genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14567223--14567372	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
14573540--14573571	16	2.0	16	93	0	55	40	6	6	46	1.54
14578427--14578460	16	2.1	17	88	5	52	23	2	0	73	0.97
14583328--14583535	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
14583330--14583535	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
14591348--14591555	40	5.2	40	85	0	227	25	21	26	25	2.00
14591350--14591555	80	2.6	80	84	1	252	25	21	26	25	2.00
14594639--14594729	27	3.2	28	82	4	103	31	13	30	24	1.93
14599332--14599392	28	2.2	27	85	2	77	31	14	27	26	1.95
14599369--14599418	26	2.0	24	84	7	64	32	16	34	18	1.92
14601020--14601194	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
14606136--14606184	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
14607007--14607173	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
14609083--14609138	22	2.6	22	88	2	87	23	30	30	16	1.96
14610858--14610903	20	2.3	20	88	0	65	34	13	0	52	1.40
14619767--14619799	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
14635226--14635294	34	2.0	34	83	5	86	30	18	26	24	1.98
14639024--14639069	20	2.3	20	85	7	58	34	10	4	50	1.57
14648276--14648325	21	2.4	21	86	0	73	12	28	36	24	1.91
14663904--14663944	21	1.9	22	90	5	66	2	17	7	73	1.17
14667947--14668336	128	3.0	128	88	3	577	22	27	9	41	1.84
14673907--14674314	220	1.9	221	88	4	619	36	14	14	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14682690--14682801	40	2.8	40	84	0	134	27	23	26	22	1.99
14682690--14682817	40	3.2	41	81	8	131	27	23	25	23	2.00
14684771--14684808	19	2.0	19	100	0	76	21	5	36	36	1.76
14688715--14688922	40	5.2	39	87	3	229	23	26	23	26	2.00
14688715--14688920	80	2.6	80	85	3	254	23	26	23	26	2.00
14696753--14696961	40	5.2	39	86	4	222	23	26	22	26	2.00
14699378--14699510	51	2.6	51	82	4	164	24	17	27	30	1.97
14699378--14699525	49	2.9	51	78	3	174	25	18	26	29	1.98
14716343--14716399	25	2.3	24	82	14	64	19	14	1	64	1.36
14726934--14727102	43	4.0	42	76	7	162	27	18	24	28	1.98
14728777--14728991	46	4.6	47	80	5	206	29	20	27	23	1.98
14728821--14728991	94	1.8	94	84	2	236	28	19	28	23	1.98
14731150--14731175	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14733203--14733227	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
14739354--14739405	6	8.7	6	82	0	68	13	7	0	78	0.94
14744359--14744385	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
14748311--14748343	17	1.9	17	93	0	57	27	21	6	45	1.75
14749770--14749842	26	2.9	26	75	18	82	36	23	1	38	1.64
14756078--14756336	46	5.5	47	77	12	225	23	29	18	28	1.98
14756169--14756338	94	1.8	92	87	7	254	22	28	20	28	1.98
14756067--14756336	140	1.9	142	84	7	363	23	30	19	27	1.98
14758066--14758104	20	2.0	20	90	10	62	7	12	12	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14765349--14765481	65	2.0	65	89	0	203	36	21	6	34	1.80
14768391--14768426	17	2.0	19	89	10	58	11	36	0	52	1.37
14784728--14784764	18	2.1	18	89	0	56	64	0	8	27	1.21
14785279--14785331	19	2.7	19	73	2	52	71	3	3	20	1.17
14787295--14787354	5	12.0	5	100	0	120	60	0	0	40	0.97
14789102--14789149	9	5.3	9	100	0	96	33	10	10	45	1.72
14790668--14790703	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
14791743--14791901	43	3.7	44	78	12	154	30	27	18	24	1.98
14799435--14799480	14	3.3	15	76	11	53	54	8	0	36	1.32
14805631--14805665	16	2.2	16	89	0	52	40	5	2	51	1.40
14827492--14827569	36	2.2	36	97	0	147	11	19	8	60	1.57
14830410--14830477	31	2.2	31	97	0	127	41	11	4	42	1.61
14834015--14834043	14	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17
14835112--14835146	15	2.4	15	90	4	54	42	0	14	42	1.45
14836109--14836184	38	2.1	37	85	5	100	32	31	6	28	1.83
14838446--14838475	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14839151--14839182	15	2.1	16	88	11	50	62	6	12	18	1.50
14840129--14840165	5	7.6	5	88	11	51	83	2	0	13	0.74
14840123--14840165	14	3.1	13	83	12	50	83	2	2	11	0.83
14840128--14840165	14	2.6	14	88	12	51	84	2	0	13	0.73
14850825--14850897	29	2.6	29	83	10	89	17	8	0	73	1.06
14861025--14861132	33	3.3	33	88	0	126	29	20	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14861063--14861155	28	3.2	27	81	10	87	26	24	24	23	2.00
14861272--14861322	26	2.0	25	84	7	66	41	21	21	15	1.90
14861516--14861595	27	3.0	27	85	3	99	22	22	21	33	1.97
14861615--14861691	27	2.9	27	79	11	86	37	11	15	35	1.84
14863275--14863424	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
14863299--14863478	67	2.8	64	77	9	186	30	17	29	23	1.97
14864568--14864600	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
14865285--14865521	27	8.9	27	79	3	167	31	8	19	40	1.81
14865285--14865448	81	2.0	80	81	5	188	32	8	18	40	1.81
14865302--14865513	54	3.9	54	81	0	217	31	8	19	40	1.82
14865511--14865586	27	2.8	27	81	0	98	31	22	14	31	1.94
14869953--14870000	22	2.2	22	85	3	71	33	12	8	45	1.72
14871271--14871331	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
14875753--14875817	26	2.5	25	78	19	62	38	16	4	40	1.70
14879150--14879274	49	2.5	49	82	1	133	24	29	17	28	1.97
14879248--14879449	44	4.6	44	93	0	314	31	35	14	18	1.92
14881001--14881040	19	2.1	19	100	0	80	10	20	5	65	1.42
14881132--14881172	20	1.9	23	85	14	61	29	7	14	48	1.71
14885456--14885631	46	3.8	46	78	14	200	21	20	27	30	1.98
14885453--14885623	93	1.8	93	93	2	299	22	21	27	29	1.99
14896123--14896158	18	2.1	18	89	5	56	30	13	11	44	1.79
14897404--14897477	28	2.6	28	86	2	103	29	32	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14903881--14903937	26	2.2	26	84	3	71	15	0	7	77	0.98
14904516--14904787	43	6.2	45	67	19	119	26	24	18	30	1.97
14904179--14905219	176	5.8	177	86	5	1344	26	23	17	31	1.97
14904473--14904921	89	5.1	87	66	18	239	26	23	18	31	1.97
14904972--14904996	12	2.1	12	100	0	50	32	28	8	32	1.86
14906078--14906121	21	2.1	21	95	0	79	52	15	9	22	1.71
14906364--14906525	61	2.6	64	78	8	181	13	24	17	45	1.84
14909566--14909687	42	2.9	42	85	2	129	18	22	13	46	1.82
14909623--14909689	21	3.2	21	70	8	64	16	20	13	49	1.79
14909600--14909711	42	2.7	42	84	2	136	17	23	12	46	1.82
14910262--14910308	25	2.0	24	84	16	62	31	0	25	42	1.55
14911722--14912138	137	3.0	139	91	2	658	32	5	23	38	1.78
14913354--14913413	32	2.0	31	81	12	72	35	5	13	46	1.65
14914724--14914796	24	3.0	23	82	7	74	54	1	1	42	1.17
14923688--14923941	49	5.1	49	82	3	310	43	17	19	19	1.88
14923688--14923941	100	2.5	100	90	0	382	43	17	19	19	1.88
14924165--14924203	12	3.1	12	88	7	51	53	0	46	0	1.00
14924157--14924196	7	6.0	7	91	8	66	57	0	42	0	0.98
14925456--14925492	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
14930245--14930308	2	32.0	2	81	12	78	48	1	3	46	1.27
14933718--14933773	26	2.1	28	83	6	71	48	5	1	44	1.36
14933785--14933829	23	1.9	24	86	4	65	44	4	0	51	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14935408--14935450	22	2.0	22	90	9	70	58	0	2	39	1.11
14935749--14935785	18	2.0	19	89	5	58	32	29	0	37	1.58
14940243--14940295	25	2.1	25	86	6	72	26	13	15	45	1.82
14949532--14949561	14	2.1	14	93	0	51	46	13	16	23	1.82
14952135--14952340	40	5.2	40	91	1	308	28	27	21	22	1.99
14956014--14956233	48	4.5	48	76	2	199	27	18	29	25	1.98
14956002--14956230	96	2.4	98	83	5	290	27	17	29	25	1.98
14959244--14959286	22	2.0	22	90	0	68	13	39	27	18	1.89
14960177--14960232	29	2.0	27	82	6	67	12	12	3	71	1.27
14960560--14960609	26	2.0	26	88	4	75	8	6	6	80	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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