genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  262  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80614255--80614439	79	2.3	81	82	7	218	23	28	24	24	2.00
80614255--80614439	40	4.7	40	78	6	180	23	28	24	24	2.00
80623981--80624008	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
80625347--80625433	31	2.8	31	86	6	106	45	3	5	44	1.44
80626931--80627044	60	1.9	58	94	3	201	38	11	17	32	1.85
80627021--80627085	29	2.2	29	86	0	94	26	13	16	43	1.86
80630180--80630206	12	2.2	12	100	0	54	37	7	0	55	1.28
80632468--80632519	25	2.1	25	92	0	86	19	21	21	38	1.94
80632479--80632537	25	2.4	25	85	0	73	23	20	20	35	1.96
80633130--80633191	30	2.1	30	90	6	99	20	38	0	40	1.53
80639483--80639535	24	2.2	24	100	0	106	32	22	15	30	1.94
80644615--80644794	91	2.0	91	92	0	297	38	20	7	33	1.81
80653954--80654070	34	3.4	33	84	5	144	39	0	15	44	1.52
80654165--80654902	124	5.9	125	84	3	871	37	14	17	29	1.90
80654161--80654889	246	2.9	245	84	5	894	38	14	17	29	1.90
80657459--80657633	77	2.3	76	87	5	235	18	20	29	32	1.96
80657459--80657633	39	4.5	39	88	4	239	18	20	29	32	1.96
80664081--80664240	39	4.2	39	92	2	252	18	20	28	32	1.96
80664089--80664271	39	4.8	36	87	4	195	17	20	30	32	1.95
80667942--80668111	49	3.5	49	98	0	322	27	7	34	30	1.85
80667942--80668133	98	2.0	98	91	0	312	27	8	34	29	1.86
80668182--80668263	37	2.2	37	97	0	155	26	18	32	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80670347--80670478	29	4.6	29	96	0	237	25	15	32	25	1.96
80670315--80670478	58	2.8	58	88	3	215	25	17	31	25	1.97
80670315--80670478	87	1.9	87	86	5	233	25	17	31	25	1.97
80670962--80671060	41	2.4	41	80	11	114	25	25	24	25	2.00
80671005--80671102	40	2.5	40	75	12	94	26	26	26	20	1.99
80673926--80674046	49	2.5	49	97	0	224	28	7	33	30	1.85
80674119--80674199	37	2.2	37	95	0	144	27	17	32	23	1.97
80682146--80682200	10	5.5	10	84	0	65	67	0	5	27	1.12
80682142--80682200	20	3.0	20	84	0	82	69	0	5	25	1.09
80683262--80683320	24	2.5	24	94	0	100	16	22	35	25	1.95
80683481--80683522	18	2.3	18	83	0	57	45	7	26	21	1.77
80685026--80685077	25	2.1	24	82	10	61	69	1	0	28	0.99
80689451--80689545	27	3.5	26	78	5	100	34	20	6	38	1.78
80691802--80691841	21	1.9	21	84	0	53	47	15	17	20	1.83
80691925--80691989	24	2.7	24	92	0	103	23	24	9	43	1.83
80692078--80692114	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
80695692--80695818	66	1.9	66	91	0	209	20	25	7	46	1.77
80700475--80700579	44	2.5	42	81	6	113	29	26	18	25	1.98
80708017--80708336	46	6.8	48	72	14	220	23	28	20	27	1.99
80708020--80708338	93	3.4	95	78	13	315	24	27	20	27	1.99
80708655--80708735	30	2.7	30	98	0	153	28	29	13	28	1.94
80711781--80711850	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80714667--80714808	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
80714706--80714834	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
80722632--80722773	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
80722671--80722799	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
80730997--80731065	34	2.0	34	97	0	129	21	17	7	53	1.67
80732771--80732911	29	4.9	28	83	2	129	45	12	21	20	1.84
80732768--80732917	57	2.6	58	87	1	194	45	13	20	21	1.84
80732808--80732929	58	2.1	57	89	1	181	47	12	18	22	1.81
80734398--80734479	42	2.0	42	82	4	103	23	32	28	15	1.95
80750695--80750865	46	3.7	46	79	12	208	29	27	21	22	1.99
80750700--80750868	92	1.8	91	94	1	302	28	28	21	21	1.99
80750697--80750884	46	4.1	46	72	20	144	28	28	20	22	1.99
80757757--80757925	45	3.7	45	78	12	202	28	27	21	22	1.99
80758349--80758408	30	2.0	30	83	0	75	33	23	5	38	1.76
80761792--80761931	29	4.8	28	72	8	102	35	12	27	24	1.91
80763304--80763439	40	3.5	39	81	8	125	23	29	22	25	1.99
80763344--80763439	38	2.5	40	86	5	142	23	29	19	27	1.99
80765190--80765257	29	2.3	29	92	0	109	36	11	30	20	1.89
80765252--80765321	29	2.4	29	85	2	86	35	12	30	21	1.91
80773826--80773887	6	9.8	6	75	15	54	77	4	1	16	1.02
80773836--80773890	26	2.1	26	83	6	67	78	1	1	18	0.94
80773843--80773887	18	2.4	18	92	7	72	80	0	2	17	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80774124--80774199	40	1.9	40	86	0	107	31	18	19	30	1.96
80774253--80774362	40	2.8	40	87	0	148	27	17	24	30	1.97
80774734--80774826	14	6.6	14	70	16	66	21	2	26	49	1.61
80774734--80774826	21	4.4	21	71	20	68	21	2	26	49	1.61
80774734--80774834	7	14.4	7	69	17	59	21	1	26	49	1.60
80774802--80774834	13	2.4	14	90	5	50	18	3	30	48	1.63
80776074--80776132	28	2.1	28	87	12	86	10	42	0	47	1.37
80788865--80788940	31	2.4	31	82	6	91	59	3	0	36	1.16
80789153--80789220	29	2.3	30	82	5	84	32	14	4	48	1.64
80791264--80791316	11	4.5	11	75	15	52	22	3	1	71	1.12
80791267--80791322	25	2.2	26	81	12	71	25	3	1	69	1.14
80791540--80791859	43	7.5	43	81	4	321	24	16	28	30	1.97
80791540--80791863	85	3.8	86	81	3	327	24	16	28	30	1.97
80795920--80796084	59	2.8	59	92	1	278	30	13	18	36	1.90
80801714--80801761	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
80801874--80801990	23	5.1	23	89	4	175	29	17	20	31	1.96
80801873--80802011	23	6.0	24	87	5	137	29	18	21	30	1.97
80802205--80802267	31	2.1	30	90	3	99	38	14	23	23	1.92
80803011--80803055	13	3.4	14	79	14	51	35	2	0	62	1.08
80804475--80804717	122	2.0	121	99	0	477	14	25	7	52	1.68
80806909--80806947	15	2.6	15	88	8	53	23	15	10	51	1.73
80808497--80808557	31	2.0	31	100	0	122	9	13	24	52	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80816499--80816568	34	2.1	34	91	0	113	31	17	10	41	1.82
80819714--80819842	66	1.9	67	83	10	167	27	24	27	20	1.99
80824836--80824872	18	2.1	18	89	0	56	16	24	37	21	1.93
80830293--80830600	39	7.9	39	91	1	501	22	30	25	21	1.99
80836711--80837018	39	7.9	39	91	0	490	22	30	26	20	1.99
80841687--80841809	43	2.9	43	85	2	158	22	17	27	31	1.97
80847754--80847874	41	3.0	41	74	10	122	23	13	29	33	1.93
80852660--80852695	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
80857882--80857946	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
80858052--80858142	28	3.2	28	89	4	130	21	24	21	31	1.98
80858052--80858167	56	2.1	55	80	9	128	20	24	20	34	1.97
80858669--80858809	26	5.2	26	88	8	210	32	4	25	36	1.78
80858675--80858793	57	2.1	57	98	0	229	30	5	27	36	1.78
80860583--80860868	135	2.1	137	94	1	513	25	18	24	31	1.97
80861785--80861825	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
80862305--80862330	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80875055--80875134	34	2.3	35	91	6	128	38	0	3	57	1.17
80875055--80875134	35	2.3	33	89	10	117	38	0	3	57	1.17
80885502--80885531	5	6.0	5	92	0	51	0	36	0	63	0.95
80892613--80892660	25	1.9	25	86	0	69	43	20	16	18	1.88
80894363--80894422	18	3.3	18	65	17	52	30	13	25	31	1.93
80894360--80894431	36	2.0	36	100	0	144	30	13	22	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80896125--80896343	43	5.1	43	93	1	352	31	33	23	10	1.90
80896315--80896419	38	2.8	38	89	0	147	29	28	20	20	1.98
80900287--80900358	19	3.9	18	77	15	60	50	6	16	26	1.71
80900302--80900358	19	3.0	18	78	17	62	50	7	15	26	1.69
80902007--80902176	59	2.9	59	89	2	245	49	12	14	24	1.77
80902396--80902451	21	2.7	21	91	5	87	35	3	0	60	1.14
80903874--80903960	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
80905183--80905226	23	2.0	23	86	4	63	45	2	6	45	1.42
80905215--80905383	79	2.1	79	81	6	207	54	2	14	28	1.52
80905241--80905395	39	3.9	39	91	3	240	50	3	16	30	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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