genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.146.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  146  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44449330--44449371	22	1.9	22	90	0	66	33	21	14	30	1.93
44457306--44457457	67	2.3	67	81	9	175	33	15	28	22	1.95
44464145--44464184	18	2.2	18	86	8	55	12	22	47	17	1.81
44472860--44473137	48	5.9	47	76	12	241	27	18	30	23	1.98
44472821--44473132	92	3.3	91	79	13	300	27	18	29	23	1.98
44472866--44473135	143	1.9	139	85	9	377	27	18	30	23	1.98
44479402--44479429	12	2.3	12	100	0	56	7	7	32	53	1.55
44479434--44479558	40	3.1	40	77	5	128	32	19	20	28	1.96
44479609--44479737	40	3.2	40	88	2	188	30	20	22	26	1.99
44480059--44480237	7	25.1	7	71	5	63	20	1	31	46	1.58
44480059--44480237	14	12.1	14	70	10	88	20	1	31	46	1.58
44480122--44480156	15	2.4	14	95	4	61	20	0	37	42	1.52
44480117--44480234	57	2.1	57	85	0	155	17	1	33	47	1.58
44480624--44480670	21	2.2	21	85	7	69	21	6	27	44	1.76
44480655--44480708	28	1.9	28	84	0	72	14	0	37	48	1.45
44480655--44480704	21	2.4	21	79	0	55	16	0	32	52	1.44
44480923--44480978	25	2.3	23	78	6	58	50	5	0	44	1.25
44482074--44482121	18	2.6	19	77	9	55	50	0	45	4	1.21
44486759--44486903	43	3.4	42	81	5	175	26	17	27	28	1.97
44486870--44486935	32	2.1	32	91	0	105	25	18	28	27	1.98
44488163--44488376	46	4.6	47	79	11	203	28	19	29	23	1.98
44494365--44494431	27	2.4	28	90	2	109	28	11	28	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44494386--44494443	27	2.1	27	81	6	64	31	13	24	31	1.94
44499772--44499869	28	3.5	28	72	5	90	26	33	20	19	1.96
44499772--44499899	56	2.3	56	91	0	211	28	31	19	21	1.97
44499799--44499921	28	4.5	27	72	12	92	29	28	18	23	1.98
44499881--44499935	25	2.2	25	90	6	85	27	27	12	32	1.93
44500099--44500335	40	5.9	40	95	0	393	26	31	23	18	1.98
44507577--44508561	343	2.9	343	97	0	1853	31	13	22	32	1.93
44514003--44514114	43	2.6	42	83	5	154	27	18	25	28	1.98
44514197--44514243	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
44519571--44519662	24	3.9	24	79	11	91	40	21	23	14	1.90
44520417--44520461	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
44523768--44523817	25	2.0	25	92	0	82	22	6	18	54	1.65
44527626--44527654	12	2.4	12	100	0	58	51	6	13	27	1.66
44528299--44528504	48	4.2	48	87	4	304	35	6	25	32	1.81
44528297--44528511	100	2.2	99	93	0	358	35	6	25	33	1.81
44528641--44528745	37	2.8	37	94	0	183	24	18	31	25	1.97
44536328--44536538	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
44536294--44536580	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
44538353--44538486	26	5.2	25	96	2	223	36	23	5	33	1.80
44538353--44538486	51	2.6	51	95	1	232	36	23	5	33	1.80
44538812--44538845	17	2.0	17	88	0	50	26	5	8	58	1.51
44538864--44538893	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44539489--44539550	27	2.3	26	81	8	70	29	4	6	59	1.43
44540893--44540937	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
44542251--44542295	2	22.5	2	95	0	81	48	2	0	48	1.13
44547853--44547952	29	3.4	29	98	0	191	24	23	14	39	1.91
44549298--44549333	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
44551693--44551802	23	4.9	23	88	10	158	32	0	2	64	1.08
44551693--44551779	3	30.3	3	90	9	146	35	0	0	64	0.94
44552340--44552364	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
44555162--44555262	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
44555191--44555262	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
44563230--44563330	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
44563259--44563330	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
44574138--44574282	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
44578732--44578881	65	2.3	65	98	0	291	37	25	22	15	1.93
44578732--44578860	21	6.0	21	81	3	150	36	26	23	13	1.92
44578732--44578871	44	3.2	44	78	9	153	37	25	22	14	1.92
44579253--44579309	15	3.8	15	81	6	71	50	10	0	38	1.37
44580585--44580640	5	10.6	5	81	11	67	57	3	0	39	1.16
44580584--44580637	12	4.3	12	80	17	65	55	3	0	40	1.17
44580733--44580783	21	2.4	22	80	6	61	58	3	0	37	1.16
44580948--44580994	19	2.3	22	79	17	57	38	12	4	44	1.62
44583524--44583551	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44585347--44585433	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
44587107--44587162	5	10.6	5	81	11	67	57	3	0	39	1.16
44587106--44587159	12	4.3	12	80	17	65	55	3	0	40	1.17
44587255--44587305	21	2.4	22	80	6	61	58	3	0	37	1.16
44590050--44590077	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
44591880--44591966	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
44592336--44592393	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
44593670--44593725	5	10.6	5	81	11	67	57	3	0	39	1.16
44593669--44593722	12	4.3	12	80	17	65	55	3	0	40	1.17
44593818--44593868	21	2.4	22	80	6	61	58	3	0	37	1.16
44594032--44594078	19	2.3	22	79	17	57	38	12	4	44	1.62
44599096--44599194	51	2.0	50	97	2	189	37	27	4	31	1.75
44599089--44599194	25	4.2	26	93	3	189	36	26	5	31	1.80
44609229--44609326	28	3.5	28	70	5	90	27	33	19	19	1.96
44609229--44609348	56	2.1	56	96	0	222	29	31	19	20	1.96
44609256--44609350	28	3.4	28	71	5	102	30	28	18	22	1.97
44616246--44616336	43	2.1	43	87	2	130	34	10	10	43	1.75
44616790--44616855	34	1.9	35	84	9	91	39	1	3	56	1.24
44616790--44616858	35	2.0	35	83	11	88	39	1	2	56	1.23
44617010--44617150	43	3.3	43	81	2	167	27	15	26	29	1.96
44619040--44619212	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
44619037--44619207	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44620626--44620669	21	2.1	21	95	0	79	34	27	9	29	1.87
44626631--44626705	33	2.3	33	81	4	89	53	2	1	42	1.23
44628545--44628748	40	5.1	40	83	4	205	25	22	27	24	1.99
44628545--44628748	80	2.5	80	80	1	230	25	22	27	24	1.99
44631082--44631162	21	4.1	20	70	10	58	34	13	9	41	1.78
44631084--44631150	21	3.3	20	79	4	64	31	16	8	43	1.79
44631236--44631265	15	2.0	15	100	0	60	33	13	0	53	1.40
44631275--44631311	17	2.1	18	90	5	58	45	21	2	29	1.65
44633351--44633401	20	2.5	20	80	0	57	29	9	13	47	1.75
44633660--44633692	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
44633738--44633796	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
44633770--44633825	25	2.3	26	79	11	66	28	0	3	67	1.07
44638444--44638530	37	2.3	36	94	5	147	25	33	20	20	1.97
44638605--44638852	49	5.0	49	95	0	433	30	26	8	35	1.86
44646125--44646255	40	3.3	40	78	6	149	25	22	27	25	2.00
44648529--44648629	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
44656477--44656551	28	2.6	29	87	4	98	28	13	26	32	1.94
44659520--44659750	40	5.8	40	89	1	347	25	28	21	24	1.99
44661810--44662202	49	8.2	48	94	2	627	28	29	8	32	1.88
44665143--44665209	34	2.0	34	90	0	107	40	22	16	20	1.91
44671302--44671372	8	8.4	8	75	17	63	22	1	4	71	1.11
44671302--44671368	26	2.6	26	81	11	84	23	1	4	70	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44674200--44674258	12	4.9	12	85	4	75	57	0	18	23	1.40
44674617--44674649	9	3.7	9	91	0	57	30	18	12	39	1.87
44674615--44674649	18	1.9	18	100	0	70	31	17	11	40	1.85
44681922--44682017	40	2.5	38	80	6	111	38	35	10	15	1.82
44693237--44693404	40	4.2	40	77	6	144	23	26	22	26	2.00
44693253--44693402	80	1.9	80	82	8	189	22	27	23	26	2.00
44696633--44696790	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
44696667--44696864	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
44697313--44697357	21	2.2	20	84	11	56	64	2	2	31	1.18
44700233--44700313	42	1.9	43	89	2	128	27	13	27	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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