genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29898822--29899025	40	5.1	40	84	2	230	24	22	26	25	2.00
29901173--29901207	18	1.9	18	88	0	52	28	20	2	48	1.63
29905303--29905615	27	11.6	27	86	0	410	38	20	9	30	1.85
29905303--29905670	54	6.8	54	85	1	434	38	20	9	30	1.85
29905303--29905672	81	4.6	80	83	2	398	38	21	9	30	1.85
29905303--29905670	27	13.6	27	78	8	329	38	20	9	30	1.85
29905707--29906333	27	23.3	27	91	1	920	31	21	22	24	1.98
29906760--29906824	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
29906983--29907084	27	3.8	26	85	5	114	19	22	20	37	1.95
29907221--29907320	31	3.2	31	84	1	119	19	16	13	52	1.75
29907275--29907346	6	11.8	6	73	14	58	18	19	15	47	1.83
29907242--29907332	31	2.9	31	86	0	92	18	19	14	47	1.83
29907275--29907346	18	3.9	18	75	7	65	18	19	15	47	1.83
29918005--29918227	57	3.9	54	76	10	180	33	17	21	28	1.95
29918119--29918317	59	3.4	59	72	9	194	35	15	18	30	1.92
29918064--29918304	116	2.1	116	92	0	403	34	16	19	29	1.94
29919794--29920395	301	2.0	301	99	0	1195	32	24	14	28	1.94
29920379--29920575	40	4.9	40	90	4	276	26	25	20	27	1.99
29926342--29926394	21	2.5	21	71	0	52	15	20	35	28	1.93
29928029--29928080	24	2.2	24	92	0	86	34	1	7	55	1.39
29937641--29937847	40	5.2	40	82	4	195	26	21	26	26	2.00
29937643--29937847	80	2.6	80	84	2	243	25	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29941422--29941450	14	2.0	15	93	6	51	44	20	6	27	1.77
29942679--29942785	20	5.3	20	74	9	83	40	20	28	10	1.85
29946049--29946163	43	2.7	42	75	13	119	31	13	24	30	1.94
29953455--29953583	47	2.8	46	80	13	147	28	17	28	24	1.98
29953516--29953606	46	2.0	47	82	6	114	29	17	29	23	1.97
29956713--29956823	43	2.6	42	78	2	132	27	16	27	29	1.97
29977113--29977171	25	2.4	25	83	11	68	66	1	10	22	1.31
29981083--29981154	29	2.5	29	81	0	81	26	11	27	34	1.90
29981113--29981169	28	2.0	29	86	3	80	24	15	29	29	1.96
29985542--29985663	29	4.2	29	89	1	174	22	13	32	31	1.92
29990380--29990525	47	3.1	47	85	1	177	32	9	30	27	1.89
29990496--29990679	98	1.9	96	93	4	316	35	7	26	30	1.83
29990495--29990679	48	3.8	48	90	5	309	35	7	26	30	1.83
29990825--29990933	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
29995024--29995176	39	3.9	39	91	0	234	24	32	20	22	1.98
29994993--29995175	78	2.3	79	87	1	251	23	31	22	22	1.99
29999156--29999187	15	2.1	15	100	0	64	0	50	18	31	1.48
30003866--30003948	27	3.0	27	85	1	85	38	21	9	30	1.86
30003879--30003948	27	2.6	27	90	0	113	38	22	8	30	1.84
30003931--30004259	27	12.2	26	83	4	363	37	18	18	24	1.93
30003931--30004259	54	6.1	53	86	2	408	37	18	18	24	1.93
30003931--30004262	81	4.1	81	83	5	422	37	18	18	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30007341--30007439	28	3.5	29	91	5	159	32	26	12	29	1.92
30008531--30008567	19	1.9	19	88	0	56	16	13	2	67	1.34
30009645--30009727	27	3.0	27	85	1	85	38	21	9	30	1.86
30009658--30009727	27	2.6	27	90	0	113	38	22	8	30	1.84
30009710--30010084	27	14.2	26	74	10	282	38	17	18	25	1.92
30009710--30010057	54	6.6	53	78	10	311	39	18	17	25	1.92
30009869--30010011	72	2.0	72	84	2	189	41	18	16	23	1.90
30009843--30010038	99	2.0	99	81	4	234	40	18	17	22	1.91
30009814--30010060	126	2.0	126	85	3	336	39	18	17	23	1.92
30010289--30010361	25	3.0	24	78	13	69	30	23	21	24	1.99
30013339--30013396	27	2.1	28	87	6	84	41	39	5	13	1.67
30013422--30013457	13	2.6	14	86	8	56	22	0	33	44	1.53
30015884--30015910	8	3.4	8	100	0	54	22	33	14	29	1.94
30027046--30027263	40	5.5	40	91	2	325	26	27	22	23	1.99
30035085--30035298	40	5.5	40	91	5	316	25	28	22	24	2.00
30039344--30039391	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
30039434--30039494	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
30039544--30039662	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
30039544--30039662	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
30039853--30039916	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
30044381--30044428	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
30044471--30044531	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30044581--30044699	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
30044581--30044699	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
30044891--30044954	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
30049516--30049576	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
30049626--30049768	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
30049626--30049768	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
30049626--30049769	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
30049960--30050023	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
30052870--30052996	46	2.8	46	86	2	166	20	20	26	32	1.97
30059615--30059946	48	6.9	47	76	8	271	24	29	17	28	1.97
30059615--30059947	144	2.3	143	82	6	386	24	29	17	28	1.97
30071373--30071521	39	3.8	39	92	1	246	24	32	19	23	1.98
30078967--30079101	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
30082802--30082911	39	2.8	39	93	2	168	24	32	19	23	1.97
30086974--30087146	43	4.1	42	79	6	179	31	26	16	25	1.96
30099285--30099383	27	3.7	27	78	5	103	40	20	9	30	1.83
30099285--30099391	54	2.0	54	81	7	128	38	21	9	30	1.85
30099287--30099403	54	2.2	53	79	10	121	38	22	10	29	1.87
30099387--30099698	27	11.6	27	88	0	363	27	22	8	41	1.83
30099380--30099697	81	3.9	81	85	6	403	27	23	8	40	1.83
30099596--30099844	27	9.1	27	79	7	119	36	18	8	35	1.82
30099570--30099742	81	2.1	81	79	2	186	30	19	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30099801--30099852	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
30099906--30099970	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
30102095--30102240	40	3.7	40	78	4	161	27	20	26	25	1.99
30102095--30102262	40	4.2	40	77	8	155	25	20	27	26	1.99
30103158--30103293	51	2.7	51	75	4	148	38	6	13	41	1.70
30105985--30106120	51	2.7	50	74	4	128	38	7	13	41	1.72
30107871--30107918	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
30107957--30108013	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
30107951--30108025	20	3.8	20	94	0	132	34	12	21	32	1.90
30108072--30108285	23	9.1	23	87	4	311	28	22	21	27	1.99
30108071--30108287	24	9.2	23	86	4	299	28	22	22	26	1.99
30108072--30108287	47	4.6	47	91	1	344	28	22	22	26	1.99
30108542--30108605	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
30111089--30111140	25	2.1	24	89	3	77	21	19	21	38	1.94
30112767--30112843	37	2.1	37	92	0	127	23	19	25	31	1.98
30115204--30115270	24	2.8	24	86	6	84	31	19	26	22	1.98
30118925--30118975	25	2.0	25	100	0	102	41	15	3	39	1.66
30120007--30120061	23	2.4	24	79	11	62	30	1	5	61	1.29
30120015--30120061	23	2.0	23	87	0	67	31	2	6	59	1.34
30123018--30123078	21	3.0	21	82	2	79	22	27	37	11	1.89
30124416--30124514	46	2.2	45	83	7	121	27	28	15	29	1.96
30124429--30124608	46	3.9	47	76	9	165	24	28	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30130276--30130325	23	2.1	24	85	3	66	36	2	4	58	1.29
30130948--30131017	28	2.5	29	75	15	83	58	2	2	35	1.28
30132923--30133105	48	3.9	48	72	15	166	28	24	19	26	1.99
30136822--30136988	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
30144067--30144195	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
30146579--30146798	40	5.6	41	89	4	303	26	26	22	24	2.00
30150437--30150538	29	3.5	29	94	2	177	23	23	15	37	1.93
30150437--30150568	59	2.2	60	89	1	194	25	24	15	35	1.94
30151874--30151912	20	2.1	19	86	13	55	7	15	0	76	0.99
30157939--30158160	40	5.6	41	91	2	330	25	26	23	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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