genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  185  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56055871--56055959	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
56055871--56055950	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
56055882--56055959	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
56058908--56059079	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
56058900--56059075	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
56067582--56067626	22	2.0	22	86	0	63	31	6	13	48	1.68
56071745--56071952	55	3.8	53	77	8	170	23	25	16	35	1.95
56071745--56071945	108	1.8	110	85	4	282	23	25	16	34	1.96
56079332--56079495	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
56079332--56079529	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
56086911--56087074	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
56086911--56087108	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
56090382--56090412	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
56090379--56090418	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
56091780--56092025	55	4.7	53	81	9	231	22	24	17	35	1.95
56091827--56092026	107	1.8	110	88	5	309	23	25	17	34	1.96
56093422--56093622	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	33	1.96
56093326--56093629	49	5.8	54	84	6	283	21	24	17	36	1.95
56094952--56094996	23	2.0	23	100	0	90	40	26	4	28	1.75
56095611--56095718	57	1.9	57	88	0	162	34	22	4	38	1.75
56098705--56098857	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
56098686--56098856	78	2.2	79	91	1	272	23	29	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56111361--56111490	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
56111377--56111528	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
56111377--56111526	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
56113626--56113691	29	2.3	29	81	5	71	28	27	1	42	1.64
56117021--56117077	27	2.1	27	87	6	80	40	14	12	33	1.83
56122118--56122169	17	2.9	17	88	5	68	21	30	36	11	1.89
56125221--56125404	40	4.6	39	73	11	133	27	23	27	21	1.99
56125219--56125414	80	2.4	79	78	6	189	25	23	28	22	1.99
56133119--56133301	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
56133162--56133310	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
56133158--56133329	80	2.1	81	77	5	179	23	24	29	22	1.99
56137083--56137126	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
56137321--56137358	17	2.2	17	82	13	51	65	0	2	31	1.06
56139371--56139471	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
56147290--56147390	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
56150251--56150806	206	2.7	206	88	1	826	28	22	17	30	1.97
56151696--56151800	1	105.0	1	76	0	93	2	3	5	87	0.73
56151696--56151800	31	3.3	32	85	5	117	2	3	5	87	0.73
56162778--56162821	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
56167436--56167485	25	2.0	25	100	0	100	48	8	16	28	1.74
56169452--56169521	34	2.1	33	84	7	88	30	24	18	27	1.98
56186029--56186056	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56191238--56191399	43	3.8	41	76	13	148	29	15	22	32	1.95
56202430--56202644	49	4.4	49	97	0	412	28	9	32	29	1.88
56202746--56202904	37	4.3	37	96	0	282	27	19	32	21	1.97
56204988--56205206	29	7.6	29	92	0	357	27	15	31	25	1.96
56208705--56208870	49	3.4	49	98	0	323	28	9	32	29	1.89
56208972--56209126	37	4.3	37	93	4	255	26	20	32	21	1.97
56211211--56211429	29	7.6	29	94	0	366	27	15	31	25	1.96
56214927--56215141	49	4.4	49	97	0	412	28	9	32	29	1.88
56215243--56215327	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
56217409--56217504	29	3.3	29	95	0	174	27	15	30	27	1.96
56217377--56217504	58	2.2	58	86	5	170	26	17	29	26	1.97
56222796--56222829	17	1.9	17	88	5	50	5	26	44	23	1.76
56226151--56226216	33	2.0	33	90	0	105	25	27	21	25	1.99
56226367--56226421	27	2.0	27	85	0	74	40	16	21	21	1.91
56226562--56226812	27	9.4	27	84	1	308	25	21	18	33	1.97
56226562--56226970	54	7.4	54	85	6	469	25	21	19	33	1.97
56226563--56226967	81	4.9	80	82	7	452	25	21	19	33	1.97
56226799--56226823	11	2.3	11	100	0	50	20	20	16	44	1.87
56226772--56226850	37	2.1	38	92	2	133	21	22	20	35	1.96
56226809--56226970	27	6.0	27	90	0	252	24	21	20	33	1.97
56226724--56227026	81	3.4	89	81	11	354	24	22	19	33	1.97
56226691--56226931	118	2.0	119	89	0	367	24	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56226929--56227010	40	2.0	40	92	0	137	25	20	23	30	1.99
56226969--56227026	27	2.1	27	96	0	107	25	22	17	34	1.96
56226902--56227027	67	1.9	67	88	0	189	24	23	20	31	1.98
56228333--56228358	12	2.2	12	100	0	52	65	0	34	0	0.93
56232766--56232840	27	2.8	27	93	0	132	28	16	17	38	1.91
56237470--56237620	40	3.8	39	78	10	128	23	26	23	26	2.00
56237470--56237619	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
56243613--56243647	16	2.2	16	100	0	70	51	11	11	25	1.71
56248019--56248064	21	2.2	21	84	7	58	34	17	26	21	1.95
56256493--56256538	21	2.2	21	84	7	58	34	15	26	23	1.94
56258132--56258697	138	4.1	138	88	3	798	45	5	7	41	1.56
56258161--56258651	67	7.1	66	63	18	187	44	5	7	41	1.57
56258132--56258697	276	2.0	278	90	3	890	45	5	7	41	1.56
56261094--56261430	27	12.5	27	80	6	353	40	21	8	29	1.82
56261450--56261573	27	4.6	27	84	4	160	35	18	18	27	1.94
56261457--56261591	27	5.0	27	85	3	146	34	19	19	26	1.95
56261457--56261590	54	2.5	55	85	2	164	35	18	19	26	1.95
56261796--56261865	25	2.8	25	91	0	113	25	24	22	27	2.00
56261795--56261878	25	3.4	24	82	8	98	28	21	22	27	1.99
56263253--56263365	29	3.9	29	91	3	176	27	12	30	29	1.93
56264591--56264719	45	2.9	45	81	6	154	24	15	11	48	1.78
56264668--56265011	171	2.0	171	95	0	625	40	20	6	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56277018--56277108	30	3.2	30	62	25	79	43	4	2	49	1.34
56277031--56277120	25	3.4	25	68	14	81	40	4	2	53	1.33
56277024--56277134	55	2.0	55	100	0	222	42	5	3	48	1.43
56277034--56277125	30	3.2	30	62	20	79	40	4	2	53	1.33
56279535--56279559	12	2.1	12	100	0	50	16	8	24	52	1.70
56281705--56281740	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
56283606--56283705	47	2.1	47	86	0	137	33	10	29	28	1.89
56283675--56283858	50	3.7	50	96	1	336	37	6	24	31	1.81
56283963--56284106	37	3.9	37	86	1	200	22	18	30	28	1.97
56283963--56284106	73	2.0	74	86	4	202	22	18	30	28	1.97
56289576--56289745	43	4.0	43	78	9	186	32	25	15	25	1.96
56289571--56289731	85	1.9	85	86	7	229	32	25	16	25	1.96
56291387--56291473	26	3.3	27	79	7	81	40	17	12	29	1.86
56291454--56291623	27	6.3	27	84	4	209	28	25	7	38	1.82
56291454--56291623	81	2.1	80	90	3	261	28	25	7	38	1.82
56291635--56291959	27	12.0	27	83	2	368	34	19	20	25	1.96
56292634--56292735	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
56292895--56292991	6	15.8	6	70	16	65	21	17	13	47	1.82
56292872--56292982	31	3.5	31	88	1	150	20	16	12	50	1.77
56294937--56295075	27	5.3	27	72	5	79	38	20	9	32	1.84
56295044--56295199	27	5.8	27	86	3	208	30	25	5	39	1.79
56295015--56295199	80	2.3	81	85	2	212	30	23	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56295030--56295199	81	2.1	80	89	3	252	28	24	7	39	1.82
56295204--56295541	27	12.6	27	83	3	387	34	21	19	24	1.96
56295204--56295559	107	3.3	107	83	3	360	34	20	19	25	1.96
56295984--56296048	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
56296190--56296291	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
56296451--56296547	6	15.8	6	72	16	74	20	17	14	47	1.82
56296428--56296538	31	3.5	31	90	1	159	19	16	13	50	1.78
56300362--56300491	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
56304510--56304610	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
56312427--56312527	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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