genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  193  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58734083--58734441	50	7.2	50	73	6	271	24	16	27	31	1.96
58741701--58741747	25	2.0	23	83	8	58	42	2	6	48	1.40
58742263--58742388	39	3.2	39	90	2	182	23	21	26	27	1.99
58742263--58742406	78	1.8	78	80	2	173	24	22	26	27	2.00
58742263--58742426	78	2.1	78	79	5	172	24	21	26	27	2.00
58744975--58745127	39	3.9	39	91	0	243	23	20	32	24	1.98
58744982--58745157	39	4.5	40	87	0	169	23	22	31	22	1.98
58752187--58752312	39	3.2	39	91	0	198	22	19	30	27	1.98
58752187--58752350	39	4.2	39	86	2	188	21	21	29	26	1.99
58754683--58754817	43	3.2	43	74	14	118	27	22	20	29	1.98
58754683--58754776	42	2.2	43	83	9	113	28	22	19	29	1.98
58754983--58755678	345	2.0	345	99	0	1383	33	21	8	36	1.83
58756226--58756277	22	2.4	22	86	0	68	55	21	11	11	1.66
58756636--58756667	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
58775033--58775218	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
58775033--58775251	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
58776873--58776925	26	2.0	26	100	0	106	32	22	26	18	1.97
58778919--58779033	55	2.1	55	91	0	185	33	24	14	27	1.95
58781647--58781673	13	2.1	13	100	0	54	29	14	25	29	1.95
58781660--58781793	43	3.1	42	79	10	130	26	17	24	32	1.97
58781676--58781795	43	2.8	43	77	6	136	25	17	25	32	1.97
58783648--58783775	64	2.0	64	87	0	184	31	14	28	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58790518--58790763	40	6.2	40	93	0	377	28	27	20	23	1.99
58804110--58804157	25	2.1	23	81	14	55	54	6	4	35	1.45
58807895--58808065	93	1.8	93	86	2	245	29	26	20	23	1.99
58816638--58816856	40	5.6	40	88	2	311	24	21	29	25	1.99
58824661--58824841	40	4.6	40	89	2	267	23	20	30	25	1.98
58826241--58826411	93	1.8	93	88	0	261	30	27	19	22	1.98
58826236--58826408	46	3.7	46	69	13	120	31	26	19	22	1.98
58832227--58832388	42	3.8	42	76	8	159	30	15	23	30	1.95
58838732--58838895	42	3.9	42	79	9	172	31	15	25	28	1.95
58844215--58844260	20	2.3	20	88	0	65	34	10	2	52	1.49
58848895--58848934	20	2.0	20	85	0	53	47	27	12	12	1.77
58851394--58851508	24	4.8	24	97	0	212	20	17	26	35	1.94
58851394--58851530	72	1.9	72	87	3	204	22	17	25	34	1.96
58859275--58859389	24	4.8	24	97	0	212	20	17	26	35	1.94
58859275--58859411	72	1.9	72	87	3	204	22	17	25	34	1.96
58862564--58862611	18	2.7	18	87	3	71	16	6	22	54	1.65
58869525--58869675	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
58869562--58869691	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
58877494--58877639	38	3.8	38	80	9	154	26	23	28	22	1.99
58877494--58877639	76	1.9	76	84	6	197	26	23	28	22	1.99
58889770--58889870	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
58892555--58892865	40	7.8	40	93	0	507	25	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58894549--58894676	37	3.4	37	95	1	229	24	33	18	23	1.97
58894716--58894963	48	5.2	48	93	0	433	31	26	6	35	1.82
58894955--58895094	49	2.9	49	100	0	280	30	28	8	32	1.87
58900895--58901284	50	8.0	49	80	7	427	26	17	30	25	1.97
58906321--58906436	39	3.0	39	97	0	214	21	21	30	26	1.98
58906321--58906484	39	4.2	39	87	4	199	21	22	29	26	1.99
58908031--58908062	14	2.3	14	94	0	55	56	3	0	40	1.15
58913143--58913194	26	2.0	26	100	0	104	34	23	7	34	1.83
58916118--58916175	22	2.8	21	76	7	64	24	3	5	67	1.27
58916131--58916175	22	2.1	22	87	4	65	22	2	4	71	1.15
58916290--58916370	33	2.6	30	78	9	90	38	7	1	53	1.37
58916273--58916363	31	2.9	31	74	11	85	38	7	1	52	1.37
58916524--58916596	29	2.5	29	75	16	71	36	2	2	57	1.27
58921458--58921536	28	2.8	28	82	0	95	34	10	25	30	1.89
58923182--58923279	29	3.4	29	77	2	126	15	16	38	29	1.89
58923148--58923334	57	3.2	57	92	1	284	19	17	34	28	1.95
58923150--58923304	28	5.5	28	70	3	121	18	19	33	29	1.95
58924739--58924777	19	2.1	19	100	0	78	35	5	5	53	1.45
58925994--58926021	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
58927444--58927769	40	8.2	40	87	1	458	24	21	25	28	1.99
58931775--58931853	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
58934704--58934871	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58940799--58940970	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
58940791--58940966	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
58943351--58943439	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
58943351--58943430	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
58943362--58943439	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
58946388--58946559	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
58946380--58946555	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
58951094--58951245	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
58951078--58951245	40	4.2	40	81	6	178	25	26	22	26	2.00
58954975--58955051	26	2.8	26	76	7	73	76	5	10	7	1.14
58954986--58955045	25	2.3	26	80	8	70	75	6	10	8	1.20
58956121--58956312	64	3.0	64	92	0	312	31	18	13	36	1.89
58956543--58957251	180	4.0	179	86	4	886	29	17	25	27	1.97
58956490--58957251	356	2.1	356	81	6	884	29	17	25	27	1.98
58957310--58957392	43	1.9	43	90	0	130	31	13	27	27	1.94
58956939--58957573	323	2.0	323	86	0	894	30	16	25	28	1.96
58957262--58957650	176	2.2	173	84	4	505	29	15	24	29	1.96
58970810--58971034	40	5.6	40	83	2	272	23	26	24	26	2.00
58970774--58971034	80	3.3	80	82	3	294	23	26	23	26	2.00
58973402--58973551	40	3.8	40	91	1	212	20	26	23	29	1.99
58973386--58973589	40	5.1	40	85	3	205	24	26	22	26	1.99
58977762--58977892	48	2.7	47	85	3	181	24	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58984505--58984644	37	3.8	37	93	0	226	26	29	20	24	1.99
58984785--58985209	48	8.9	48	96	0	742	29	28	7	33	1.85
58989288--58989433	31	4.7	31	88	4	215	28	24	17	29	1.97
58989457--58989548	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
58989696--58989765	25	2.8	25	80	4	79	24	21	25	28	1.99
58994143--58994207	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
58994261--58994346	27	3.1	27	71	18	70	36	6	16	40	1.75
58994246--58994508	110	2.4	108	77	6	244	31	11	18	39	1.85
58994325--58994475	27	5.6	26	78	6	113	29	8	20	41	1.82
58994267--58994508	109	2.2	110	80	5	258	30	10	19	39	1.85
58994507--58994598	27	3.4	27	77	5	105	35	7	27	29	1.84
58996134--58996350	48	4.5	48	77	6	206	23	26	20	29	1.99
58996332--58996371	21	1.9	21	94	0	71	22	25	20	32	1.98
58996353--58996472	48	2.5	48	84	0	150	25	27	17	29	1.98
58996188--58996484	165	1.8	165	85	2	427	25	27	17	28	1.98
58998586--58998722	50	2.8	50	85	1	177	32	21	17	27	1.96
58998789--58998829	18	2.3	18	80	12	50	53	0	2	43	1.13
59005995--59006067	9	8.6	9	68	25	52	26	0	19	54	1.44
59007488--59007559	36	2.0	36	100	0	144	22	11	22	44	1.84
59009310--59009603	27	10.9	27	82	3	308	38	21	8	30	1.84
59009635--59009952	27	11.5	27	86	4	393	34	19	22	23	1.96
59009763--59009831	34	2.0	34	97	0	129	31	17	30	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59009635--59009912	115	2.5	115	87	4	390	34	19	22	23	1.96
59009655--59009936	142	2.0	142	87	1	404	34	19	23	23	1.96
59009635--59009946	169	1.8	169	90	0	498	34	19	22	23	1.97
59010276--59010329	26	2.1	26	96	0	99	29	7	25	37	1.83
59013384--59013442	22	2.7	22	82	12	68	20	20	23	35	1.96
59013604--59013705	27	3.8	26	85	7	107	18	23	21	36	1.95
59013604--59013705	54	1.9	53	82	6	125	18	23	21	36	1.95
59013853--59013910	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
59013842--59013945	6	16.7	6	67	18	52	20	17	13	49	1.80
59013842--59013916	31	2.4	31	97	2	141	18	14	16	50	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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