genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78706165--78706255	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
78709198--78709443	49	5.1	47	92	3	359	29	30	8	30	1.88
78711884--78711952	27	2.5	28	95	2	122	30	13	24	31	1.93
78719637--78719706	27	2.5	28	93	2	124	28	11	27	32	1.91
78725289--78725506	40	5.5	40	85	4	264	25	27	23	22	2.00
78730159--78730228	28	2.5	28	86	4	97	28	15	27	28	1.96
78735934--78736007	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
78737627--78737774	37	4.0	37	91	1	208	27	29	20	22	1.98
78737646--78737777	37	3.6	37	93	2	212	25	31	20	23	1.98
78737678--78737803	37	3.4	37	89	0	135	23	29	19	27	1.98
78737646--78737803	74	2.1	74	83	2	183	24	30	19	25	1.98
78737960--78738096	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
78738070--78738224	47	3.3	47	92	0	247	25	29	12	31	1.93
78742510--78742892	47	8.1	47	90	2	541	32	12	29	25	1.92
78742866--78743001	46	3.0	46	85	0	182	35	9	30	25	1.88
78743187--78743408	37	6.0	37	94	0	372	22	18	31	27	1.97
78744684--78744951	40	6.6	40	93	2	446	22	22	29	25	1.99
78744684--78744965	82	3.5	82	94	1	496	22	21	29	25	1.99
78744686--78744965	122	2.3	122	90	3	456	22	22	29	25	1.99
78755777--78755980	40	5.1	40	89	2	277	25	28	23	22	1.99
78761317--78761546	24	9.5	24	87	4	268	14	39	22	23	1.91
78761601--78761662	24	2.6	24	75	10	63	20	30	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78766859--78766896	14	2.7	14	100	0	76	31	0	23	44	1.54
78766859--78766899	7	5.9	7	88	0	64	31	0	24	43	1.54
78771003--78771045	21	2.0	21	100	0	86	23	23	9	44	1.82
78772153--78772244	44	2.1	44	88	8	134	33	25	20	20	1.97
78773255--78773310	17	3.5	16	78	14	62	44	1	0	53	1.11
78773255--78773335	28	2.8	28	79	5	72	44	2	0	53	1.14
78773284--78773322	11	3.4	11	83	13	51	48	2	0	48	1.15
78783078--78783120	17	2.5	17	84	0	59	23	20	2	53	1.57
78786103--78786195	28	3.3	28	93	0	159	35	26	6	31	1.82
78786303--78786390	27	3.1	27	85	8	115	20	23	23	31	1.98
78786303--78786415	55	2.0	55	81	8	131	20	23	21	34	1.97
78787937--78788099	29	5.6	29	87	1	193	27	26	15	29	1.96
78790067--78790109	19	2.3	18	84	4	50	16	2	6	74	1.14
78790075--78790112	18	2.1	19	90	5	60	18	2	2	76	1.02
78797203--78797295	28	3.3	28	90	0	150	34	24	7	33	1.84
78797401--78797487	27	3.2	26	84	12	106	19	24	24	32	1.98
78797408--78797498	27	3.3	28	83	6	96	21	26	19	31	1.98
78798579--78798612	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
78805790--78805844	20	2.7	21	85	2	67	16	41	21	20	1.90
78807777--78807827	20	2.5	20	90	0	75	7	23	35	33	1.84
78811565--78811590	6	4.3	6	100	0	52	30	0	53	15	1.42
78812381--78812768	109	3.6	109	80	3	402	35	27	13	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78817082--78817118	15	2.3	17	86	13	60	62	0	0	37	0.96
78824246--78824287	21	2.0	22	90	4	68	66	11	7	14	1.43
78830483--78830520	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
78830749--78830918	92	1.8	93	91	1	279	29	28	20	21	1.98
78830744--78830915	46	3.7	46	77	11	190	30	27	20	22	1.98
78831337--78831396	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
78834649--78834681	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
78834726--78834776	21	2.4	22	87	6	70	21	0	7	70	1.12
78837976--78838005	16	1.9	15	93	6	51	23	13	30	33	1.93
78842169--78842224	21	2.8	21	78	10	64	17	28	16	37	1.91
78848303--78848349	23	2.0	23	88	8	69	51	36	4	8	1.52
78849040--78849069	15	2.0	15	100	0	60	33	26	0	40	1.57
78849230--78849268	8	4.9	8	90	0	51	2	12	5	79	1.00
78849293--78849348	3	18.7	3	85	14	80	64	1	0	33	1.04
78849304--78849348	19	2.5	17	92	7	72	64	2	0	33	1.06
78851400--78851431	12	2.6	13	85	14	50	31	0	3	65	1.08
78861808--78862054	49	5.0	50	78	3	230	27	18	25	28	1.98
78864025--78864092	24	2.8	24	81	0	64	48	7	32	11	1.67
78864724--78864919	43	4.6	43	94	0	320	25	17	33	23	1.97
78864700--78864919	86	2.5	86	88	0	323	26	17	31	24	1.97
78864994--78865075	31	2.5	33	80	3	87	62	20	3	13	1.46
78870925--78871031	9	11.6	9	77	5	106	29	0	22	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78871151--78871828	241	2.8	241	97	0	1248	33	15	17	33	1.91
78875074--78875123	11	4.4	11	78	9	55	40	14	6	40	1.70
78875502--78875537	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
78876112--78876222	40	2.8	39	77	9	118	24	19	18	37	1.93
78877329--78877414	43	2.0	43	84	4	113	38	26	6	27	1.82
78877594--78877660	28	2.4	28	85	7	82	25	0	23	50	1.49
78877598--78877660	21	3.0	21	76	2	54	25	0	23	50	1.49
78877973--78878368	41	9.7	41	89	1	472	25	14	23	35	1.94
78877953--78878368	123	3.4	123	84	2	521	25	15	24	35	1.94
78877960--78878364	163	2.5	163	84	1	470	25	15	23	35	1.95
78879712--78879760	22	2.2	22	85	0	71	38	22	8	30	1.83
78894096--78894299	40	5.1	40	82	8	238	24	21	27	25	1.99
78894096--78894278	79	2.3	81	84	7	232	24	21	27	26	1.99
78894149--78894303	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
78897190--78897241	16	3.4	16	80	17	65	76	5	15	1	1.05
78897291--78897322	12	2.7	12	90	0	55	43	12	18	25	1.85
78897329--78897373	12	3.8	12	84	0	63	64	0	24	11	1.26
78897329--78897387	24	2.5	24	82	0	73	61	1	23	13	1.42
78912218--78912247	15	1.9	16	93	6	53	36	6	6	50	1.55
78913000--78913039	19	2.2	18	90	4	62	65	7	0	27	1.20
78914242--78914281	20	2.1	18	90	9	62	35	0	2	62	1.09
78915852--78915888	18	2.1	18	94	0	65	24	40	18	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78921095--78921139	21	2.1	21	87	0	63	53	28	4	13	1.59
78926040--78926105	34	2.0	34	96	3	125	24	6	9	60	1.49
78937029--78937119	46	2.0	46	100	0	182	20	6	35	37	1.79
78949956--78950053	50	2.0	50	89	0	151	30	15	12	41	1.83
78952866--78953090	40	5.6	40	84	5	276	24	24	28	23	2.00
78952866--78953126	80	3.3	80	85	3	330	24	24	27	23	2.00
78952866--78953090	120	1.9	121	87	6	332	24	24	28	23	2.00
78961041--78961299	39	6.5	39	82	6	274	25	23	26	23	2.00
78961041--78961263	39	5.6	40	84	4	290	25	24	27	23	2.00
78961041--78961263	119	1.9	120	85	8	312	25	24	27	23	2.00
78961041--78961299	118	2.2	119	82	9	307	25	23	26	23	2.00
78966597--78966688	44	2.1	45	89	6	143	34	31	13	20	1.91
78966651--78966764	45	2.5	45	83	5	142	34	28	14	23	1.93
78970664--78970796	27	4.9	26	83	11	144	33	21	24	20	1.97
78970690--78970799	54	2.0	54	94	3	195	33	21	25	19	1.97
78978463--78978609	74	2.0	72	80	10	165	27	15	30	25	1.96
78983764--78983981	46	4.7	46	87	1	294	40	15	22	21	1.90
78989576--78989663	37	2.5	35	88	7	124	25	32	18	23	1.97
78989750--78989996	49	4.9	49	88	10	349	29	28	9	32	1.88
78989872--78989985	57	2.0	57	96	0	210	28	29	9	32	1.89
78995086--78995209	39	3.2	39	98	0	239	29	26	17	26	1.98
78995047--78995209	78	2.1	78	88	0	236	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78997443--78997480	17	2.4	17	86	8	53	23	15	0	60	1.35
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79003080--79003112	3	11.3	3	93	6	59	69	0	30	0	0.88
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79009211--79009382	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
79009204--79009379	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
79011841--79011865	12	2.1	12	100	0	50	68	16	0	16	1.22
79012253--79012289	2	18.5	2	94	0	65	51	45	0	2	1.15
79013207--79013234	14	2.0	14	100	0	56	28	28	7	35	1.84
79015059--79015088	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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