genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  97  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28098585--28098840	94	2.7	93	87	3	361	33	11	29	25	1.91
28098560--28098800	47	5.1	47	93	0	383	34	10	28	26	1.89
28112046--28112186	40	3.6	40	82	11	161	27	26	21	24	1.99
28120085--28120230	40	3.7	40	85	7	199	27	26	21	24	1.99
28123063--28123244	41	4.5	41	78	12	194	21	21	29	26	1.99
28126198--28126375	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
28132423--28132552	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
28132439--28132589	40	3.8	40	79	6	155	21	27	23	27	1.99
28132439--28132587	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
28134651--28134735	24	3.5	24	72	15	75	24	32	16	25	1.96
28134624--28134736	49	2.3	50	81	7	133	24	32	15	27	1.95
28139117--28139219	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
28145106--28145273	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
28145106--28145273	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
28150493--28150595	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
28162028--28162115	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
28172663--28172839	40	4.4	40	78	7	182	24	20	27	27	1.99
28172663--28172839	80	2.2	79	83	6	223	24	20	27	27	1.99
28173067--28173108	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
28175032--28175070	10	3.8	10	83	6	51	28	15	20	35	1.93
28180563--28180725	39	4.2	39	86	0	227	23	19	33	23	1.97
28188296--28188457	39	4.2	39	90	2	254	22	19	33	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28188313--28188488	78	2.2	78	86	4	246	22	22	32	21	1.98
28195451--28195551	37	2.6	38	75	6	96	28	27	20	22	1.99
28195778--28195830	25	2.1	25	100	0	106	54	11	0	33	1.36
28196641--28196678	13	3.0	13	88	3	51	0	18	0	81	0.69
28208240--28208282	21	2.0	21	82	8	52	55	6	0	37	1.27
28208623--28208660	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
28210276--28210370	27	3.5	28	92	5	160	45	25	10	18	1.82
28216599--28216636	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
28218252--28218347	28	3.5	28	91	4	160	45	26	9	18	1.79
28221559--28221745	40	4.7	40	87	0	239	27	21	25	25	2.00
28221559--28221766	40	5.2	40	85	1	231	25	22	25	25	2.00
28223404--28223428	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
28227152--28227238	20	4.3	20	80	0	102	19	21	18	40	1.92
28227215--28227293	40	2.0	40	82	0	95	20	22	22	34	1.97
28229417--28229580	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
28234953--28234987	17	2.1	17	100	0	70	31	11	28	28	1.92
28236314--28236356	22	2.0	22	85	0	59	27	25	18	27	1.98
28237768--28237895	43	3.0	44	76	2	125	31	28	16	24	1.96
28239888--28239916	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
28244289--28244320	5	6.2	5	92	7	55	81	0	0	18	0.70
28246155--28246359	39	5.2	40	90	2	109	23	31	21	23	1.98
28246208--28246359	39	3.9	39	97	0	277	23	32	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28253537--28253615	29	2.8	28	86	9	117	25	31	13	29	1.94
28254959--28255005	25	1.9	25	86	4	69	34	25	14	25	1.94
28255049--28255106	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
28255053--28255106	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
28255158--28255251	22	4.1	23	90	8	156	28	20	20	30	1.97
28255157--28255272	24	5.0	24	87	9	161	28	20	21	29	1.98
28255466--28255528	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
28262992--28263039	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
28263075--28263119	20	2.2	20	96	0	81	33	11	22	33	1.89
28263171--28263265	24	4.0	24	82	6	113	28	21	21	29	1.98
28263400--28263463	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
28264841--28264899	28	2.1	27	81	9	66	42	20	0	37	1.52
28265680--28265813	39	3.4	39	91	2	207	26	4	22	46	1.71
28271070--28271172	29	3.6	28	78	10	109	27	31	18	23	1.97
28278903--28279026	46	2.7	46	89	0	176	29	26	22	21	1.99
28284803--28284973	46	3.7	45	79	14	195	22	19	28	29	1.98
28284797--28284967	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	28	1.99
28287894--28287996	29	3.6	28	85	5	127	28	26	16	29	1.97
28295985--28296154	29	5.9	29	91	0	268	30	21	14	33	1.94
28295992--28296181	58	3.3	58	87	1	229	28	25	15	30	1.96
28295992--28296181	87	2.2	87	86	1	256	28	25	15	30	1.96
28302714--28302802	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28302714--28302793	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
28302725--28302802	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
28307196--28307338	42	3.4	41	81	7	171	29	15	24	30	1.95
28307990--28308067	39	2.0	40	87	2	113	30	17	24	26	1.97
28308778--28308840	14	4.4	14	86	4	90	20	0	31	47	1.51
28308781--28308833	22	2.5	21	84	6	70	22	0	30	47	1.52
28308773--28308840	7	9.6	7	85	3	73	22	0	29	48	1.51
28308778--28308840	29	2.2	29	88	2	92	20	0	31	47	1.51
28308828--28308878	21	2.4	21	87	6	68	17	0	45	37	1.49
28308894--28308936	14	3.1	14	78	15	54	25	0	32	41	1.56
28309291--28309375	44	2.0	43	86	6	118	36	34	5	23	1.79
28309369--28309412	18	2.4	18	85	7	54	22	38	0	38	1.55
28313247--28313288	13	3.1	14	80	10	52	40	4	0	54	1.21
28313336--28313364	11	2.7	11	94	5	51	48	0	10	41	1.37
28313487--28313617	43	3.1	42	82	7	149	23	16	32	28	1.96
28315588--28315795	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
28315588--28315793	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
28326422--28326599	39	4.5	39	89	0	248	26	24	22	25	2.00
28326422--28326601	78	2.3	78	90	0	288	26	25	22	26	2.00
28327877--28327914	18	2.2	18	85	4	51	2	23	0	73	0.95
28328416--28328670	55	4.8	54	80	7	247	21	25	18	34	1.96
28328463--28328660	108	1.8	110	87	4	303	23	25	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28334578--28334651	36	2.1	36	94	0	130	47	12	14	25	1.79
28336458--28336589	27	4.9	27	89	0	174	30	23	6	39	1.81
28336428--28336721	27	10.9	27	80	3	171	37	22	7	33	1.81
28336427--28336717	81	3.6	80	73	4	244	36	22	7	33	1.82
28336539--28336778	27	8.8	27	78	8	159	40	19	6	32	1.78
28336485--28336778	54	5.4	54	78	7	211	38	20	6	34	1.79
28336566--28336784	108	2.0	109	81	7	257	42	19	6	31	1.77
28336848--28336908	27	2.3	27	82	5	79	36	19	24	19	1.95
28337863--28337950	42	2.1	42	97	0	167	32	14	18	34	1.91
28339987--28340196	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
28348124--28348293	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
28357318--28357447	40	3.2	40	78	4	147	23	27	23	24	2.00
28359759--28359796	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
28363398--28363505	26	4.2	26	90	0	171	33	7	22	37	1.82
28365096--28365254	27	5.9	27	75	10	130	20	22	21	35	1.96
28365092--28365254	54	3.0	54	86	2	213	19	22	21	36	1.95
28368317--28368424	26	4.2	26	95	0	189	33	7	23	36	1.83
28370021--28370165	27	5.2	27	81	14	170	19	24	21	34	1.96
28370019--28370165	54	2.6	54	91	6	224	19	25	21	34	1.96
28370607--28370684	40	2.0	40	97	0	147	24	11	8	55	1.64
28372055--28372113	15	4.0	15	82	2	66	57	16	16	8	1.63
28376586--28376749	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28376586--28376783	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
28383667--28383830	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
28383667--28383864	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
28390604--28390639	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
28394443--28394610	40	4.2	40	83	5	180	26	27	21	23	1.99
28394443--28394610	80	2.1	79	84	4	212	26	27	21	23	1.99
28396782--28396828	22	2.1	22	100	0	94	27	19	14	38	1.91
28396949--28397286	50	6.9	50	78	7	327	24	28	18	28	1.98
28397624--28397729	55	1.9	55	88	0	158	31	29	16	23	1.96
28398603--28398773	48	3.7	45	79	9	168	24	28	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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