genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  130  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38856768--38856835	31	2.2	31	82	10	77	63	2	4	29	1.29
38857146--38857177	16	2.1	16	94	5	57	59	0	6	34	1.23
38858588--38858644	25	2.2	27	81	6	64	45	1	3	49	1.29
38860683--38860725	13	3.3	13	96	0	77	27	25	25	20	1.99
38861852--38862024	48	3.6	47	75	6	141	25	15	27	31	1.96
38861896--38862029	48	2.8	48	85	4	162	26	18	25	29	1.98
38862261--38862323	32	2.0	33	96	0	103	41	9	23	25	1.85
38872803--38872956	76	2.0	76	94	0	272	25	9	25	39	1.86
38879060--38879500	47	9.4	47	92	0	693	33	7	30	28	1.86
38886199--38886345	78	1.9	80	84	5	201	23	27	24	24	2.00
38886164--38886345	40	4.6	39	77	9	172	23	27	25	24	2.00
38889980--38890133	39	3.9	40	91	0	222	25	32	20	22	1.98
38889980--38890133	79	1.9	79	86	2	220	25	32	20	22	1.98
38893146--38893243	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
38900826--38900923	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
38907809--38907990	40	4.6	39	76	9	163	23	27	24	24	2.00
38911615--38911752	40	3.5	40	82	8	133	21	28	25	24	1.99
38913778--38913928	42	3.6	42	78	7	171	31	17	22	28	1.96
38915434--38915557	43	2.9	42	77	5	133	24	13	25	37	1.92
38929395--38929606	48	4.4	48	74	3	167	31	19	22	26	1.98
38929395--38929573	96	1.9	96	83	2	234	31	19	22	26	1.98
38942401--38942559	39	4.1	39	91	0	246	27	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38948152--38948205	26	2.1	26	89	0	81	35	20	22	22	1.96
38953913--38954076	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
38953913--38954110	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
38961902--38962116	39	5.5	40	88	5	298	25	28	23	22	1.99
38961916--38962116	79	2.6	78	90	4	298	25	28	23	21	1.99
38970098--38970315	40	5.5	40	90	2	307	26	27	22	22	1.99
38974211--38974287	38	2.0	38	89	0	118	42	22	9	25	1.82
38975495--38975524	11	2.7	11	89	0	51	30	0	13	56	1.37
38976968--38977096	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
38977003--38977149	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
38976984--38977149	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
38984286--38984345	29	2.1	29	96	0	111	33	13	23	30	1.93
38987892--38987927	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
38987960--38988011	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
38994263--38994374	39	2.8	39	90	1	170	24	31	21	23	1.98
38996546--38996576	16	1.9	16	93	0	53	29	9	0	61	1.28
39001893--39001917	12	2.1	12	100	0	50	52	24	0	24	1.48
39005864--39006047	25	7.4	25	84	0	179	39	27	15	17	1.90
39005858--39006030	50	3.5	50	88	1	231	39	27	13	18	1.89
39005860--39006047	75	2.5	75	81	3	216	39	27	14	18	1.90
39006302--39006388	26	3.3	26	90	3	131	26	14	17	41	1.88
39006302--39006408	26	4.1	26	86	2	108	28	13	16	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39006302--39006408	52	2.1	52	82	7	128	28	13	16	41	1.86
39010020--39010059	18	2.2	19	86	4	55	40	12	0	47	1.41
39010445--39010541	43	2.3	43	89	3	142	26	27	17	27	1.98
39017227--39017371	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
39022468--39022631	29	5.7	29	90	0	247	33	15	21	28	1.95
39030547--39030739	29	6.7	29	92	0	314	33	15	21	30	1.94
39037274--39037298	11	2.3	11	100	0	50	76	0	24	0	0.80
39040970--39041133	40	4.1	40	92	0	249	28	26	20	24	1.99
39041814--39041949	68	2.0	68	100	0	272	32	17	8	41	1.80
39048842--39048982	40	3.5	40	96	0	246	27	26	21	23	1.99
39048817--39048994	80	2.2	80	86	4	245	26	26	21	25	1.99
39050802--39050845	19	2.1	21	84	12	56	40	0	15	43	1.47
39051429--39051469	20	2.0	20	85	0	55	19	19	31	29	1.96
39057683--39057911	41	5.6	41	73	9	191	23	22	27	26	2.00
39057684--39057874	40	4.7	41	80	8	212	24	23	27	25	2.00
39057684--39057904	81	2.7	81	91	2	338	23	22	28	25	1.99
39065814--39065961	41	3.6	41	82	7	185	24	22	27	26	2.00
39069441--39069684	41	6.1	40	77	15	234	26	27	22	22	1.99
39069445--39069668	81	2.8	81	92	2	353	25	28	22	22	1.99
39083234--39083369	40	3.5	39	75	9	100	25	27	24	22	2.00
39083300--39083393	38	2.4	40	82	8	113	23	26	24	25	2.00
39083269--39083450	40	4.6	39	74	9	145	24	26	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39087468--39087649	40	4.6	38	77	8	150	23	28	24	24	2.00
39095965--39096010	13	3.5	13	90	0	74	13	23	39	23	1.90
39101941--39101980	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
39104791--39104964	45	3.8	44	79	12	199	29	28	19	22	1.98
39104799--39104968	93	1.8	92	93	1	295	28	28	20	22	1.98
39109056--39109162	28	3.8	28	89	0	142	35	9	25	29	1.87
39111139--39111321	28	6.5	28	78	2	168	16	19	33	29	1.94
39111139--39111321	85	2.2	85	93	0	312	16	19	33	29	1.94
39111224--39111351	57	2.2	57	91	2	202	16	19	35	28	1.93
39113680--39113840	29	5.6	29	84	1	171	24	16	32	25	1.96
39115523--39115709	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
39115546--39115709	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
39115546--39115743	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
39123087--39123273	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
39123110--39123273	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
39123110--39123307	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
39130911--39131077	39	4.2	40	76	9	137	26	22	26	24	2.00
39140024--39140084	27	2.2	28	88	5	90	34	22	13	29	1.92
39141109--39141148	21	2.0	20	90	5	62	37	0	17	45	1.49
39143315--39143415	29	3.5	29	84	2	123	27	28	15	27	1.96
39150431--39150614	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
39150471--39150659	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39152089--39152463	46	7.9	47	69	15	179	26	18	30	24	1.98
39159861--39160125	47	5.7	45	73	13	141	28	18	30	23	1.98
39176817--39176917	29	3.5	28	87	5	139	28	15	26	28	1.96
39178517--39178569	27	2.0	27	88	0	79	35	16	15	32	1.90
39183226--39183380	39	3.9	39	90	0	238	25	32	18	23	1.97
39191220--39191374	39	3.9	39	88	0	229	24	32	18	24	1.97
39193556--39193643	28	2.9	30	83	9	92	28	27	20	23	1.99
39194025--39194303	27	10.3	27	90	0	423	24	22	20	33	1.97
39203239--39203398	86	1.9	85	80	8	191	23	17	26	31	1.97
39203240--39203398	43	3.7	43	77	7	162	23	17	27	31	1.97
39205389--39205454	31	2.1	31	91	0	105	24	24	15	36	1.93
39205646--39205809	23	7.0	24	91	6	257	28	21	21	28	1.99
39205646--39205810	70	2.3	70	92	5	271	27	21	22	27	1.99
39205667--39205808	47	3.1	47	95	2	261	28	21	21	28	1.99
39205855--39205924	20	3.5	20	88	3	106	32	20	10	37	1.85
39205961--39206008	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
39207156--39207238	27	3.1	26	89	5	121	20	26	21	31	1.98
39207300--39207528	27	8.5	25	75	11	98	33	8	18	39	1.82
39207277--39207528	81	3.1	79	74	11	224	32	9	19	38	1.83
39207277--39207528	54	4.6	54	76	8	215	32	9	19	38	1.83
39207389--39207593	54	3.8	54	81	2	160	36	8	19	35	1.83
39207372--39207755	81	4.7	81	75	4	220	36	9	22	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39207507--39207711	27	7.6	27	88	2	259	40	8	22	27	1.84
39210389--39210454	31	2.1	31	91	0	105	24	24	15	36	1.93
39210666--39210854	23	8.1	23	92	4	308	30	21	20	28	1.98
39210666--39210854	93	2.0	93	94	2	335	30	21	20	28	1.98
39210912--39210968	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
39210900--39210970	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
39210905--39210959	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
39211007--39211054	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
39212202--39212285	27	3.1	27	86	10	118	19	26	22	32	1.97
39212330--39212560	27	8.5	27	78	3	205	32	9	18	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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