genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79023051--79023103	25	2.2	24	86	10	72	16	18	22	41	1.90
79025896--79026081	40	4.6	39	84	6	196	24	20	27	26	1.99
79025896--79026081	80	2.3	81	81	9	220	24	20	27	26	1.99
79025950--79026104	80	1.9	79	82	8	190	27	19	26	27	1.99
79031491--79031516	9	2.9	9	100	0	52	46	11	19	23	1.82
79032943--79033032	24	3.7	24	73	5	74	23	20	18	37	1.94
79036475--79036661	50	3.7	50	82	8	186	26	18	27	28	1.98
79040300--79040464	42	3.9	42	80	4	181	29	14	24	30	1.95
79051179--79051219	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
79060705--79060853	40	3.7	40	87	0	199	23	26	23	26	2.00
79069216--79069379	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
79069216--79069393	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
79072099--79072245	39	3.7	40	81	3	172	23	27	22	25	2.00
79072079--79072245	40	4.2	40	77	6	162	25	27	21	25	1.99
79080943--79081209	46	5.7	47	72	15	232	29	28	19	21	1.98
79080998--79081162	47	3.5	46	75	8	190	28	28	20	23	1.98
79080950--79081215	93	2.9	93	93	1	444	28	28	20	21	1.98
79084536--79084573	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79084802--79084972	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
79084797--79084969	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
79096561--79096689	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
79099520--79099691	46	3.7	47	80	7	190	30	20	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79107201--79107409	46	4.5	46	75	7	183	30	17	28	23	1.97
79108503--79108567	28	2.3	28	94	0	112	16	23	43	16	1.88
79108524--79108583	28	2.1	27	82	11	68	20	20	43	16	1.88
79108716--79108754	21	1.9	20	89	5	60	15	41	28	15	1.87
79119010--79119196	37	5.1	37	96	0	320	26	32	18	22	1.97
79119371--79119522	50	3.0	50	98	0	295	31	23	5	38	1.79
79119492--79119591	47	2.1	47	86	0	137	28	29	10	33	1.89
79123099--79123181	29	2.9	29	92	0	130	25	30	18	26	1.98
79127588--79127702	29	4.0	28	79	8	124	27	27	14	29	1.95
79127578--79127689	58	1.9	58	87	1	163	26	28	15	29	1.96
79128350--79128420	27	2.6	28	93	2	117	30	14	25	29	1.94
79128374--79128431	27	2.1	27	87	0	80	32	15	20	31	1.94
79131808--79131937	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
79139316--79139385	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
79139316--79139397	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
79150814--79151002	29	6.5	29	85	3	238	26	16	30	25	1.97
79158927--79159086	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
79161001--79161075	26	3.0	26	73	11	75	44	14	17	24	1.86
79173312--79173372	28	2.2	28	90	0	95	21	40	16	21	1.91
79174800--79174857	30	1.9	30	89	0	89	27	22	15	34	1.94
79178238--79178307	27	2.6	27	83	2	95	34	24	12	28	1.92
79185413--79185482	27	2.6	27	90	2	113	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79189275--79189520	47	5.2	47	94	0	429	26	28	11	33	1.92
79189394--79189518	23	5.2	25	59	24	63	28	28	12	30	1.92
79195561--79195818	46	5.5	45	76	8	196	22	29	20	27	1.98
79195561--79195821	94	2.8	91	81	8	260	22	29	20	27	1.99
79197193--79197386	27	7.3	27	82	5	198	31	10	19	38	1.86
79197196--79197386	80	2.4	79	80	4	231	31	10	18	39	1.85
79197196--79197386	53	3.6	53	80	3	213	31	10	18	39	1.85
79200774--79200818	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
79201548--79201578	12	2.6	12	100	0	62	12	29	32	25	1.93
79204570--79204633	32	2.0	32	96	0	119	40	26	15	17	1.89
79205592--79205628	2	18.5	2	94	0	65	51	0	0	48	1.00
79208920--79208983	20	3.0	20	72	9	56	37	17	3	42	1.65
79215340--79215481	40	3.6	40	85	2	189	23	27	23	26	2.00
79223342--79223517	40	4.5	40	92	4	270	24	28	23	23	2.00
79223342--79223517	79	2.2	80	90	5	270	24	28	23	23	2.00
79229492--79229581	37	2.4	36	88	3	135	24	32	17	25	1.97
79229675--79229939	49	5.5	49	94	2	473	29	31	9	29	1.88
79229764--79229839	22	3.3	22	64	10	62	27	32	10	28	1.90
79229675--79229939	145	1.8	144	97	0	503	29	31	9	29	1.88
79229675--79229939	96	2.7	97	94	2	462	29	31	9	29	1.88
79238075--79238225	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
79238112--79238241	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79239637--79239695	18	3.3	18	74	9	66	25	20	15	38	1.91
79239685--79239815	34	3.9	34	90	2	183	30	21	22	25	1.99
79240627--79241091	155	2.9	153	80	9	540	43	3	10	41	1.57
79241033--79241101	23	3.0	23	72	16	63	37	2	11	47	1.55
79241033--79241101	21	3.0	23	72	20	63	37	2	11	47	1.55
79243093--79243147	27	2.0	27	100	0	110	43	14	20	21	1.87
79245256--79245293	17	2.2	17	90	4	58	13	10	7	68	1.39
79252892--79253077	98	1.9	98	88	2	284	36	10	20	33	1.86
79258714--79258778	32	2.0	32	100	0	130	24	7	21	46	1.77
79259223--79259261	21	2.0	20	90	10	62	5	15	0	79	0.90
79261497--79261554	27	2.1	27	80	0	62	22	27	15	34	1.94
79261928--79261974	21	2.2	21	96	0	85	10	38	29	21	1.87
79264875--79265152	46	6.0	46	76	10	219	24	28	18	28	1.98
79264903--79265152	92	2.7	92	81	6	276	25	28	18	28	1.98
79270531--79270657	48	2.6	48	89	1	191	25	29	14	30	1.95
79275249--79275514	144	1.8	144	86	1	381	26	18	28	27	1.98
79275246--79275514	48	5.6	48	83	3	299	26	17	28	27	1.98
79279023--79279174	39	3.9	39	91	0	232	24	21	30	23	1.99
79285584--79285801	48	4.6	47	82	3	258	24	16	29	28	1.97
79285584--79285801	96	2.3	96	87	0	310	24	16	29	28	1.97
79285756--79285883	67	1.9	67	93	0	220	24	19	32	24	1.98
79290341--79290380	17	2.4	17	95	0	71	35	15	10	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79290228--79290472	127	1.9	127	99	0	481	36	19	5	38	1.75
79290669--79290785	24	4.8	23	79	7	92	35	21	19	23	1.96
79292251--79292279	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
79297149--79297277	24	5.2	24	74	11	102	33	18	20	27	1.96
79302478--79302511	18	1.9	18	88	5	52	50	0	8	41	1.34
79308878--79309012	27	5.0	28	78	7	152	36	17	20	26	1.94
79308872--79309013	54	2.6	54	85	0	185	37	16	19	26	1.93
79309739--79309770	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
79309765--79309824	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
79310189--79310292	49	2.1	49	98	0	199	23	0	12	63	1.34
79310208--79310310	49	2.1	49	80	3	109	23	3	14	58	1.53
79319425--79319527	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
79327074--79327176	29	3.6	27	81	5	98	28	33	17	21	1.96
79329903--79329961	30	2.0	30	100	0	118	30	13	22	33	1.92
79333478--79333566	43	2.1	43	83	8	110	22	17	29	30	1.97
79335288--79335312	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
79337310--79337370	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
79343785--79343895	53	2.1	53	98	1	215	38	12	12	36	1.81
79344252--79344360	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
79344574--79345112	47	11.1	47	85	6	682	26	29	12	31	1.93
79344574--79345112	100	5.6	98	91	3	810	26	29	12	31	1.93
79344574--79345112	147	3.7	142	85	7	722	26	29	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79347867--79347916	25	2.0	25	100	0	100	28	8	20	44	1.79
79348106--79348285	42	4.3	42	85	0	254	25	20	18	35	1.95
79348298--79348435	42	3.3	41	77	11	145	23	17	19	39	1.92
79348186--79348395	112	1.9	112	85	2	296	25	19	18	37	1.93
79348144--79348435	154	1.9	154	85	1	406	23	19	19	37	1.94
79361333--79361593	46	5.7	44	72	11	163	27	18	28	24	1.98
79361516--79361615	46	2.2	46	87	0	155	27	17	28	28	1.97
79361516--79361630	46	2.5	46	81	5	151	27	18	27	26	1.98
79362855--79362891	18	2.1	18	89	0	56	51	8	18	21	1.72
79370694--79370870	40	4.4	40	84	4	225	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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