genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  300  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93331327--93331483	43	3.7	43	75	10	133	31	26	17	24	1.97
93338453--93338570	43	2.8	41	80	10	139	29	24	16	29	1.96
93341682--93341778	48	2.1	46	88	3	140	36	14	23	25	1.93
93343037--93343122	43	2.0	44	90	2	138	27	18	24	29	1.98
93346357--93346381	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
93349739--93349906	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
93352114--93352193	40	2.0	40	100	0	160	22	35	10	32	1.87
93352544--93352603	17	3.5	17	80	14	70	76	1	5	16	1.04
93352544--93352603	11	5.3	11	78	11	59	76	1	5	16	1.04
93354122--93354163	21	1.9	23	85	9	61	21	19	38	21	1.94
93357975--93357999	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
93365545--93365584	21	1.9	21	84	0	53	30	2	22	45	1.66
93368863--93368905	23	2.0	21	86	9	59	44	11	18	25	1.84
93376990--93377020	13	2.4	13	94	0	53	12	29	35	22	1.91
93378026--93378376	44	7.8	44	73	10	264	30	19	22	27	1.98
93383444--93383529	27	3.2	27	75	6	102	32	17	4	45	1.69
93383430--93383544	54	2.1	55	96	1	214	33	16	5	45	1.70
93383459--93383539	27	3.0	26	75	7	99	32	16	4	46	1.68
93384131--93384169	17	2.4	16	87	8	53	41	15	2	41	1.61
93384446--93384479	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
93386983--93387184	83	2.4	83	87	3	291	32	15	11	40	1.83
93391266--93391306	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93392145--93392179	17	2.0	17	88	5	52	71	8	0	20	1.11
93402436--93402491	28	2.0	28	85	3	76	16	16	44	23	1.86
93405790--93405822	16	2.1	16	94	0	57	33	3	24	39	1.71
93407300--93407332	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
93407300--93407334	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
93407411--93407476	31	2.1	31	94	0	114	13	33	39	13	1.84
93413596--93413813	94	2.3	93	81	7	244	27	19	29	23	1.98
93415129--93415268	27	5.2	27	81	8	162	35	22	25	17	1.96
93415129--93415268	53	2.6	54	89	4	221	35	22	25	17	1.96
93416850--93416957	26	4.2	26	91	2	173	37	23	7	32	1.82
93425859--93425918	30	2.0	30	93	0	102	31	18	21	28	1.97
93437427--93437488	24	2.7	23	85	7	83	64	0	0	35	0.94
93437684--93437708	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
93440661--93440706	17	2.7	18	76	10	51	23	17	17	41	1.90
93441876--93442498	102	6.0	102	85	6	733	27	1	13	56	1.47
93441876--93442466	311	1.9	308	85	4	812	27	1	13	57	1.46
93441878--93442498	208	3.0	204	83	7	634	27	1	14	57	1.47
93442841--93442865	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
93444992--93445191	40	5.0	40	81	3	197	29	23	22	25	1.99
93445024--93445193	79	2.1	79	82	3	207	31	23	21	23	1.99
93448878--93449064	24	7.8	24	92	0	311	35	25	18	20	1.95
93453417--93453452	6	6.0	6	93	0	63	16	2	0	80	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93453405--93453449	18	2.6	18	92	3	74	20	4	0	75	0.97
93453405--93453461	18	3.3	18	85	9	66	22	3	0	73	0.98
93455270--93455326	30	1.9	30	88	0	87	26	33	28	12	1.92
93456409--93456512	40	2.6	40	90	3	165	30	23	21	25	1.99
93456937--93457083	7	20.4	7	72	17	97	18	0	38	42	1.55
93456992--93457026	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
93457033--93457112	14	5.4	14	73	10	61	20	1	46	32	1.58
93457441--93457487	16	2.9	16	100	0	94	44	6	4	44	1.49
93459293--93459326	17	2.1	16	88	5	50	5	5	2	85	0.83
93459961--93460007	24	2.0	24	91	0	76	27	21	6	44	1.76
93460239--93460269	14	2.2	14	100	0	62	38	25	6	29	1.81
93460386--93460440	15	3.7	15	78	4	67	45	0	1	52	1.11
93460384--93460447	29	2.2	29	97	0	119	45	0	1	53	1.10
93460580--93460634	15	3.7	15	78	4	67	47	3	0	49	1.19
93460578--93460640	29	2.2	29	91	0	99	49	3	0	47	1.17
93460288--93460806	188	2.7	190	91	3	843	34	9	5	49	1.60
93460831--93460887	27	2.1	27	90	0	87	52	12	0	35	1.39
93460874--93461132	9	30.1	9	66	18	72	45	18	1	34	1.61
93460848--93461115	36	7.3	36	71	15	181	46	17	1	34	1.59
93460939--93461046	43	2.5	43	89	5	173	50	17	0	32	1.47
93469930--93470251	43	7.3	42	71	12	198	27	18	22	31	1.97
93469958--93470062	53	2.0	53	85	7	142	28	20	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93470010--93470247	86	2.8	86	80	6	236	28	20	21	30	1.98
93470010--93470253	129	1.9	128	80	7	280	27	20	20	31	1.97
93472314--93472401	40	2.3	38	80	7	104	32	34	12	20	1.90
93472324--93472401	40	2.0	40	86	0	111	32	33	12	21	1.91
93472805--93472847	18	2.4	18	88	3	61	16	44	25	13	1.85
93475633--93475887	115	2.3	115	80	9	298	56	14	1	27	1.48
93475863--93475908	11	4.3	11	81	15	51	67	8	0	23	1.18
93476116--93476178	27	2.3	27	75	0	63	22	25	28	23	1.99
93476128--93476194	27	2.5	27	77	0	71	25	23	26	23	2.00
93476292--93476342	22	2.3	23	83	12	72	58	0	0	41	0.98
93476375--93476459	29	3.0	28	84	3	98	28	17	8	45	1.77
93477532--93477576	22	2.0	22	86	0	63	22	26	22	28	1.99
93482196--93482296	34	3.0	34	80	0	121	28	14	13	42	1.85
93483804--93483925	45	2.7	45	78	2	129	28	21	14	35	1.93
93485455--93485531	26	2.9	26	94	1	127	20	14	11	53	1.72
93486105--93486147	19	2.2	19	83	4	50	83	4	4	6	0.89
93487522--93487571	19	2.8	18	74	17	50	8	6	12	74	1.22
93488059--93488084	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
93488210--93488262	19	2.7	20	77	14	56	30	0	7	62	1.23
93494013--93494125	53	2.1	55	91	3	185	35	9	6	48	1.61
93498680--93498721	22	1.9	22	95	0	75	69	2	0	28	1.01
93504894--93504951	30	2.0	28	86	6	80	60	8	0	31	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93513615--93513765	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
93521126--93521276	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
93523787--93523937	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
93531297--93531446	53	2.8	52	88	5	203	30	28	16	26	1.96
93532680--93532707	10	2.8	10	100	0	56	32	17	0	50	1.47
93534090--93534126	14	2.6	15	87	8	51	54	13	0	32	1.40
93536541--93536600	27	2.3	25	77	5	66	45	0	3	51	1.17
93536948--93537016	31	2.3	31	82	9	81	31	14	14	39	1.86
93542505--93542592	45	1.9	46	81	6	108	23	20	15	39	1.91
93544727--93544782	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
93549995--93550056	32	1.9	32	93	0	106	17	14	38	29	1.89
93555886--93555962	40	1.9	40	89	5	120	16	11	32	38	1.85
93567421--93567499	39	2.0	39	87	0	113	31	8	16	43	1.79
93573660--93573769	26	4.2	26	91	0	175	33	6	24	35	1.81
93579391--93579499	26	4.2	26	92	1	175	33	5	23	36	1.78
93589015--93589045	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
93589270--93589297	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
93591914--93591996	42	2.0	42	100	0	166	36	14	14	34	1.87
93592489--93592530	2	21.0	2	95	0	66	4	0	45	50	1.23
93592481--93592527	10	4.6	10	89	2	58	6	0	42	51	1.27
93598480--93598685	40	5.1	40	85	1	216	24	25	22	27	2.00
93600568--93600699	70	1.9	70	98	0	255	25	42	12	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93605759--93605933	43	4.0	43	75	10	151	32	18	18	30	1.95
93605824--93605986	43	3.7	43	79	4	166	31	18	19	30	1.96
93606284--93606327	21	2.1	21	95	0	79	2	56	22	18	1.52
93606884--93606921	19	2.1	19	85	9	53	52	2	5	39	1.38
93608810--93608886	38	2.0	38	100	0	154	25	18	22	33	1.96
93611902--93612068	9	17.6	9	75	10	145	30	0	20	47	1.55
93611935--93612051	39	3.0	39	96	0	216	31	0	21	47	1.51
93611902--93612060	48	3.3	48	78	10	171	30	0	21	47	1.55
93612512--93612553	21	2.0	21	95	0	75	52	7	9	30	1.61
93612626--93612675	23	2.2	23	96	0	91	34	14	16	36	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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