genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  194  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59013871--59013940	25	2.8	25	84	0	95	18	18	14	48	1.81
59026231--59026497	46	5.6	47	74	14	192	22	30	19	28	1.98
59026231--59026497	48	5.6	45	74	14	175	22	30	19	28	1.98
59028654--59028678	6	4.2	6	100	0	50	68	0	32	0	0.90
59035332--59035726	50	7.8	50	79	3	364	30	24	18	26	1.98
59035332--59035675	101	3.4	101	81	3	370	29	24	19	26	1.98
59035332--59035680	151	2.3	150	81	4	405	29	24	18	26	1.98
59038632--59038690	30	2.0	30	83	6	75	54	11	18	15	1.71
59038632--59038690	15	3.9	16	82	8	61	54	11	18	15	1.71
59042086--59042117	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
59042787--59042816	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
59044482--59044563	26	3.2	26	62	25	66	31	28	14	25	1.95
59044477--59044920	50	8.8	50	81	3	446	30	25	17	26	1.97
59044480--59044916	151	2.9	151	86	3	612	31	25	17	26	1.97
59047948--59048048	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
59055789--59055889	28	3.5	29	83	6	116	29	26	13	29	1.94
59057035--59057068	14	2.4	14	100	0	68	8	8	5	76	1.15
59059845--59059960	44	2.7	43	76	12	121	25	18	25	31	1.97
59062280--59062451	46	3.7	44	77	17	154	22	27	20	29	1.99
59062231--59062485	93	2.7	89	73	20	218	23	27	21	28	1.99
59073198--59073478	40	7.1	40	87	3	374	27	27	20	24	1.99
59080832--59081113	39	7.2	40	91	4	432	26	27	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59089184--59089283	46	2.2	46	85	3	130	21	32	17	30	1.95
59089207--59089388	46	3.9	46	76	14	176	22	30	18	28	1.97
59115906--59116003	28	3.5	29	93	6	159	27	12	27	32	1.92
59119610--59119636	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
59123586--59123655	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
59123586--59123667	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
59133951--59134068	6	19.3	6	72	15	91	48	15	17	18	1.82
59133936--59133976	18	2.3	18	84	16	50	48	17	17	17	1.81
59133951--59134091	31	4.5	31	90	1	203	50	14	17	18	1.78
59133993--59134050	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
59134228--59134301	27	2.8	26	85	2	94	36	20	24	18	1.95
59134459--59134523	22	3.0	22	71	13	62	33	23	23	20	1.97
59134949--59135252	27	11.3	27	82	3	319	26	17	20	35	1.95
59135257--59135456	27	7.4	27	84	2	240	40	7	23	29	1.82
59135257--59135453	81	2.4	81	88	2	272	40	7	22	29	1.82
59136272--59136310	15	2.6	15	100	0	78	35	33	15	15	1.89
59137441--59137556	6	19.0	6	73	16	87	48	16	16	18	1.82
59137439--59137577	31	4.5	31	90	2	199	51	15	15	17	1.77
59137716--59137790	27	2.8	27	87	2	98	36	20	24	20	1.95
59137948--59138012	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
59138438--59138738	27	11.3	27	82	3	288	26	18	19	35	1.95
59138743--59138918	54	3.3	53	86	1	235	38	6	24	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59138786--59138940	81	1.9	81	89	0	238	37	7	23	30	1.83
59138747--59138928	27	6.7	27	85	2	213	37	6	24	31	1.81
59145314--59145414	49	2.1	49	94	0	175	35	22	11	29	1.90
59150587--59150649	23	2.7	22	83	13	74	31	6	0	61	1.21
59150605--59150698	24	3.8	23	68	16	64	34	9	0	56	1.32
59150664--59150738	37	1.9	37	82	12	89	33	8	1	57	1.36
59150773--59150821	15	3.0	17	74	14	50	28	10	2	59	1.41
59150942--59150985	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
59154654--59154678	12	2.1	12	100	0	50	24	0	36	40	1.55
59155000--59155059	24	2.5	24	97	0	111	48	15	20	16	1.81
59155000--59155068	12	5.8	12	70	13	52	46	14	21	17	1.84
59162992--59163208	40	5.5	40	88	3	280	24	27	24	23	2.00
59171052--59171268	40	5.5	40	91	3	307	24	28	24	22	1.99
59173349--59173444	23	4.4	22	79	8	74	85	6	3	5	0.82
59173347--59173442	26	3.5	26	80	16	97	85	6	3	5	0.82
59173347--59173444	21	4.5	21	78	6	97	85	6	3	5	0.81
59173347--59173443	18	5.4	17	77	10	79	85	6	3	5	0.82
59173373--59173444	1	72.0	1	77	0	72	88	5	1	4	0.66
59173766--59173874	54	2.0	54	100	0	218	29	12	7	50	1.67
59175081--59175224	24	6.0	24	86	8	195	27	22	21	29	1.99
59175278--59175340	20	3.2	20	90	0	108	30	20	12	36	1.90
59175377--59175424	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59177368--59177919	206	2.7	206	87	2	813	31	18	21	28	1.96
59179703--59179765	23	2.7	22	83	13	74	31	6	0	61	1.21
59179721--59179814	24	3.8	23	68	16	64	34	9	0	56	1.32
59179780--59179854	37	1.9	37	82	12	89	33	8	1	57	1.36
59184924--59185082	43	3.7	43	76	5	160	32	24	15	27	1.96
59194545--59194720	61	2.9	61	100	0	352	50	5	16	27	1.67
59197696--59197901	40	5.2	40	93	0	324	27	26	22	23	2.00
59200499--59200647	40	3.7	40	75	13	128	26	24	26	22	2.00
59202585--59202610	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
59209104--59209306	40	5.2	40	94	3	333	27	27	22	23	1.99
59210684--59210709	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
59211071--59211273	27	7.5	27	80	2	183	35	14	18	31	1.91
59211071--59211246	82	2.2	81	84	1	217	35	14	18	30	1.91
59211100--59211267	55	3.1	55	81	7	191	36	13	19	30	1.90
59213496--59213552	29	2.0	29	92	0	96	24	24	15	35	1.95
59213824--59213930	53	2.0	53	85	3	144	28	25	11	35	1.90
59227470--59227633	40	4.1	40	80	3	186	24	21	28	26	1.99
59235647--59235846	40	5.0	39	83	7	215	24	20	28	26	1.99
59235647--59235823	79	2.2	80	84	3	223	25	21	28	24	1.99
59242829--59242868	21	2.0	20	85	5	53	25	0	27	47	1.52
59250150--59250190	18	2.3	18	91	0	64	63	17	4	14	1.47
59255064--59255282	47	4.7	46	77	10	180	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59258347--59258531	40	4.6	40	82	7	223	25	23	27	24	2.00
59258347--59258531	80	2.3	81	86	4	250	25	23	27	24	2.00
59266345--59266526	40	4.6	40	81	6	217	26	23	25	24	2.00
59268113--59268137	9	2.8	9	100	0	50	24	32	12	32	1.91
59269257--59269428	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
59269281--59269464	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
59272880--59272940	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
59282249--59282731	47	10.3	47	93	0	772	32	9	29	27	1.89
59282849--59282931	37	2.2	37	89	0	121	25	22	31	20	1.98
59290950--59291079	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
59290966--59291117	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
59290966--59291115	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
59298969--59299077	38	2.8	37	84	10	130	22	29	24	23	1.99
59298969--59299117	40	3.8	40	78	6	153	22	26	23	26	2.00
59301298--59301391	27	3.6	27	88	5	131	27	26	14	30	1.95
59301297--59301420	28	4.5	28	83	6	96	28	27	14	29	1.95
59301297--59301420	58	2.3	52	82	9	142	28	27	14	29	1.95
59309690--59309791	29	3.5	29	95	0	186	29	14	29	26	1.95
59309690--59309851	29	5.6	29	84	2	107	26	16	32	25	1.96
59309686--59309812	58	2.2	59	85	4	179	29	14	30	25	1.95
59312746--59312913	93	1.8	90	86	6	239	30	27	20	21	1.98
59320794--59320894	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59324784--59324927	49	3.0	49	96	1	272	34	8	27	30	1.86
59324784--59325167	96	3.9	99	85	6	307	34	7	26	32	1.83
59324914--59325209	48	6.2	48	92	0	511	35	6	26	32	1.81
59325249--59325376	37	3.4	37	94	3	204	23	18	32	25	1.97
59326662--59326738	38	2.0	38	92	0	127	29	15	25	28	1.96
59328019--59328047	12	2.3	13	94	5	51	48	6	13	31	1.69
59329964--59330005	15	2.8	15	85	0	57	19	16	11	52	1.74
59332710--59332929	48	4.9	48	76	13	182	31	15	23	30	1.95
59332812--59332888	38	2.0	38	89	0	118	28	16	25	28	1.97
59337072--59337303	95	2.5	92	74	14	222	34	18	24	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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