genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  126  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37681988--37682140	79	1.9	79	90	2	245	24	20	30	24	1.98
37682005--37682156	79	1.9	79	89	1	232	25	19	30	24	1.98
37687583--37687621	20	1.9	21	89	5	62	38	10	15	35	1.81
37687780--37687848	19	3.6	19	78	9	68	36	7	15	40	1.76
37687832--37687885	26	2.1	26	82	0	63	40	1	16	40	1.59
37688274--37688307	14	2.5	13	86	9	50	61	0	2	35	1.11
37688324--37688381	17	3.3	17	73	4	53	56	1	3	37	1.26
37690613--37690637	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
37699244--37699310	35	1.9	35	90	0	107	34	23	19	22	1.97
37699620--37699671	20	2.6	20	84	0	68	17	30	34	17	1.93
37713222--37713437	39	5.5	40	85	9	248	29	26	19	24	1.98
37713222--37713379	39	4.1	39	91	6	250	29	27	18	23	1.98
37713347--37713453	40	2.7	40	88	2	153	28	23	19	28	1.98
37721394--37721557	78	2.1	77	88	5	251	31	27	18	23	1.97
37721401--37721551	38	3.9	39	91	6	238	30	26	18	24	1.98
37721394--37721609	40	5.5	40	85	8	257	30	26	18	24	1.98
37729524--37729679	40	3.9	40	93	0	267	30	28	17	23	1.97
37729517--37729737	40	5.5	40	86	5	259	29	27	18	24	1.98
37740762--37740807	23	2.0	23	95	0	83	39	4	15	41	1.67
37745944--37746086	27	5.3	27	70	8	94	37	20	16	25	1.93
37746458--37746528	33	2.1	34	84	2	90	25	21	28	25	1.99
37751327--37751426	50	2.0	50	88	0	146	36	18	19	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37752607--37752635	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
37758576--37758695	47	2.6	47	94	0	204	30	27	17	25	1.97
37761007--37761073	15	4.5	15	77	1	64	61	16	11	10	1.57
37761007--37761073	30	2.3	29	82	7	82	61	16	11	10	1.57
37764057--37764320	46	5.7	46	72	17	224	29	25	20	24	1.99
37764108--37764276	47	3.6	47	78	10	202	28	26	21	24	1.99
37764062--37764319	93	2.8	93	91	1	428	28	26	20	24	1.99
37765607--37765670	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
37765878--37766076	24	8.4	24	90	2	287	27	22	21	29	1.99
37765885--37766076	71	2.7	70	92	2	312	27	21	21	29	1.99
37766134--37766190	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
37766122--37766192	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
37766127--37766181	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
37766229--37766276	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91
37767438--37767556	27	4.4	27	95	2	204	20	27	21	31	1.98
37767587--37767802	27	8.0	27	77	6	150	32	9	19	37	1.85
37767789--37768000	27	7.9	27	83	4	221	41	7	23	27	1.81
37768006--37768083	27	2.9	26	83	7	84	35	8	16	38	1.80
37772398--37772643	49	5.0	49	80	4	287	29	26	18	25	1.98
37772412--37772643	100	2.3	99	86	2	322	29	26	18	25	1.98
37774702--37774749	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
37774793--37774851	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37774797--37774851	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
37774902--37775062	23	7.0	23	85	11	208	29	20	22	27	1.99
37774903--37775062	44	3.5	44	85	11	200	28	20	23	27	1.99
37775253--37775316	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
37781457--37781504	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
37781548--37781606	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
37781552--37781606	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
37781658--37781797	47	3.0	46	88	8	194	27	22	22	27	1.99
37781657--37781797	23	6.0	24	87	5	191	28	21	22	26	1.99
37781989--37782052	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
37783051--37783110	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
37797600--37797627	10	2.8	10	100	0	56	82	7	10	0	0.85
37800513--37800629	62	1.9	59	82	5	144	41	4	3	50	1.38
37801908--37803629	860	2.0	860	98	0	3300	34	15	18	31	1.92
37805080--37805138	29	2.0	29	100	0	118	38	10	13	37	1.79
37806358--37806607	96	2.6	96	77	1	259	28	24	16	31	1.96
37806338--37806615	48	5.8	48	76	0	232	26	24	17	30	1.98
37820661--37820731	32	2.2	32	97	0	133	33	26	21	18	1.96
37820778--37820881	45	2.3	44	83	6	129	25	25	19	29	1.98
37829917--37830047	48	2.7	48	91	0	217	31	32	18	17	1.94
37831935--37832117	40	4.6	39	80	6	179	37	20	24	17	1.93
37831957--37832053	20	4.9	19	68	12	61	37	21	25	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37832014--37832157	40	3.6	40	77	4	121	35	18	27	18	1.95
37831961--37832158	80	2.5	80	82	7	208	35	20	26	17	1.95
37832718--37832782	29	2.2	29	80	0	76	23	29	16	30	1.96
37837546--37837649	52	2.0	52	88	0	154	21	18	29	30	1.97
37839520--37839562	16	2.7	16	85	0	59	9	11	20	58	1.61
37843756--37843963	40	5.2	40	82	2	229	26	25	21	25	2.00
37851754--37851961	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
37851754--37851959	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
37859754--37859961	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
37859754--37859959	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
37865950--37866067	29	4.1	29	77	10	118	25	32	13	28	1.94
37865956--37866067	57	1.9	58	81	12	133	25	33	14	27	1.94
37869424--37869491	30	2.3	30	100	0	136	44	2	32	20	1.67
37872011--37872195	48	3.9	48	94	0	307	33	6	29	30	1.83
37872336--37872475	37	3.8	37	94	0	235	24	18	31	25	1.98
37880297--37880409	55	2.1	55	84	0	145	30	25	27	16	1.97
37889290--37889391	52	2.0	52	82	3	125	20	14	31	33	1.93
37890561--37890635	30	2.5	30	91	2	116	25	21	30	22	1.99
37892544--37892631	45	2.0	45	93	0	149	37	23	13	25	1.92
37901561--37901628	21	3.1	21	68	16	57	22	13	25	39	1.90
37906782--37906896	29	4.0	29	89	4	108	26	22	14	36	1.93
37906794--37906896	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37906793--37906926	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
37908239--37908274	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
37914490--37914604	29	4.0	29	89	4	108	26	22	14	36	1.93
37914502--37914604	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
37914501--37914634	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
37915951--37915986	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
37916441--37916620	40	4.5	40	87	2	247	25	22	26	25	2.00
37924590--37924770	40	4.6	40	90	2	276	24	23	25	25	2.00
37926889--37927052	40	4.2	39	82	6	181	25	27	22	24	2.00
37926889--37927053	77	2.1	80	85	3	228	25	27	22	24	2.00
37934841--37935006	40	4.2	40	83	5	205	24	27	22	24	2.00
37947447--37947619	93	1.9	93	95	0	310	27	29	21	21	1.98
37947440--37947615	46	3.8	46	80	10	214	28	28	21	21	1.98
37949990--37950084	15	6.4	15	84	6	122	58	13	16	10	1.62
37952997--37953174	45	3.8	49	78	12	196	28	28	21	21	1.99
37953004--37953174	93	1.8	92	92	1	288	27	28	22	22	1.99
37953005--37953182	46	3.9	45	73	13	157	28	28	21	22	1.99
37955473--37955524	26	2.0	26	92	0	86	17	42	11	28	1.84
37959033--37959192	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
37959033--37959192	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
37963154--37963285	44	3.1	41	80	8	140	36	25	14	23	1.93
37981032--37981108	21	3.5	21	70	16	66	22	12	25	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37981054--37981124	21	3.2	22	67	25	67	22	11	26	39	1.88
37981037--37981124	45	2.0	45	97	0	167	23	12	25	38	1.90
37993276--37993353	38	2.1	38	100	0	156	32	20	19	28	1.97
37998139--37998764	321	2.0	320	93	1	1085	35	9	20	35	1.84
37999734--37999897	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	19	1.95
38005304--38005469	40	4.2	40	91	0	253	28	28	21	22	1.99
38016289--38016336	23	2.1	23	92	0	78	27	8	18	45	1.78
38016743--38016791	25	2.0	25	83	0	62	24	24	0	51	1.49
38023310--38023417	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
38025027--38025160	27	5.0	26	81	7	151	20	24	20	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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