genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10719279--10719323	22	2.0	22	100	0	90	60	4	17	17	1.53
10729589--10729620	11	2.9	11	100	0	64	46	25	0	28	1.53
10732355--10732408	25	2.2	25	96	3	101	31	7	24	37	1.83
10738387--10738527	24	5.9	24	76	9	126	22	12	30	34	1.92
10738387--10738499	48	2.4	48	84	0	145	22	12	30	34	1.91
10742208--10742253	6	7.7	6	92	0	74	15	0	2	82	0.76
10745186--10745214	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
10747653--10747856	53	3.8	52	78	6	212	24	27	17	31	1.97
10750700--10750825	66	1.9	66	83	3	164	13	23	17	46	1.83
10759974--10760231	67	3.9	64	76	9	211	29	15	29	25	1.96
10763338--10763364	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
10770455--10770493	17	2.3	17	95	0	69	20	7	12	58	1.58
10776206--10776258	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
10777738--10777845	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
10785667--10785774	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
10787196--10787247	19	2.8	18	85	5	59	21	1	1	75	1.00
10790772--10790974	54	3.8	54	78	6	175	25	27	16	31	1.96
10790771--10790974	53	3.8	52	78	6	203	25	26	16	31	1.96
10792757--10792791	17	2.2	15	90	10	52	31	8	25	34	1.86
10793819--10793944	66	1.9	66	83	3	164	13	23	17	46	1.83
10803144--10803329	67	2.8	66	79	8	171	30	15	30	24	1.95
10803093--10803351	68	3.9	64	76	8	211	29	15	29	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10807388--10807554	40	4.2	40	78	6	151	26	22	26	25	2.00
10809681--10809707	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
10816789--10816827	17	2.4	17	91	4	62	20	7	10	61	1.52
10832655--10832680	12	2.2	12	100	0	52	61	23	7	7	1.49
10840657--10840830	46	3.8	46	78	13	196	28	29	21	21	1.98
10840665--10840835	93	1.8	92	92	1	288	27	29	21	21	1.98
10843653--10843772	55	2.2	55	80	0	132	21	24	29	25	1.99
10849779--10849828	26	1.9	26	84	8	66	12	12	4	72	1.26
10850456--10850505	21	2.4	21	76	6	57	22	34	26	18	1.96
10856029--10856138	26	4.2	26	94	2	168	36	23	5	34	1.78
10856529--10856595	35	1.9	35	90	0	107	35	5	11	46	1.65
10857597--10857716	63	1.9	64	87	1	179	48	14	5	31	1.67
10859488--10859529	21	2.0	21	100	0	84	28	19	28	23	1.98
10859490--10859536	21	2.3	21	92	3	78	34	17	25	23	1.96
10859531--10859668	27	5.1	27	86	6	183	35	23	23	17	1.95
10859531--10859668	54	2.6	54	92	2	233	35	23	23	17	1.95
10861280--10861387	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
10866630--10866762	27	5.0	27	84	8	166	35	23	24	17	1.95
10866648--10866762	54	2.1	54	96	0	212	35	25	22	16	1.95
10868376--10868459	26	3.2	26	94	0	141	38	23	4	33	1.76
10869983--10870014	15	2.1	15	94	0	55	43	3	0	53	1.16
10873073--10873128	28	2.0	28	100	0	112	53	14	3	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10873441--10873561	40	3.2	38	69	21	92	35	17	18	28	1.93
10873355--10873568	75	2.9	75	81	4	227	35	18	18	27	1.94
10873404--10873528	35	3.5	35	69	20	87	36	19	19	24	1.94
10873358--10873595	75	3.2	73	77	5	192	35	18	18	26	1.94
10881925--10881957	11	3.3	10	84	16	50	0	30	0	69	0.88
10885545--10885652	27	4.0	26	83	5	108	37	20	23	19	1.95
10885545--10885652	54	2.0	53	83	1	135	37	20	23	19	1.95
10885810--10885868	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
10885976--10886054	27	3.0	26	87	5	95	36	21	21	20	1.95
10886285--10886531	27	9.1	27	87	0	305	26	18	17	36	1.93
10886273--10886385	54	2.1	55	80	5	131	29	20	20	30	1.97
10886516--10886828	27	11.7	27	79	9	293	30	10	19	39	1.85
10886299--10886641	81	4.2	80	78	6	300	28	15	17	37	1.91
10886515--10886837	134	2.4	134	88	2	479	31	10	19	38	1.86
10886516--10886828	107	2.9	105	78	7	319	30	10	19	39	1.85
10895297--10895360	30	2.1	31	94	2	112	43	3	3	50	1.33
10900242--10900314	33	2.2	34	82	2	85	24	19	24	31	1.98
10900965--10901078	6	18.5	6	72	15	90	48	14	20	16	1.81
10900965--10901057	37	2.5	37	91	0	132	46	15	21	17	1.84
10900976--10901078	31	3.3	31	75	15	113	47	15	20	16	1.82
10901012--10901078	25	2.7	25	85	0	89	47	16	19	16	1.82
10901221--10901304	27	3.1	26	84	6	96	38	21	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10901463--10901527	22	3.0	22	82	8	78	33	21	24	20	1.97
10901916--10902056	27	5.2	27	85	0	147	26	19	17	36	1.94
10903986--10904027	21	2.0	21	100	0	84	28	28	28	14	1.95
10909764--10909824	28	2.2	28	78	0	68	32	21	18	27	1.96
10912389--10912433	3	14.7	3	82	13	56	64	4	0	31	1.13
10914165--10914408	49	4.9	49	82	4	256	27	28	18	25	1.98
10919493--10919526	17	2.0	17	100	0	68	41	29	5	23	1.78
10919687--10919719	14	2.2	16	89	10	52	42	36	3	18	1.66
10920555--10920657	52	2.0	53	83	7	131	34	36	10	17	1.85
10922032--10922354	66	4.9	66	77	0	333	28	18	24	28	1.98
10924717--10924789	25	2.9	25	81	0	92	34	15	16	34	1.90
10930930--10931604	330	2.0	330	99	0	1332	33	18	18	28	1.95
10943483--10943525	22	2.0	22	95	0	77	60	13	0	25	1.34
10946431--10946518	30	2.9	30	83	6	124	22	37	26	13	1.91
10950420--10950463	21	2.1	21	82	0	52	29	6	0	63	1.20
10950814--10950865	5	10.2	5	76	19	54	25	0	1	73	0.94
10950814--10950865	21	2.6	19	82	14	68	25	0	1	73	0.94
10950889--10950957	24	2.8	24	89	6	86	24	4	0	71	1.05
10950895--10950931	18	2.1	18	89	0	56	24	2	0	72	0.97
10950822--10950962	8	16.9	8	69	18	58	25	3	1	69	1.13
10950920--10950966	9	5.2	9	87	7	69	21	2	0	76	0.89
10951049--10951086	3	13.0	3	94	5	69	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10954872--10954900	13	2.1	14	93	6	51	27	0	13	58	1.36
10956888--10956913	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
10961822--10961873	26	2.0	26	100	0	104	30	11	19	38	1.87
10965059--10965100	21	2.0	21	90	4	68	28	11	28	30	1.92
10965373--10965416	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
10978359--10978397	19	2.2	18	86	9	53	51	17	28	2	1.59
10986085--10986149	26	2.2	31	71	28	86	32	13	16	36	1.89
10986094--10986147	26	2.1	26	100	0	108	33	11	16	38	1.84
10986618--10986681	32	2.0	32	100	0	128	31	15	18	34	1.93
10998570--10998619	20	2.6	19	84	9	57	38	2	4	56	1.30
11001771--11001941	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
11001763--11001938	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
11007649--11007680	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
11011980--11012218	130	1.8	130	86	0	343	37	14	17	30	1.90
11019579--11019861	18	15.3	18	71	11	160	37	14	11	35	1.83
11020029--11020132	45	2.3	45	86	1	147	41	20	20	18	1.91
11021669--11021721	5	10.4	5	97	2	97	58	0	0	41	0.98
11037029--11037138	26	4.2	26	95	0	184	34	4	23	37	1.75
11038758--11038897	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
11038758--11038897	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
11038959--11038998	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
11041002--11041126	35	3.4	35	73	16	117	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11040961--11041097	41	3.5	41	74	15	135	31	17	23	27	1.97
11040949--11041136	76	2.5	76	84	0	259	29	19	23	27	1.98
11044579--11044698	44	2.8	45	82	11	144	33	20	23	22	1.97
11044560--11044698	43	3.2	43	77	9	147	30	19	25	24	1.98
11044629--11044720	43	2.1	43	82	4	105	30	27	20	21	1.98
11045519--11045877	69	5.2	68	76	8	336	37	23	5	33	1.79
11045517--11045877	23	15.7	23	78	10	287	37	23	5	32	1.79
11046260--11046292	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
11046412--11046470	30	2.0	29	90	3	91	57	11	3	27	1.50
11046506--11046549	23	2.0	22	86	4	61	59	9	9	22	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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