genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76439874--76440033	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
76443512--76443663	29	5.1	30	77	8	150	36	22	13	27	1.91
76443512--76443660	62	2.5	59	82	8	178	36	22	13	26	1.92
76446544--76446645	28	3.5	29	78	6	100	28	26	14	30	1.95
76453669--76453770	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
76464796--76464836	21	2.0	21	95	0	73	41	29	14	14	1.86
76466112--76466167	28	2.0	28	100	0	112	35	17	14	32	1.90
76470267--76470332	23	2.8	23	93	2	105	43	0	45	10	1.38
76471897--76471965	33	2.0	35	86	5	97	28	27	18	24	1.98
76472578--76472619	18	2.3	18	80	8	50	21	40	28	9	1.84
76473804--76473850	24	2.0	24	83	8	60	25	42	0	31	1.55
76474818--76474877	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
76482359--76482388	14	2.1	14	93	0	51	40	6	36	16	1.75
76487026--76487214	38	4.9	39	94	1	301	22	31	21	24	1.98
76490269--76490381	40	2.9	39	89	5	158	23	28	22	25	1.99
76490245--76490381	40	3.5	38	86	6	152	24	28	22	24	1.99
76490271--76490420	40	3.8	40	80	6	155	23	27	22	26	2.00
76501237--76501354	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
76501260--76501354	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
76501546--76501687	24	6.0	24	90	5	200	26	22	21	28	1.99
76501546--76501686	46	3.0	48	88	7	198	26	22	21	28	1.99
76501738--76501797	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76501738--76501792	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
76501840--76501887	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
76506387--76506418	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
76510040--76510102	28	2.2	28	91	2	99	25	6	17	50	1.69
76511878--76512124	40	6.2	40	89	2	356	26	29	21	23	1.99
76511878--76512124	79	3.1	79	91	2	372	26	29	21	23	1.99
76511898--76512124	119	1.9	119	90	1	366	25	29	21	23	1.99
76514405--76514610	35	5.9	35	80	0	205	29	8	19	42	1.80
76514405--76514609	105	2.0	105	82	0	248	29	8	19	42	1.80
76522208--76522342	35	3.9	35	84	0	171	25	8	22	42	1.82
76526910--76526941	6	5.3	6	92	0	55	15	3	0	81	0.82
76530403--76530546	27	5.4	27	82	8	154	34	20	21	23	1.96
76530403--76530546	54	2.7	54	80	6	170	34	20	21	23	1.96
76533668--76533855	50	3.8	50	87	0	243	24	15	28	31	1.95
76533668--76533855	99	1.9	100	83	3	245	24	15	28	31	1.95
76536838--76536904	33	2.0	33	100	0	134	35	2	28	32	1.72
76540088--76540403	50	6.3	50	80	3	323	25	15	25	33	1.95
76540130--76540425	101	3.0	100	82	1	362	26	17	24	31	1.97
76541790--76541880	45	2.0	45	100	0	182	36	10	21	30	1.88
76542199--76542270	32	2.2	32	97	0	135	25	22	31	20	1.98
76544935--76544987	15	3.4	15	73	19	54	20	7	1	69	1.22
76547671--76547720	23	2.2	23	82	7	57	28	8	24	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76549413--76549499	23	3.8	23	75	6	86	22	13	21	41	1.89
76551231--76551263	16	2.1	16	100	0	66	48	0	15	36	1.45
76551342--76551379	20	1.9	20	88	0	58	50	2	13	34	1.55
76551925--76552073	57	2.6	57	77	7	149	28	16	22	33	1.95
76557205--76557280	38	2.0	38	100	0	152	26	23	23	26	2.00
76561555--76561638	23	3.7	23	84	6	107	21	15	22	40	1.91
76564029--76564073	20	2.2	20	100	0	90	28	28	22	20	1.98
76571462--76571671	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
76579597--76579806	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
76592809--76592833	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
76593237--76593432	68	3.0	64	78	16	231	43	3	2	50	1.33
76593314--76593432	61	2.0	60	82	7	156	43	3	2	50	1.32
76598732--76598783	26	2.0	26	92	0	86	21	25	28	25	1.99
76598689--76598826	69	2.0	69	89	0	213	26	22	28	22	1.99
76599206--76599246	21	2.0	21	95	0	73	0	53	19	26	1.45
76599658--76599686	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
76599853--76599891	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
76604857--76605046	9	20.6	9	70	13	91	38	1	13	46	1.52
76604844--76604996	34	4.0	40	69	21	130	40	0	11	47	1.45
76604856--76605019	71	2.3	69	84	4	204	39	1	12	46	1.49
76604893--76605039	44	3.4	44	76	17	153	38	2	12	46	1.53
76604893--76605077	96	2.0	91	86	9	261	38	2	11	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76604833--76605046	114	1.9	114	84	5	290	38	1	13	46	1.51
76605151--76605206	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
76605416--76606092	274	2.5	275	98	0	1311	36	13	13	36	1.85
76606573--76606940	183	2.0	183	96	0	682	42	15	15	26	1.86
76607012--76607041	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
76609783--76609885	29	3.6	28	75	5	98	30	30	16	23	1.96
76609755--76609876	58	2.1	57	83	7	149	31	29	14	23	1.95
76617786--76617888	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
76621024--76621128	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
76621062--76621184	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
76621083--76621184	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
76628999--76629103	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
76629037--76629159	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
76629058--76629159	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
76631746--76631921	50	3.5	49	77	7	158	28	26	17	26	1.98
76631746--76631932	101	1.9	99	84	4	250	28	27	17	26	1.98
76633637--76633800	40	4.1	40	79	3	168	25	27	21	25	1.99
76633637--76633800	80	2.0	80	81	2	186	25	27	21	25	1.99
76637005--76637180	50	3.5	49	82	7	194	29	27	17	25	1.97
76637005--76637188	101	1.8	99	84	4	253	28	28	17	25	1.97
76639195--76639237	13	3.2	13	87	9	52	32	2	4	60	1.30
76639895--76639943	16	3.1	15	82	11	62	26	2	0	71	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76642857--76642998	40	3.5	40	85	0	167	23	28	22	26	1.99
76642889--76643040	40	3.8	40	82	5	155	22	25	23	28	1.99
76650964--76651105	40	3.5	40	85	0	167	23	28	22	26	1.99
76650996--76651147	40	3.8	40	82	5	155	22	25	23	28	1.99
76656579--76656631	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
76661728--76661783	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
76663262--76663314	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
76673676--76673814	40	3.5	40	92	2	228	24	23	28	24	2.00
76673638--76673814	80	2.2	79	87	5	241	23	23	27	25	2.00
76681541--76681758	40	5.5	40	89	2	307	22	23	28	24	1.99
76683542--76683992	44	10.2	44	70	11	215	29	17	26	27	1.97
76683463--76684140	178	3.8	178	88	1	957	28	17	27	26	1.98
76683469--76684224	177	4.3	178	87	2	948	29	17	26	26	1.98
76686507--76686544	16	2.4	16	86	8	51	23	2	0	73	0.95
76686665--76686717	26	2.2	24	83	10	63	24	3	9	62	1.42
76691546--76691685	57	2.4	58	80	1	147	30	22	17	28	1.97
76699225--76699271	23	2.0	23	95	0	85	25	23	14	36	1.93
76700811--76700844	18	1.9	18	88	5	52	32	14	14	38	1.87
76701906--76702019	29	4.0	29	80	10	128	27	29	15	27	1.96
76701898--76702007	58	1.9	57	85	5	150	25	30	16	28	1.97
76702232--76702273	16	2.7	16	88	3	59	9	21	16	52	1.72
76706364--76706596	49	4.7	50	80	4	274	25	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76711399--76711514	42	2.7	42	84	5	126	25	19	26	28	1.99
76718812--76718981	43	4.0	42	77	10	148	27	16	25	31	1.96
76721340--76721476	40	3.4	39	75	16	120	38	19	21	20	1.93
76721463--76721891	155	2.7	152	80	6	457	31	20	26	22	1.98
76721755--76721866	40	2.8	40	79	8	109	29	21	25	24	1.99
76723289--76723313	10	2.5	10	100	0	50	12	44	0	44	1.41
76726917--76727019	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
76734934--76735036	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
76737777--76737806	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
76737878--76738244	183	2.0	182	96	0	671	26	15	15	42	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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