genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27217674--27217857	40	4.7	40	84	8	234	25	21	27	26	2.00
27224453--27224540	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
27224453--27224531	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
27224464--27224540	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
27227479--27227697	46	4.8	46	81	12	281	29	29	20	21	1.98
27233285--27233452	69	2.5	67	85	5	221	34	15	22	27	1.94
27233271--27233510	92	2.6	91	81	9	238	34	15	22	27	1.94
27233321--27233500	69	2.6	69	83	3	209	35	16	22	26	1.95
27233271--27233510	23	10.3	23	76	8	166	34	15	22	27	1.94
27238524--27238586	31	2.0	31	96	0	117	41	28	1	28	1.65
27247024--27247137	39	2.9	39	89	1	174	22	21	32	22	1.98
27247025--27247167	39	3.6	39	86	0	169	23	23	31	22	1.98
27254138--27254252	55	2.1	56	80	11	130	36	23	22	17	1.95
27254163--27254252	27	3.2	28	82	7	112	34	25	22	17	1.96
27254358--27254422	28	2.3	28	94	0	112	29	7	27	35	1.85
27254819--27254849	15	2.1	15	100	0	62	61	0	6	32	1.21
27256262--27256309	24	2.0	24	100	0	96	29	16	0	54	1.43
27258837--27258861	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27259355--27259464	10	11.3	10	72	13	70	40	1	3	54	1.28
27259386--27259469	19	4.4	19	77	7	80	40	2	3	53	1.31
27266715--27266858	43	3.4	43	75	5	130	27	20	24	27	1.99
27266760--27266857	42	2.3	43	82	5	119	29	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27268712--27268943	49	4.7	49	77	3	239	28	26	18	26	1.98
27268712--27268834	50	2.5	49	87	1	165	29	28	17	25	1.97
27269193--27269246	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
27270101--27270160	31	1.9	31	93	0	102	30	11	21	36	1.89
27271132--27271188	30	1.9	30	92	0	96	59	17	12	10	1.60
27271132--27271189	15	3.9	14	78	10	62	60	17	12	10	1.58
27274304--27274548	49	4.9	49	81	4	294	28	25	18	27	1.98
27274315--27274548	101	2.4	98	83	5	299	29	26	17	26	1.98
27274460--27274535	23	3.2	23	63	17	55	27	23	18	30	1.98
27281059--27281161	29	3.6	27	84	10	125	28	17	27	27	1.98
27289175--27289277	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
27293567--27293626	30	2.0	30	87	6	86	30	25	5	40	1.77
27295848--27295945	42	2.3	43	80	7	101	31	18	20	29	1.96
27310588--27310717	47	2.8	47	84	2	154	23	13	29	33	1.92
27312646--27312891	49	4.9	50	79	4	248	26	18	25	29	1.98
27312648--27312877	100	2.3	98	84	5	275	26	18	25	30	1.98
27316014--27316051	19	2.0	19	94	0	67	31	21	23	23	1.98
27326110--27326269	29	5.5	29	81	4	171	25	16	31	25	1.97
27326106--27326271	58	2.9	58	81	2	192	26	16	31	25	1.96
27330722--27330763	20	2.1	20	95	0	75	14	38	23	23	1.92
27330684--27330802	59	2.0	60	88	1	177	21	33	21	23	1.97
27330741--27330816	39	1.9	39	100	0	152	19	31	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27334424--27334555	47	2.8	47	81	0	156	25	14	25	34	1.94
27340255--27340306	25	2.1	25	82	3	61	38	25	15	21	1.92
27343724--27343931	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
27343724--27343929	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
27351706--27351913	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
27351706--27351911	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
27354764--27354802	15	2.6	15	95	0	69	33	12	38	15	1.85
27358206--27358388	40	4.6	40	92	2	271	26	27	22	23	1.99
27364777--27364898	44	2.7	44	84	12	158	25	32	19	22	1.97
27371205--27371335	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
27371205--27371336	58	2.3	58	85	4	176	31	13	26	28	1.94
27378986--27379116	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
27378986--27379116	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
27381343--27381445	28	3.7	28	85	0	143	25	15	32	27	1.96
27381343--27381462	56	2.1	57	85	1	161	28	15	31	25	1.95
27390717--27390926	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
27398841--27399050	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
27401104--27401161	27	2.1	27	87	0	80	29	12	18	39	1.87
27402132--27402240	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
27402386--27402522	50	2.8	49	93	2	231	31	27	6	35	1.82
27402492--27402685	47	4.1	47	87	0	262	27	28	10	34	1.89
27402445--27402685	94	2.6	94	82	4	263	28	28	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27406102--27406130	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
27406979--27407286	38	8.1	38	88	2	395	37	24	20	18	1.94
27409559--27409668	31	3.5	31	94	0	184	28	25	16	30	1.97
27409691--27409782	42	2.2	42	82	7	123	34	20	13	31	1.91
27409927--27410101	26	6.8	26	89	0	237	27	21	22	28	1.99
27409927--27410101	52	3.4	52	89	1	264	27	21	22	28	1.99
27409927--27410101	78	2.3	77	89	2	271	27	21	22	28	1.99
27410877--27410966	27	3.4	25	77	15	76	24	25	20	30	1.99
27410892--27410974	27	3.1	27	87	5	116	21	26	20	31	1.98
27411026--27411079	27	2.0	27	81	0	63	37	14	14	33	1.88
27411036--27411121	27	3.1	27	80	11	102	37	9	15	38	1.79
27411123--27411222	27	3.7	27	84	4	139	28	8	23	41	1.82
27411033--27411202	54	3.1	54	79	4	155	33	8	17	40	1.81
27411242--27411302	26	2.3	26	81	10	88	42	9	18	29	1.82
27413617--27413726	31	3.5	31	91	4	186	27	26	17	29	1.97
27413750--27413841	42	2.2	42	88	0	130	34	19	14	31	1.91
27413984--27414131	25	5.8	26	87	2	185	29	20	21	27	1.98
27413984--27414131	51	2.9	52	87	3	203	29	20	21	27	1.98
27414938--27415013	27	2.8	26	86	7	98	25	23	21	30	1.99
27415078--27415211	27	4.9	27	73	13	87	34	7	17	40	1.78
27415140--27415268	27	4.8	26	84	8	129	31	6	20	42	1.76
27415170--27415297	54	2.4	53	76	10	125	30	9	18	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27415284--27415343	26	2.3	26	91	0	102	41	15	18	25	1.89
27415296--27415386	27	3.4	26	80	10	87	41	12	21	24	1.87
27415329--27415386	27	2.1	27	90	0	89	41	10	22	25	1.85
27436281--27436344	27	2.4	27	78	5	76	15	21	23	39	1.92
27436507--27436570	33	1.9	33	83	0	83	25	20	26	28	1.99
27439496--27439546	23	2.3	22	80	10	59	35	7	17	39	1.79
27445077--27445177	28	3.5	28	85	6	105	28	14	27	28	1.96
27445106--27445177	29	2.5	28	88	6	101	29	15	27	27	1.96
27452868--27452968	28	3.5	28	85	6	105	28	14	27	28	1.96
27452897--27452968	29	2.5	28	88	6	101	29	15	27	27	1.96
27453861--27453984	37	3.5	35	85	12	148	21	24	16	37	1.94
27453922--27453984	31	2.1	30	93	3	108	22	22	15	39	1.92
27454176--27454246	23	3.0	24	84	14	85	26	23	21	28	1.99
27454297--27454356	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
27454399--27454446	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
27462111--27462216	37	2.8	38	91	2	178	22	22	15	39	1.91
27462111--27462233	37	3.5	36	88	7	157	21	23	17	37	1.94
27462171--27462233	31	2.1	30	93	3	108	22	22	15	39	1.92
27462356--27462439	40	2.1	40	88	4	125	22	25	28	23	1.99
27466231--27466372	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
27466270--27466398	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
27469788--27469836	25	2.0	25	91	0	80	28	12	26	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27473228--27473332	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
27476443--27476651	40	5.2	39	87	6	262	24	21	27	26	1.99
27476443--27476671	120	1.9	118	84	7	302	24	21	27	26	1.99
27476683--27476753	28	2.5	28	86	4	90	19	19	28	32	1.97
27479025--27479067	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
27480161--27480593	48	9.0	48	95	0	731	36	7	27	28	1.84
27480735--27480879	37	3.9	37	94	0	245	22	18	31	26	1.97
27485403--27485605	44	4.7	42	73	14	164	32	25	16	26	1.96
27485403--27485605	86	2.4	85	79	7	214	32	25	16	26	1.96
27487910--27488119	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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