genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.344.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  344  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106428204--106428287	42	2.0	42	100	0	168	42	30	9	16	1.80
106433464--106433577	48	2.4	47	91	1	183	25	12	24	37	1.90
106449072--106449103	11	2.8	12	86	13	50	46	0	0	53	1.00
106453713--106453766	27	2.0	27	100	0	108	44	14	0	40	1.46
106453713--106453784	27	2.7	27	89	4	92	43	15	1	40	1.55
106455613--106455670	30	1.9	30	86	6	82	13	25	37	22	1.91
106460062--106460162	37	2.7	40	77	19	112	41	2	3	51	1.35
106463120--106463189	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
106471195--106471264	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
106480309--106480467	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
106480327--106480467	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
106487326--106487484	27	5.9	26	84	7	194	33	22	25	18	1.96
106487344--106487484	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.96
106489667--106489713	19	2.5	20	79	6	53	46	6	17	29	1.72
106500706--106500738	17	1.9	17	93	0	57	21	18	18	42	1.89
106502813--106502882	30	2.5	28	76	17	74	68	4	1	25	1.16
106502934--106502970	18	2.1	18	94	0	65	62	2	5	29	1.31
106502939--106502970	9	3.6	9	91	0	55	65	0	6	28	1.16
106502966--106503000	16	2.2	16	90	10	54	68	0	0	31	0.90
106506631--106506755	37	3.4	37	80	4	126	28	16	18	36	1.93
106506808--106506847	18	2.2	18	86	4	53	52	7	12	27	1.66
106509724--106509869	73	2.0	73	97	0	274	34	15	13	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106517544--106517652	26	4.3	25	73	10	71	36	18	22	22	1.95
106537653--106537910	45	5.7	45	71	6	148	41	16	19	22	1.90
106539503--106539701	80	2.5	80	81	7	233	26	13	23	36	1.92
106539504--106539622	40	3.0	39	81	9	150	25	11	24	38	1.89
106539612--106539690	41	1.9	41	87	5	115	29	15	22	32	1.95
106541481--106541552	13	5.5	13	75	3	63	41	4	15	38	1.66
106541481--106541552	27	2.7	26	76	4	72	41	4	15	38	1.66
106541590--106541617	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
106555628--106555728	20	5.2	19	77	5	94	38	19	29	11	1.88
106555627--106555728	39	2.5	40	76	3	107	38	19	29	12	1.89
106559196--106559240	20	2.2	20	80	0	54	4	26	2	66	1.22
106559232--106559266	17	2.0	18	88	5	54	11	11	0	77	1.00
106559266--106559309	5	8.8	5	100	0	88	59	0	0	40	0.98
106561475--106561503	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
106562695--106562814	38	3.1	38	84	4	152	21	23	24	30	1.99
106562711--106562850	38	3.7	37	83	6	156	19	21	25	33	1.97
106562695--106562859	77	2.1	77	82	7	192	19	20	26	33	1.97
106564543--106564653	57	1.9	58	88	1	170	23	18	28	28	1.98
106567714--106567746	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
106568969--106569089	38	3.1	37	75	7	107	21	20	23	34	1.97
106570123--106570173	25	2.0	25	92	0	84	39	15	15	29	1.89
106570128--106570180	25	2.2	25	82	3	63	39	16	13	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106570857--106570898	9	4.7	9	87	0	66	38	0	7	54	1.28
106570865--106570903	18	2.2	18	95	0	69	43	2	5	48	1.38
106570884--106571085	27	7.3	27	85	7	228	32	10	18	37	1.86
106570884--106571085	81	2.4	84	86	5	268	32	10	18	37	1.86
106573040--106573105	6	10.8	6	80	15	73	45	16	19	18	1.86
106573049--106573123	31	2.4	31	90	0	114	49	16	17	17	1.80
106573242--106573323	28	3.0	26	82	8	92	36	21	21	19	1.95
106573481--106573539	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
106573887--106574163	27	10.3	27	84	0	340	24	19	19	36	1.95
106574157--106574245	27	3.3	26	81	9	81	31	6	23	38	1.81
106574208--106574402	27	7.2	27	89	3	259	31	9	20	38	1.85
106582822--106582861	19	2.1	19	100	0	80	22	5	25	47	1.71
106588232--106588270	17	2.3	17	90	0	69	58	12	7	20	1.58
106590251--106590339	44	2.0	44	100	0	178	21	26	22	29	1.99
106597877--106597919	21	2.0	21	82	8	52	60	0	32	6	1.23
106603971--106604093	53	2.3	53	83	8	162	26	7	28	37	1.83
106606457--106606526	27	2.6	27	88	4	97	17	28	17	37	1.92
106609247--106609277	14	2.2	14	94	0	53	45	0	0	54	0.99
106611292--106611325	17	1.9	18	88	5	52	47	8	0	44	1.34
106614324--106614388	7	9.7	7	72	21	50	23	3	3	70	1.15
106614325--106614375	20	2.6	19	82	14	59	23	0	3	72	1.01
106614324--106614375	12	4.0	13	76	16	54	23	0	3	73	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106623502--106623563	18	3.5	18	78	10	74	43	12	8	35	1.73
106624488--106624528	12	3.5	11	90	6	55	26	17	0	56	1.41
106625017--106625062	2	24.0	2	86	8	69	50	0	0	50	1.00
106625017--106625070	12	4.4	12	84	11	58	51	0	0	48	1.00
106625859--106625896	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
106626703--106626806	41	2.5	41	78	6	111	27	17	25	28	1.97
106645814--106645873	21	2.9	21	83	14	79	30	26	31	11	1.92
106657598--106657796	50	4.0	50	97	0	371	26	22	15	35	1.94
106658111--106658140	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
106661538--106661598	5	12.2	5	100	0	122	39	0	0	60	0.97
106661620--106661703	11	7.7	10	69	17	51	67	2	22	7	1.26
106664503--106664556	26	2.0	29	85	10	78	25	5	1	66	1.23
106664590--106664650	9	6.2	9	75	16	50	27	1	4	65	1.22
106666352--106666384	11	2.8	12	86	9	50	39	0	0	60	0.97
106666359--106666395	19	1.9	19	94	0	65	40	0	0	59	0.97
106669373--106669422	21	2.3	22	83	13	59	44	4	0	52	1.20
106671103--106671267	25	6.5	24	65	24	63	29	5	1	63	1.27
106671231--106671265	14	2.6	14	90	4	54	28	2	0	68	1.04
106683581--106684085	206	2.5	206	93	1	854	32	18	20	28	1.96
106685615--106685659	2	22.5	2	95	0	81	46	0	0	53	1.00
106685698--106685736	17	2.3	18	86	8	55	38	0	2	58	1.12
106686907--106686945	19	2.1	19	100	0	78	41	10	25	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106687414--106687444	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
106687410--106687474	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
106693829--106693913	5	16.6	5	71	18	59	21	3	2	72	1.10
106693830--106693895	20	3.5	18	81	12	71	18	4	1	75	1.04
106693851--106693908	15	3.7	16	79	9	66	20	3	1	74	1.06
106697149--106697179	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
106697145--106697209	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
106697205--106697236	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
106699040--106699075	18	2.0	18	100	0	72	16	38	11	33	1.84
106699571--106699674	52	2.0	52	98	0	199	26	17	8	47	1.76
106701914--106702024	41	2.6	43	78	8	120	27	18	25	28	1.98
106706126--106706161	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
106706699--106706743	23	1.9	23	82	13	56	48	4	4	42	1.43
106710868--106711078	64	3.2	64	62	20	142	29	25	18	26	1.98
106710834--106711120	137	2.1	137	96	0	529	32	24	18	24	1.97
106712908--106712991	26	3.2	25	91	6	132	36	23	4	34	1.76
106715015--106715041	7	3.9	7	100	0	54	0	29	11	59	1.32
106728577--106728640	21	3.2	20	77	6	76	32	3	1	62	1.20
106731438--106731652	46	4.6	48	79	4	242	23	27	18	30	1.98
106731438--106731652	94	2.3	94	86	1	306	23	27	18	30	1.98
106735719--106735776	25	2.3	25	100	0	116	13	29	6	50	1.68
106737771--106737805	15	2.3	15	100	0	70	20	37	11	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106737979--106738076	46	2.3	40	79	16	108	34	15	12	37	1.85
106740339--106740498	32	5.0	32	90	0	257	33	12	9	45	1.74
106740339--106740498	64	2.5	64	94	0	284	33	12	9	45	1.74
106742492--106742546	21	2.6	21	88	0	83	30	36	9	23	1.86
106746670--106746770	48	2.1	48	85	3	132	26	27	17	27	1.98
106748009--106748075	18	3.5	18	74	11	53	59	2	2	34	1.28
106748663--106748696	18	1.9	18	88	5	52	38	8	17	35	1.81
106749595--106749636	16	2.6	17	81	11	52	38	0	0	61	0.96
106751102--106751156	27	2.0	27	85	0	74	18	12	16	52	1.74
106755199--106755253	27	2.0	27	89	0	83	32	14	27	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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