genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  107  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31291224--31291326	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
31299269--31299371	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
31314655--31314798	41	3.5	41	89	2	193	26	25	25	22	2.00
31316355--31316457	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
31324373--31324445	29	2.5	28	84	4	83	30	32	15	21	1.94
31327323--31327404	41	2.0	41	82	0	101	14	23	35	26	1.93
31342215--31342374	29	5.5	29	81	4	171	27	17	30	25	1.97
31346633--31346733	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
31354583--31354683	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
31361892--31362055	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
31364348--31364406	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
31365039--31365199	27	6.0	27	83	0	214	32	8	19	39	1.81
31365042--31365192	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
31365185--31365435	27	9.3	27	85	0	322	39	7	22	30	1.82
31365050--31365219	81	2.1	81	77	2	180	34	7	20	38	1.81
31365185--31365435	54	4.6	54	90	0	376	39	7	22	30	1.82
31367336--31367462	56	2.3	56	94	0	218	28	32	18	21	1.96
31367336--31367433	28	3.5	28	68	5	90	27	33	17	21	1.96
31367445--31367498	25	2.2	25	86	6	74	25	33	11	29	1.91
31367618--31367760	43	3.3	43	84	0	178	36	31	18	13	1.90
31367749--31367909	40	4.0	40	93	0	268	27	31	21	19	1.98
31371396--31371443	22	2.2	22	100	0	96	37	41	8	12	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31373689--31373792	29	3.6	28	85	7	138	27	25	15	30	1.96
31374423--31374454	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
31376961--31377064	29	3.6	28	85	7	138	27	25	15	30	1.96
31377695--31377730	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
31379516--31379667	39	3.9	39	93	1	252	24	32	21	22	1.98
31379485--31379666	78	2.3	78	89	2	267	23	31	22	22	1.99
31387510--31387671	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
31387518--31387673	77	2.0	78	93	1	269	22	32	20	25	1.98
31393616--31393656	22	1.9	22	85	5	57	14	26	43	14	1.84
31401225--31401441	46	4.6	46	81	6	222	26	21	30	22	1.98
31401222--31401491	47	5.8	44	75	14	188	27	20	30	22	1.98
31401226--31401482	140	1.8	140	84	3	356	27	19	29	22	1.98
31402611--31402651	22	1.9	22	85	5	57	12	41	29	17	1.85
31406077--31406240	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
31410059--31410266	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
31410059--31410264	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
31419916--31419974	27	2.3	26	82	5	66	23	20	18	37	1.94
31429967--31430096	25	5.5	23	77	11	77	34	15	19	30	1.93
31430036--31430096	25	2.4	25	97	0	113	27	13	24	34	1.93
31432629--31432766	41	3.2	43	79	12	142	29	26	18	25	1.98
31433325--31433362	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
31434983--31435051	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31439156--31439193	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
31440803--31440871	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
31444140--31444308	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
31452236--31452404	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
31454774--31454842	28	2.5	28	92	2	113	43	26	11	18	1.84
31458957--31458994	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
31460608--31460676	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
31463176--31463244	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
31471101--31471216	39	3.0	39	87	0	160	28	26	20	24	1.99
31476828--31477020	39	4.9	39	93	0	296	22	20	32	24	1.98
31486491--31486524	17	1.9	18	88	5	52	47	0	2	50	1.16
31486596--31486675	39	2.1	39	100	0	160	37	10	2	50	1.50
31497365--31497392	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
31497943--31498017	28	2.6	28	89	6	107	26	12	28	33	1.92
31501619--31501747	40	3.3	40	84	9	142	21	27	26	24	1.99
31509107--31509176	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
31515590--31515772	39	4.6	39	90	0	267	22	31	22	23	1.99
31523662--31523816	38	4.0	39	88	4	224	25	30	20	23	1.98
31528260--31528330	3	23.7	3	94	0	124	66	1	1	30	1.09
31530275--31530354	27	2.9	27	88	1	115	35	17	26	21	1.95
31533158--31533231	29	2.6	29	86	4	96	27	32	14	25	1.95
31535499--31535548	3	16.7	3	95	0	91	66	0	2	32	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31536709--31536871	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	18	1.94
31543744--31543941	71	2.8	70	87	5	249	32	18	28	20	1.96
31543778--31543941	71	2.3	71	96	0	301	34	18	28	18	1.95
31547633--31547777	42	3.4	41	79	4	155	30	15	22	31	1.95
31550892--31550918	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
31554366--31554412	19	2.6	18	76	6	51	40	12	6	40	1.69
31556289--31556627	27	12.6	27	83	3	405	28	22	9	40	1.84
31556418--31556665	81	3.1	81	84	1	221	29	23	8	38	1.84
31557863--31557910	25	2.0	24	83	4	60	31	25	18	25	1.98
31557949--31558005	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
31557947--31558017	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
31557958--31558012	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
31558062--31558228	24	7.0	24	88	4	232	28	23	21	26	1.99
31558062--31558229	47	3.5	48	88	4	234	29	23	21	26	1.99
31558062--31558228	71	2.3	71	91	3	264	28	23	21	26	1.99
31561228--31561300	24	3.1	23	79	16	87	67	0	5	27	1.13
31561227--31561287	30	2.0	32	83	6	81	63	0	4	31	1.15
31564874--31565271	27	14.7	27	91	0	571	29	22	8	40	1.83
31564899--31565416	27	19.2	27	86	2	162	31	22	8	36	1.85
31565264--31565457	81	2.4	81	84	3	230	40	19	9	29	1.84
31565264--31565470	27	7.7	27	80	0	200	40	20	9	29	1.84
31565460--31565649	27	7.0	26	86	7	254	33	18	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31565460--31565649	54	3.5	54	91	1	292	33	18	22	25	1.97
31565851--31565920	25	2.8	25	97	0	131	25	27	24	22	2.00
31576056--31576119	25	2.6	25	100	0	128	23	25	28	23	2.00
31576166--31576203	20	1.9	20	88	0	58	34	18	7	39	1.80
31583946--31584036	25	3.8	25	92	7	145	28	24	21	25	1.99
31584082--31584119	20	1.9	20	88	0	58	31	18	7	42	1.79
31589911--31590096	43	4.3	43	98	0	356	26	6	17	48	1.72
31594457--31594489	13	2.5	13	95	0	57	72	0	3	24	0.98
31594469--31594509	22	2.0	20	85	9	55	70	0	0	29	0.87
31595558--31595648	46	2.0	46	84	0	119	27	30	6	35	1.82
31595665--31595740	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
31595628--31596000	47	7.9	47	85	1	370	26	29	10	32	1.91
31595662--31595969	141	2.2	141	85	0	409	26	27	11	34	1.91
31595832--31595952	23	5.2	23	60	21	54	31	29	10	28	1.91
31595662--31596000	94	3.6	94	85	1	410	26	28	11	33	1.91
31600056--31600189	51	2.6	52	86	6	193	26	15	30	26	1.96
31602452--31602572	42	2.9	42	93	0	215	31	15	32	20	1.94
31602599--31602667	27	2.5	28	85	2	95	26	14	26	33	1.94
31612754--31612817	24	2.7	25	79	13	64	46	12	6	34	1.67
31616577--31616679	29	3.6	28	78	10	109	27	31	18	23	1.97
31624658--31624760	29	3.6	28	78	10	109	27	31	18	23	1.97
31630295--31630331	19	1.9	19	88	0	56	37	8	13	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31633749--31633829	22	3.6	22	80	12	94	23	22	18	35	1.95
31633707--31633810	45	2.3	45	83	5	120	23	22	20	34	1.97
31633740--31633810	22	3.2	23	80	11	85	25	23	19	30	1.98
31639584--31639704	22	5.4	22	73	8	102	25	21	19	33	1.97
31639566--31639704	67	2.1	68	84	4	183	24	21	19	34	1.96
31639566--31639729	23	7.1	23	75	11	140	25	21	19	32	1.97
31639566--31639704	45	3.1	45	76	12	135	24	21	19	34	1.96
31646301--31646578	48	5.8	48	87	1	378	28	28	16	27	1.97
31650617--31650656	19	2.1	19	90	0	62	35	12	12	40	1.81
31656764--31656831	23	3.3	23	64	33	62	29	2	22	45	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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