genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  56  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15256490--15256679	38	4.9	38	86	3	229	21	21	25	31	1.98
15261250--15261421	24	7.1	23	69	17	77	37	20	23	18	1.94
15268393--15268453	11	5.7	11	73	5	54	36	13	18	32	1.89
15268393--15268439	21	2.2	21	88	0	67	36	10	21	31	1.88
15270712--15270779	29	2.3	29	84	0	82	25	10	25	39	1.87
15270715--15270795	29	2.7	29	82	3	81	23	11	28	37	1.89
15270814--15270937	55	2.3	55	84	1	160	24	12	25	37	1.91
15275774--15275926	83	1.9	82	95	1	279	33	13	25	26	1.93
15276048--15276353	133	2.3	133	94	2	542	38	12	4	44	1.63
15280318--15280471	83	1.9	83	98	0	299	34	12	24	28	1.92
15280593--15280898	133	2.3	133	94	2	533	39	12	4	44	1.61
15285216--15285336	58	2.1	59	90	1	190	24	21	23	30	1.99
15285371--15285424	24	2.2	24	83	0	63	14	29	37	18	1.91
15285971--15286026	5	11.2	5	92	0	94	23	21	37	17	1.94
15285973--15286034	15	4.1	15	89	0	61	20	22	40	16	1.91
15293298--15294103	42	19.1	43	82	7	899	18	31	33	16	1.93
15293291--15294144	128	6.8	125	77	12	563	19	31	33	16	1.94
15304804--15306121	85	15.5	83	76	6	384	19	32	31	16	1.94
15304829--15306161	43	31.4	43	81	3	1407	19	32	31	16	1.94
15304851--15306140	213	6.1	213	83	3	1360	19	32	31	16	1.94
15304921--15306161	170	7.3	168	83	2	1359	18	32	32	16	1.94
15306361--15306436	24	3.2	24	75	7	82	23	28	34	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15306841--15306953	58	1.9	58	85	3	156	26	21	17	34	1.95
15307620--15307665	5	9.2	5	90	0	74	21	23	39	15	1.92
15308780--15308822	21	2.0	21	100	0	86	13	39	13	32	1.85
15314707--15315784	43	25.3	43	77	8	620	19	32	31	16	1.94
15314730--15315830	127	8.6	127	78	7	952	19	31	31	16	1.94
15314730--15315830	170	6.5	168	80	4	1033	19	31	31	16	1.94
15314741--15315830	213	5.1	212	79	6	991	19	31	31	16	1.94
15316504--15316625	58	2.1	59	81	1	138	25	19	22	32	1.97
15317284--15317319	10	3.6	10	92	0	54	22	27	38	11	1.88
15317286--15317319	15	2.3	15	94	0	59	20	29	41	8	1.82
15319004--15319202	42	4.7	42	76	4	184	21	31	31	15	1.94
15319009--15319142	43	3.1	42	77	3	142	21	29	32	16	1.95
15319004--15319202	85	2.3	85	84	3	240	21	31	31	15	1.94
15319076--15319198	43	2.9	41	80	10	131	21	31	32	13	1.93
15319432--15319552	58	2.1	59	87	1	172	24	19	23	31	1.98
15327244--15328327	43	25.5	43	78	4	995	20	32	30	16	1.95
15327238--15328327	85	12.8	83	77	10	575	20	32	30	16	1.95
15327244--15328320	128	8.5	126	79	4	963	20	32	30	16	1.95
15333857--15333899	21	2.0	21	95	0	77	23	25	25	25	2.00
15334162--15334271	58	1.9	58	90	3	177	28	23	17	30	1.97
15334936--15334969	5	6.8	5	86	0	50	20	20	38	20	1.94
15334936--15334981	15	3.1	15	87	0	56	21	23	36	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15335048--15335134	44	2.0	44	100	0	174	16	20	36	26	1.93
15345139--15346675	85	18.1	85	80	5	1517	19	31	32	16	1.94
15345139--15346675	43	36.2	43	81	4	1613	19	31	32	16	1.94
15346695--15347027	42	7.9	42	84	3	382	19	32	33	15	1.92
15346511--15346864	193	1.8	194	87	1	523	19	32	33	14	1.92
15346460--15346933	236	2.0	237	87	1	673	19	32	32	16	1.94
15346695--15347027	85	3.9	85	80	8	376	19	32	33	15	1.92
15347709--15347821	58	1.9	58	87	0	163	25	22	19	32	1.97
15348486--15348521	5	7.2	5	96	0	54	22	25	38	13	1.91
15353657--15358356	85	55.7	85	79	6	3439	19	31	31	17	1.94
15353657--15358290	127	36.6	127	79	6	2729	19	31	31	17	1.94
15353657--15358315	42	110.4	43	79	5	4688	19	31	31	17	1.94
15364361--15364482	58	2.1	59	90	1	192	24	18	23	32	1.97
15371653--15394581	43	544.4	42	75	9	12038	19	31	31	16	1.95
15371965--15394577	85	268.4	85	76	7	18466	19	31	31	16	1.95
15379100--15379389	160	1.8	158	82	5	370	18	30	31	19	1.96
15384018--15385491	163	8.8	163	71	14	432	20	31	31	17	1.95
15371676--15393808	128	175.2	123	73	12	4178	19	31	31	16	1.95
15404452--15405002	43	13.0	43	73	7	326	20	32	28	17	1.96
15404445--15404665	85	2.6	85	81	7	234	22	36	24	16	1.94
15404537--15404981	85	5.2	85	78	5	434	20	32	30	17	1.95
15412200--15412723	43	12.3	42	75	8	307	20	33	28	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15412195--15412413	85	2.6	85	80	7	221	22	36	24	16	1.94
15412285--15412727	85	5.2	85	79	5	484	20	32	30	16	1.94
15419974--15421482	128	11.8	127	79	5	1288	19	32	30	16	1.95
15419974--15421482	43	35.5	43	79	3	1459	19	32	30	16	1.95
15419974--15421482	85	17.7	86	80	3	1459	19	32	30	16	1.95
15425239--15425269	5	6.2	5	100	0	62	22	19	38	19	1.93
15429254--15429447	96	2.0	96	84	2	255	12	31	17	37	1.88
15431820--15432389	132	4.4	132	90	3	929	29	24	16	29	1.97
15431822--15432396	259	2.2	261	93	1	976	29	24	16	29	1.97
15445114--15445214	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
15445143--15445214	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
15450629--15452132	43	35.4	42	79	5	1283	18	31	32	17	1.94
15450723--15452132	127	11.1	128	80	5	1299	18	31	33	17	1.94
15450718--15452132	85	16.6	85	80	4	1408	18	31	33	17	1.94
15452253--15452436	43	4.3	43	81	10	191	20	34	25	19	1.96
15453125--15453246	58	2.1	59	85	1	165	25	19	23	31	1.98
15457157--15457485	182	1.8	182	92	1	561	26	28	27	17	1.98
15460137--15460204	35	1.9	35	87	0	100	38	10	25	26	1.88
15465504--15465532	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
15473866--15473893	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
15474905--15474948	21	2.0	22	82	4	54	2	25	13	59	1.46
15475307--15475464	43	3.7	42	78	5	158	29	14	24	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15479920--15479951	14	2.3	14	100	0	64	53	15	6	25	1.65
15483364--15483548	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
15483364--15483546	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
15483365--15483581	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
15497567--15497602	15	2.3	15	90	4	54	61	8	8	22	1.51
15499000--15499046	18	2.5	19	78	18	53	72	0	2	25	0.96
15499285--15499360	16	4.2	17	68	22	57	65	2	2	28	1.19
15500999--15501499	205	2.4	205	89	1	783	28	21	18	30	1.97
15501471--15501578	44	2.4	44	87	6	155	26	27	15	29	1.96
15501522--15501825	44	6.9	44	70	12	185	26	25	18	30	1.98
15501522--15501833	132	2.4	132	91	1	482	26	25	17	30	1.97
15501667--15501828	88	1.9	87	84	3	218	28	24	17	29	1.97
15509933--15509962	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
15513277--15513377	28	3.5	28	84	4	103	28	27	14	28	1.96
15517039--15517156	19	6.2	19	65	23	61	62	2	4	30	1.27
15517352--15517414	25	2.5	26	80	17	71	63	1	0	34	1.04
15518428--15518454	13	2.1	13	100	0	54	22	29	33	14	1.94
15521665--15521764	43	2.3	43	94	0	173	27	33	21	19	1.97
15521780--15521833	28	2.0	27	85	3	72	66	3	1	27	1.19
15525399--15525427	13	2.2	13	100	0	58	37	6	10	44	1.65
15525547--15525595	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
15526188--15526252	29	2.2	30	91	2	105	23	27	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15526218--15526413	81	2.4	81	79	7	209	21	22	22	33	1.98
15526218--15526413	41	4.8	41	84	6	208	21	22	22	33	1.98
15534942--15534991	21	2.4	21	86	6	66	48	2	14	36	1.55
15535584--15535632	21	2.3	21	82	3	62	36	0	2	61	1.08
15544354--15544639	64	4.4	65	80	8	269	24	28	14	31	1.95
15552301--15552329	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
15554956--15555294	123	2.8	123	94	0	588	30	10	25	33	1.90
15555263--15555490	40	5.7	40	87	2	287	25	22	25	26	2.00
15558001--15558030	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
15569132--15569171	21	1.9	21	94	0	71	52	10	22	15	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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