genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  204  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62205250--62205322	4	18.2	4	97	0	119	46	24	4	24	1.70
62205351--62205386	17	2.2	17	90	5	56	33	5	5	55	1.46
62208118--62208194	28	2.8	28	81	0	109	29	32	14	23	1.94
62208175--62208311	40	3.4	40	81	4	159	35	22	16	25	1.94
62213125--62213434	49	6.4	49	91	0	439	27	30	9	33	1.88
62216112--62216223	40	2.8	40	95	0	197	25	29	20	25	1.99
62218345--62218652	47	6.4	49	90	2	430	27	30	9	32	1.88
62218334--62218652	96	3.3	95	86	3	410	27	30	9	32	1.88
62223304--62223338	18	1.9	18	88	0	52	48	8	5	37	1.58
62223650--62223707	29	2.0	29	100	0	116	27	20	20	31	1.98
62224576--62224672	40	2.4	40	85	0	140	32	24	18	23	1.97
62227380--62227543	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62227380--62227577	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62234954--62235117	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62234954--62235151	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62254517--62254691	45	4.0	45	87	5	225	24	21	28	25	1.99
62263514--62263774	45	6.0	45	85	5	306	23	19	29	27	1.98
62265279--62265406	42	3.0	41	78	10	123	31	15	23	29	1.95
62265482--62265527	20	2.3	20	84	0	65	34	4	30	30	1.77
62268113--62268177	32	2.0	32	87	0	94	30	10	24	33	1.90
62272602--62272776	40	4.4	40	94	0	296	21	18	29	30	1.97
62284526--62284558	17	2.0	17	88	5	50	60	24	6	9	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62289358--62289399	21	2.0	21	81	9	50	54	2	0	42	1.13
62290648--62290825	35	5.1	35	78	5	155	32	32	4	30	1.78
62293689--62293861	93	1.9	93	90	0	274	28	30	20	20	1.98
62293682--62293851	46	3.7	46	75	13	168	30	30	19	20	1.97
62295778--62295854	5	15.4	5	83	5	102	40	1	0	58	1.06
62295891--62295921	15	2.0	16	93	6	55	45	6	12	35	1.68
62296156--62296190	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
62297180--62297255	21	3.5	21	80	3	80	17	22	25	35	1.95
62299899--62300011	46	2.5	45	85	7	140	22	30	19	27	1.98
62301578--62301698	35	3.5	34	88	4	179	32	33	7	26	1.84
62317417--62317597	40	4.6	40	88	2	249	23	20	29	25	1.99
62324509--62324609	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
62327974--62328012	20	2.0	20	94	0	69	28	17	15	38	1.91
62335073--62335120	20	2.4	20	96	0	87	20	37	31	10	1.87
62338262--62338468	24	8.6	24	96	0	342	36	25	17	20	1.95
62340276--62340328	14	3.9	13	78	14	54	77	0	18	3	0.92
62343562--62343762	40	5.1	40	88	3	273	25	29	23	20	1.99
62343584--62343762	79	2.2	80	90	4	274	25	30	24	20	1.98
62347013--62347051	20	2.0	20	89	0	60	30	15	15	38	1.88
62349848--62349904	6	9.3	6	75	17	55	49	15	17	17	1.81
62350043--62350104	31	2.0	32	84	9	83	35	17	24	22	1.95
62350050--62350190	67	2.0	67	85	5	183	30	21	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62350435--62350827	27	14.6	27	87	4	481	24	20	18	36	1.95
62350420--62350820	81	5.0	81	88	1	554	23	21	18	36	1.95
62350812--62351051	27	8.9	27	80	6	130	33	9	18	37	1.84
62350866--62351153	27	10.6	27	83	3	285	30	9	20	39	1.85
62357768--62357809	21	2.0	21	81	9	50	30	19	0	50	1.48
62361173--62361403	48	4.9	48	77	7	231	26	18	25	29	1.98
62361175--62361403	91	2.5	93	82	7	243	26	18	25	29	1.98
62368545--62368681	48	2.9	48	82	2	159	27	23	24	25	2.00
62368454--62368680	91	2.4	92	80	10	214	27	21	24	27	1.99
62374490--62374644	56	2.8	55	79	5	154	27	32	18	21	1.96
62393963--62394012	19	2.6	19	90	0	73	46	12	22	20	1.83
62393982--62394049	31	2.2	31	86	0	91	47	13	19	20	1.82
62393958--62394046	25	3.6	25	71	17	76	47	13	20	19	1.82
62394223--62394248	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62394281--62394332	27	2.0	26	84	3	68	34	17	26	21	1.95
62394568--62394761	27	7.2	27	93	0	289	39	7	23	29	1.81
62394741--62394818	27	2.9	27	81	7	79	29	8	20	41	1.83
62394568--62394788	54	4.1	54	85	2	246	38	7	23	30	1.83
62394568--62394788	81	2.7	78	82	6	253	38	7	23	30	1.83
62394739--62394914	54	3.3	52	75	9	167	28	9	23	39	1.85
62394754--62394886	27	4.9	27	75	0	113	28	9	24	37	1.87
62399703--62399739	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62400441--62400584	40	3.6	39	82	10	175	26	25	26	22	2.00
62403972--62404071	29	3.5	29	80	13	109	28	27	15	30	1.96
62411849--62411950	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
62415802--62415829	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
62418111--62418286	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
62418108--62418279	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
62425547--62425722	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
62425544--62425715	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
62428938--62429000	24	2.6	24	97	0	117	33	26	17	22	1.96
62434203--62434406	40	5.2	40	86	4	263	27	26	21	25	1.99
62440514--62440572	25	2.4	25	82	2	66	32	11	23	32	1.91
62442895--62442937	11	4.2	11	82	17	65	37	0	0	62	0.95
62442881--62442960	32	2.4	35	70	19	82	43	0	1	55	1.08
62442893--62442937	19	2.4	19	96	0	81	35	0	0	64	0.94
62458154--62458183	12	2.5	12	94	0	51	16	20	0	63	1.31
62460563--62460654	33	2.8	33	72	8	98	34	10	23	30	1.89
62460538--62460690	65	2.4	63	76	8	146	37	12	22	28	1.90
62466892--62467141	48	5.2	48	84	1	297	24	16	29	30	1.96
62477687--62477859	47	3.7	46	80	10	199	23	27	19	29	1.98
62477685--62477861	94	1.9	95	86	3	259	23	28	19	28	1.98
62487629--62487835	40	5.2	39	81	4	193	25	25	23	25	2.00
62487627--62487834	80	2.6	79	80	5	231	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62496667--62497171	47	11.0	47	84	5	654	26	29	11	32	1.92
62496667--62497150	94	5.3	94	87	5	745	26	29	12	32	1.92
62496868--62496947	25	3.3	25	68	16	78	31	27	10	31	1.89
62496919--62496992	37	2.0	37	91	0	121	28	27	10	33	1.90
62496734--62497172	225	2.0	225	88	0	664	27	29	11	32	1.91
62505378--62505425	19	2.5	19	100	0	96	16	35	33	14	1.89
62514982--62515034	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
62516525--62516606	26	3.2	26	91	0	137	35	25	8	30	1.86
62520349--62520833	47	10.3	47	94	0	790	27	30	9	32	1.88
62520587--62520664	25	3.2	25	66	23	76	29	32	7	30	1.85
62524723--62524890	40	4.2	40	87	3	241	22	20	29	27	1.98
62530778--62530827	26	1.9	27	84	8	68	24	16	22	38	1.93
62532318--62532399	26	3.2	26	92	0	137	36	25	7	30	1.83
62541898--62541964	8	8.4	8	80	6	73	52	20	20	5	1.68
62541897--62541948	24	2.2	23	90	6	86	51	23	21	3	1.63
62542175--62542268	29	3.3	29	83	7	75	32	15	23	27	1.95
62542188--62542287	29	3.5	29	83	6	123	28	16	28	28	1.97
62557168--62557221	26	2.1	26	96	0	99	42	12	24	20	1.87
62563274--62563302	12	2.4	12	100	0	58	24	41	27	6	1.80
62566382--62566439	28	2.1	28	100	0	116	32	3	17	46	1.65
62575332--62575370	18	2.2	19	90	9	64	5	23	10	61	1.48
62577737--62577790	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62577928--62577998	26	2.7	26	86	4	90	16	21	25	36	1.94
62581828--62582081	39	6.5	39	93	1	402	28	27	22	20	1.99
62581828--62582160	117	2.8	116	85	4	393	27	27	21	22	1.99
62582076--62582205	39	3.3	39	89	2	172	27	23	17	30	1.97
62586055--62586089	17	2.1	18	89	10	56	5	22	11	60	1.52
62586048--62586092	15	2.9	15	84	12	56	4	22	13	60	1.51
62587346--62587399	27	2.0	27	82	7	65	29	18	18	33	1.95
62591480--62591526	24	2.0	24	83	8	60	40	4	36	19	1.71
62591627--62591665	18	2.2	19	90	9	64	5	23	10	61	1.48
62604929--62605004	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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