genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  98  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28401958--28401999	2	21.0	2	90	0	66	50	4	0	45	1.23
28402674--28402709	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28403210--28403261	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
28403349--28403446	28	3.4	28	76	17	96	53	9	9	28	1.63
28403399--28403455	28	2.0	28	100	0	114	50	14	10	24	1.73
28403877--28403934	30	2.0	29	83	10	73	53	8	10	27	1.64
28408208--28408431	40	5.6	40	83	6	258	25	24	27	23	2.00
28408208--28408467	79	3.3	80	83	4	312	25	24	26	23	2.00
28408208--28408467	119	2.2	119	83	7	314	25	24	26	23	2.00
28416309--28416533	40	5.6	40	82	2	254	25	23	25	25	2.00
28416309--28416569	80	3.3	80	80	3	231	26	22	25	25	2.00
28416309--28416533	120	1.9	121	83	6	296	25	23	25	25	2.00
28418479--28418621	60	2.3	62	82	10	170	26	26	20	26	1.99
28418502--28418653	60	2.5	59	81	9	157	26	23	21	27	1.99
28418643--28418686	20	2.3	19	84	11	54	27	29	18	25	1.98
28419323--28419354	16	2.0	16	93	0	55	3	18	21	56	1.56
28422689--28422734	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
28423219--28423263	19	2.4	19	88	7	65	17	31	17	33	1.94
28427514--28427577	29	2.2	28	89	8	94	31	28	12	28	1.93
28436640--28436820	40	4.6	40	90	2	276	23	20	30	25	1.99
28444851--28444892	13	3.4	12	84	12	50	26	2	0	71	0.98
28452369--28452411	14	3.1	14	96	0	77	20	6	11	60	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28452845--28452877	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
28458954--28459014	19	3.2	19	86	4	79	21	29	32	16	1.95
28459982--28460013	9	3.4	9	95	4	55	84	0	15	0	0.63
28461244--28461428	40	4.6	39	83	5	212	23	21	28	26	1.99
28461244--28461426	79	2.3	81	83	7	223	23	21	28	26	1.99
28461278--28461461	79	2.3	77	80	10	201	26	21	27	25	1.99
28464643--28464686	15	2.8	17	74	19	51	22	22	0	54	1.45
28464628--28464713	43	2.0	43	81	4	102	24	18	1	55	1.49
28465912--28465966	3	18.3	3	92	0	92	34	1	0	63	1.05
28472622--28472827	91	2.2	94	80	12	221	26	18	25	30	1.98
28472622--28472837	48	4.6	48	77	9	221	25	18	25	30	1.98
28475369--28475538	86	2.0	85	83	3	216	24	18	24	31	1.98
28475368--28475538	43	4.0	43	80	3	182	24	18	25	31	1.98
28477738--28477945	80	2.6	80	82	4	224	27	24	24	24	2.00
28477740--28477945	40	5.2	39	78	9	193	27	23	24	24	2.00
28487864--28487993	47	2.8	47	85	0	188	22	15	26	35	1.94
28491327--28491412	43	2.0	43	88	4	129	24	24	1	50	1.57
28492644--28492699	27	2.1	27	96	0	103	25	17	0	57	1.41
28494371--28494571	40	5.1	40	87	3	273	24	27	24	23	2.00
28497193--28497341	40	3.8	40	83	4	142	26	27	20	26	1.99
28497212--28497396	40	4.7	40	83	5	198	26	27	21	24	1.99
28497214--28497396	79	2.3	81	81	7	205	26	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28504964--28505146	40	4.6	40	80	10	198	25	28	21	23	1.99
28504966--28505147	79	2.3	80	82	8	212	25	28	21	23	1.99
28511649--28511749	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
28519088--28519247	29	5.6	29	93	0	259	26	32	15	26	1.95
28521989--28522142	39	3.9	40	91	0	222	22	20	32	25	1.98
28521989--28522142	79	1.9	79	86	2	220	22	20	32	25	1.98
28522584--28522613	12	2.4	13	88	11	53	6	23	13	56	1.60
28532017--28532272	46	5.4	47	75	10	213	28	19	30	21	1.98
28532014--28532275	94	2.8	92	79	10	266	28	19	30	22	1.98
28543635--28543671	13	2.8	13	92	8	58	45	8	0	45	1.32
28544265--28544388	64	1.9	64	96	0	230	31	20	14	33	1.92
28549048--28549209	29	5.6	29	82	3	175	24	16	32	25	1.96
28551882--28552027	40	3.6	39	85	7	152	23	21	27	27	1.99
28551882--28552050	80	2.1	80	80	7	184	25	20	26	27	1.99
28564172--28564335	89	1.8	89	92	0	274	38	15	17	28	1.91
28564814--28564852	6	6.5	6	96	0	69	66	0	17	15	1.25
28564995--28565047	26	2.0	26	85	7	72	45	9	15	30	1.77
28565736--28565777	22	2.0	21	85	4	57	30	19	30	19	1.96
28566515--28566567	18	2.9	18	78	10	63	41	20	16	20	1.90
28566829--28566878	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
28566913--28566980	27	2.5	26	83	4	73	23	25	14	36	1.93
28566930--28567029	27	3.7	28	80	7	109	25	17	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28567323--28567365	20	2.2	20	86	0	59	25	37	18	18	1.94
28572615--28572781	40	4.2	40	76	3	142	26	21	26	24	1.99
28580509--28580659	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
28584793--28584923	40	3.3	40	80	2	156	23	22	29	25	1.99
28586205--28586372	45	3.7	46	72	18	161	31	30	17	20	1.96
28586214--28586382	92	1.8	92	88	2	259	30	30	17	21	1.97
28588176--28588231	18	3.1	18	67	10	51	42	12	16	28	1.84
28588574--28588690	27	4.3	27	83	4	130	21	17	17	42	1.89
28588591--28588703	54	2.1	54	80	3	120	24	16	19	38	1.92
28588965--28589006	20	2.1	20	86	0	57	26	42	16	14	1.86
28590061--28590112	24	2.2	24	82	6	61	21	44	3	30	1.70
28597066--28597247	39	4.6	39	82	8	217	25	28	21	24	1.99
28597066--28597249	40	4.7	40	82	9	234	26	28	21	23	1.99
28599073--28599124	25	2.1	24	89	3	77	80	0	7	11	0.89
28599073--28599113	13	3.2	13	83	16	59	80	0	9	9	0.91
28599083--28599125	20	2.2	19	91	4	68	81	0	6	11	0.87
28599072--28599139	11	6.3	11	76	13	54	79	0	7	13	0.93
28600966--28601010	21	2.2	20	84	4	54	17	24	26	31	1.97
28604428--28604460	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
28606497--28606804	30	10.3	30	74	9	168	37	12	25	24	1.90
28606616--28606804	89	2.1	90	82	7	224	39	12	24	23	1.89
28606519--28606805	119	2.4	118	83	5	380	38	12	24	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28610268--28610380	56	2.0	56	96	0	208	34	4	16	44	1.68
28611377--28611446	29	2.4	29	87	0	113	37	14	25	22	1.92
28611423--28611546	29	4.2	29	80	2	113	39	16	23	20	1.92
28614824--28614922	27	3.5	28	87	4	119	29	27	14	29	1.95
28621824--28621951	30	4.3	30	84	1	150	38	14	21	25	1.92
28621901--28622092	100	1.9	99	82	4	242	38	13	22	25	1.91
28622482--28622507	9	2.9	9	100	0	52	23	0	23	53	1.46
28625979--28626142	71	2.3	71	96	0	301	35	17	27	18	1.94
28633610--28633775	40	4.2	40	77	6	160	27	22	27	22	1.99
28633610--28633775	79	2.1	79	83	8	205	27	22	27	22	1.99
28633610--28633752	39	3.6	41	78	9	154	29	23	27	20	1.99
28636589--28636706	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
28636557--28636720	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
28638723--28638946	48	4.8	48	76	8	219	27	20	23	28	1.99
28640943--28641016	26	2.8	26	93	0	130	28	21	14	35	1.93
28642773--28642940	40	4.2	39	83	7	187	23	21	28	26	1.99
28642773--28642940	80	2.1	80	87	2	239	23	21	28	26	1.99
28646741--28646851	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
28646855--28647036	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
28649730--28649839	40	2.8	40	78	8	107	24	27	21	26	1.99
28650503--28650770	40	6.7	40	94	0	430	25	28	21	25	1.99
28653314--28653424	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28653428--28653609	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
28662440--28662626	50	3.8	49	82	7	198	25	17	27	28	1.98
28664201--28664340	27	5.2	27	77	10	135	29	19	15	36	1.92
28664203--28664316	54	2.1	53	85	6	158	26	21	15	35	1.94
28664295--28664347	26	2.0	27	88	3	81	37	13	13	35	1.83
28664295--28664517	27	8.3	27	77	5	121	30	9	21	38	1.86
28664352--28664503	81	1.9	81	87	2	225	28	9	21	40	1.84
28664297--28664517	54	4.1	54	78	8	191	30	9	21	38	1.85
28664378--28664528	81	1.9	81	80	2	178	31	8	21	38	1.84
28664496--28664841	27	12.8	27	87	0	467	40	8	21	29	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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