genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  104  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30171896--30171939	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
30175122--30175258	54	2.5	54	95	0	247	27	18	22	31	1.97
30175292--30175649	46	8.0	46	89	5	509	37	15	24	22	1.92
30175936--30175968	17	2.0	17	88	5	50	57	0	9	33	1.30
30176687--30176731	22	2.0	22	83	8	56	35	0	2	62	1.08
30182029--30182201	46	3.7	46	78	10	199	21	20	27	30	1.98
30182026--30182196	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
30188616--30188652	19	1.9	19	88	0	56	35	16	16	32	1.91
30195113--30195199	27	3.2	27	76	9	88	45	12	13	27	1.80
30196573--30196598	12	2.2	12	100	0	52	15	50	0	34	1.45
30204033--30204257	40	5.7	41	91	3	279	25	26	20	26	1.99
30212208--30212433	40	5.7	40	89	4	273	26	26	20	26	1.99
30215700--30215744	23	2.0	23	90	0	72	22	24	24	28	1.99
30218554--30218600	17	2.5	19	76	13	53	29	4	6	59	1.41
30220590--30220721	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
30223575--30224298	359	2.0	359	97	0	1376	34	16	13	35	1.88
30231185--30231344	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
30231185--30231344	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
30238969--30239128	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
30238969--30239128	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
30248545--30248762	40	5.5	40	88	2	298	26	26	22	24	2.00
30251672--30251890	39	5.6	40	83	6	270	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30251676--30251923	79	3.2	77	79	9	252	26	20	27	26	1.99
30257308--30257483	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
30257305--30257476	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
30262740--30262917	40	4.5	40	91	3	263	25	27	23	24	2.00
30265082--30265164	37	2.2	37	95	0	148	24	34	16	24	1.95
30265212--30265411	48	4.2	48	94	0	346	31	29	7	32	1.84
30265403--30265734	47	6.9	49	93	2	550	29	28	8	34	1.86
30265403--30265734	145	2.3	144	97	1	630	29	28	8	34	1.86
30276854--30276926	34	2.2	34	90	2	121	30	19	12	38	1.88
30278505--30278655	27	5.6	27	80	6	164	41	23	7	26	1.82
30278472--30278627	54	2.9	54	82	3	172	40	21	10	27	1.86
30278525--30278683	81	2.0	81	82	7	198	39	22	9	28	1.85
30279503--30279553	20	2.5	20	93	0	84	39	11	19	29	1.87
30279603--30279738	52	2.7	51	90	5	206	30	22	21	26	1.99
30279603--30279738	26	5.3	26	84	3	172	30	22	21	26	1.99
30279871--30279962	42	2.2	42	88	0	130	30	13	20	35	1.91
30279986--30280095	31	3.5	31	92	0	184	30	17	25	26	1.97
30287871--30287978	38	2.8	38	72	8	101	32	26	18	22	1.97
30289067--30289108	5	8.4	5	94	0	75	57	0	0	42	0.99
30294026--30294193	40	4.2	40	80	4	169	25	22	27	24	2.00
30299662--30299686	13	1.9	13	100	0	50	28	32	0	40	1.57
30303914--30303986	34	2.2	34	90	7	114	30	23	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30313134--30313206	34	2.2	33	78	7	76	26	17	24	31	1.97
30316183--30316301	44	2.6	49	75	17	137	23	29	20	26	1.99
30316141--30316352	47	4.5	45	74	12	169	23	30	18	28	1.97
30320419--30320574	80	2.0	80	96	2	287	31	21	11	35	1.89
30324314--30324693	49	7.9	49	91	3	621	33	8	28	29	1.87
30324313--30324693	96	4.0	96	94	2	642	33	8	28	29	1.87
30324685--30324980	48	6.2	48	95	0	529	32	6	29	32	1.83
30325020--30325110	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
30327017--30327354	39	8.6	40	86	6	370	24	20	27	26	1.99
30327134--30327354	118	1.9	118	92	3	374	24	21	27	26	1.99
30330986--30331126	47	3.0	47	93	2	237	33	8	29	29	1.87
30331118--30331412	48	6.2	48	93	0	511	32	7	28	31	1.84
30331452--30331542	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
30336179--30336402	40	5.7	40	82	7	244	25	26	21	25	2.00
30336179--30336402	78	2.8	78	80	10	240	25	26	21	25	2.00
30336179--30336398	118	1.9	119	80	10	263	25	26	21	26	1.99
30341047--30341107	30	2.0	30	93	0	104	32	18	6	42	1.76
30342777--30343045	94	2.9	92	72	12	237	23	29	19	27	1.98
30347418--30347471	3	18.7	3	77	7	58	61	1	5	31	1.30
30347574--30347667	26	3.5	26	82	10	91	63	2	3	30	1.21
30347604--30347736	3	45.0	3	77	7	121	61	2	5	30	1.30
30354290--30354334	23	2.0	23	82	8	56	64	8	13	13	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30373036--30373260	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
30373255--30373384	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
30373217--30373384	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
30381209--30381356	40	3.8	39	77	12	135	25	25	27	22	2.00
30381244--30381372	39	3.2	40	80	6	156	23	24	27	24	2.00
30381208--30381372	79	2.1	78	80	9	185	25	24	27	23	2.00
30382152--30382367	40	5.5	40	93	4	343	25	27	23	23	2.00
30382152--30382367	118	1.8	119	89	6	341	25	27	23	23	2.00
30390203--30390420	40	5.5	40	91	2	316	25	27	22	24	2.00
30397892--30397975	42	2.0	43	88	2	125	26	35	19	19	1.95
30399700--30399761	29	2.1	30	93	3	108	46	12	9	30	1.74
30404791--30404834	21	2.1	21	83	8	54	36	38	0	25	1.56
30404856--30404884	14	2.0	15	93	6	51	41	31	0	27	1.56
30404931--30404958	10	2.8	10	100	0	56	42	28	0	28	1.56
30405131--30405339	41	5.1	41	90	3	314	19	22	22	35	1.96
30406292--30406353	30	2.1	30	90	6	99	25	3	11	59	1.46
30410067--30410220	42	3.7	42	75	12	129	31	15	23	29	1.95
30410088--30410205	42	2.8	42	84	5	139	31	15	22	30	1.95
30413604--30413708	43	2.5	43	81	4	115	30	20	19	29	1.97
30423443--30423494	25	2.1	24	89	3	77	19	23	19	38	1.93
30429283--30429323	21	2.0	21	90	9	66	39	21	7	31	1.81
30439865--30440072	40	5.2	39	84	3	227	25	25	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30443589--30443639	21	2.4	21	96	0	93	35	27	13	23	1.93
30454490--30454649	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
30456999--30457068	35	2.0	34	94	2	122	40	5	18	35	1.75
30478598--30478651	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
30478900--30479142	49	4.9	50	82	2	283	26	18	25	28	1.98
30478898--30479142	100	2.5	100	84	2	305	26	18	25	28	1.98
30478900--30479175	150	1.8	150	86	4	396	26	18	25	28	1.98
30482568--30482599	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
30482799--30483193	50	7.9	50	78	4	400	30	24	17	27	1.98
30482809--30483193	101	3.8	100	79	5	337	30	24	17	26	1.97
30482813--30483194	151	2.5	151	92	0	638	30	25	17	26	1.97
30483541--30483587	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
30487768--30487822	28	2.0	28	96	0	101	41	20	0	38	1.52
30498407--30498460	18	3.1	17	76	7	54	61	0	1	37	1.07
30499225--30499251	13	2.1	13	100	0	54	33	0	0	66	0.92
30502711--30502750	14	2.8	14	84	3	53	75	0	25	0	0.81
30503430--30503478	25	2.0	25	87	0	71	40	0	14	44	1.45
30504851--30504935	24	3.5	24	84	7	102	23	17	20	38	1.93
30509961--30509991	13	2.4	13	94	0	53	32	45	22	0	1.53
30512492--30512786	43	6.9	44	85	5	345	29	27	16	27	1.97
30514085--30514113	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
30520285--30520340	26	2.1	28	86	6	80	57	3	5	33	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30520347--30520407	19	3.3	19	84	13	67	59	0	3	37	1.14
30520363--30520404	12	3.4	12	84	15	59	57	0	2	40	1.12
30520298--30520415	10	12.2	10	71	18	81	59	0	4	35	1.23
30520346--30520416	29	2.4	29	81	6	90	59	0	2	38	1.12
30520324--30520409	12	7.4	12	75	16	51	60	0	4	34	1.17
30520346--30520409	25	2.7	23	78	19	69	59	0	3	37	1.13
30521992--30522616	44	14.2	44	90	0	829	28	26	14	30	1.95
30534602--30534644	21	2.0	22	86	4	61	60	2	4	32	1.30
30534647--30534719	17	4.2	17	82	6	76	61	0	2	35	1.10
30534634--30534719	10	9.1	10	73	19	78	60	0	4	34	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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