genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  36  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9314158--9314348	105	1.8	104	81	3	240	26	13	25	34	1.93
9314264--9314394	46	2.7	48	75	12	115	22	15	29	33	1.94
9316117--9316223	26	4.2	26	86	2	162	32	6	23	37	1.81
9316117--9316223	51	2.1	52	91	5	173	32	6	23	37	1.81
9319528--9319694	40	4.2	40	91	1	264	26	21	25	26	1.99
9319559--9319747	80	2.4	80	81	6	197	29	21	23	25	1.99
9319528--9319747	120	1.8	119	81	8	277	27	21	24	25	1.99
9326458--9326565	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
9329371--9329409	17	2.4	16	82	4	51	5	28	0	66	1.12
9330284--9330353	32	2.2	32	97	0	131	30	14	4	51	1.61
9334769--9334818	25	2.0	25	100	0	100	28	28	0	44	1.55
9337077--9337269	43	4.5	43	84	1	244	25	30	20	23	1.99
9337077--9337266	87	2.2	87	84	1	240	25	30	20	23	1.99
9337948--9338275	23	14.3	23	77	10	260	39	22	6	32	1.79
9341183--9341265	14	5.7	15	84	11	102	30	0	1	68	0.97
9341196--9341265	7	9.7	7	90	3	104	28	0	0	71	0.86
9342151--9342359	41	5.1	41	91	2	321	20	22	21	35	1.96
9344401--9344444	22	2.0	22	100	0	88	45	9	0	45	1.35
9344759--9344788	12	2.5	12	88	0	51	80	6	0	13	0.91
9348349--9348437	36	2.5	35	83	3	108	40	25	5	28	1.78
9348343--9348438	43	2.3	42	80	3	102	40	27	5	27	1.77
9348615--9348665	23	2.3	21	80	9	57	64	7	5	21	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9354265--9354301	18	2.1	18	94	0	65	0	45	0	54	1.00
9359973--9360155	24	7.6	24	93	0	285	35	25	18	20	1.95
9367689--9367894	24	8.6	24	94	1	324	34	25	18	21	1.96
9367689--9367894	71	2.9	72	92	0	333	34	25	18	21	1.96
9371784--9371964	24	7.6	24	93	2	285	34	25	18	20	1.96
9371784--9371964	47	3.8	47	94	1	290	34	25	18	20	1.96
9371784--9371964	71	2.5	71	91	1	292	34	25	18	20	1.96
9379501--9379707	24	8.6	24	94	0	333	34	25	18	21	1.96
9382872--9382909	18	2.2	18	90	9	62	21	5	2	71	1.19
9389493--9389522	9	3.3	9	100	0	60	46	0	0	53	1.00
9389687--9389726	19	2.1	19	90	0	62	60	5	0	35	1.19
9395641--9395688	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
9395683--9395745	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
9395712--9395741	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
9396807--9396901	43	2.2	43	90	0	145	25	30	20	24	1.98
9396936--9396978	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
9400196--9400228	10	3.4	10	87	4	50	12	3	0	84	0.72
9400312--9400346	7	5.0	7	100	0	70	57	0	0	42	0.99
9400352--9400394	6	6.7	6	85	15	59	18	0	0	81	0.69
9400352--9400409	20	3.0	20	89	2	82	24	0	0	75	0.80
9400351--9400394	13	3.3	13	93	3	70	18	0	0	81	0.68
9400357--9400401	13	3.4	13	87	6	63	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9400312--9400408	7	14.0	7	81	6	54	37	0	1	61	1.03
9400376--9400430	20	2.7	19	81	16	58	30	0	3	65	1.10
9400877--9400925	24	2.0	24	100	0	98	42	4	0	53	1.20
9400884--9400929	12	3.9	12	80	2	58	43	4	0	52	1.21
9401647--9401672	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
9406346--9406370	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
9407161--9407196	18	2.1	16	90	10	54	47	0	2	50	1.15
9407411--9407459	19	2.5	20	78	15	59	46	0	0	53	1.00
9407407--9407455	7	7.0	7	84	9	64	42	0	0	57	0.99
9410160--9410244	41	2.0	43	84	8	113	27	23	2	47	1.64
9415024--9415344	90	3.6	87	79	5	331	24	4	14	56	1.57
9415101--9415344	89	2.7	89	78	4	260	24	4	14	56	1.58
9417613--9417764	67	2.2	71	80	10	183	33	16	28	21	1.95
9418703--9418835	27	5.0	27	88	6	191	34	23	24	17	1.96
9418699--9418835	54	2.5	54	94	2	240	35	22	24	17	1.95
9418941--9419003	26	2.3	27	89	5	92	30	7	26	34	1.85
9420396--9420503	26	4.2	26	96	0	198	35	26	7	30	1.84
9426759--9426890	27	4.9	27	87	6	180	35	22	23	18	1.95
9426755--9426890	54	2.5	54	95	2	238	36	22	23	18	1.95
9426997--9427059	26	2.3	26	83	5	72	28	11	26	33	1.91
9428453--9428560	26	4.2	26	90	0	180	35	25	8	30	1.86
9432176--9432256	22	3.5	22	70	15	72	22	13	0	64	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9432156--9432483	47	6.6	49	78	17	336	24	13	0	61	1.34
9432270--9432307	20	1.9	19	89	5	58	28	7	0	63	1.23
9432290--9432490	108	1.8	109	89	6	318	25	11	0	61	1.34
9432339--9432560	73	3.4	63	77	15	184	26	12	0	60	1.38
9432405--9432550	21	6.5	22	73	20	72	26	13	0	60	1.38
9434035--9434069	12	3.0	12	87	4	54	31	0	0	68	0.90
9434314--9434341	11	2.5	11	100	0	56	60	0	28	10	1.30
9434337--9434390	27	2.0	27	96	3	101	55	3	0	40	1.17
9434797--9434840	8	5.5	8	88	0	70	59	0	0	40	0.98
9439793--9439962	46	3.7	46	77	10	184	23	17	27	31	1.97
9439787--9439957	93	1.8	93	91	0	279	22	18	27	30	1.97
9440187--9440224	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
9442963--9443011	9	4.8	11	83	16	70	44	0	0	55	0.99
9442960--9443011	20	2.6	20	100	0	104	44	0	0	55	0.99
9447172--9447235	24	2.7	24	97	0	119	17	29	15	37	1.91
9447373--9447429	24	2.4	24	79	5	62	17	29	21	31	1.96
9449483--9449529	13	3.8	12	81	15	51	19	0	2	78	0.85
9449498--9449529	10	3.1	10	95	4	55	18	0	0	81	0.70
9457393--9457487	41	2.3	41	83	0	127	31	26	21	21	1.98
9458377--9458458	39	2.1	39	97	0	155	39	8	13	39	1.75
9461934--9461976	18	2.3	19	88	4	61	51	0	0	48	1.00
9461934--9461983	19	2.7	18	87	3	64	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9465748--9465838	45	2.0	45	89	0	137	38	8	15	37	1.78
9465938--9465967	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
9471132--9471261	68	1.9	68	85	4	183	43	6	6	43	1.56
9476791--9476830	8	5.0	8	82	11	55	60	2	2	35	1.24
9478910--9478994	44	1.9	44	97	0	161	58	4	2	34	1.31
9478999--9479078	9	8.6	9	72	13	54	62	2	6	28	1.32
9479026--9479078	18	2.8	19	78	16	74	64	3	5	26	1.33
9478999--9479078	37	2.1	38	90	2	126	62	2	6	28	1.32
9481744--9481860	58	2.0	58	86	0	162	44	10	11	33	1.75
9492761--9493006	131	1.9	131	80	8	286	27	22	17	32	1.97
9493888--9493959	3	24.0	3	88	0	108	61	0	5	33	1.19
9495100--9495284	40	4.6	40	81	7	214	24	22	27	25	2.00
9495100--9495284	80	2.3	81	85	4	250	24	22	27	25	2.00
9502244--9502428	40	4.6	40	85	3	255	25	24	27	23	2.00
9510855--9511300	223	2.0	223	94	0	777	26	22	18	32	1.97
9511671--9512033	105	3.5	105	82	4	390	33	14	17	34	1.90
9513301--9513694	196	2.0	196	94	1	700	42	16	9	30	1.80
9514024--9514052	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
9521472--9521584	13	9.6	13	74	20	106	36	48	0	14	1.50
9521472--9521560	22	3.9	22	81	11	115	37	48	1	13	1.50
9521476--9521569	48	2.0	48	91	0	152	38	47	1	12	1.49
9521472--9521584	35	3.2	35	79	2	120	36	48	0	14	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9521950--9521991	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
9522292--9522331	19	2.2	19	86	8	57	25	17	2	55	1.55
9528110--9528148	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
9532260--9532488	105	2.2	101	85	9	295	31	16	25	26	1.96
9532470--9532499	11	2.7	11	100	0	60	20	20	36	23	1.95
9534415--9534503	36	2.5	37	78	12	96	56	1	2	40	1.19
9534733--9534781	16	3.1	15	80	11	53	46	0	0	53	1.00
9552826--9552855	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
9553916--9553948	9	3.7	9	95	0	57	24	3	0	72	0.98
9562530--9562555	7	3.7	7	100	0	52	30	26	30	11	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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