genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.414.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  414  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125940046--125940076	3	10.3	3	92	0	53	70	0	29	0	0.87
125941764--125941892	66	2.0	66	92	0	213	32	19	11	36	1.88
125941917--125942130	44	4.8	44	71	10	168	34	21	23	21	1.97
125941914--125942130	89	2.4	87	87	3	299	33	20	23	22	1.97
125942190--125942343	43	3.5	43	82	6	148	35	20	23	21	1.96
125942451--125942658	87	2.4	88	80	4	251	35	20	23	20	1.96
125945933--125945959	9	3.0	9	100	0	54	77	11	11	0	0.99
125946133--125946161	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
125961199--125961307	51	2.1	52	93	1	184	33	5	24	36	1.79
125961199--125961307	26	4.2	26	96	2	184	33	5	24	36	1.79
125962787--125962839	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
125966994--125967102	51	2.1	52	93	1	184	33	5	24	36	1.79
125966994--125967102	26	4.2	26	96	2	184	33	5	24	36	1.79
125970691--125970726	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
125972700--125972762	33	1.9	33	83	6	83	50	1	7	39	1.41
125972906--125972935	12	2.4	13	94	5	53	10	53	36	0	1.35
125976367--125976476	26	4.2	26	90	0	184	36	24	5	33	1.79
125981831--125981883	12	4.3	13	75	17	51	32	0	15	52	1.42
125982070--125982117	23	2.1	22	85	11	62	37	10	0	52	1.36
125982273--125982301	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
125983305--125983335	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
125983350--125983410	24	2.5	23	76	12	61	54	4	13	27	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125983545--125983641	21	4.5	21	77	12	81	57	4	3	35	1.33
125983533--125983636	44	2.3	46	80	9	108	56	4	2	35	1.35
125983636--125983674	14	2.7	15	80	11	55	61	5	2	30	1.31
125983651--125983703	23	2.4	22	75	22	56	54	3	5	35	1.42
125983883--125984043	3	53.7	3	65	18	59	59	3	6	31	1.37
125983999--125984032	14	2.3	15	90	5	52	67	0	8	23	1.18
125984377--125984456	36	2.3	34	77	16	83	30	22	25	22	1.99
125984677--125984706	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
125985818--125986377	75	7.5	74	85	4	662	31	20	17	30	1.96
125985818--125986381	149	3.8	147	82	4	675	31	20	17	30	1.96
125985778--125986377	223	2.7	223	81	5	669	31	20	17	30	1.96
125991230--125991549	46	7.0	46	89	0	397	21	24	15	39	1.91
125996503--125996773	46	6.0	46	89	2	350	21	24	14	39	1.91
125998915--125998951	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
126001142--126001280	27	5.2	28	89	6	175	34	23	24	17	1.96
126002879--126002988	26	4.2	26	96	0	175	36	23	6	33	1.80
126010000--126010054	17	3.2	18	82	7	69	50	9	9	30	1.65
126010648--126010701	18	3.1	17	79	12	56	59	1	3	35	1.26
126010759--126010812	3	18.0	3	77	7	56	62	1	3	31	1.23
126011819--126012035	64	3.3	64	63	18	154	31	25	16	25	1.96
126011785--126012069	136	2.1	136	97	0	543	31	25	18	24	1.97
126012076--126012123	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126012316--126012367	25	2.0	26	88	3	79	25	13	23	38	1.91
126013844--126013927	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
126017643--126017925	136	2.1	134	97	1	530	31	25	18	24	1.98
126017932--126017979	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
126018172--126018224	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
126019699--126019782	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
126024970--126025079	26	4.2	26	97	0	193	36	25	5	32	1.79
126032771--126032944	71	2.5	70	83	4	210	29	13	22	35	1.92
126033038--126033439	140	2.9	140	98	0	761	25	17	20	36	1.94
126033367--126033658	77	3.9	74	86	5	415	28	17	23	29	1.97
126033367--126033668	151	2.0	151	90	5	477	28	17	23	30	1.97
126033516--126033990	169	2.8	167	88	5	695	29	19	20	30	1.97
126033759--126033930	93	1.8	93	83	4	231	27	21	19	31	1.97
126033831--126034212	79	4.7	77	78	11	372	28	17	18	35	1.94
126034066--126034099	12	2.6	13	90	9	52	29	14	5	50	1.67
126034066--126034100	13	2.6	14	86	13	56	31	14	5	48	1.67
126033689--126034417	243	3.0	241	83	8	829	28	17	18	34	1.95
126034010--126034170	87	1.9	87	85	2	225	26	18	19	36	1.94
126034194--126034254	30	2.0	30	90	6	97	19	9	27	42	1.83
126035903--126035934	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
126038001--126038110	26	4.2	26	96	0	175	33	6	23	36	1.80
126039593--126039642	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126039890--126040449	137	4.1	137	98	0	1050	24	19	24	31	1.98
126039890--126040449	273	2.0	274	97	0	1050	24	19	24	31	1.98
126044221--126044330	26	4.2	26	96	0	175	34	5	23	36	1.78
126046115--126046538	137	3.1	137	96	0	767	25	18	24	31	1.98
126051787--126051942	52	3.0	52	78	10	183	26	16	26	30	1.97
126053556--126053603	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
126053651--126053706	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
126053640--126053706	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
126053755--126053884	25	5.2	25	88	8	169	30	19	23	27	1.98
126054069--126054128	31	1.9	31	93	0	102	36	16	21	25	1.94
126057026--126057062	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
126057624--126057797	46	3.7	47	78	13	189	21	18	28	30	1.97
126057620--126057789	93	1.8	93	92	2	288	21	20	28	30	1.98
126060553--126060608	25	2.3	25	84	3	69	41	12	1	44	1.53
126060670--126060717	21	2.3	21	85	3	62	37	2	6	54	1.38
126060748--126060842	24	3.7	24	73	16	68	34	4	5	55	1.42
126060757--126060824	11	6.0	11	71	6	55	36	2	5	54	1.40
126060801--126060889	36	2.4	37	84	5	117	31	3	4	60	1.33
126060757--126060863	50	2.2	46	77	6	106	33	2	6	57	1.39
126060856--126060967	31	4.0	28	68	19	81	33	7	2	57	1.40
126061049--126061075	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
126061122--126061234	12	9.3	12	69	21	67	34	2	3	59	1.29
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126061168--126061206	17	2.4	17	87	8	55	35	2	2	58	1.25
126062885--126062942	11	5.1	11	77	6	53	18	3	1	75	1.03
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126067110--126067170	25	2.3	27	78	18	67	57	6	4	31	1.46
126067379--126067411	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
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126067495--126067603	30	3.6	28	73	17	94	64	1	5	28	1.26
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126067672--126067788	12	9.7	12	66	24	59	58	4	1	35	1.27
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126067861--126067912	18	2.9	18	86	8	79	57	0	3	38	1.17
126069700--126069735	14	2.6	14	90	0	54	52	2	19	25	1.59
126069571--126070140	89	6.7	88	77	11	414	35	18	16	28	1.94
126069570--126070575	160	6.3	173	77	13	479	33	20	16	28	1.95
126069812--126070435	73	8.2	72	77	11	540	34	20	16	28	1.95
126069971--126070140	87	2.0	86	88	4	252	37	18	16	27	1.92
126070049--126070593	148	3.7	146	83	9	688	34	21	16	27	1.95
126070346--126070524	86	2.1	86	87	5	254	40	21	14	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126070432--126070586	72	2.2	73	87	3	217	36	23	16	24	1.94
126071251--126071311	3	20.3	3	100	0	122	0	32	0	67	0.91
126072713--126073256	46	11.8	46	92	1	811	22	24	14	38	1.91
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126076735--126076787	1	53.0	1	76	0	52	1	1	7	88	0.65
126076744--126076781	8	4.9	8	87	6	60	0	0	10	89	0.49
126076735--126076782	10	4.6	10	85	10	60	2	0	8	89	0.56
126076743--126076787	24	1.9	23	90	4	72	0	2	8	88	0.58
126082063--126082149	19	4.7	19	88	5	133	39	13	10	36	1.79
126082063--126082149	36	2.3	37	86	7	122	39	13	10	36	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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