genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97398426--97398611	46	4.0	46	74	18	154	28	28	20	22	1.99
97409103--97409274	93	1.8	93	97	0	326	27	28	21	22	1.99
97409096--97409271	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
97414870--97414939	27	2.6	27	83	2	86	34	24	14	27	1.94
97414948--97415054	42	2.5	42	98	0	205	22	33	14	29	1.93
97420580--97420649	27	2.6	27	81	2	77	34	24	15	25	1.95
97420658--97420764	42	2.5	42	98	0	205	22	33	14	29	1.93
97428605--97428674	27	2.6	27	83	2	86	34	24	14	27	1.94
97430158--97430412	39	6.5	39	92	1	404	18	22	29	29	1.98
97435815--97435943	50	2.6	50	91	0	204	18	19	31	31	1.96
97438967--97439133	45	3.8	45	88	5	218	23	21	31	22	1.98
97446125--97446183	31	1.9	31	89	0	91	28	22	15	33	1.94
97446391--97446474	26	3.4	25	86	6	100	29	22	21	26	1.99
97447962--97448130	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
97455997--97456165	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
97460999--97461132	46	3.0	45	85	6	198	22	22	26	28	1.99
97460999--97461132	45	3.0	45	87	4	198	22	22	26	28	1.99
97471340--97471394	27	2.0	28	82	10	69	32	14	14	38	1.87
97472334--97472395	29	2.1	29	93	0	106	43	11	24	20	1.85
97472340--97472412	29	2.5	29	86	0	101	39	15	23	21	1.91
97472398--97472499	28	3.5	28	82	6	107	37	15	26	20	1.93
97483393--97483486	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97483355--97483486	58	2.3	58	82	2	158	25	34	15	24	1.95
97489836--97490045	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
97501088--97501158	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
97501142--97501265	27	4.6	27	83	2	160	42	19	7	30	1.78
97501126--97501237	54	2.1	53	81	8	136	40	22	6	31	1.79
97501142--97501265	54	2.3	54	91	0	194	42	19	7	30	1.78
97501248--97501309	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
97501142--97501291	54	2.8	54	84	4	151	42	18	9	30	1.82
97501142--97501294	81	1.9	81	85	5	211	41	18	9	30	1.82
97501900--97501983	41	2.0	41	97	0	159	27	20	22	29	1.98
97501971--97502067	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
97505220--97505290	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
97505274--97505397	27	4.6	27	83	2	160	42	19	7	30	1.78
97505258--97505369	54	2.1	53	81	8	136	40	22	6	31	1.79
97505274--97505397	54	2.3	54	91	0	194	42	19	7	30	1.78
97505380--97505441	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
97505274--97505423	54	2.8	54	84	4	151	42	18	9	30	1.82
97505274--97505426	81	1.9	81	85	5	211	41	18	9	30	1.82
97506032--97506115	41	2.0	41	100	0	168	28	20	21	29	1.98
97506103--97506199	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
97507433--97507526	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
97507395--97507526	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97512328--97512413	43	2.0	43	88	0	127	25	20	2	51	1.60
97513600--97513632	16	1.9	18	88	11	52	21	12	0	66	1.23
97516387--97516673	88	3.3	88	81	4	273	37	14	24	22	1.92
97516372--97516672	29	10.3	29	75	6	234	37	14	24	22	1.92
97519970--97520020	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
97528558--97528680	47	2.6	47	85	3	151	23	16	26	34	1.95
97530017--97530075	25	2.6	21	73	21	64	35	5	23	35	1.77
97534843--97534875	17	2.0	17	88	5	50	54	18	0	27	1.44
97536644--97536761	42	2.8	42	86	0	137	30	25	16	27	1.97
97536774--97536949	48	3.7	48	88	0	271	28	30	17	23	1.97
97541247--97541315	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
97541953--97542103	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
97541950--97542110	81	2.0	81	87	0	232	32	8	20	39	1.82
97541950--97542103	27	5.7	27	83	0	209	31	7	20	39	1.81
97541961--97542130	81	2.1	81	78	2	189	33	7	20	38	1.81
97542098--97542446	27	12.9	27	84	6	447	40	8	22	27	1.84
97542097--97542454	54	6.6	54	91	0	572	40	8	23	27	1.84
97550663--97550693	15	2.0	16	93	6	55	32	0	0	67	0.91
97552656--97552861	40	5.2	40	93	0	333	23	21	26	27	1.99
97556072--97556109	16	2.4	16	90	0	58	47	23	21	7	1.77
97556326--97556444	28	4.2	29	87	4	129	23	12	33	30	1.92
97556344--97556439	28	3.4	28	91	1	147	22	13	34	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97557118--97557143	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
97559983--97560010	13	2.2	13	100	0	56	21	10	28	39	1.87
97566363--97566556	39	4.9	39	87	0	253	23	21	31	23	1.98
97574229--97574391	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
97574229--97574422	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
97576831--97577006	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
97576828--97576999	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
97584372--97584547	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
97584369--97584540	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
97593952--97593999	24	2.0	25	84	12	64	62	8	2	27	1.35
97603062--97603121	18	3.4	17	70	25	52	26	10	28	35	1.89
97603038--97603143	36	2.9	36	79	5	124	30	11	26	32	1.91
97605288--97605339	25	2.1	25	100	0	104	32	28	11	26	1.91
97617591--97617631	20	2.0	20	90	9	66	46	14	9	29	1.77
97620935--97620983	2	24.5	2	95	0	89	51	0	0	48	1.00
97622513--97622608	27	3.5	27	86	10	133	36	20	25	17	1.94
97623033--97623081	8	6.1	8	87	0	62	6	24	24	44	1.76
97623033--97623081	24	2.0	24	88	0	71	6	24	24	44	1.76
97631347--97631391	23	2.0	23	86	0	63	57	24	8	8	1.57
97639332--97639432	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
97647139--97647239	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
97648942--97649151	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97654168--97654203	17	2.2	16	90	5	54	77	5	5	11	1.10
97655045--97655112	35	1.9	35	93	0	118	48	10	8	32	1.68
97661910--97662176	134	2.0	134	94	1	473	33	11	18	35	1.88
97664867--97664923	25	2.3	26	82	17	84	42	7	26	24	1.80
97664878--97664929	25	2.1	25	100	0	104	34	9	28	26	1.88
97665220--97665431	46	4.9	40	80	16	196	37	15	24	22	1.93
97665255--97665471	46	4.7	46	88	1	292	39	14	23	21	1.91
97665732--97665778	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
97669916--97669944	11	2.6	11	100	0	58	27	0	17	55	1.42
97670501--97670661	43	3.7	43	68	7	130	24	16	24	33	1.96
97679347--97679514	40	4.2	40	82	1	176	24	26	22	26	2.00
97683141--97683181	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
97685074--97685413	170	2.0	170	93	0	581	22	16	27	33	1.95
97690857--97691075	49	4.4	50	82	2	262	26	18	26	29	1.98
97690858--97691075	101	2.2	98	83	2	265	26	18	25	29	1.98
97694109--97694362	38	6.2	38	85	8	247	30	24	14	29	1.95
97694154--97694401	47	5.7	46	83	10	240	30	25	14	29	1.95
97694211--97694437	124	1.8	123	88	0	346	30	26	13	28	1.94
97697156--97697189	15	2.3	15	89	0	50	55	11	14	17	1.68
97698971--97699008	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
97700623--97700691	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
97706906--97706943	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97709033--97709129	22	4.5	21	79	7	97	60	26	9	3	1.42
97709015--97709119	33	3.2	30	80	15	102	61	25	9	2	1.40
97709039--97709129	11	8.4	11	80	9	80	60	26	9	3	1.44
97714987--97715147	38	4.2	38	88	1	225	19	20	27	32	1.97
97715140--97715268	46	3.0	44	84	7	140	26	22	27	24	2.00
97716337--97716375	14	2.6	15	92	8	62	58	10	23	7	1.56
97717388--97717462	38	2.0	38	91	0	123	28	26	17	28	1.98
97717433--97717599	47	3.5	47	90	0	262	32	21	14	31	1.94
97719037--97719167	51	2.5	51	87	4	183	27	13	29	29	1.94
97729393--97729444	25	2.1	25	96	0	95	36	5	25	32	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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