genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  131  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39212342--39212628	27	10.6	27	79	5	177	35	9	18	36	1.83
39212526--39212756	81	2.9	81	81	2	196	41	8	20	29	1.82
39212553--39212756	27	7.6	27	88	0	237	41	8	21	28	1.82
39218250--39218425	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
39218247--39218417	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
39221900--39221998	50	2.0	50	97	0	189	26	18	31	24	1.97
39233548--39233595	20	2.4	20	79	6	53	47	20	4	27	1.68
39235282--39235340	28	2.0	30	83	6	77	49	10	8	32	1.67
39237547--39237638	43	2.1	43	82	11	109	23	18	25	32	1.97
39240980--39241038	26	2.2	27	96	3	111	38	22	3	35	1.71
39241255--39241462	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
39241255--39241460	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
39249064--39249123	27	2.2	27	100	0	120	38	21	3	36	1.70
39249340--39249547	40	5.2	40	83	2	229	25	25	22	25	2.00
39257118--39257299	40	4.6	40	83	2	224	30	25	20	23	1.99
39262801--39262903	29	3.6	28	85	5	127	28	26	16	29	1.97
39270831--39270933	29	3.6	28	85	5	127	28	26	16	29	1.97
39272753--39273094	48	7.0	48	88	2	513	32	26	6	35	1.81
39279240--39279461	40	5.6	40	88	1	304	29	25	20	24	1.99
39284989--39285149	29	5.6	29	83	1	153	24	16	32	25	1.96
39285181--39285209	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
39290495--39290548	20	2.8	20	94	2	92	20	20	5	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39291227--39291320	30	3.1	30	84	0	89	38	23	15	22	1.93
39291246--39291331	30	2.9	30	85	0	118	36	22	16	25	1.94
39291714--39291760	7	6.7	7	97	0	85	46	38	0	14	1.45
39304409--39304513	43	2.5	44	85	6	144	30	26	18	24	1.98
39304441--39304523	43	1.9	43	95	0	148	31	26	15	26	1.96
39314089--39314337	55	4.7	54	77	11	248	36	17	24	21	1.94
39321652--39321859	55	3.8	52	75	11	177	35	17	24	23	1.95
39321701--39321859	53	2.9	55	78	9	182	35	17	23	23	1.95
39324606--39324706	43	2.3	43	84	0	121	37	24	13	23	1.92
39334437--39334542	27	3.9	27	84	0	140	40	19	8	31	1.82
39334416--39334539	54	2.3	54	84	2	151	40	20	8	29	1.83
39334524--39334585	27	2.3	27	91	0	106	37	20	17	24	1.94
39334440--39334566	54	2.4	54	83	2	148	40	20	10	28	1.85
39335204--39335300	28	3.5	28	95	1	169	43	27	10	18	1.83
39338245--39338428	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
39346354--39346537	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
39349720--39349906	27	6.9	27	81	7	204	39	18	10	31	1.84
39349720--39349877	82	1.9	82	88	2	237	40	18	8	31	1.82
39349724--39349878	55	2.9	54	91	1	247	41	19	8	30	1.81
39349804--39349921	27	4.4	28	78	12	97	39	17	12	29	1.87
39350535--39350621	29	3.0	29	93	6	158	47	25	10	17	1.79
39356148--39356368	40	5.6	40	90	1	320	23	20	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39358491--39358560	20	3.5	21	71	13	67	25	18	15	40	1.90
39358496--39358576	39	2.1	39	100	0	162	25	18	14	40	1.89
39364925--39365092	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
39364941--39365090	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
39372742--39372782	21	2.0	21	85	0	55	21	17	41	19	1.90
39374991--39375050	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
39380258--39380299	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
39387099--39387266	46	3.8	46	69	21	151	22	21	27	28	1.99
39392816--39392872	30	1.9	30	92	0	96	28	24	7	40	1.81
39397214--39397281	27	2.5	28	97	2	129	29	11	26	32	1.92
39397214--39397295	27	3.0	27	87	5	76	29	13	24	32	1.93
39401031--39401089	30	2.0	30	82	0	73	38	8	27	25	1.84
39401715--39402099	50	7.7	50	72	5	301	27	17	25	29	1.97
39401704--39402096	151	2.6	151	89	0	624	26	17	25	30	1.98
39402299--39402330	16	2.0	16	100	0	64	43	0	18	37	1.51
39402631--39402982	181	2.0	180	83	2	456	36	8	22	33	1.84
39403432--39403679	126	2.0	126	95	0	442	30	8	25	35	1.87
39406718--39406802	26	3.5	26	65	25	76	30	15	7	47	1.72
39406716--39406810	46	2.1	46	97	0	181	30	14	8	46	1.74
39411646--39411870	49	4.5	49	85	3	272	30	27	18	24	1.98
39411633--39411877	99	2.5	100	83	3	298	29	27	18	24	1.98
39421181--39421228	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39421272--39421330	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
39421276--39421330	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
39421381--39421485	24	4.4	24	91	3	167	29	20	22	26	1.99
39421381--39421485	47	2.2	48	91	3	167	29	20	22	26	1.99
39421483--39421548	25	2.5	25	74	16	71	31	19	22	25	1.98
39423046--39423216	93	1.8	93	87	0	252	30	25	19	23	1.98
39423046--39423210	46	3.6	46	74	11	156	30	25	20	24	1.98
39430095--39430142	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
39430186--39430244	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
39430295--39430437	24	6.0	24	90	7	202	28	22	23	25	1.99
39430295--39430437	47	3.0	47	89	7	200	28	22	23	25	1.99
39430295--39430438	71	2.0	72	88	6	213	29	22	22	25	1.99
39430629--39430692	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
39433847--39433876	12	2.4	13	94	5	53	30	6	0	63	1.20
39435427--39435611	40	4.6	40	85	3	255	23	27	23	24	2.00
39437988--39438051	31	2.1	31	96	0	119	57	12	23	6	1.57
39440590--39440708	44	2.8	43	80	5	125	30	28	18	22	1.97
39443928--39444023	38	2.5	37	83	5	120	36	3	11	48	1.55
39456063--39456124	30	2.1	30	96	0	115	54	11	27	6	1.60
39459168--39459197	11	2.7	11	89	0	51	66	0	0	33	0.92
39461512--39461565	26	2.1	26	100	0	108	38	14	18	27	1.90
39476468--39476512	22	2.0	22	100	0	90	17	37	17	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39480137--39480294	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
39483561--39483598	20	1.9	20	100	0	76	47	13	0	39	1.42
39489557--39489713	43	3.7	42	76	5	145	24	19	24	31	1.98
39493350--39493388	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
39497376--39497420	15	2.9	15	81	12	54	53	17	13	15	1.73
39504141--39504378	48	4.9	48	93	1	377	37	7	23	30	1.83
39504145--39504419	146	1.9	143	84	3	363	36	8	25	29	1.85
39504436--39504540	47	2.2	47	94	0	183	35	7	29	27	1.85
39508137--39508166	16	1.9	15	93	6	51	36	40	0	23	1.55
39514778--39514844	32	2.1	32	100	0	134	34	11	13	40	1.81
39517341--39517403	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
39517594--39517712	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
39517594--39517712	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
39517763--39517822	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
39517763--39517817	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
39517865--39517912	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
39523479--39523542	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
39523734--39523852	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
39523734--39523852	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
39523903--39523962	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
39523903--39523957	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
39524005--39524052	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39530072--39530131	29	2.1	28	84	3	75	31	26	0	41	1.56
39531431--39531492	21	3.3	21	66	29	66	38	24	6	30	1.80
39531428--39531498	35	2.0	35	100	0	142	38	25	5	30	1.79
39532194--39532253	29	2.1	28	84	3	75	31	26	0	41	1.56
39532951--39532990	20	2.1	19	85	4	53	40	7	5	47	1.54
39539906--39539942	6	6.2	6	87	12	58	83	0	0	16	0.64
39548191--39548283	45	2.1	45	97	0	177	34	8	23	33	1.85
39550675--39550717	18	2.5	17	85	7	59	6	20	0	72	1.08
39550662--39550711	24	2.1	23	82	10	57	8	18	0	74	1.06
39558519--39558634	39	3.0	39	85	0	169	25	20	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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