20
10
1.82
65985025--65985073
20
2.5
20
89
0
80
44
24
20
10
1.82
65986318--65986362
14
3.3
14
78
6
56
35
0
15
48
1.45
65987335--65987394
29
2.1
29
93
0
102
41
30
0
28
1.56
65987341--65987388
15
3.3
15
73
5
53
43
27
0
29
1.55
65989974--65990030
13
3.9
15
79
20
50
5
19
3
71
1.19
65992185--65993376
595
2.0
594
96
0
2179
27
20
17
35
1.94
65993020--65993067
20
2.4
20
67
0
51
20
27
18
33
1.96
65995939--65995966
13
2.2
13
100
0
56
7
28
28
35
1.84
65997463--65997559
30
3.2
30
72
8
90
28
15
27
27
1.96
65999187--65999271
30
2.9
29
83
11
109
12
23
0
63
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65999222--65999282
11
5.4
11
80
3
50
8
19
1
70
1.21
65999344--65999400
5
11.0
5
75
20
55
3
17
1
77
1.00
65999344--65999400
16
3.7
14
82
15
60
3
17
1
77
1.00
65999344--65999411
21
3.2
21
76
15
61
2
17
2
76
1.04
66002004--66002100
30
3.2
30
70
8
81
28
16
26
27
1.97
66010950--66010997
14
3.4
14
85
0
60
18
31
6
43
1.75
66013728--66013768
11
3.7
11
96
0
73
78
4
2
14
1.03
66013716--66013768
22
2.4
22
87
3
70
77
7
3
11
1.10
66014671--66014738
21
3.2
20
80
12
66
76
4
17
1
1.03
66014682--66014738
5
11.0
5
77
17
55
77
3
17
1
1.00
66014682--66014738
16
3.7
14
80
17
60
77
3
17
1
1.00
66018240--66018313
37
2.0
38
89
2
114
21
33
20
24
1.97
66020968--66021071
12
9.2
11
81
15
81
68
3
4
23
1.26
66021021--66021068
11
4.6
11
87
5
57
75
0
6
18
1.01
66023270--66023307
10
3.7
10
89
6
58
73
5
5
15
1.19
66023269--66023308
11
3.7
11
86
6
55
75
5
5
15
1.15
66024211--66024267
11
5.5
10
73
22
55
77
0
17
5
0.95
66024211--66024267
5
11.0
5
77
17
55
77
0
17
5
0.95
66024211--66024267
16
3.7
14
80
17
60
77
0
17
5
0.95
66024336--66024406
30
2.4
31
81
11
85
61
1
22
14
1.40
66028633--66028667
13
2.6
14
91
8
56
60
5
2
31
1.35
66028885--66028925
21
2.0
21
85
0
55
41
17
19
21
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66028897--66028941
20
2.2
21
88
4
65
35
22
22
20
1.96
66028897--66028951
20
2.7
20
82
2
56
34
20
23
21
1.97
66031694--66031796
30
3.4
29
71
6
89
31
17
24
27
1.97
66032194--66032549
179
2.0
177
88
3
536
22
25
23
29
1.99
66037099--66037125
10
2.7
10
100
0
54
18
11
29
40
1.85
66037432--66037466
13
2.7
13
95
0
61
62
5
0
31
1.18
66037691--66037729
20
1.9
21
94
5
71
38
23
20
17
1.93
66037676--66037735
20
3.0
20
78
7
68
38
18
23
20
1.93
66039348--66039656
103
3.0
103
98
0
591
25
16
22
35
1.95
66039789--66039813
13
1.9
13
100
0
50
16
32
16
36
1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425