genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  112  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33109158--33109284	40	3.2	39	81	7	141	27	21	26	24	1.99
33117137--33117264	40	3.2	39	81	6	141	27	21	26	24	1.99
33126347--33126431	43	2.0	43	97	0	161	30	15	16	37	1.90
33131705--33131980	46	5.9	45	74	9	171	23	27	19	29	1.98
33131759--33131980	94	2.4	91	82	10	238	23	27	19	29	1.98
33135011--33135040	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
33138632--33144992	747	8.5	747	97	0	11881	35	20	14	29	1.92
33157202--33157271	33	2.1	33	94	0	122	30	5	20	44	1.74
33159355--33159405	25	2.0	25	100	0	102	25	27	23	23	2.00
33161045--33161288	50	4.9	50	75	3	238	29	24	18	27	1.98
33161106--33161287	101	1.8	100	85	4	258	30	24	18	26	1.98
33161637--33161683	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
33165126--33165171	10	4.8	10	81	13	53	32	0	2	65	1.05
33172174--33172312	45	3.1	45	83	4	172	33	17	21	27	1.96
33172181--33172574	90	4.5	90	78	8	369	30	18	23	26	1.98
33172338--33172574	45	5.3	45	89	1	314	30	18	25	25	1.98
33172546--33172828	88	3.4	82	82	9	254	29	16	24	29	1.97
33172608--33172828	88	2.5	88	93	0	361	29	15	24	30	1.96
33172674--33172808	41	3.1	41	65	22	105	26	14	24	34	1.93
33174300--33174400	5	20.0	5	69	18	50	35	3	2	57	1.33
33177151--33177197	20	2.3	20	74	0	58	23	23	14	38	1.92
33181203--33181284	35	2.2	38	76	12	89	41	24	8	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33183318--33183368	20	2.5	21	90	6	79	11	29	33	25	1.91
33187021--33187078	29	2.0	29	100	0	116	17	17	27	37	1.92
33201229--33201268	20	2.0	20	85	4	55	35	10	20	35	1.86
33206969--33207157	47	4.0	47	92	3	310	29	12	15	42	1.84
33207723--33207942	45	5.0	45	89	3	297	24	21	27	26	1.99
33214446--33214634	47	4.0	47	93	3	319	29	12	15	43	1.83
33215389--33215549	45	3.6	45	89	3	211	21	20	27	30	1.98
33217130--33217248	60	2.0	61	81	6	143	26	26	19	28	1.99
33224823--33225046	40	5.7	40	90	3	296	25	26	20	26	1.99
33230488--33230650	71	2.3	70	98	1	317	35	17	28	19	1.94
33235804--33236038	40	5.9	40	92	5	356	25	25	20	28	1.99
33235782--33236038	118	2.2	117	86	8	360	24	26	21	27	1.99
33235804--33236038	78	3.0	79	90	6	354	25	25	20	28	1.99
33242757--33242911	39	3.9	39	94	0	265	23	32	20	23	1.98
33247360--33247387	6	4.7	6	100	0	56	32	67	0	0	0.91
33247448--33247485	7	5.4	7	100	0	76	13	26	0	60	1.33
33250778--33250828	21	2.4	22	83	6	61	70	9	0	19	1.14
33256229--33256412	40	4.6	40	82	6	221	25	23	26	25	2.00
33256229--33256448	80	2.8	79	84	4	257	25	23	26	25	2.00
33258245--33258292	14	3.5	13	78	18	53	45	14	6	33	1.70
33261873--33262001	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
33269256--33269384	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33271403--33271434	16	2.0	16	93	0	55	71	9	0	18	1.12
33272366--33272419	16	3.2	17	82	10	67	29	0	1	68	1.00
33272371--33272416	17	2.7	17	83	10	58	26	0	2	71	0.97
33272464--33272592	65	2.0	65	95	0	231	41	17	12	28	1.85
33275717--33275782	33	2.0	33	93	0	114	31	16	25	25	1.96
33277786--33277851	23	2.8	23	83	2	87	18	21	21	39	1.93
33277779--33277862	23	3.6	24	74	16	79	19	20	21	39	1.93
33277856--33277914	23	2.7	23	92	5	95	28	20	16	33	1.95
33277867--33277941	23	3.0	25	83	12	84	29	22	18	29	1.98
33279303--33279398	49	2.0	49	97	0	183	30	6	19	43	1.76
33279704--33279817	42	2.7	43	83	1	122	19	16	30	33	1.94
33279738--33279825	43	2.1	42	89	2	131	21	15	31	30	1.95
33281315--33281490	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
33281312--33281483	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
33288888--33289063	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
33288885--33289056	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
33294094--33294161	15	4.5	15	89	7	102	14	14	16	54	1.72
33300355--33300525	92	1.9	92	94	0	306	28	29	21	20	1.98
33300348--33300522	46	3.8	46	80	11	205	29	29	21	20	1.98
33300356--33300541	46	4.0	46	73	18	136	28	29	20	20	1.98
33304804--33304828	9	2.8	9	100	0	50	20	12	12	56	1.67
33307910--33308130	46	4.8	46	84	9	297	28	30	21	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33307910--33308134	93	2.4	95	87	6	311	28	30	21	20	1.98
33316041--33316156	23	4.9	23	77	7	92	23	18	18	39	1.92
33316041--33316140	23	4.2	23	79	5	103	21	19	20	40	1.92
33320362--33320707	48	7.5	48	77	11	255	24	16	30	28	1.97
33320468--33320547	38	2.1	38	90	0	124	22	16	32	28	1.95
33320420--33320589	86	2.0	86	87	4	245	24	16	31	28	1.96
33321926--33322284	48	7.5	48	89	0	504	25	16	29	28	1.96
33321926--33322335	96	4.3	96	84	3	479	26	16	29	27	1.97
33321926--33322333	144	2.8	144	85	2	464	26	16	29	27	1.97
33326382--33326413	9	3.4	9	95	4	55	0	15	0	84	0.63
33326383--33326416	13	2.6	13	90	9	52	0	14	0	85	0.60
33330917--33331019	29	3.6	28	86	5	134	29	16	26	28	1.97
33336358--33336538	40	4.6	40	81	10	219	25	28	21	24	1.99
33336360--33336538	79	2.2	80	84	7	231	25	27	21	24	1.99
33340458--33340507	6	7.7	6	79	16	55	16	2	4	78	1.00
33341493--33341553	30	2.0	30	100	0	122	26	13	27	32	1.93
33349152--33349302	40	3.8	39	78	8	162	24	27	23	25	2.00
33352830--33352863	18	1.9	18	88	5	52	11	26	44	17	1.83
33358065--33358154	34	2.7	32	80	8	99	20	22	26	31	1.98
33360878--33360997	27	4.4	27	84	3	143	41	20	15	22	1.90
33360878--33360997	54	2.2	54	86	0	159	41	20	15	22	1.90
33367899--33368096	27	7.4	27	89	2	283	24	22	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33367920--33368096	53	3.3	54	90	3	270	23	23	20	32	1.98
33367899--33368096	80	2.5	80	88	2	281	24	22	19	32	1.97
33372329--33372488	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
33380393--33380552	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
33393305--33393335	13	2.3	14	88	11	55	32	19	6	41	1.77
33394997--33395094	47	2.1	47	96	0	178	30	14	12	42	1.82
33395903--33396119	45	4.9	45	88	4	309	23	20	29	26	1.99
33397337--33397459	63	2.0	63	91	0	201	22	15	31	30	1.95
33398030--33398073	6	6.7	6	80	19	52	15	0	4	79	0.89
33404564--33405374	48	17.0	48	92	1	1274	34	6	27	31	1.82
33404564--33405374	191	4.2	192	93	1	1301	34	6	27	31	1.82
33404564--33405374	239	3.4	240	93	2	1375	34	6	27	31	1.82
33405419--33405526	37	2.9	37	87	0	153	25	18	31	25	1.98
33406758--33407125	40	9.2	40	92	0	529	25	19	26	27	1.99
33409370--33409395	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
33410612--33410947	48	7.0	48	89	3	489	35	6	27	30	1.82
33410622--33410947	96	3.4	96	96	0	589	35	6	27	30	1.82
33410612--33410947	144	2.3	144	91	1	539	35	6	27	30	1.82
33410992--33411099	37	2.9	37	91	0	171	24	19	32	24	1.98
33413096--33413142	17	2.8	17	93	0	76	25	6	31	36	1.81
33413830--33413854	13	1.9	13	100	0	50	32	0	24	44	1.54
33415808--33415975	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33415808--33415975	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
33423815--33423982	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
33423815--33423982	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
33432023--33432160	69	2.0	69	100	0	276	36	24	7	31	1.83
33437316--33437476	38	4.2	38	89	0	232	21	21	25	31	1.98
33437470--33437597	46	2.9	44	86	7	163	23	21	29	25	1.99
33441199--33441274	34	2.3	33	83	2	98	23	21	22	32	1.98
33443485--33443616	29	4.6	29	90	1	194	26	15	31	27	1.96
33451493--33451568	34	2.3	33	86	2	107	26	19	21	32	1.97
33451838--33451867	15	2.0	15	93	0	51	20	3	20	56	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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