genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  317  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98830348--98830520	46	3.7	46	74	10	172	22	19	28	30	1.98
98830341--98830513	93	1.9	93	92	0	292	22	19	28	29	1.98
98832005--98832037	14	2.4	14	100	0	66	39	6	21	33	1.78
98833106--98833223	48	2.5	48	84	2	150	35	14	22	27	1.93
98836074--98836138	15	4.4	15	73	9	62	10	13	13	61	1.57
98836070--98836138	30	2.3	31	80	9	81	10	13	17	59	1.60
98841590--98841810	40	5.6	41	81	9	255	25	23	26	24	2.00
98849649--98849833	40	4.6	40	80	9	207	24	22	27	25	2.00
98849649--98849833	80	2.3	81	85	8	236	24	22	27	25	2.00
98853491--98853517	12	2.2	12	100	0	54	25	29	11	33	1.91
98855028--98855156	49	2.6	49	75	4	127	27	29	17	25	1.98
98855177--98855296	46	2.6	46	84	9	147	24	25	19	30	1.98
98857801--98857855	15	3.7	15	79	20	53	61	18	7	12	1.53
98860632--98860887	40	6.4	40	91	2	365	25	28	23	23	1.99
98860903--98860945	18	2.3	19	80	4	52	39	23	4	32	1.75
98865034--98865167	47	2.8	49	78	11	159	26	30	17	26	1.97
98865226--98865349	46	2.7	46	85	8	164	21	28	20	29	1.98
98870184--98870219	15	2.3	15	90	4	54	22	8	8	61	1.51
98872830--98873013	40	4.7	40	84	7	225	25	28	22	23	1.99
98872832--98873013	79	2.3	79	83	6	217	25	28	22	24	2.00
98880911--98881093	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
98880890--98881093	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98884034--98884101	32	2.1	33	94	2	120	36	19	22	22	1.95
98888476--98888581	37	2.9	37	92	0	176	25	32	18	23	1.97
98888725--98889111	48	8.0	48	95	1	632	30	28	6	34	1.82
98891899--98891962	26	2.4	27	78	14	71	54	0	40	4	1.21
98897074--98897102	12	2.4	12	100	0	58	13	51	24	10	1.72
98912514--98912574	28	2.2	27	80	5	68	29	22	21	26	1.99
98912721--98912770	23	2.2	23	81	0	55	40	18	22	20	1.92
98915027--98915052	13	2.0	13	100	0	52	38	46	15	0	1.46
98923260--98923423	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
98923260--98923457	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
98926911--98927011	24	4.0	24	86	9	139	39	16	19	23	1.92
98926902--98927018	24	4.4	27	79	16	138	36	16	22	24	1.94
98926902--98927018	52	2.2	52	90	3	182	36	16	22	24	1.94
98927046--98927295	51	4.9	51	89	1	358	32	13	23	30	1.93
98932851--98933017	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
98932851--98933017	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
98936257--98936285	11	2.7	11	94	5	51	0	27	62	10	1.28
98936577--98936601	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
98939660--98939714	27	2.0	28	85	3	76	61	0	0	38	0.96
98939662--98939721	27	2.2	27	82	5	68	63	0	1	35	1.05
98940057--98940098	20	2.1	20	100	0	84	16	9	14	59	1.60
98941541--98941588	2	23.5	2	91	4	78	50	2	0	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98943471--98943557	45	1.9	45	95	0	156	25	13	25	35	1.93
98945933--98946100	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
98945949--98946098	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
98953945--98954112	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
98953961--98954110	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
98962593--98962809	46	4.6	45	77	11	197	23	30	17	27	1.97
98962640--98962830	46	4.1	45	74	11	152	24	30	18	26	1.98
98964129--98964211	43	1.9	43	92	0	139	30	32	18	19	1.95
98964508--98964591	43	2.0	43	95	0	150	38	17	13	30	1.88
98973405--98973486	43	1.9	43	92	0	137	30	26	19	23	1.98
98980826--98980896	21	3.2	21	64	24	56	25	15	22	36	1.93
98980829--98980915	45	1.9	45	97	0	165	26	13	24	35	1.93
98984966--98985006	21	2.0	21	85	0	55	36	26	9	26	1.88
98985510--98985733	40	5.6	40	85	4	240	35	15	28	20	1.93
98985530--98985733	79	2.6	80	92	2	322	34	15	28	22	1.94
98993062--98993094	14	2.3	15	94	5	59	42	18	21	18	1.89
98994769--98994850	25	3.3	25	92	0	128	17	29	20	32	1.95
98994769--98994862	25	3.8	25	91	0	125	19	27	22	30	1.98
99008605--99008774	92	1.8	93	93	1	297	28	28	21	22	1.99
99008600--99008771	46	3.7	46	77	11	199	29	27	20	22	1.99
99009190--99009249	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
99016158--99016330	46	3.7	46	78	7	197	30	26	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99016163--99016333	93	1.8	93	93	0	297	29	27	20	22	1.99
99016754--99016813	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
99029760--99029791	16	2.1	16	88	11	50	50	0	0	50	1.00
99031511--99031548	19	2.0	19	85	10	51	50	2	5	42	1.39
99033391--99033527	68	2.0	68	100	0	274	45	11	16	26	1.81
99037867--99038134	3	91.0	3	69	14	85	57	3	8	30	1.44
99038134--99038165	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
99038270--99038312	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
99038405--99038446	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
99038540--99038583	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
99039061--99039111	24	2.1	24	89	7	77	47	21	3	27	1.68
99039056--99039111	25	2.2	24	90	6	85	50	19	5	25	1.69
99039061--99039119	22	2.6	23	84	10	68	40	22	3	33	1.70
99039312--99039339	11	2.5	11	100	0	56	7	0	7	85	0.73
99039307--99039341	12	2.9	12	87	12	54	5	2	8	82	0.91
99039692--99040480	204	3.9	205	95	1	1352	29	22	18	29	1.98
99044036--99044211	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
99044032--99044203	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
99049443--99049609	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
99056134--99056243	56	2.0	55	83	5	141	37	18	16	28	1.92
99057432--99057598	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
99063719--99063828	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99063719--99063868	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
99069666--99070095	50	8.5	50	73	5	206	33	23	16	25	1.95
99069716--99070095	50	7.5	50	73	5	291	33	23	16	25	1.96
99069716--99069897	101	1.8	101	82	0	238	33	21	17	26	1.96
99069659--99070095	151	2.9	150	86	2	608	33	24	16	25	1.96
99069867--99070048	101	1.8	101	84	2	249	32	23	18	25	1.97
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99092826--99092996	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
99092818--99092993	46	3.8	46	81	10	223	28	29	20	21	1.98
99095364--99095419	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
99098356--99098529	46	3.8	45	79	8	199	28	29	20	21	1.98
99098364--99098533	93	1.8	92	93	1	295	27	30	21	21	1.98
99105018--99105189	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
99105010--99105185	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
99107571--99107654	29	2.9	29	82	10	100	57	15	16	10	1.65
99107567--99107645	15	5.4	15	80	10	92	59	12	17	10	1.60
99107578--99107654	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
99110567--99110738	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
99110559--99110734	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
99115943--99116165	40	5.6	40	86	7	310	24	23	26	26	2.00
99119060--99119124	21	3.2	21	74	12	64	41	21	24	12	1.87
99119049--99119124	39	1.9	39	89	0	116	39	21	25	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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99136553--99136786	49	4.7	48	79	6	243	30	26	17	26	1.97
99136555--99136786	100	2.3	98	82	2	284	30	25	17	26	1.97
99142138--99142162	9	2.8	9	100	0	50	20	32	0	48	1.50
99145612--99145821	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
99153746--99153955	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
99155579--99155612	13	2.8	12	82	8	50	14	0	38	47	1.45
99156741--99156775	18	2.0	18	88	5	54	40	14	8	37	1.76
99159026--99159217	40	4.8	40	92	1	305	26	27	22	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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