genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  238  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72750321--72750397	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
72750330--72750401	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
72750319--72750401	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
72750456--72750645	24	8.0	24	88	3	269	29	23	21	26	1.99
72750456--72750620	47	3.5	47	90	1	267	29	23	20	27	1.99
72750455--72750631	71	2.5	72	89	2	268	30	22	20	25	1.98
72750842--72750902	31	2.0	31	90	0	95	31	16	26	26	1.96
72750889--72750916	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
72754694--72754738	22	2.0	22	91	0	72	35	20	6	37	1.79
72760054--72760169	50	2.4	47	82	5	135	28	21	14	35	1.93
72764882--72765088	40	5.2	40	83	1	209	25	23	26	25	2.00
72764882--72765088	79	2.6	79	83	2	245	25	23	26	25	2.00
72772888--72773094	40	5.2	40	82	3	202	25	23	26	25	2.00
72772890--72773094	79	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
72782159--72782342	78	2.3	82	85	9	256	24	21	27	26	1.99
72782159--72782342	40	4.7	40	88	6	252	24	21	27	26	1.99
72789339--72789821	47	10.3	47	91	0	777	33	8	30	27	1.86
72789389--72789511	22	5.3	22	63	24	65	34	8	30	26	1.86
72791668--72791737	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
72791668--72791749	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
72798817--72798886	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
72798817--72798898	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72804487--72804712	40	5.7	40	87	4	296	24	20	26	27	1.99
72816009--72816068	24	2.5	24	94	0	102	21	28	21	28	1.99
72818521--72818704	40	4.7	39	82	4	185	26	27	21	25	1.99
72826571--72826786	40	5.5	39	82	8	208	23	25	24	26	2.00
72826571--72826787	78	2.7	77	81	4	238	23	25	23	26	2.00
72826601--72826787	40	4.7	40	85	4	218	24	26	23	25	2.00
72831522--72831593	36	2.0	36	89	5	110	41	18	18	22	1.90
72838686--72838838	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
72838655--72838837	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
72841000--72841029	8	3.8	8	90	0	51	46	26	23	3	1.68
72840995--72841029	16	2.2	16	94	0	61	48	25	20	5	1.71
72841225--72841336	28	4.0	29	82	2	122	26	14	30	28	1.95
72841223--72841331	57	1.9	57	83	5	141	26	14	31	27	1.95
72841621--72841673	27	2.0	26	85	3	70	49	18	13	18	1.80
72849130--72849191	20	3.1	20	77	9	72	12	32	19	35	1.90
72849130--72849207	40	2.0	40	92	0	129	11	26	20	41	1.87
72849140--72849203	20	3.2	20	79	0	74	10	26	20	42	1.85
72849139--72849221	40	2.1	40	83	0	103	14	26	20	38	1.91
72855406--72855587	40	4.6	40	91	3	280	25	26	21	25	2.00
72859390--72859557	40	4.2	40	80	3	187	24	22	27	25	1.99
72861440--72861496	26	2.2	24	80	17	62	52	17	8	21	1.71
72867664--72867695	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72867661--72867956	50	5.9	50	78	6	294	26	17	26	30	1.97
72867712--72867956	101	2.5	99	84	1	301	26	18	25	28	1.98
72867668--72867950	150	1.9	152	87	3	392	25	17	26	31	1.97
72872425--72872562	41	3.4	40	77	15	140	31	27	15	25	1.95
72872387--72872540	41	3.8	39	74	12	130	32	24	14	27	1.95
72877028--72877250	79	2.8	80	95	1	394	22	18	29	29	1.98
72877028--72877250	40	5.6	40	95	1	394	22	18	29	29	1.98
72877028--72877268	119	2.0	120	90	0	376	23	19	28	28	1.98
72885390--72885572	40	4.6	40	90	1	296	22	17	28	30	1.97
72885390--72885572	79	2.3	80	87	4	289	22	17	28	30	1.97
72890287--72890360	26	2.8	26	75	0	76	37	28	18	14	1.91
72890520--72890580	27	2.2	28	82	5	70	24	11	22	40	1.87
72895300--72895429	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
72895316--72895471	40	3.9	39	78	10	131	22	26	23	27	1.99
72903317--72903445	40	3.3	38	76	6	132	24	27	24	24	2.00
72903332--72903482	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
72903332--72903481	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
72905824--72906010	88	2.1	87	89	4	279	34	13	25	27	1.93
72905824--72906010	59	3.2	59	90	3	281	34	13	25	27	1.93
72905824--72906010	29	6.4	29	90	5	270	34	13	25	27	1.93
72909043--72909080	19	2.0	19	100	0	76	26	26	31	15	1.96
72911090--72911311	40	5.6	40	92	1	367	23	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72913410--72913638	114	2.0	114	99	0	449	26	28	15	29	1.96
72918138--72918190	26	2.0	26	82	7	63	20	15	22	41	1.89
72919444--72919544	24	4.2	24	87	5	141	19	37	4	37	1.74
72920031--72920301	48	5.6	48	76	4	224	25	29	19	26	1.98
72920031--72920314	96	3.0	96	86	2	365	26	28	18	26	1.98
72930388--72930454	18	3.7	18	79	0	80	38	16	8	35	1.80
72930600--72930712	45	2.5	45	81	1	138	39	18	19	22	1.92
72930690--72930714	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
72932430--72932467	19	2.0	19	85	10	51	5	18	0	76	0.97
72932567--72932629	31	2.0	32	84	9	85	47	4	0	47	1.23
72935752--72935786	17	2.1	17	100	0	70	54	11	5	28	1.59
72938824--72939039	40	5.4	40	94	0	351	22	24	27	25	2.00
72940556--72940618	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
72949292--72949325	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
72950029--72950285	40	6.5	40	89	1	349	23	22	28	24	2.00
72952817--72953009	39	4.9	38	88	3	224	23	32	20	23	1.98
72952816--72953011	77	2.5	78	86	4	252	22	32	20	24	1.98
72952856--72953011	39	4.0	39	89	5	235	21	32	19	26	1.98
72955223--72955306	18	4.6	18	83	1	105	41	13	8	36	1.74
72955501--72955610	45	2.4	45	86	0	148	40	19	20	20	1.92
72955496--72955633	45	2.9	48	78	13	142	40	20	19	19	1.92
72957004--72957060	26	2.2	26	80	3	60	26	17	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72960256--72960473	39	5.7	39	91	5	349	22	22	25	29	1.99
72965432--72965607	46	3.8	46	79	12	198	18	21	30	29	1.97
72965428--72965600	93	1.9	93	93	0	301	19	21	31	28	1.97
72969906--72969937	2	15.5	2	93	6	55	50	0	3	46	1.17
72970427--72970650	39	5.7	39	88	2	333	23	20	24	30	1.99
72970395--72970650	78	3.3	78	86	2	338	23	21	25	29	1.99
72970427--72970650	117	1.9	117	91	1	369	23	20	24	30	1.99
72984492--72984715	40	5.6	40	81	5	265	24	26	22	25	2.00
72984456--72984715	79	3.3	79	82	4	292	25	26	22	26	2.00
72984456--72984715	119	2.2	120	81	8	300	25	26	22	26	2.00
72992833--72992907	37	2.1	36	92	2	123	26	30	20	22	1.98
72992952--72993528	48	12.0	48	90	1	906	30	26	6	36	1.81
72997103--72997453	40	8.8	40	92	0	533	25	28	21	24	1.99
72998721--72998829	37	2.9	37	94	0	182	27	30	19	22	1.98
72998874--72999595	48	15.0	48	90	0	1111	31	26	6	36	1.82
72998874--72999595	144	5.0	144	94	0	1246	31	26	6	36	1.82
73002798--73003058	40	6.6	40	81	5	271	24	26	23	25	2.00
73002798--73003058	80	3.3	80	82	3	303	24	26	23	25	2.00
73012116--73012179	13	4.9	13	82	0	65	34	26	7	31	1.85
73014264--73014470	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
73014264--73014470	79	2.6	81	83	3	242	25	26	22	25	2.00
73022285--73022491	40	5.2	39	82	4	202	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73022285--73022490	79	2.6	80	81	6	222	25	26	23	25	2.00
73027747--73027815	24	2.9	24	73	14	63	36	17	21	24	1.95
73035822--73036042	40	5.6	40	82	2	241	25	23	26	24	2.00
73043891--73044111	40	5.6	40	83	2	250	25	23	26	24	2.00
73047878--73048059	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
73047908--73048060	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
73055935--73056116	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
73055965--73056117	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
73060189--73060227	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
73060191--73060235	21	2.2	21	84	11	58	31	2	22	44	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425