genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.395.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  395  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121098381--121098405	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
121098463--121098503	17	2.4	17	87	0	55	56	0	2	41	1.13
121101538--121101605	22	3.0	22	78	8	64	41	2	1	54	1.24
121102809--121102872	25	2.6	25	80	2	67	31	20	25	23	1.98
121104501--121104552	24	2.2	24	92	0	86	21	23	5	50	1.70
121108693--121108729	19	1.9	19	100	0	74	27	10	13	48	1.75
121108812--121108853	22	2.0	20	90	9	66	54	0	0	45	0.99
121111312--121111357	20	2.4	19	82	13	58	56	8	0	34	1.30
121111996--121112061	12	5.5	12	76	7	53	59	4	4	31	1.38
121114500--121114573	36	2.1	36	100	0	148	31	28	10	29	1.91
121114504--121114581	36	2.2	36	93	4	131	32	28	8	30	1.88
121115295--121115319	6	4.2	6	100	0	50	36	0	64	0	0.94
121115466--121115492	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
121116491--121116651	77	2.1	77	89	2	243	35	12	11	40	1.78
121119905--121119936	16	1.9	17	93	6	57	3	6	3	87	0.73
121130506--121130548	15	2.8	16	83	16	56	32	11	20	34	1.89
121130495--121130561	20	3.3	20	85	0	98	32	11	20	34	1.90
121130611--121130704	23	4.0	24	86	9	131	28	20	22	28	1.98
121130897--121130959	31	2.1	30	91	8	101	38	15	22	23	1.93
121131905--121131974	35	2.0	35	94	0	122	55	10	18	15	1.67
121141380--121141406	6	4.5	6	100	0	54	33	48	18	0	1.49
121142869--121142945	31	2.5	33	77	16	83	54	14	15	15	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121144085--121144157	8	9.1	8	76	10	53	61	1	1	35	1.13
121144095--121144166	25	2.9	24	79	8	74	59	1	1	37	1.15
121148939--121148978	20	2.0	21	85	5	55	17	2	22	57	1.52
121153356--121153400	22	2.0	22	95	0	81	28	20	4	46	1.69
121156756--121156803	3	17.3	3	79	16	59	27	2	0	70	0.98
121156760--121156800	11	3.7	11	93	0	73	26	2	0	70	0.99
121156756--121156797	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
121156756--121156805	11	4.2	13	76	23	56	28	2	0	70	0.99
121158561--121158595	9	3.8	9	92	7	61	88	11	0	0	0.51
121158555--121158595	10	4.2	10	84	6	57	87	9	2	0	0.62
121158866--121158891	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
121159008--121159032	13	1.9	13	100	0	50	4	32	56	8	1.47
121159778--121159813	16	2.2	16	90	0	54	41	2	8	47	1.48
121159892--121159931	16	2.4	17	87	8	55	35	0	5	60	1.19
121159892--121159945	18	2.8	21	71	21	55	33	0	5	61	1.19
121160150--121160190	3	13.7	3	94	0	73	31	0	0	68	0.90
121172258--121173369	44	26.2	44	84	6	1469	28	16	31	23	1.96
121172258--121173369	84	13.1	84	89	3	1558	28	16	31	23	1.96
121172262--121173369	424	2.6	421	91	3	1715	28	16	32	23	1.96
121173748--121173782	9	3.8	9	92	7	61	88	11	0	0	0.51
121173747--121173782	10	3.7	10	85	7	56	88	11	0	0	0.50
121174202--121174226	13	1.9	13	100	0	50	4	32	56	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121174971--121175006	16	2.2	16	90	0	54	41	2	8	47	1.48
121175084--121175123	16	2.4	17	87	8	55	35	0	5	60	1.19
121175060--121175134	29	2.6	30	81	10	75	34	1	5	58	1.29
121175340--121175379	3	13.7	3	89	5	64	32	0	0	67	0.91
121176946--121177219	46	6.0	46	87	4	374	39	13	23	22	1.90
121177014--121177089	25	3.2	25	64	21	63	42	14	21	22	1.89
121176994--121177064	21	3.2	21	66	21	54	40	12	23	22	1.88
121182227--121182287	21	2.9	21	79	13	63	34	0	18	47	1.49
121182281--121182332	6	8.8	6	85	10	72	50	0	15	34	1.45
121182660--121182706	5	9.2	5	88	2	58	38	0	25	36	1.56
121182660--121182706	15	3.1	15	90	3	67	38	0	25	36	1.56
121183121--121183309	45	4.2	45	93	0	297	18	19	21	41	1.91
121183289--121183313	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
121183489--121183757	18	14.5	18	74	14	199	34	11	15	37	1.84
121183477--121183674	72	2.8	72	85	6	251	35	11	15	37	1.83
121186592--121186707	44	2.6	44	87	2	162	46	16	22	14	1.83
121187576--121187989	86	4.8	86	86	3	575	28	16	18	35	1.93
121187803--121187835	14	2.4	14	94	0	57	18	21	9	51	1.73
121187576--121187986	171	2.4	171	95	0	732	28	16	18	35	1.93
121188152--121188203	21	2.5	21	87	0	68	28	13	36	21	1.91
121190062--121190086	12	2.1	12	100	0	50	36	0	8	56	1.29
121190121--121190270	11	13.7	11	67	21	66	36	2	4	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121190123--121190200	24	3.3	23	78	10	86	37	1	3	57	1.25
121190121--121190222	48	2.1	48	85	8	138	37	0	3	57	1.24
121190138--121190233	24	4.0	23	78	15	90	35	1	3	60	1.19
121190195--121190269	23	3.1	24	78	17	84	34	2	4	58	1.31
121190166--121190246	38	2.1	38	86	11	112	37	0	4	58	1.20
121190191--121190314	23	5.4	23	75	15	82	35	6	3	54	1.42
121190387--121190421	11	3.2	11	95	0	61	40	0	5	54	1.24
121190499--121190558	31	2.0	29	83	6	75	43	5	3	48	1.41
121190907--121190955	25	2.0	25	83	0	62	30	8	8	53	1.60
121191064--121191103	15	2.7	15	96	0	71	40	2	2	55	1.27
121191064--121191109	17	3.1	15	80	17	51	39	2	4	54	1.32
121194976--121195055	38	2.1	38	85	0	106	33	27	18	20	1.96
121195754--121195834	41	2.0	41	97	0	153	40	23	0	35	1.55
121198463--121198521	30	2.0	30	89	0	91	23	11	18	45	1.83
121198873--121198912	20	2.0	20	85	5	53	35	0	20	45	1.51
121203166--121203201	18	2.0	18	100	0	72	50	11	11	27	1.72
121204544--121204611	31	2.4	27	79	13	73	47	8	5	38	1.59
121206510--121206558	27	1.9	25	84	12	64	42	2	4	51	1.32
121207919--121207961	13	3.2	13	83	6	50	32	0	0	67	0.91
121207918--121207957	19	2.1	19	95	0	71	35	0	0	65	0.93
121208776--121208840	6	10.8	6	98	0	121	13	0	16	69	1.20
121210094--121210152	23	2.6	23	86	5	84	59	1	0	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121210136--121210163	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
121210249--121210273	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
121210306--121210356	20	2.5	21	80	3	59	64	1	13	19	1.37
121210456--121210493	18	2.1	18	95	0	67	47	2	15	34	1.60
121217621--121217657	18	2.0	19	85	15	51	0	0	27	72	0.84
121217651--121217679	13	2.1	14	93	6	51	17	0	20	62	1.33
121217791--121217843	26	2.0	26	81	0	61	58	7	1	32	1.37
121224178--121224330	21	7.3	21	93	0	261	7	32	4	55	1.49
121240950--121241028	38	2.1	38	97	0	149	22	21	13	41	1.89
121243764--121243807	17	2.6	17	96	0	79	38	18	6	36	1.77
121244474--121244637	42	3.7	42	84	8	195	28	26	14	29	1.95
121244544--121244727	49	3.8	49	85	7	191	29	27	14	28	1.95
121244518--121244727	49	4.6	46	81	11	159	29	27	15	28	1.96
121244608--121244732	47	2.7	45	86	6	162	28	28	16	27	1.97
121244749--121244866	31	3.8	31	89	0	182	29	27	16	26	1.97
121244873--121244968	50	1.9	50	97	0	183	26	20	16	36	1.94
121246803--121246965	51	3.2	51	65	10	143	38	22	7	31	1.82
121246776--121246968	102	1.9	102	98	0	377	37	21	6	34	1.80
121257019--121257491	237	2.0	237	99	0	937	28	17	24	28	1.98
121259282--121259306	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
121261201--121261380	93	1.9	93	85	2	245	30	17	28	23	1.97
121262721--121262766	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121263497--121263557	24	2.6	23	82	10	70	62	4	4	27	1.37
121263512--121263559	24	2.0	24	88	8	71	56	4	6	33	1.44
121264227--121264262	18	2.0	18	100	0	72	22	5	11	61	1.50
121265314--121265366	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
121269394--121269439	15	3.1	15	78	12	51	43	0	0	56	0.99
121269391--121269457	25	2.6	25	83	4	80	47	1	0	50	1.10
121270006--121270068	31	2.0	31	93	0	108	42	31	19	6	1.76
121276978--121277009	15	2.1	15	94	0	55	25	9	9	56	1.61
121276922--121277444	86	5.9	87	78	10	445	29	16	17	36	1.92
121277246--121277279	16	2.1	16	88	0	50	17	8	2	70	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425