genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6127497--6127792	51	5.8	51	78	2	265	31	26	17	25	1.97
6127514--6127742	101	2.3	100	89	0	341	30	24	18	25	1.98
6127507--6127792	152	1.9	152	82	2	360	32	25	17	24	1.97
6132693--6132719	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
6137421--6137464	19	2.4	19	85	7	56	52	0	6	40	1.28
6137559--6137587	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
6139051--6139115	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
6140602--6140651	25	2.0	25	84	7	66	36	24	16	24	1.94
6143179--6143224	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
6143256--6143419	60	2.7	59	85	4	222	26	21	27	24	1.99
6143256--6143354	28	3.4	27	72	18	92	24	22	29	24	1.99
6146607--6146755	39	3.9	38	88	4	183	46	4	18	29	1.69
6160538--6161712	210	5.7	209	86	4	1501	29	17	21	30	1.97
6160538--6161712	420	2.8	415	86	3	1682	29	17	21	30	1.97
6163069--6163107	19	2.0	19	85	5	51	38	0	7	53	1.30
6163117--6163229	38	2.9	38	82	3	138	45	4	20	30	1.71
6164296--6164339	17	2.6	17	82	10	54	18	6	6	68	1.35
6166028--6166080	13	4.1	13	80	9	72	30	7	26	35	1.84
6166262--6166358	33	2.8	35	72	20	89	51	1	2	45	1.19
6166297--6166381	33	2.8	30	76	15	86	51	1	1	45	1.16
6173798--6173858	26	2.5	24	84	7	77	65	3	0	31	1.09
6173798--6173887	21	4.2	20	73	21	67	67	3	0	28	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6177621--6177756	60	2.3	59	85	10	170	27	26	19	26	1.99
6184501--6184553	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
6186030--6186112	26	3.2	25	93	5	139	36	25	4	33	1.77
6191017--6191100	26	3.2	26	93	0	141	36	23	4	34	1.76
6192669--6192731	24	2.5	26	84	10	85	65	4	6	23	1.36
6193878--6193904	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
6193900--6194227	3	107.3	3	73	13	226	30	5	2	61	1.30
6195459--6195563	3	36.0	3	72	5	56	60	1	8	28	1.36
6195444--6195492	23	2.2	23	85	3	64	67	4	6	22	1.30
6195518--6195557	15	2.7	15	92	0	62	62	0	10	27	1.27
6197226--6197426	55	3.8	52	78	9	208	35	17	24	22	1.95
6204852--6205106	55	4.8	53	77	10	227	37	16	24	21	1.93
6204859--6205059	108	1.8	110	88	4	309	35	17	24	22	1.95
6207007--6207047	11	3.8	11	78	15	50	65	2	7	24	1.30
6207796--6207834	19	2.0	20	85	14	55	74	5	10	10	1.21
6208580--6208984	92	4.4	92	75	8	356	28	20	18	33	1.96
6208904--6209066	45	3.7	44	73	12	145	25	24	19	30	1.98
6208641--6209028	182	2.1	180	83	4	483	28	21	18	31	1.97
6213105--6213389	137	2.1	135	96	1	525	31	24	18	24	1.98
6213143--6213348	64	3.1	64	62	21	150	30	25	17	26	1.98
6213637--6213685	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
6215169--6215301	25	5.2	25	92	6	214	36	24	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6219049--6219333	137	2.1	135	96	1	525	31	24	18	24	1.98
6219087--6219292	64	3.1	64	62	21	150	30	25	17	26	1.98
6219577--6219624	24	2.0	25	83	4	62	25	14	20	39	1.91
6221105--6221240	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
6230457--6230515	30	2.0	29	81	12	68	55	1	8	33	1.40
6230505--6230543	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
6232134--6232207	29	2.6	30	80	8	91	66	1	6	25	1.24
6232192--6232252	31	2.0	31	86	0	86	59	3	8	29	1.43
6232123--6232238	3	38.3	3	71	8	74	62	1	7	27	1.32
6232418--6232599	3	61.0	3	70	11	81	58	2	8	30	1.39
6232421--6232499	17	4.8	17	73	16	67	59	0	10	30	1.30
6232540--6232586	16	2.8	17	83	6	69	57	4	2	36	1.30
6234740--6234996	26	10.2	25	71	13	150	59	3	6	30	1.38
6234805--6234869	14	5.1	14	70	21	61	64	1	4	29	1.22
6234735--6235017	76	3.8	74	74	12	186	61	2	6	28	1.36
6234735--6235000	102	2.7	98	80	10	247	60	3	6	29	1.37
6234805--6235000	50	3.9	50	83	6	209	61	2	7	28	1.35
6234853--6235015	24	6.5	24	72	10	103	61	2	7	27	1.36
6237102--6237155	2	28.0	2	81	7	67	51	0	3	44	1.19
6241422--6241463	17	2.4	18	80	11	52	45	0	0	54	0.99
6246106--6246135	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
6246200--6246326	38	3.3	39	74	9	118	51	4	6	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6246793--6246886	32	3.0	31	90	7	145	5	5	14	74	1.18
6247541--6247706	88	1.9	87	85	6	228	36	18	16	28	1.93
6247709--6247770	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
6247752--6248441	75	8.7	78	73	13	337	34	19	17	28	1.95
6247876--6248471	75	7.7	77	73	12	402	33	20	17	28	1.95
6247542--6248370	249	3.4	243	84	8	995	35	19	16	27	1.94
6248124--6248471	75	4.7	75	86	3	454	32	20	17	29	1.96
6248428--6248523	49	2.0	49	95	0	174	33	19	16	30	1.94
6248356--6248595	121	2.0	121	93	0	408	34	18	16	31	1.93
6248480--6248617	72	1.9	72	98	0	267	32	16	16	34	1.92
6248281--6248875	202	3.0	202	91	3	922	33	18	16	30	1.94
6248629--6248725	49	1.9	50	85	8	135	34	20	17	27	1.95
6248679--6248904	72	3.0	72	83	11	285	33	18	16	30	1.94
6248868--6248973	54	1.9	54	85	9	144	37	18	15	28	1.91
6248964--6249129	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
6249004--6249250	122	2.0	124	88	3	374	39	22	12	24	1.89
6249129--6249304	71	2.5	70	84	3	212	34	23	12	28	1.92
6256010--6256050	4	10.2	4	83	0	55	48	4	21	24	1.69
6257749--6257774	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6265391--6265447	2	30.0	2	79	10	57	52	7	0	40	1.28
6265968--6266015	11	4.2	11	84	12	53	45	0	54	0	0.99
6266273--6266312	14	2.7	14	88	7	53	17	2	15	65	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6266273--6266343	33	2.2	31	75	9	72	14	4	16	64	1.43
6266653--6266758	35	3.0	35	95	0	194	22	12	49	16	1.78
6267474--6267562	46	1.9	46	86	0	124	30	16	28	24	1.97
6267475--6267572	46	2.1	46	80	0	106	33	18	25	22	1.96
6268653--6268690	20	1.9	20	88	0	58	5	2	36	55	1.37
6270003--6270031	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
6275050--6275112	29	2.2	29	82	2	74	73	6	15	4	1.21
6276805--6277056	64	3.9	64	86	2	346	32	18	13	36	1.89
6277460--6277557	43	2.3	43	78	3	99	31	16	26	25	1.96
6277218--6277820	176	3.4	175	86	2	798	29	16	24	28	1.97
6280417--6280481	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
6281963--6282015	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
6284216--6284279	3	21.3	3	100	0	128	34	0	0	65	0.93
6284531--6284643	3	38.0	3	85	5	140	30	2	0	66	1.11
6286509--6286551	21	2.0	21	86	0	59	37	6	16	39	1.75
6287454--6287491	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
6288660--6288698	8	4.6	8	84	12	51	7	7	0	84	0.77
6288989--6290091	44	25.4	44	88	2	1559	22	30	16	29	1.96
6288989--6290091	216	5.1	216	89	1	1552	22	30	16	29	1.96
6290053--6290276	88	2.6	88	91	0	342	29	27	16	27	1.97
6290121--6290268	47	3.3	46	64	21	114	31	28	16	24	1.96
6290384--6290506	61	2.0	64	88	7	191	38	12	16	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6302384--6302421	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
6303597--6303641	8	5.5	8	82	15	56	8	6	0	84	0.78
6303865--6303919	25	2.2	25	90	0	83	50	9	23	16	1.73
6305192--6305222	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
6315005--6315081	38	2.0	38	94	0	136	35	9	24	31	1.87
6319663--6320195	192	2.8	192	88	0	753	33	12	16	37	1.86
6320734--6320814	28	2.8	28	79	7	74	30	1	4	62	1.24
6332985--6333024	21	1.9	21	94	0	71	10	35	30	25	1.88
6347110--6347145	1	36.0	1	100	0	72	100	0	0	0	0.00
6347448--6347493	14	3.2	14	78	3	56	52	0	2	45	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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