genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  179  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54196503--54196669	47	3.5	48	87	4	232	25	21	23	29	1.99
54196504--54196670	71	2.3	71	90	3	255	25	21	23	28	1.99
54196727--54196783	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
54196715--54196785	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
54196720--54196774	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
54198108--54198447	27	12.6	27	86	2	414	40	9	22	28	1.84
54204121--54204190	27	2.5	28	88	2	106	34	28	12	24	1.92
54211065--54211134	27	2.5	28	88	2	106	34	28	12	24	1.92
54215505--54215565	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
54217288--54217348	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
54229040--54229354	39	8.1	39	93	0	531	21	25	29	23	1.99
54234443--54234512	27	2.5	28	88	2	106	34	28	12	24	1.92
54238882--54238942	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
54240665--54240725	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
54252378--54252461	42	2.0	42	100	0	168	33	28	16	21	1.95
54254786--54254833	18	2.6	19	80	12	55	66	6	2	25	1.26
54255000--54255037	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
54255104--54255128	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
54261624--54261683	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
54261638--54261709	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
54263963--54264072	26	4.2	26	96	0	175	32	5	24	37	1.78
54265510--54265584	26	2.8	26	85	4	87	36	21	10	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54265688--54265773	27	3.2	27	86	4	104	17	23	23	36	1.95
54269692--54269800	26	4.2	26	95	2	184	33	4	24	36	1.76
54269692--54269800	51	2.1	52	93	1	184	33	4	24	36	1.76
54271400--54271485	27	3.2	27	86	4	104	17	23	23	36	1.95
54275432--54275724	28	10.5	28	75	6	245	29	34	18	17	1.94
54275402--54275639	57	4.2	57	89	5	358	29	35	17	17	1.93
54275433--54275633	110	1.8	110	95	0	366	29	34	18	17	1.94
54275543--54275724	85	2.1	85	92	2	303	30	34	18	17	1.93
54277388--54277459	28	2.6	28	90	0	108	30	27	11	30	1.91
54280639--54280677	20	1.9	21	89	5	62	28	0	2	69	1.02
54281390--54281499	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
54282986--54283034	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
54287182--54287291	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
54288778--54288826	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
54290629--54290686	28	2.1	28	83	6	73	44	5	3	46	1.42
54294167--54294221	18	2.9	19	86	5	85	36	10	16	36	1.84
54294511--54294546	18	2.0	18	89	10	56	30	0	0	69	0.89
54304416--54304577	89	1.8	87	80	7	193	30	18	23	27	1.98
54304300--54304885	217	2.7	219	90	1	901	32	19	22	26	1.97
54304827--54305274	78	5.8	78	86	2	634	31	19	23	25	1.98
54305288--54305486	89	2.2	89	84	4	267	33	16	26	23	1.95
54305215--54305461	133	1.8	134	82	8	315	30	17	25	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54305215--54305486	44	6.1	45	77	8	268	32	16	25	25	1.96
54306874--54306925	22	2.4	22	87	6	70	48	15	21	15	1.81
54308303--54308337	18	1.9	18	94	0	61	77	5	17	0	0.96
54310076--54310248	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
54310073--54310243	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
54317640--54317812	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
54317637--54317807	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
54320680--54320723	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
54320808--54320929	43	2.9	42	80	2	145	29	24	14	31	1.95
54322820--54322874	21	2.5	22	85	11	78	16	23	30	29	1.96
54331641--54331821	40	4.5	40	84	8	201	24	27	22	25	2.00
54333638--54333678	20	2.0	20	100	0	82	26	24	19	29	1.98
54333719--54333903	69	2.7	69	88	1	273	29	23	20	26	1.99
54333716--54333903	23	8.2	23	86	2	243	29	24	19	26	1.98
54336696--54336810	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
54336696--54336829	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
54344000--54344114	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
54344000--54344133	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
54345562--54345629	21	3.3	22	80	10	72	17	32	26	23	1.97
54347453--54347486	14	2.3	15	85	5	52	64	0	8	26	1.22
54349159--54349195	19	1.9	19	88	0	56	37	5	18	37	1.74
54352109--54352161	23	2.2	25	80	9	67	15	1	11	71	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54352163--54352261	39	2.5	39	79	14	123	32	3	13	51	1.56
54352163--54352258	36	2.5	37	83	10	113	33	3	12	51	1.55
54359551--54360296	138	5.4	138	93	1	1205	27	8	7	57	1.55
54360291--54360350	16	3.8	16	91	4	104	16	5	1	76	1.04
54360280--54360333	16	2.8	20	73	26	62	14	7	3	74	1.18
54360291--54360350	31	1.9	32	96	3	113	16	5	1	76	1.04
54360659--54360692	11	3.1	11	91	0	50	61	11	0	26	1.30
54360837--54360886	8	6.6	8	80	11	61	0	34	0	66	0.92
54360836--54360886	16	3.4	15	89	8	77	0	33	0	66	0.92
54361053--54361083	14	2.2	14	94	0	53	16	19	6	58	1.59
54361079--54361123	22	2.0	22	100	0	90	4	17	4	73	1.17
54361079--54361118	13	3.4	13	74	25	52	5	20	5	70	1.26
54361079--54361131	22	2.7	19	86	13	65	5	16	5	71	1.25
54363854--54363934	3	28.0	3	74	12	62	3	28	1	66	1.16
54363849--54363934	34	2.7	32	82	12	97	3	27	1	67	1.14
54371147--54371220	7	10.6	7	98	0	139	72	12	0	14	1.11
54371223--54371267	19	2.5	17	82	13	54	68	2	0	28	1.01
54371316--54371391	33	2.3	33	90	0	116	34	7	17	40	1.78
54371884--54371926	11	3.8	12	84	9	54	44	0	0	55	0.99
54372008--54372100	31	3.4	26	68	17	71	55	4	0	39	1.19
54379260--54379297	17	2.2	17	90	9	60	68	0	0	31	0.90
54380705--54381031	176	1.9	174	90	3	532	41	6	21	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54381245--54381282	17	2.2	17	86	9	51	60	2	2	34	1.24
54386481--54386674	50	3.9	50	83	1	228	26	19	26	27	1.99
54388043--54388177	43	3.2	44	82	8	147	25	15	27	31	1.96
54388102--54388202	43	2.4	41	79	8	105	25	15	25	32	1.96
54388428--54388462	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
54390237--54390267	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
54390937--54391075	60	2.3	60	81	8	167	30	20	23	25	1.98
54390936--54391110	60	2.9	61	77	14	159	29	20	23	27	1.99
54396300--54396517	40	5.5	40	90	2	307	26	27	22	23	1.99
54398163--54398236	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
54398104--54398236	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
54405987--54406118	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
54411028--54411097	27	2.5	28	97	2	133	31	27	12	28	1.93
54414174--54414234	27	2.3	27	91	0	104	27	22	6	42	1.78
54414228--54414371	54	2.7	54	76	9	134	38	20	11	29	1.88
54414270--54414479	27	7.7	27	76	7	149	40	19	9	30	1.84
54414237--54414392	81	1.9	81	80	7	183	41	19	10	28	1.85
54414270--54414450	54	3.3	54	83	5	195	41	19	8	30	1.80
54414497--54414574	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
54415341--54415410	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
54415340--54415435	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
54415634--54415712	31	2.6	31	94	4	135	27	17	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54424797--54424866	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
54430675--54430777	43	2.4	41	78	13	111	30	18	23	28	1.98
54430871--54430917	20	2.3	20	92	0	85	31	0	29	38	1.58
54431064--54431093	15	1.9	16	93	6	53	30	3	6	60	1.39
54439226--54439405	25	7.1	25	81	3	198	35	19	16	29	1.93
54439226--54439405	78	2.4	75	87	2	261	35	19	16	29	1.93
54440953--54441156	40	5.1	39	86	3	196	26	27	21	24	1.99
54440953--54441156	80	2.5	78	83	6	246	26	27	21	24	1.99
54442030--54442059	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
54446048--54446116	28	2.4	30	76	11	72	37	4	20	37	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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