genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  113  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33455948--33456022	27	2.8	27	89	0	123	37	18	18	25	1.94
33455991--33456072	41	2.0	41	90	0	128	36	17	18	28	1.93
33455964--33456099	68	2.0	68	84	2	175	37	18	16	27	1.92
33456032--33456157	27	4.7	27	90	0	189	40	17	14	27	1.88
33456032--33456180	27	5.5	26	87	6	122	38	16	16	29	1.90
33456032--33456180	54	2.8	53	82	6	174	38	16	16	29	1.90
33459671--33459901	49	4.7	48	80	6	246	30	26	17	25	1.97
33459666--33459901	101	2.4	98	82	2	274	30	26	17	25	1.98
33462517--33462581	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
33470446--33470539	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
33470442--33470576	58	2.3	58	83	3	166	26	14	31	26	1.95
33473948--33474008	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
33475173--33475229	30	1.9	30	92	0	96	29	22	8	38	1.85
33485220--33485319	46	2.2	46	92	1	173	33	12	24	31	1.91
33490903--33490963	30	2.1	29	84	6	79	39	26	8	26	1.84
33493205--33493253	20	2.5	20	89	0	71	16	32	32	18	1.93
33502787--33502916	49	2.7	49	88	5	185	23	29	21	26	1.99
33506952--33506995	20	2.2	20	100	0	88	36	11	18	34	1.86
33507049--33507191	23	6.1	23	90	3	214	28	23	21	26	1.99
33507398--33507461	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
33524175--33524207	17	2.0	17	88	5	50	15	6	12	66	1.42
33524835--33524928	40	2.3	40	83	3	118	23	17	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33550182--33550436	55	4.8	53	76	8	216	35	17	25	21	1.95
33550189--33550389	108	1.8	110	85	4	282	34	17	24	22	1.96
33550629--33550659	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
33552125--33552324	94	2.2	90	83	10	253	23	27	18	31	1.97
33552150--33552318	46	3.6	46	84	6	216	21	27	20	31	1.98
33559533--33559572	21	1.9	21	100	0	80	50	17	10	22	1.76
33561372--33561521	40	3.8	38	82	11	137	23	27	23	26	2.00
33566731--33566898	40	4.2	40	82	3	178	24	27	22	25	2.00
33572352--33572419	32	2.1	32	94	0	118	41	13	14	30	1.84
33580128--33580191	18	3.6	18	78	0	74	35	12	12	39	1.81
33580115--33580199	36	2.4	36	82	2	100	38	14	10	36	1.80
33582065--33582102	15	2.5	15	91	4	58	0	31	0	68	0.90
33582169--33582201	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
33585302--33585541	42	5.7	42	79	6	236	19	21	15	43	1.88
33585303--33585544	21	11.5	22	72	6	139	19	21	16	42	1.88
33585306--33585541	84	2.8	83	87	1	319	19	21	16	42	1.89
33588037--33588061	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
33588485--33588527	22	2.0	22	95	0	77	46	6	16	30	1.73
33588501--33588580	41	2.0	40	97	2	151	48	10	12	28	1.73
33590606--33590652	20	2.4	20	85	3	60	31	6	6	55	1.51
33590619--33590658	20	2.0	20	85	0	53	35	7	7	50	1.59
33598006--33598088	30	2.7	31	87	3	116	21	25	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33598400--33598448	11	4.7	11	80	12	59	32	18	12	36	1.88
33605835--33605908	30	2.4	31	88	2	105	20	27	21	31	1.98
33606128--33606223	25	3.8	25	90	8	158	25	25	25	25	2.00
33606128--33606223	51	1.9	50	91	6	158	25	25	25	25	2.00
33606271--33606319	11	4.7	11	80	12	59	32	18	12	36	1.88
33618010--33618160	40	3.8	39	76	8	126	21	26	24	27	2.00
33634088--33634248	79	2.0	79	100	0	322	35	14	21	27	1.93
33641884--33641951	29	2.3	29	85	5	84	33	10	8	47	1.69
33646082--33646117	18	2.0	18	100	0	72	27	0	33	38	1.57
33647459--33647767	153	2.0	153	97	0	582	34	5	18	40	1.75
33649881--33649980	6	16.3	6	70	12	69	50	12	18	20	1.78
33649890--33649980	37	2.5	37	83	0	110	50	10	18	19	1.76
33650097--33650156	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
33650417--33650689	27	10.1	27	89	2	370	40	7	22	29	1.81
33650682--33650893	27	7.9	27	75	9	139	29	9	23	38	1.86
33650743--33650893	81	1.9	81	82	0	194	29	8	23	39	1.84
33650743--33650903	54	3.0	55	83	5	195	30	8	22	37	1.85
33650743--33650893	27	5.6	27	82	0	167	29	8	23	39	1.84
33652857--33652978	6	19.8	6	68	14	61	50	10	18	21	1.77
33652862--33652978	31	3.6	31	79	13	108	49	11	17	21	1.77
33652869--33652950	37	2.2	37	93	0	137	47	10	20	20	1.80
33652857--33652978	37	3.4	36	77	15	128	50	10	18	21	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33653097--33653156	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
33653415--33653639	27	8.3	27	91	0	342	40	6	23	29	1.80
33653670--33653734	27	2.4	27	81	0	85	33	10	16	38	1.84
33653713--33653864	27	5.6	27	89	0	214	29	8	21	40	1.83
33656128--33656232	41	2.6	41	90	0	156	19	20	23	36	1.95
33656163--33656250	41	2.1	41	82	0	113	22	20	20	36	1.95
33657212--33657274	31	2.0	31	96	0	117	28	7	19	44	1.78
33658232--33658484	125	2.0	125	98	0	488	34	16	22	25	1.95
33664019--33664114	41	2.3	41	84	7	122	19	20	22	36	1.95
33664036--33664180	66	2.2	67	86	2	195	18	20	24	36	1.95
33665128--33665190	31	2.0	31	100	0	126	28	6	19	46	1.74
33668135--33668516	100	3.9	100	79	9	392	24	29	18	28	1.98
33668178--33668516	50	6.9	50	83	6	397	24	29	18	28	1.98
33674762--33675039	48	5.8	47	88	5	380	27	18	28	25	1.98
33674762--33675039	144	1.9	144	88	3	425	27	18	28	25	1.98
33674762--33675078	48	6.6	47	85	5	363	28	18	27	25	1.98
33680151--33680326	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
33680148--33680319	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
33687725--33687900	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
33687722--33687893	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
33689991--33690694	47	15.0	48	85	7	939	31	26	6	35	1.82
33689991--33690682	373	1.9	373	88	5	1049	31	26	6	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33699155--33699326	48	3.6	48	95	0	299	24	18	31	25	1.98
33705622--33705663	21	2.2	20	83	12	52	33	0	33	33	1.58
33706135--33706253	47	2.6	45	78	8	134	26	19	30	24	1.98
33706135--33706353	49	4.7	45	70	13	147	27	19	29	24	1.98
33711981--33712027	23	2.0	23	95	0	85	17	25	23	34	1.96
33719882--33719965	24	3.6	23	82	4	87	21	20	20	38	1.94
33721079--33721194	42	2.8	42	94	0	214	22	26	31	18	1.97
33723034--33723212	47	3.8	48	80	10	185	21	29	19	29	1.98
33723034--33723212	94	1.9	94	85	4	245	21	29	19	29	1.98
33724829--33725146	94	3.4	94	76	8	265	26	18	29	25	1.98
33724973--33725096	44	2.7	45	84	7	153	26	19	27	26	1.99
33725795--33725833	19	2.1	19	100	0	78	25	5	30	38	1.78
33732007--33732103	10	10.1	10	69	19	55	32	2	1	63	1.12
33732004--33732055	17	3.0	17	81	10	61	38	1	0	59	1.08
33734275--33734352	38	2.1	37	90	2	120	64	2	2	30	1.21
33734325--33734580	141	1.8	139	81	6	320	53	8	10	26	1.65
33734897--33734947	22	2.4	21	80	6	59	43	0	0	56	0.99
33734898--33734954	20	2.8	21	79	17	66	40	0	0	59	0.97
33734906--33734952	19	2.5	19	82	6	60	38	0	0	61	0.96
33735235--33735407	69	2.5	70	85	5	219	34	13	5	46	1.66
33735389--33735430	22	2.0	22	95	4	77	42	14	2	40	1.58
33735412--33735616	81	2.5	81	85	3	297	34	19	8	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33735546--33735717	94	1.8	94	86	2	247	35	18	7	38	1.79
33736951--33737144	28	7.1	27	77	12	146	22	16	6	55	1.63
33737095--33737156	28	2.2	28	85	0	88	29	9	4	56	1.52
33738797--33739405	48	12.7	48	87	0	795	26	19	27	25	1.99
33741058--33741200	43	3.3	43	73	11	123	24	14	24	36	1.93
33741123--33741218	43	2.3	43	80	10	110	22	16	28	32	1.96
33743284--33743373	45	2.0	45	100	0	180	33	15	4	46	1.66
33744989--33745067	37	2.2	37	81	6	90	34	13	27	24	1.93
33748465--33748528	33	1.9	33	90	0	101	26	17	28	28	1.97
33748504--33748736	48	4.9	48	88	2	324	25	18	28	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425