genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.318.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  318  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99165907--99166016	56	2.0	54	82	10	134	35	18	17	29	1.93
99167210--99167358	78	1.9	78	84	5	203	26	22	26	24	2.00
99167210--99167374	39	4.2	39	77	9	158	26	22	26	24	2.00
99176320--99176354	18	2.1	17	89	10	54	28	14	0	57	1.38
99177217--99177377	29	5.6	28	75	8	144	29	31	16	22	1.96
99177217--99177350	58	2.3	58	96	2	243	30	29	16	23	1.96
99177217--99177377	58	2.8	55	86	9	214	29	31	16	22	1.96
99180096--99180144	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
99180966--99181132	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
99188102--99188150	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
99188972--99189138	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
99201011--99201128	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
99200979--99201142	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
99203261--99203504	6	39.8	6	72	16	171	48	13	18	19	1.80
99203266--99203479	37	5.6	37	74	14	116	49	14	17	19	1.80
99203321--99203504	25	7.5	25	79	10	104	47	13	19	20	1.82
99203278--99203503	61	3.7	62	86	4	253	48	13	18	19	1.81
99203266--99203467	19	10.6	19	72	17	129	49	14	17	18	1.80
99203920--99204436	27	19.2	27	82	6	568	25	19	19	35	1.95
99204445--99204925	27	18.0	27	77	5	291	37	9	21	32	1.85
99204429--99204925	81	6.2	81	70	7	345	37	9	21	32	1.85
99204429--99204914	181	2.6	182	82	4	521	37	9	21	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99204758--99204956	81	2.5	80	79	12	235	37	9	24	29	1.87
99212678--99212778	28	3.5	28	80	11	107	29	14	25	29	1.95
99212707--99212782	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
99214501--99214635	56	2.4	56	89	0	207	32	23	14	29	1.94
99215153--99215216	31	2.2	29	81	13	69	25	21	6	46	1.74
99219043--99219073	16	1.9	16	93	0	53	38	12	6	41	1.69
99219259--99219429	56	3.0	57	85	5	231	32	24	15	28	1.95
99219946--99220010	30	2.2	30	81	10	71	24	21	6	47	1.73
99225317--99225416	42	2.3	43	83	6	123	29	24	15	32	1.95
99225348--99225452	44	2.5	42	81	6	113	30	24	17	27	1.97
99232814--99232920	44	2.5	43	83	6	119	28	26	20	24	1.99
99234174--99234308	56	2.4	56	87	0	198	34	22	11	31	1.89
99240369--99240471	29	3.6	27	80	5	98	28	31	16	24	1.96
99244811--99244859	25	2.0	25	87	0	71	42	16	6	34	1.73
99248148--99248345	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
99248214--99248331	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
99248182--99248345	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
99260674--99260723	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
99264669--99264803	3	44.7	3	75	12	80	56	1	8	34	1.38
99264803--99264834	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
99264938--99264980	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
99265075--99265116	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99265210--99265253	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
99265978--99266011	11	2.8	12	91	8	52	5	2	2	88	0.70
99268595--99268712	55	2.1	55	93	3	202	49	5	9	35	1.59
99272852--99272909	31	1.9	30	82	10	73	62	10	5	22	1.47
99273280--99273312	15	2.2	15	89	10	50	78	0	0	21	0.75
99273323--99273386	27	2.3	28	84	12	80	60	1	0	37	1.06
99273563--99273628	20	3.1	21	76	12	64	24	10	4	60	1.48
99273640--99273706	19	3.5	19	80	13	84	28	4	0	67	1.10
99273632--99273706	38	1.9	39	86	7	109	30	5	0	64	1.16
99273689--99273762	30	2.4	29	82	12	87	33	4	0	62	1.14
99273697--99273765	30	2.3	30	87	2	95	36	2	0	60	1.11
99281211--99281397	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
99281234--99281397	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
99281234--99281431	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
99301633--99301681	24	2.0	24	96	0	89	34	14	24	26	1.94
99301657--99301879	48	4.6	47	79	8	234	26	18	29	25	1.98
99301584--99301729	72	2.0	72	86	5	206	30	16	26	26	1.97
99301657--99301879	96	2.3	97	87	3	315	26	18	29	25	1.98
99301948--99301987	21	1.9	21	85	10	55	45	0	15	40	1.46
99305349--99305521	43	4.0	42	79	8	170	29	15	24	30	1.96
99308455--99308621	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
99308455--99308621	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99309447--99309492	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
99316475--99316641	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
99316475--99316641	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
99317467--99317512	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
99319827--99319884	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
99319831--99319884	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
99319936--99320053	23	5.0	24	90	5	170	27	20	22	29	1.98
99319937--99320032	47	2.1	46	94	2	165	28	19	20	31	1.97
99320252--99320315	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
99329947--99330106	43	3.8	42	78	9	146	27	15	25	31	1.95
99331565--99331593	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
99337018--99337055	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
99338677--99338734	28	2.1	28	100	0	116	46	24	12	17	1.81
99344982--99345019	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
99346643--99346711	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
99349929--99349995	28	2.5	27	90	7	109	44	25	10	19	1.82
99350603--99350631	14	2.0	15	93	6	51	17	0	0	82	0.66
99356229--99356266	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
99357893--99357947	28	2.0	28	100	0	110	47	23	10	18	1.80
99358579--99358612	9	3.8	9	85	14	52	11	0	0	88	0.52
99358576--99358608	8	4.2	8	88	7	50	12	0	0	87	0.53
99365512--99365617	56	1.9	56	90	0	167	26	13	26	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99366162--99366206	15	3.0	15	90	0	72	22	4	24	48	1.68
99370298--99370519	40	5.6	40	83	0	264	19	22	26	31	1.98
99370293--99370519	80	2.8	80	85	0	301	20	21	25	32	1.98
99370293--99370521	120	1.9	120	87	0	332	20	21	25	32	1.98
99375986--99376084	41	2.3	42	79	8	110	23	16	25	35	1.95
99376543--99376587	15	3.0	15	90	0	72	22	4	24	48	1.68
99381593--99381648	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
99381582--99381648	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
99381699--99381864	23	7.1	23	94	2	278	28	19	21	30	1.98
99381699--99381864	47	3.6	46	94	2	278	28	19	21	30	1.98
99381698--99381864	70	2.4	70	95	0	298	28	19	20	30	1.97
99382079--99382142	31	2.1	31	84	0	83	39	12	21	26	1.89
99383041--99383083	21	2.0	21	82	8	52	32	0	20	46	1.51
99387887--99388000	43	2.7	43	86	5	151	25	14	26	33	1.95
99387883--99388024	43	3.3	42	77	9	126	29	15	23	31	1.95
99389505--99389529	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
99412387--99412492	56	1.9	56	92	0	176	25	13	27	33	1.93
99413037--99413081	15	3.0	15	90	0	72	22	4	24	48	1.68
99414617--99414723	27	4.0	27	80	2	108	39	18	8	33	1.81
99414712--99414894	27	6.8	27	86	1	233	27	20	8	43	1.81
99414685--99414867	81	2.3	81	82	0	213	29	20	8	40	1.83
99414712--99414896	81	2.3	81	88	0	262	27	20	8	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99414793--99414975	54	3.4	54	78	0	134	34	18	7	39	1.79
99414739--99414921	81	2.3	81	82	0	204	30	19	8	42	1.81
99414847--99415071	27	8.3	27	80	6	179	39	18	7	34	1.79
99415137--99415205	26	2.6	27	88	6	97	27	24	27	20	1.99
99416213--99416306	42	2.2	44	90	3	147	29	13	21	35	1.92
99416330--99416408	31	2.5	31	85	0	122	29	15	27	27	1.96
99425017--99425061	15	3.0	15	90	0	72	22	4	24	48	1.68
99427627--99427723	42	2.3	42	85	3	124	35	15	19	29	1.93
99430259--99430494	48	4.9	48	96	0	427	33	5	27	32	1.81
99430638--99430725	37	2.4	37	96	0	158	21	21	32	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425