genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  227  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69050868--69051059	99	1.9	101	84	4	255	29	25	17	28	1.97
69054824--69054894	37	1.9	37	100	0	142	22	33	22	21	1.97
69054822--69054908	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
69054957--69055085	49	2.5	53	85	10	194	30	27	9	33	1.88
69054979--69055095	49	2.4	49	98	0	225	31	27	7	33	1.85
69060575--69060717	72	2.0	72	100	0	286	48	7	25	18	1.74
69064300--69064537	49	4.8	49	80	5	271	29	24	18	27	1.98
69067699--69067763	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
69070413--69070461	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
69071284--69071450	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
69078419--69078467	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
69079290--69079456	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
69081389--69081549	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
69087650--69087719	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
69089722--69089760	19	2.1	19	100	0	78	48	10	0	41	1.37
69099797--69099828	12	2.7	12	100	0	64	6	34	28	31	1.82
69099983--69100036	27	2.0	27	96	0	99	22	16	18	42	1.89
69109718--69109754	18	2.1	18	94	0	65	51	0	5	43	1.24
69111308--69111653	174	2.0	174	98	0	665	48	8	21	20	1.76
69114996--69115113	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
69114964--69115127	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
69122507--69122669	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69132186--69132222	17	2.2	17	95	0	65	37	37	18	5	1.74
69133181--69133238	30	2.0	29	89	3	89	31	25	17	25	1.97
69136245--69136290	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
69142896--69143082	40	4.7	40	84	0	167	26	22	25	24	2.00
69142936--69143103	40	4.2	40	81	6	180	25	23	27	23	2.00
69142936--69143103	80	2.1	79	83	4	212	25	23	27	23	2.00
69150758--69151024	40	6.7	40	84	0	318	27	23	24	24	2.00
69150759--69151026	80	3.3	80	90	1	385	26	23	25	24	2.00
69161235--69161274	21	1.9	21	90	10	64	40	2	17	40	1.63
69166639--69166754	6	18.8	6	68	15	67	50	12	18	18	1.78
69166651--69166754	31	3.4	31	84	0	145	49	12	19	19	1.79
69167259--69167557	27	11.1	27	84	0	321	41	7	20	30	1.80
69167259--69167557	54	5.6	54	85	0	357	41	7	20	30	1.80
69167259--69167557	81	3.7	81	85	2	413	41	7	20	30	1.80
69167539--69167816	81	3.4	80	81	6	267	33	7	19	39	1.81
69167563--69167816	27	9.4	27	81	1	240	32	7	19	40	1.80
69167610--69167816	54	3.8	54	87	3	292	32	6	19	40	1.78
69169814--69169880	33	2.0	33	100	0	134	28	11	20	38	1.88
69175054--69175161	41	2.5	42	79	8	121	25	16	23	34	1.95
69175009--69175176	43	3.9	43	74	9	155	23	16	26	33	1.96
69180029--69180174	37	3.9	37	97	0	256	26	31	19	23	1.98
69180321--69180661	48	7.1	48	98	0	628	30	26	5	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69183826--69183875	26	1.9	26	88	8	75	48	6	0	46	1.27
69183826--69183877	27	2.0	26	85	11	70	48	5	0	46	1.26
69185716--69185754	20	1.9	21	89	5	62	12	17	33	35	1.88
69190047--69190194	48	3.1	48	89	0	224	29	24	7	38	1.83
69206697--69206766	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
69213778--69213996	46	4.7	47	72	18	161	26	20	28	25	1.99
69217487--69217516	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
69218231--69218376	40	3.7	40	80	7	154	24	21	26	27	1.99
69218232--69218395	40	4.1	40	77	10	122	25	21	26	26	1.99
69226230--69226414	40	4.7	40	87	6	209	25	21	27	26	1.99
69227865--69228032	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
69227881--69228030	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
69235861--69236028	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
69235877--69236026	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
69241705--69241910	40	5.2	40	95	0	342	23	22	26	27	1.99
69243544--69243679	29	4.7	29	94	0	229	24	16	31	27	1.96
69247974--69248240	46	5.8	46	74	15	235	29	29	19	21	1.98
69248028--69248196	47	3.6	47	80	13	231	29	28	19	21	1.98
69247983--69248244	93	2.8	93	94	0	454	28	29	19	22	1.98
69253158--69253308	40	3.8	40	80	6	164	27	23	27	22	1.99
69253158--69253308	80	1.9	79	85	6	207	27	23	27	22	1.99
69258826--69259003	46	3.8	46	78	11	211	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69258833--69259004	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
69264865--69264922	28	2.0	29	83	3	73	25	12	34	27	1.91
69272695--69272867	90	1.9	90	93	0	301	23	20	27	28	1.99
69273233--69273273	17	2.4	18	84	8	50	34	19	9	36	1.85
69273315--69273367	27	2.0	27	88	7	81	30	16	16	35	1.92
69276321--69276357	18	2.0	19	89	5	58	56	5	24	13	1.58
69278858--69279040	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
69286742--69286924	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
69294155--69294337	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
69302056--69302238	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
69306112--69306230	25	4.8	25	77	0	121	26	20	21	31	1.98
69306130--69306228	50	2.0	50	85	0	135	27	21	21	30	1.98
69309691--69309719	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
69310304--69310516	42	5.1	42	90	2	311	37	25	16	20	1.93
69313612--69313720	37	2.9	37	94	0	182	26	32	19	22	1.97
69313883--69314162	47	6.0	47	90	0	434	27	28	11	32	1.91
69314062--69314137	22	3.3	22	68	22	66	26	28	11	32	1.92
69313990--69314163	25	7.3	25	66	18	111	30	27	9	32	1.88
69318572--69319163	40	14.8	40	91	0	923	25	29	22	22	1.99
69318643--69318709	23	3.2	23	64	24	65	28	26	19	25	1.99
69320431--69320539	37	2.9	37	91	0	173	26	31	19	22	1.98
69321935--69322098	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69321935--69322132	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
69323486--69323765	47	6.0	47	92	0	443	26	28	12	32	1.92
69323665--69323740	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
69327227--69327547	159	2.0	159	83	0	399	20	34	23	20	1.96
69331565--69331696	29	4.6	28	83	1	138	25	16	31	25	1.96
69334086--69334116	16	2.0	16	93	6	55	35	51	0	12	1.40
69340217--69340247	4	8.0	4	92	7	55	48	0	0	51	1.00
69348980--69349100	42	2.9	42	98	0	233	28	14	24	31	1.95
69348980--69349184	42	4.9	42	85	4	220	30	15	24	29	1.95
69349076--69349169	43	2.2	42	82	1	107	34	17	23	25	1.96
69356111--69356211	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69364031--69364131	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69371073--69371151	29	2.7	29	82	5	97	27	31	15	25	1.95
69375072--69375172	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69379126--69379259	29	4.6	29	90	1	180	27	29	14	28	1.96
69387041--69387174	29	4.6	29	90	1	180	27	29	14	28	1.96
69389918--69390193	9	29.3	9	69	15	62	30	2	4	63	1.25
69389982--69390032	23	2.2	24	85	3	68	31	1	5	60	1.31
69390009--69390101	45	2.1	45	80	8	100	33	0	3	63	1.10
69390071--69390186	18	6.4	17	72	15	90	31	3	3	62	1.29
69398361--69398396	17	2.1	17	89	5	54	33	0	11	55	1.35
69398529--69398567	19	2.0	20	90	5	62	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69398558--69398603	24	2.0	24	83	8	60	52	8	2	36	1.45
69401645--69401806	47	3.5	47	76	16	174	25	19	26	28	1.99
69409596--69409685	46	2.0	45	84	6	119	24	20	20	35	1.96
69409622--69409702	23	3.6	21	80	8	72	25	19	17	37	1.94
69414387--69414617	40	5.8	40	95	0	408	23	28	22	25	1.99
69414361--69414621	80	3.3	80	91	2	420	22	27	22	26	2.00
69422469--69422662	40	4.9	40	94	0	336	22	28	23	26	1.99
69422442--69422662	80	2.8	80	89	2	340	21	27	23	27	1.99
69428049--69428152	43	2.4	43	80	6	122	28	17	24	29	1.97
69432566--69432728	70	2.3	71	97	1	310	19	28	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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