genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  86  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24765822--24765869	25	1.9	25	91	0	78	29	14	22	33	1.94
24768780--24768983	40	5.1	40	84	5	252	23	22	29	25	1.99
24768776--24768983	80	2.6	80	87	1	301	24	22	28	25	1.99
24776109--24776138	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24776855--24777053	40	5.0	40	84	4	226	23	19	29	27	1.98
24779000--24779098	28	3.5	28	87	4	119	29	14	26	30	1.95
24784024--24784124	28	3.5	29	87	6	134	29	26	13	29	1.94
24786516--24786688	43	4.0	43	77	8	172	24	17	24	32	1.97
24788373--24788417	16	2.9	15	90	6	63	2	17	0	80	0.82
24788371--24788417	15	3.1	14	85	11	58	2	19	0	78	0.85
24793612--24793637	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24794116--24794212	27	3.6	27	92	1	167	28	12	27	30	1.93
24794116--24794224	54	2.0	55	89	5	168	29	13	25	31	1.94
24802084--24802179	27	3.5	27	95	1	174	29	13	26	31	1.94
24802084--24802192	54	2.0	55	91	5	177	30	14	23	31	1.95
24809889--24809952	28	2.3	28	94	0	110	43	9	12	34	1.75
24812661--24812713	26	2.0	26	100	0	106	33	26	7	32	1.84
24814890--24814923	17	2.1	16	89	10	52	44	5	0	50	1.26
24815845--24815902	29	1.9	31	83	13	77	22	8	10	58	1.58
24818005--24818060	25	2.4	23	82	14	62	39	0	1	58	1.08
24818304--24818355	27	1.9	27	88	7	79	32	3	1	61	1.25
24830391--24830984	210	2.8	209	84	4	713	31	18	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24832579--24832634	25	2.4	23	82	14	62	39	0	1	58	1.08
24832725--24832784	21	2.7	23	76	14	56	31	6	1	60	1.33
24832882--24832931	12	4.0	12	82	10	64	30	2	4	64	1.23
24847131--24847353	40	5.6	39	81	8	229	26	21	26	26	1.99
24847140--24847386	79	3.1	79	78	9	184	27	20	25	26	1.99
24855990--24856211	29	7.5	30	80	13	244	28	26	13	31	1.94
24855990--24856211	62	3.8	58	87	7	279	28	26	13	31	1.94
24856104--24856200	34	3.0	34	73	17	125	28	28	13	28	1.94
24863925--24864084	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
24863925--24864084	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
24864073--24864097	13	1.9	13	100	0	50	28	32	16	24	1.96
24866332--24866511	39	4.6	39	86	6	132	26	18	26	27	1.98
24866316--24866537	79	2.8	79	81	8	263	25	21	27	26	1.99
24866316--24866539	40	5.7	39	85	7	258	25	20	27	26	1.99
24866323--24866562	79	3.0	78	78	12	249	26	19	26	27	1.99
24874396--24874613	40	5.7	40	86	7	276	23	22	27	25	2.00
24874396--24874646	79	3.3	79	79	9	216	25	21	27	25	2.00
24877564--24877649	31	2.8	31	87	1	138	26	26	15	31	1.95
24877842--24877937	24	4.0	23	77	10	75	25	20	22	31	1.98
24877867--24877937	24	2.9	24	83	10	90	23	21	23	30	1.99
24877984--24878028	20	2.2	20	100	0	90	35	20	8	35	1.84
24888886--24889068	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24896753--24896935	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
24901365--24901441	38	2.0	38	94	0	136	41	7	19	31	1.80
24902716--24902866	41	3.7	41	88	1	214	26	15	24	33	1.95
24902716--24902866	81	1.9	82	87	1	223	26	15	24	33	1.95
24903119--24903153	17	2.0	18	94	5	63	22	0	11	65	1.24
24903316--24903517	7	27.7	7	70	15	88	45	35	1	17	1.58
24904051--24904540	115	4.3	115	83	2	466	31	17	18	32	1.94
24908185--24908315	40	3.3	40	79	2	129	32	23	19	23	1.97
24908361--24908464	39	2.6	40	78	6	122	28	19	24	27	1.98
24908222--24908571	147	2.3	152	83	5	442	32	20	20	27	1.97
24908750--24908937	7	26.4	7	72	11	87	21	1	30	46	1.58
24908814--24908855	15	2.9	14	82	6	57	23	2	30	42	1.67
24908756--24908937	29	6.4	28	71	15	106	20	1	31	46	1.58
24908832--24908967	64	2.1	64	79	11	145	19	0	36	44	1.51
24913997--24914043	19	2.5	19	76	10	51	23	2	2	72	1.06
24913995--24914053	25	2.4	24	78	13	66	27	1	1	69	1.07
24914300--24914489	43	4.4	43	80	1	211	22	16	26	34	1.95
24914300--24914499	85	2.3	85	83	4	249	22	16	25	36	1.94
24917062--24917120	29	2.0	29	100	0	118	30	0	15	54	1.42
24918161--24918222	27	2.3	26	83	5	79	29	16	19	35	1.93
24918178--24918406	27	8.5	27	87	2	291	20	16	22	41	1.90
24920202--24920335	9	15.1	9	75	10	107	45	18	1	34	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24920181--24920317	43	3.0	44	86	6	186	45	17	2	34	1.64
24920920--24920964	19	2.4	19	100	0	90	17	42	22	17	1.89
24922282--24922380	52	1.9	51	89	2	153	36	27	14	22	1.92
24923641--24924199	285	2.0	283	95	1	1012	30	16	19	33	1.94
24927098--24927126	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
24927922--24928235	43	7.4	43	73	4	208	25	17	25	31	1.97
24935682--24935819	57	2.4	57	80	7	138	31	15	25	27	1.96
24939584--24939696	44	2.7	41	80	9	118	35	26	15	23	1.94
24940792--24940816	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
24941816--24941925	6	17.8	6	72	12	80	47	13	20	18	1.82
24941828--24941897	25	2.8	25	97	0	131	45	14	22	17	1.84
24941828--24941925	31	3.4	30	83	10	116	45	14	21	18	1.84
24942044--24942103	27	2.3	26	88	2	84	36	20	21	21	1.95
24942065--24942128	33	2.0	32	84	3	83	39	18	21	20	1.93
24942365--24942557	27	7.2	27	89	0	289	39	9	23	27	1.85
24942365--24942584	54	4.1	54	83	5	234	38	9	23	29	1.85
24942607--24942811	27	7.6	27	84	1	259	31	9	20	38	1.85
24942552--24942811	81	3.2	81	83	4	285	31	9	21	37	1.85
24942552--24942811	27	9.7	27	81	1	254	31	9	21	37	1.85
24946011--24946055	12	3.9	12	75	18	51	33	2	0	64	1.06
24958611--24958693	43	1.9	43	82	2	103	32	16	25	25	1.96
24958342--24958879	221	2.4	220	89	2	812	31	17	23	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24958829--24958924	44	2.2	44	88	3	149	30	14	27	28	1.95
24959134--24959166	16	2.1	16	94	0	57	78	0	0	21	0.75
24960223--24960277	17	3.4	16	80	9	67	36	3	0	60	1.15
24965070--24965129	27	2.1	29	81	6	70	31	26	3	38	1.73
24969424--24969664	70	3.3	71	81	5	277	26	14	23	35	1.93
24969721--24969888	88	1.9	88	87	4	250	27	19	19	33	1.96
24969866--24969892	14	1.9	14	100	0	54	25	14	7	51	1.68
24972732--24972821	35	2.7	31	77	15	90	34	6	3	55	1.42
24977665--24977824	42	3.8	42	73	5	117	28	25	15	30	1.96
24979446--24979499	27	2.0	27	100	0	108	22	29	14	33	1.94
24979993--24980046	20	2.7	20	88	0	81	14	25	33	25	1.95
24988595--24988718	62	2.0	62	100	0	248	43	3	22	30	1.69
24990847--24990950	54	1.9	54	82	0	127	24	25	29	21	1.99
24990867--24990973	54	2.0	54	83	0	133	23	28	28	19	1.98
24995847--24995884	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
24997849--24997883	18	1.9	18	88	11	54	68	5	2	22	1.24
24998004--24998051	2	23.5	2	91	4	78	50	2	2	45	1.25
25010213--25010322	55	2.0	55	96	0	202	25	9	27	38	1.86
25015545--25015639	38	2.4	38	75	18	88	55	4	1	38	1.26
25016556--25016622	32	2.1	32	91	5	109	32	2	2	61	1.26
25016555--25016631	32	2.5	30	82	13	95	35	2	2	59	1.25
25016441--25016633	10	19.6	10	65	23	56	35	2	4	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25016589--25016651	28	2.2	28	80	8	65	44	1	4	49	1.33
25018080--25018159	29	2.7	27	76	14	79	31	1	5	62	1.24
25018064--25018164	9	10.6	9	71	17	53	34	0	4	59	1.26
25018079--25018159	20	4.1	18	74	13	63	30	1	4	62	1.24
25018089--25018151	31	2.0	30	82	11	74	30	1	4	63	1.24
25018699--25018734	19	1.9	19	88	5	56	41	5	0	52	1.24
25018803--25018829	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
25018970--25019009	17	2.3	17	86	4	53	47	0	0	52	1.00
25019349--25019407	29	2.0	29	84	12	77	52	1	0	45	1.10
25021828--25022341	199	2.6	197	86	2	699	35	16	15	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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