genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27496045--27496254	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
27499206--27499330	41	3.0	40	78	10	117	30	22	16	30	1.96
27499261--27499398	40	3.4	40	84	3	152	32	25	15	26	1.95
27501584--27501741	68	2.3	66	95	2	262	31	14	29	24	1.94
27501618--27501815	68	2.9	69	83	8	205	34	15	28	21	1.94
27509115--27509298	68	2.7	68	90	5	259	33	14	28	23	1.94
27509175--27509372	68	2.9	67	83	8	183	33	15	29	21	1.94
27513733--27513780	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
27513824--27513882	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
27513933--27514004	24	3.0	24	83	6	92	27	20	25	26	1.99
27514196--27514296	31	3.1	31	80	15	130	39	15	21	22	1.92
27514196--27514319	37	3.5	37	88	8	170	37	16	23	21	1.93
27521958--27522092	40	3.3	40	83	4	155	35	26	14	22	1.93
27523532--27523689	41	3.9	40	83	5	165	31	25	16	26	1.96
27523537--27523720	40	4.5	40	80	6	174	32	25	15	27	1.96
27523537--27523708	81	2.1	82	83	3	213	31	26	16	25	1.96
27539832--27539930	49	2.0	48	94	1	171	34	21	13	31	1.91
27544441--27544504	31	2.2	29	81	13	69	26	20	4	48	1.69
27552103--27552274	43	4.0	42	72	10	143	33	26	14	25	1.94
27560302--27560465	29	5.7	29	95	0	283	29	23	15	31	1.95
27560303--27560492	87	2.2	87	88	1	274	28	26	15	29	1.96
27568423--27568557	29	4.7	29	94	0	225	29	23	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27568423--27568584	58	2.8	58	88	1	227	28	27	15	29	1.96
27568423--27568584	87	1.9	87	84	2	218	28	27	15	29	1.96
27569844--27569908	34	1.9	33	87	3	94	20	27	24	27	1.99
27570611--27570644	16	2.1	16	88	0	50	8	29	17	44	1.79
27573795--27573858	28	2.3	28	83	5	76	28	25	3	43	1.69
27581463--27581656	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
27581492--27581563	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
27581537--27581612	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
27581626--27581814	48	3.8	48	84	10	272	35	6	26	31	1.83
27581627--27581814	102	1.9	96	88	8	279	35	6	26	30	1.83
27581960--27582068	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
27585569--27585688	60	2.0	60	91	3	197	30	22	17	29	1.97
27587819--27587887	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
27589501--27589538	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
27595800--27595868	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
27597482--27597519	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
27599331--27599389	23	2.6	23	97	0	109	25	40	23	10	1.86
27599578--27599634	17	3.4	17	95	0	96	15	35	31	17	1.92
27603474--27603653	40	4.6	40	83	6	217	25	21	26	26	1.99
27603474--27603651	78	2.2	80	83	6	220	25	21	26	26	1.99
27604979--27605103	65	1.9	64	93	1	214	14	28	28	28	1.95
27605347--27605416	31	2.3	31	92	0	113	30	24	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27605440--27605524	42	2.0	42	93	0	143	32	17	17	31	1.94
27606635--27606728	27	3.4	26	79	13	100	30	8	18	42	1.80
27606719--27606817	27	3.7	27	89	4	155	28	7	24	40	1.81
27606693--27606817	54	2.3	53	84	5	153	28	7	22	41	1.80
27606718--27606859	54	2.7	53	80	8	153	28	11	23	37	1.89
27606715--27606857	27	5.3	26	75	15	96	28	11	23	37	1.89
27606840--27606898	27	2.2	26	80	11	66	40	5	20	33	1.74
27606849--27606951	27	3.8	27	89	3	145	41	4	23	30	1.75
27606849--27606965	54	2.2	54	82	3	146	41	6	23	28	1.80
27606849--27606965	27	4.3	27	87	3	128	41	6	23	28	1.80
27609217--27609424	31	6.7	31	94	2	366	28	26	15	29	1.96
27609448--27609539	42	2.2	42	90	0	148	34	19	16	29	1.94
27609687--27609756	25	2.8	25	89	4	97	24	24	25	25	2.00
27610564--27610628	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
27610681--27610776	27	3.6	27	83	12	117	34	8	15	41	1.77
27610685--27610776	28	3.4	27	82	12	118	32	7	16	43	1.76
27610742--27610891	27	5.7	26	85	4	167	30	8	20	42	1.80
27610768--27610960	53	3.6	53	74	6	183	31	8	21	38	1.84
27610768--27610933	54	3.1	52	81	5	197	29	10	21	39	1.86
27610769--27610924	80	1.9	81	85	6	219	29	10	19	40	1.85
27610769--27610924	27	5.8	27	80	8	149	29	10	19	40	1.85
27610923--27611120	27	7.3	27	87	0	243	39	8	23	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27610779--27610960	80	2.3	81	79	6	192	31	9	20	38	1.84
27610923--27611120	81	2.4	80	88	3	279	39	8	23	28	1.83
27614495--27614662	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
27617746--27617771	10	2.6	10	100	0	52	42	26	0	30	1.56
27624735--27624779	23	1.9	24	90	4	74	33	20	0	46	1.51
27625159--27625315	43	3.7	42	75	7	136	35	21	16	26	1.95
27625471--27625496	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27633629--27633696	24	2.8	24	93	0	109	33	25	19	22	1.97
27641556--27641623	24	2.8	24	93	0	109	33	25	19	22	1.97
27652780--27652940	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
27660278--27660438	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
27675705--27675862	86	1.8	85	81	4	192	34	25	12	27	1.92
27681596--27681739	39	3.6	39	90	0	198	22	21	31	24	1.98
27681596--27681767	79	2.2	78	81	5	186	23	20	30	25	1.99
27685256--27685320	34	1.9	33	87	3	94	21	27	24	26	1.99
27686001--27686043	16	2.6	16	81	3	50	13	27	11	46	1.78
27688261--27688323	18	3.4	18	68	23	58	46	11	15	26	1.80
27688257--27688339	38	2.2	38	97	0	157	49	10	13	26	1.74
27689246--27689300	29	1.9	29	85	3	76	27	25	1	45	1.64
27697976--27698019	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
27698717--27698832	51	2.3	51	80	0	133	39	6	12	41	1.68
27701521--27701636	51	2.3	51	80	0	133	39	6	12	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27703308--27703376	28	2.5	28	90	2	113	44	26	10	18	1.81
27705037--27705143	42	2.5	43	80	10	114	30	23	18	27	1.98
27711452--27711619	43	3.9	42	82	8	196	35	27	16	21	1.94
27711452--27711619	86	2.0	85	84	5	223	35	27	16	21	1.94
27720589--27720730	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
27720628--27720756	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
27728615--27728756	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
27728654--27728782	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
27748382--27748484	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
27751291--27751483	29	6.7	29	92	0	314	33	14	22	29	1.94
27762299--27762457	29	5.5	29	93	0	264	32	15	22	29	1.95
27771007--27771046	21	1.9	21	85	10	55	32	2	15	50	1.57
27779232--27779386	42	3.7	42	77	6	152	29	21	16	32	1.95
27782730--27782805	29	2.6	29	78	0	80	25	35	18	21	1.95
27782789--27782944	29	5.5	29	90	6	266	26	28	14	30	1.95
27782791--27782944	56	2.8	55	94	5	265	26	28	14	30	1.95
27790617--27790777	29	5.6	29	85	1	85	26	32	16	25	1.96
27790616--27790777	58	2.8	59	85	3	195	25	32	16	25	1.96
27793392--27793416	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
27794455--27794630	49	3.6	49	78	14	186	23	28	19	27	1.98
27800822--27800861	21	2.0	21	90	5	64	22	22	40	15	1.91
27803648--27803737	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27803648--27803762	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
27804811--27804844	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
27811016--27811048	16	2.1	15	94	5	57	51	27	18	3	1.60
27811437--27811514	27	2.8	28	82	5	95	23	24	19	33	1.97
27811435--27811525	27	3.2	28	79	4	85	23	25	18	32	1.97
27811425--27811539	55	2.1	56	80	8	128	20	23	20	35	1.96
27812699--27812824	49	2.6	49	83	3	155	21	26	23	29	1.99
27812844--27813012	48	3.6	46	79	4	169	25	29	18	26	1.98
27815744--27815768	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
27827672--27827713	21	2.0	21	100	0	84	38	0	28	33	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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