genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  252  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77474837--77474976	27	5.2	27	86	8	189	17	24	24	34	1.96
77474837--77474976	54	2.6	53	93	3	228	17	24	24	34	1.96
77474837--77474994	27	5.9	27	82	12	184	18	24	22	34	1.96
77478791--77478878	40	2.2	40	89	4	133	39	22	14	22	1.91
77479422--77479464	21	2.0	21	81	0	50	25	2	32	39	1.69
77479479--77479527	14	3.4	14	91	2	71	18	0	34	46	1.49
77479474--77479620	7	20.7	7	69	8	64	19	1	38	40	1.60
77479733--77479816	21	4.0	21	71	3	60	25	1	28	45	1.61
77479896--77479949	23	2.3	23	83	6	63	46	5	1	46	1.37
77480287--77480341	7	7.6	7	89	6	83	72	1	1	23	1.04
77482123--77482147	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
77485397--77485449	28	2.0	27	85	7	72	26	3	3	66	1.26
77485418--77485469	18	2.7	19	74	17	54	30	5	3	59	1.39
77485493--77485609	44	2.7	44	97	0	216	23	19	24	31	1.98
77486517--77486608	46	2.0	46	100	0	184	39	8	17	34	1.80
77498810--77498850	17	2.3	18	91	4	66	36	21	19	21	1.95
77503680--77503813	46	2.8	49	76	16	147	29	28	19	22	1.98
77514360--77514466	56	1.9	55	83	5	135	25	26	9	39	1.86
77517659--77517900	121	2.0	121	100	0	484	28	13	33	25	1.93
77522665--77522846	39	4.7	39	93	2	312	22	29	20	26	1.99
77522625--77522846	77	2.8	78	89	2	320	22	29	22	25	1.99
77529641--77529770	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77534033--77534215	39	4.7	39	91	0	303	22	28	21	27	1.99
77535856--77535893	16	2.4	16	86	8	51	73	5	0	21	1.02
77561449--77561522	36	2.1	36	97	0	139	35	17	5	41	1.72
77567308--77567485	40	4.5	40	88	6	231	24	29	23	22	1.99
77575395--77575572	40	4.5	40	88	6	231	24	29	23	22	1.99
77579872--77580048	27	6.6	27	84	3	162	39	21	9	29	1.85
77580044--77580191	27	5.5	27	86	1	199	27	24	8	40	1.83
77580017--77580408	54	7.1	54	81	8	324	29	22	8	40	1.83
77580004--77580345	81	4.1	80	77	12	215	30	22	7	39	1.83
77580147--77580220	37	2.0	37	89	5	114	22	28	6	41	1.79
77580119--77580309	64	3.1	64	86	9	242	27	23	6	42	1.79
77580153--77580228	37	2.0	38	87	2	109	25	27	6	40	1.80
77580185--77580408	27	8.3	27	86	4	256	29	20	8	42	1.80
77580095--77580282	91	2.1	91	88	6	274	27	23	6	42	1.80
77580183--77580408	81	2.8	80	83	3	285	28	20	7	42	1.80
77580914--77581007	6	15.3	6	70	16	68	19	18	13	48	1.80
77580914--77580986	31	2.4	31	90	0	110	19	19	13	47	1.82
77583346--77583450	47	2.2	47	93	0	174	27	30	6	35	1.83
77587309--77587379	27	2.6	27	81	0	88	33	18	19	28	1.95
77587374--77587525	27	5.6	27	85	3	180	40	20	7	31	1.81
77587374--77587524	81	1.9	81	84	5	207	40	20	7	31	1.81
77587520--77587940	27	15.2	27	74	4	275	29	21	7	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77587520--77587940	54	7.6	55	80	6	377	29	21	7	41	1.80
77587493--77587940	81	5.4	81	78	6	412	29	21	7	40	1.81
77587649--77587787	65	2.1	65	86	2	190	25	23	8	42	1.82
77587679--77587752	38	1.9	38	86	5	105	22	22	8	45	1.78
77587596--77587828	119	2.0	119	87	1	342	29	21	6	42	1.79
77587571--77587867	146	2.0	146	88	1	443	28	21	7	42	1.79
77588455--77588518	25	2.6	25	92	0	101	15	20	17	46	1.83
77588452--77588539	6	14.3	6	71	17	65	17	18	15	48	1.81
77598791--77598860	33	2.1	33	97	0	131	51	11	18	18	1.75
77600472--77600736	27	9.8	27	87	0	278	29	22	8	40	1.83
77600472--77600735	81	3.3	81	89	3	370	29	21	8	40	1.83
77600372--77600938	27	20.9	27	78	9	174	35	20	8	35	1.84
77600472--77600765	81	3.6	80	86	3	365	30	22	8	39	1.83
77600472--77600738	54	4.9	54	87	2	358	29	22	8	40	1.83
77600526--77600871	81	4.3	81	82	3	284	34	21	8	36	1.83
77600893--77600944	27	1.9	27	84	7	70	42	13	11	32	1.80
77600997--77601089	27	3.4	27	88	2	125	35	20	24	19	1.96
77601801--77601828	8	3.5	8	100	0	56	42	21	21	14	1.88
77602254--77602301	25	1.9	25	86	0	69	37	25	12	25	1.91
77602340--77602396	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
77602338--77602400	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
77602455--77602765	24	13.0	23	91	5	455	29	21	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77602957--77603020	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
77609293--77609343	26	2.0	26	84	7	68	33	21	23	21	1.97
77614143--77614192	21	2.3	21	86	3	64	14	36	36	14	1.86
77616367--77616494	26	5.3	24	69	17	68	32	19	21	26	1.97
77616389--77616458	22	3.1	21	72	8	59	31	18	21	28	1.97
77616438--77616525	26	3.5	26	74	12	101	35	18	20	26	1.95
77618206--77618361	58	2.7	57	72	8	138	35	19	14	31	1.91
77619251--77619284	18	2.0	16	88	11	50	32	2	0	64	1.08
77633303--77633504	40	5.2	40	82	5	200	26	21	26	25	2.00
77641387--77641593	40	5.2	40	83	4	224	26	22	27	24	2.00
77645501--77645731	48	4.9	48	77	7	222	28	23	21	26	1.99
77645501--77645731	91	2.5	95	83	4	265	28	23	21	26	1.99
77651482--77651584	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
77652995--77653076	41	2.0	41	90	0	128	14	24	35	25	1.94
77653542--77653795	40	6.3	40	94	0	445	24	18	27	29	1.98
77653711--77653777	23	3.2	23	64	24	65	25	19	26	28	1.99
77653823--77653954	57	2.3	57	84	3	169	21	18	30	28	1.97
77669900--77669947	24	2.0	24	84	8	62	39	12	6	41	1.68
77670137--77670199	31	2.0	32	96	3	119	34	19	0	46	1.50
77674146--77674410	46	5.7	46	70	15	168	22	18	27	31	1.97
77674138--77674403	93	2.9	93	89	0	397	22	19	27	30	1.98
77674194--77674356	47	3.5	47	71	17	167	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77677015--77677185	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
77677010--77677182	46	3.7	46	77	13	201	28	27	21	22	1.99
77679601--77679629	15	1.9	15	100	0	58	55	13	17	13	1.70
77682601--77682771	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
77682596--77682768	46	3.7	46	77	13	192	29	27	20	22	1.99
77688051--77688124	25	3.0	25	82	9	89	40	10	12	36	1.78
77692604--77692648	21	2.2	20	84	4	54	35	0	20	44	1.51
77693267--77693387	24	4.9	24	70	10	75	18	25	21	34	1.96
77693256--77693328	24	3.1	23	77	11	76	15	24	23	36	1.93
77712517--77712769	41	6.0	41	78	9	224	20	27	16	35	1.94
77712647--77712742	48	2.0	48	97	0	183	20	26	18	34	1.96
77719278--77719315	19	2.0	19	100	0	76	21	5	10	63	1.46
77720377--77720421	17	2.5	18	85	7	65	46	13	11	28	1.77
77722431--77722465	15	2.3	15	90	0	52	5	25	37	31	1.80
77724675--77724828	42	3.7	41	81	5	191	29	24	14	30	1.95
77724673--77724829	85	1.9	84	89	1	242	29	25	14	29	1.95
77733302--77733358	28	2.1	28	96	3	107	42	0	7	50	1.29
77733410--77733510	52	1.9	51	80	11	116	46	5	7	39	1.57
77736087--77736127	22	1.9	21	85	5	55	19	29	39	12	1.88
77740209--77740377	93	1.8	92	80	8	200	23	29	21	26	1.99
77740209--77740376	46	3.6	45	72	17	114	23	29	21	26	1.99
77746687--77746718	16	1.9	17	93	6	57	50	0	6	43	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77748078--77748106	7	4.1	7	100	0	58	41	27	0	31	1.56
77752350--77752530	46	3.9	48	74	11	171	23	27	19	29	1.98
77752362--77752533	94	1.8	92	82	7	222	23	26	19	29	1.98
77757034--77757215	40	4.6	40	90	2	278	24	23	26	26	2.00
77760310--77760404	39	2.4	39	75	0	100	35	8	14	41	1.77
77765752--77765789	15	2.6	15	91	4	60	39	5	0	55	1.23
77769533--77769765	46	4.9	45	76	11	175	27	16	31	25	1.96
77780668--77780829	47	3.4	47	86	6	225	33	11	29	25	1.91
77780746--77780819	22	3.2	22	64	17	60	31	14	31	22	1.94
77780813--77780957	23	6.2	23	67	20	104	29	11	31	27	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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