genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  299  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92954590--92954633	20	2.2	20	91	0	70	43	0	9	47	1.35
92957770--92957852	7	12.1	7	71	25	54	66	3	3	26	1.25
92957816--92957867	23	2.3	23	83	12	63	67	1	7	23	1.27
92958030--92958071	20	2.2	19	86	4	57	59	2	7	30	1.37
92958100--92958124	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
92959695--92960253	210	2.7	211	84	5	665	29	22	17	31	1.96
92966516--92967290	209	3.7	210	88	0	1187	31	22	17	29	1.96
92979268--92979312	12	3.6	12	85	11	63	62	0	4	33	1.15
92979284--92979359	31	2.6	29	73	17	75	65	3	3	26	1.27
92979449--92979505	15	3.9	15	74	19	57	59	1	1	36	1.18
92979539--92979580	20	2.2	19	86	4	57	59	2	7	30	1.37
92979609--92979633	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
92983036--92983098	29	2.2	29	97	0	117	38	20	9	31	1.85
92984191--92984238	21	2.3	21	92	0	78	22	4	14	58	1.54
92989638--92989679	13	2.9	15	75	13	52	2	23	0	73	0.94
92994926--92994974	19	2.5	20	87	9	66	44	2	8	44	1.45
92995991--92996140	53	2.7	55	83	10	207	46	14	7	32	1.72
92999198--92999323	39	3.2	39	83	4	155	27	27	19	24	1.99
93002193--93002250	29	2.0	29	100	0	116	44	6	10	37	1.65
93003184--93003256	23	3.2	23	71	7	67	47	23	10	17	1.79
93003187--93003277	46	2.0	46	86	0	128	47	23	8	20	1.78
93005308--93005429	46	2.6	46	83	5	138	22	27	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93005209--93005475	94	2.9	92	75	13	251	23	26	19	29	1.98
93009794--93009865	36	2.0	36	100	0	144	41	19	13	25	1.88
93010013--93010067	21	2.6	21	76	0	56	23	30	30	14	1.94
93010730--93010760	6	5.0	6	96	4	53	80	0	0	19	0.71
93014255--93014304	25	2.0	25	100	0	100	36	32	4	28	1.76
93017675--93017699	13	1.9	13	100	0	50	40	24	0	36	1.55
93017691--93017733	19	2.3	19	100	0	86	60	18	4	16	1.52
93026710--93026840	35	3.7	35	83	0	154	18	11	27	42	1.84
93026710--93026840	70	1.9	70	86	0	190	18	11	27	42	1.84
93030067--93030244	40	4.4	40	88	0	266	46	29	13	10	1.77
93037668--93037819	40	3.8	40	76	8	123	23	23	27	25	2.00
93044134--93044164	15	2.1	15	100	0	62	38	0	32	29	1.57
93054660--93054696	19	1.9	19	88	0	56	59	0	10	29	1.31
93056764--93056797	18	2.0	18	88	11	54	29	41	26	2	1.70
93057913--93058117	49	4.3	47	73	14	161	21	28	20	29	1.98
93064626--93064651	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
93070180--93070206	9	3.0	9	100	0	54	55	22	11	11	1.66
93071340--93071365	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
93075574--93075629	21	2.7	21	80	0	58	25	33	14	26	1.94
93078551--93078652	32	3.2	32	90	2	161	27	26	16	29	1.97
93078551--93078650	31	3.2	31	90	4	155	28	26	17	29	1.97
93080668--93080984	47	6.7	47	89	4	465	29	31	7	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93080668--93080984	96	3.3	94	89	5	483	29	31	7	31	1.85
93084725--93084945	43	5.1	43	94	0	370	32	32	21	14	1.93
93084928--93085139	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
93087078--93087394	47	6.7	47	89	4	465	29	31	7	31	1.85
93087078--93087394	96	3.3	94	89	5	483	29	31	7	31	1.85
93093192--93093344	57	2.7	56	86	6	220	43	16	7	31	1.77
93099292--93099425	44	3.1	43	78	6	128	23	15	26	33	1.95
93106375--93106481	56	1.9	56	86	3	153	29	23	17	28	1.97
93109675--93109859	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
93109676--93109867	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
93109675--93109892	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
93117767--93117878	38	2.8	39	81	5	120	26	22	28	22	1.99
93117729--93117919	40	4.8	40	79	6	167	24	24	28	23	2.00
93117728--93117911	78	2.3	80	81	9	207	24	23	27	23	2.00
93122214--93123621	707	2.0	701	97	1	2689	32	13	23	31	1.92
93124629--93124725	38	2.5	38	83	5	124	25	22	28	22	1.99
93124628--93124765	39	3.6	39	77	11	131	24	23	28	23	2.00
93132658--93132808	40	3.8	39	77	9	121	25	23	28	22	1.99
93132672--93132769	38	2.5	39	85	3	135	26	22	28	22	1.99
93132619--93132801	78	2.3	81	82	8	216	24	23	27	24	2.00
93132671--93132834	78	2.1	78	79	4	179	25	22	27	24	2.00
93135036--93135092	3	19.7	3	73	20	50	3	31	0	64	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93136308--93136415	28	3.9	28	80	3	112	20	25	18	35	1.95
93136308--93136416	56	2.0	55	83	1	137	20	25	18	35	1.95
93142244--93142281	18	2.1	18	100	0	76	39	10	5	44	1.61
93143829--93143934	29	3.7	29	87	2	142	23	32	16	28	1.96
93143813--93143934	58	2.1	58	83	3	147	22	33	16	27	1.95
93151488--93151658	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
93151480--93151660	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
93155979--93156126	64	2.2	68	78	10	160	31	16	29	22	1.96
93159488--93159718	48	4.9	48	74	11	215	26	24	19	28	1.99
93164629--93164747	44	2.6	46	81	7	136	25	31	19	24	1.98
93173234--93173362	50	2.5	51	86	5	181	37	17	20	24	1.94
93173338--93173517	31	5.8	31	86	5	247	26	19	28	25	1.99
93173542--93173706	47	3.7	46	83	6	151	29	15	25	29	1.96
93173593--93173752	42	3.7	43	81	8	157	31	14	26	28	1.95
93173636--93173750	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
93173922--93173974	26	2.0	26	92	0	88	32	13	13	41	1.82
93177908--93178224	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
93177908--93178224	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
93180162--93180373	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
93180356--93180576	43	5.1	43	94	0	370	14	21	32	32	1.93
93183988--93184304	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
93183988--93184304	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93185539--93185896	94	3.8	93	77	9	302	23	28	19	28	1.98
93186246--93186326	30	2.7	30	96	3	146	33	27	11	28	1.91
93201068--93201102	18	1.9	18	88	0	52	54	0	2	42	1.15
93201121--93201160	10	3.7	11	87	12	57	35	0	0	65	0.93
93201705--93201748	19	2.3	19	84	0	52	11	36	0	52	1.38
93201717--93201754	19	2.0	19	89	0	58	13	31	0	55	1.38
93203267--93203306	20	2.0	20	85	9	55	15	32	20	32	1.93
93204770--93204807	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
93213309--93213343	18	1.9	18	88	0	52	54	0	2	42	1.15
93220544--93220580	19	1.9	19	88	0	56	59	2	8	29	1.40
93224287--93224484	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
93224353--93224470	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
93224321--93224484	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
93230097--93230170	36	2.1	36	100	0	148	25	13	21	39	1.90
93233303--93233354	19	3.0	16	80	11	50	76	9	9	3	1.12
93234211--93234245	13	2.8	12	87	8	52	37	5	0	57	1.23
93238039--93238077	20	1.9	20	89	5	60	48	7	0	43	1.31
93250168--93250284	51	2.3	51	98	0	225	29	24	11	33	1.91
93250260--93250310	7	7.3	7	93	0	66	23	29	7	39	1.83
93250260--93250305	14	3.3	14	90	0	74	21	30	6	41	1.78
93250209--93250349	72	2.0	72	91	0	228	28	25	12	34	1.92
93281788--93281825	19	2.0	19	85	10	51	26	26	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93282979--93283024	17	2.6	17	89	3	65	39	8	0	52	1.33
93300089--93300179	30	2.9	32	78	6	105	36	9	10	42	1.73
93307038--93307176	43	3.3	43	80	9	142	28	26	17	26	1.98
93309096--93309260	77	2.1	77	86	4	226	22	18	22	36	1.95
93309670--93309778	46	2.4	46	95	3	195	22	5	26	44	1.74
93311080--93311225	73	2.0	73	93	2	249	32	23	15	28	1.95
93313411--93313439	13	2.2	13	100	0	58	37	20	0	41	1.53
93319439--93319464	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
93320847--93321090	40	6.1	40	93	1	402	23	20	27	28	1.99
93325993--93326038	23	2.0	23	83	8	58	63	0	10	26	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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