genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  273  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84108272--84108442	46	3.8	45	81	11	222	29	27	21	21	1.98
84108277--84108445	92	1.8	91	96	1	311	28	28	21	21	1.98
84108274--84108461	46	4.1	46	74	18	160	29	28	20	21	1.98
84110806--84110868	15	4.4	15	84	15	89	61	12	14	11	1.56
84110806--84110870	29	2.3	28	85	15	89	60	15	13	10	1.60
84118833--84118970	40	3.5	40	81	6	131	23	27	24	24	2.00
84118858--84119021	40	4.2	37	76	9	121	23	27	23	25	2.00
84121236--84121405	92	1.8	93	93	3	299	28	28	21	21	1.99
84121231--84121402	46	3.7	46	77	16	194	29	27	21	21	1.99
84123790--84123845	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
84126800--84126970	93	1.8	93	93	2	299	28	27	21	22	1.99
84126795--84126967	46	3.7	46	76	14	194	29	26	21	22	1.99
84135069--84135123	28	2.0	28	100	0	110	27	14	10	47	1.78
84136453--84136607	42	3.7	42	78	10	138	44	16	21	17	1.86
84136476--84136585	21	5.2	21	73	10	91	46	15	20	18	1.84
84139438--84140204	384	2.0	384	100	0	1534	26	22	22	28	1.99
84141217--84141259	22	2.0	22	86	9	61	20	11	9	58	1.61
84147570--84147658	44	2.0	44	86	0	124	31	19	22	26	1.97
84147587--84147691	44	2.4	45	86	1	140	28	20	21	29	1.98
84149403--84149566	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
84149403--84149600	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
84155935--84156097	70	2.3	71	97	2	319	19	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84167960--84168145	49	3.8	49	81	5	248	24	20	26	27	1.99
84167959--84168142	100	1.8	100	97	0	350	23	21	27	27	1.99
84183472--84183649	27	6.6	27	85	0	223	41	19	8	30	1.82
84183472--84183649	81	2.2	80	87	3	250	41	19	8	30	1.82
84183472--84183697	81	2.8	81	84	3	233	41	19	8	30	1.82
84183472--84183704	27	8.7	27	77	7	154	40	20	9	30	1.83
84183659--84183758	27	3.7	27	66	5	67	37	22	8	33	1.83
84183742--84184026	27	10.6	27	90	0	408	33	20	21	24	1.97
84184472--84184535	22	2.9	22	79	9	76	20	21	23	34	1.97
84184694--84184795	27	3.8	27	79	5	107	20	20	22	36	1.95
84186540--84186642	29	3.6	28	81	7	118	30	15	26	28	1.96
84194580--84194677	29	3.4	29	81	8	103	31	15	24	28	1.95
84196236--84196346	6	17.8	6	73	17	93	18	16	14	51	1.77
84196236--84196346	31	3.5	31	93	1	168	18	16	14	51	1.77
84199588--84199757	80	2.1	80	88	4	254	25	27	22	24	2.00
84199588--84199795	40	5.2	40	81	3	222	25	26	22	25	2.00
84199760--84200101	125	2.8	125	95	0	607	33	26	11	29	1.91
84206982--84207151	80	2.1	80	88	4	254	25	27	22	24	2.00
84206982--84207189	40	5.2	40	81	3	222	25	26	22	25	2.00
84207154--84208118	125	7.8	125	97	0	1803	32	26	11	29	1.91
84207154--84208118	498	1.9	498	97	0	1817	32	26	11	29	1.91
84213763--84213885	43	2.9	42	86	4	149	26	15	26	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84224013--84224071	29	2.0	29	96	0	109	28	3	25	42	1.71
84226062--84226537	27	17.7	27	79	1	461	28	9	21	39	1.85
84226794--84226848	28	2.0	28	92	0	92	29	34	12	23	1.92
84229199--84229224	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
84229760--84230205	27	16.7	27	82	8	452	31	10	19	38	1.86
84232911--84232946	12	3.0	12	91	0	63	13	41	27	16	1.87
84234018--84234156	43	3.3	43	78	3	156	33	25	14	25	1.94
84242143--84242200	29	2.0	29	96	0	107	29	37	13	18	1.90
84242355--84242934	48	12.1	48	90	0	856	31	24	5	37	1.79
84244206--84244231	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
84249652--84249715	32	2.0	33	84	9	87	28	21	26	23	1.99
84258659--84258761	40	2.6	40	89	3	145	27	23	28	21	1.99
84258659--84258801	40	3.6	40	82	3	119	25	23	27	23	2.00
84263280--84263344	27	2.4	27	92	0	112	38	20	10	30	1.86
84263257--84263353	27	3.6	26	78	10	88	39	22	10	27	1.87
84263283--84263409	27	4.7	27	74	9	80	38	21	8	31	1.84
84263399--84263599	27	7.4	27	85	4	262	35	18	20	24	1.95
84263860--84263911	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
84263936--84263961	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
84264134--84264338	6	33.3	6	72	14	159	18	17	15	48	1.81
84264162--84264268	37	2.9	37	95	0	187	16	18	15	48	1.81
84264134--84264329	62	3.2	61	82	6	234	18	17	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84265190--84265239	21	2.4	21	93	0	91	30	32	24	14	1.94
84272592--84272646	29	1.9	29	92	3	94	20	21	38	20	1.94
84274825--84274853	10	2.9	10	100	0	58	31	0	10	58	1.31
84276908--84276947	20	2.0	20	100	0	80	40	30	5	25	1.77
84277543--84277586	21	2.1	21	87	8	63	31	15	36	15	1.90
84278838--84278912	26	2.9	27	80	11	84	18	26	24	30	1.98
84278854--84278913	27	2.3	27	85	2	77	20	25	26	28	1.99
84278854--84278930	26	2.9	26	82	1	73	20	24	23	31	1.98
84280802--84280989	39	4.8	39	87	0	205	25	30	21	23	1.99
84280838--84280990	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.98
84280808--84280989	78	2.3	79	86	1	240	24	30	21	24	1.99
84288796--84288925	47	2.8	47	85	2	163	22	16	30	31	1.95
84310707--84310835	46	2.8	46	96	0	231	19	22	29	28	1.98
84313781--84313849	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
84313772--84313859	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
84316241--84316369	46	2.8	46	96	0	231	19	22	29	28	1.98
84318525--84318643	31	3.7	31	88	9	177	26	25	18	29	1.98
84318667--84318758	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
84318906--84318975	25	2.8	26	86	4	90	25	22	25	25	2.00
84319785--84319861	27	2.9	27	75	11	77	23	20	16	38	1.92
84319902--84320009	27	3.9	28	76	17	93	31	8	17	42	1.79
84319989--84320148	54	3.0	54	81	3	180	29	11	20	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84319990--84320118	27	4.8	27	83	6	145	29	9	21	39	1.85
84319990--84320148	81	2.0	81	80	7	180	29	10	20	38	1.87
84320147--84320314	27	6.2	27	84	2	203	41	7	22	29	1.80
84320154--84320317	54	3.0	53	89	2	238	40	6	23	29	1.80
84324509--84324546	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
84325276--84325448	27	6.4	27	84	0	220	26	19	18	36	1.94
84332149--84332311	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
84340178--84340401	39	5.7	39	91	0	322	23	30	21	24	1.99
84342051--84342128	40	2.0	40	89	5	122	32	24	17	25	1.97
84350019--84350181	39	4.2	40	89	5	253	26	26	22	23	2.00
84354868--84354982	18	6.4	18	74	7	54	37	17	7	37	1.79
84354930--84355021	18	5.1	18	77	5	87	35	14	14	35	1.86
84356324--84356362	19	2.2	18	86	9	53	7	12	2	76	1.09
84360056--84360119	33	1.9	33	100	0	128	37	14	12	35	1.83
84361406--84361562	27	5.8	27	87	1	181	30	21	8	40	1.82
84361514--84361788	27	10.2	27	79	7	238	41	21	7	29	1.80
84361361--84361574	81	2.6	81	71	1	205	34	21	7	36	1.82
84361514--84361788	81	3.4	80	79	7	288	41	21	7	29	1.80
84361753--84361847	27	3.4	27	77	12	93	41	16	10	31	1.83
84361905--84361992	27	3.3	27	90	3	133	36	20	25	18	1.95
84362796--84362918	52	2.4	51	95	2	221	26	21	23	27	1.99
84362796--84362918	26	4.8	26	89	3	187	26	21	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84363063--84363154	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
84363178--84363256	31	2.5	31	93	0	140	29	17	26	26	1.98
84371851--84371997	74	2.0	74	97	0	276	31	10	9	48	1.69
84389549--84389679	45	2.9	45	94	0	235	47	9	15	27	1.77
84395700--84395746	21	2.2	21	77	7	51	36	0	14	48	1.44
84403425--84403584	27	5.9	27	80	12	168	34	20	25	19	1.96
84403443--84403584	54	2.6	54	92	3	223	34	21	25	18	1.96
84412890--84413044	39	3.9	40	88	0	206	22	21	31	24	1.98
84412890--84413044	79	2.0	79	87	2	222	22	21	31	24	1.98
84412900--84413082	79	2.3	78	81	6	199	24	21	30	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425