genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.324.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  324  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100839488--100839544	25	2.2	26	90	3	89	42	5	5	47	1.48
100839513--100839604	39	2.4	37	79	15	98	33	4	11	50	1.59
100844320--100844358	17	2.3	17	86	8	53	30	10	12	46	1.75
100846941--100847268	138	2.4	138	93	1	559	27	8	7	57	1.54
100847260--100847368	36	2.9	36	71	16	96	17	8	2	71	1.22
100847288--100847342	17	3.1	18	81	7	76	12	7	5	74	1.20
100847304--100847356	17	3.3	16	82	10	72	13	9	1	75	1.12
100847305--100847356	15	3.3	15	84	7	68	13	9	1	75	1.14
100847664--100847697	11	3.1	11	91	0	50	61	11	0	26	1.30
100847777--100847812	14	2.6	13	87	12	54	0	25	0	75	0.81
100847836--100847874	14	2.7	15	80	11	55	0	38	0	61	0.96
100848019--100848058	16	2.4	16	87	4	53	15	17	10	57	1.64
100848054--100848100	23	2.0	23	95	0	85	6	17	2	74	1.12
100848073--100848110	19	2.0	19	89	0	58	5	15	5	73	1.19
100848277--100848321	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
100849877--100849902	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
100851234--100851296	32	2.0	32	96	0	117	34	1	19	44	1.60
100852842--100852902	15	3.7	15	70	19	50	49	11	9	29	1.71
100852828--100852897	35	2.0	35	100	0	140	45	11	8	34	1.71
100852828--100852883	20	3.0	20	68	21	59	42	10	8	37	1.71
100854523--100854572	22	2.3	21	86	10	66	18	30	34	18	1.94
100857237--100857322	45	1.9	44	90	2	136	24	13	25	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100860616--100860657	20	2.2	19	87	12	59	30	4	0	64	1.14
100860616--100860657	19	2.2	18	87	12	57	30	4	0	64	1.14
100860763--100860816	28	1.9	28	88	0	81	31	1	0	66	1.02
100860735--100860888	28	5.4	28	70	18	79	33	5	1	59	1.29
100860762--100860876	22	5.4	22	69	18	66	32	3	0	63	1.17
100860929--100860973	22	2.0	22	83	8	56	26	6	4	62	1.39
100864245--100864394	80	1.9	80	88	5	232	23	21	28	26	1.99
100864243--100864395	40	3.8	40	85	6	204	22	22	28	26	1.99
100873036--100873208	47	3.7	47	91	0	265	33	6	30	29	1.82
100873071--100873142	22	3.1	22	67	18	56	30	6	33	29	1.84
100873036--100873158	25	5.2	25	63	18	73	30	5	31	31	1.81
100874406--100874581	27	6.5	27	85	0	226	38	20	9	31	1.85
100874406--100874691	54	5.3	53	79	3	250	38	21	9	31	1.85
100874406--100874689	27	10.5	27	77	6	202	38	21	9	30	1.85
100874674--100874842	27	6.3	27	82	3	198	34	20	20	24	1.96
100874672--100874842	81	2.1	81	82	4	220	35	19	20	23	1.96
100876738--100876913	27	6.5	27	83	0	217	38	20	10	30	1.86
100876772--100876974	81	2.5	81	80	3	203	38	21	9	30	1.86
100876738--100876967	27	8.5	27	79	5	182	39	20	10	30	1.85
100876738--100877022	27	10.6	27	76	8	136	38	21	9	30	1.85
100877006--100877254	27	9.3	27	90	0	347	31	21	22	24	1.98
100890350--100890400	24	2.3	22	83	10	59	21	3	1	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100894300--100894385	3	28.7	3	100	0	172	32	0	0	67	0.91
100905211--100905243	12	2.6	13	90	9	59	72	9	0	18	1.10
100912304--100912341	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
100914494--100914541	24	2.0	24	91	0	78	12	25	18	43	1.85
100923837--100923919	31	2.6	31	80	3	85	60	20	4	14	1.52
100924151--100924221	21	3.4	21	88	0	97	7	47	15	29	1.71
100928678--100928775	40	2.5	40	79	3	99	27	29	20	22	1.98
100928722--100928827	40	2.7	40	81	8	126	24	28	23	23	2.00
100933130--100933736	47	12.7	49	93	3	972	29	30	8	32	1.86
100933130--100933736	96	6.3	96	93	3	992	29	30	8	32	1.86
100936976--100937386	9	46.4	9	79	4	397	37	1	13	47	1.54
100936976--100937387	44	9.1	44	83	6	459	37	1	13	47	1.54
100937052--100937386	97	3.5	97	85	8	447	37	2	12	47	1.53
100937499--100937580	15	5.6	15	73	24	77	54	1	1	42	1.15
100937510--100937580	29	2.4	29	92	0	115	53	1	1	43	1.18
100937757--100937827	24	3.0	24	91	0	115	46	8	16	28	1.76
100937875--100938008	64	2.1	64	97	0	250	46	3	12	37	1.60
100940832--100940879	24	2.0	24	84	11	64	50	10	10	29	1.70
100941870--100941948	6	12.8	6	73	15	63	48	15	20	16	1.82
100941882--100941948	25	2.7	25	90	0	107	46	16	20	16	1.84
100942066--100942173	27	4.0	26	82	5	99	35	20	22	22	1.96
100942331--100942389	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100942409--100942453	20	2.2	20	88	0	72	42	33	15	8	1.78
100942737--100942868	27	4.9	27	87	1	122	25	21	19	33	1.97
100942736--100942878	54	2.6	54	85	2	162	26	20	18	34	1.95
100942766--100942878	27	4.2	27	91	0	172	28	19	15	36	1.93
100942863--100943100	27	8.9	27	76	9	128	31	8	21	38	1.83
100942981--100943068	27	3.3	27	90	1	133	31	9	18	40	1.81
100942943--100943094	54	2.8	53	79	5	164	29	8	21	40	1.82
100944161--100944627	187	2.5	187	92	0	774	30	15	18	34	1.92
100944409--100944577	75	2.3	75	81	10	188	34	13	17	34	1.89
100945086--100945119	12	2.8	12	95	0	59	41	11	0	47	1.40
100945168--100945230	22	2.9	22	79	6	58	22	1	22	53	1.54
100945343--100945382	21	1.9	21	89	0	62	30	2	22	45	1.66
100945353--100945395	21	2.0	21	86	0	59	37	0	20	41	1.53
100949656--100949762	42	2.6	41	83	7	110	21	19	31	27	1.97
100952263--100952305	23	1.9	22	85	4	59	16	6	27	48	1.71
100955562--100955637	38	2.0	38	100	0	152	36	18	23	21	1.95
100962721--100962892	93	1.8	93	91	0	281	29	29	20	20	1.98
100962722--100962889	46	3.6	46	75	10	171	29	28	20	20	1.98
100972026--100972256	126	1.8	126	87	7	344	39	3	8	48	1.50
100972026--100972261	124	1.9	123	84	10	322	39	3	8	48	1.51
100972036--100972287	126	2.0	123	82	10	298	40	4	7	47	1.52
100972276--100972309	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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100988321--100988463	70	2.0	70	97	0	268	30	20	20	27	1.98
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101018224--101018416	23	8.2	24	90	2	295	26	21	23	28	1.99
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101018570--101018617	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101019779--101019843	27	2.4	27	87	5	87	21	27	20	30	1.98
101019912--101020202	27	10.8	27	83	10	233	41	8	23	27	1.82
101019914--101020188	54	5.1	53	83	4	338	41	7	22	27	1.81
101019914--101020188	81	3.4	81	91	2	421	41	7	22	27	1.81
101023059--101023176	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
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101030635--101030752	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
101030603--101030766	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
101033346--101033412	31	2.2	31	83	0	80	25	25	13	35	1.92
101033436--101033527	42	2.2	42	86	3	123	40	21	10	27	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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