genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  197  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59963917--59964035	25	4.9	25	62	19	56	42	25	2	29	1.68
59963973--59964070	14	6.7	14	72	9	70	45	25	1	27	1.60
59964227--59964475	41	6.1	41	84	6	290	18	21	22	36	1.95
59964227--59964475	123	2.0	122	84	6	324	18	21	22	36	1.95
59964843--59964889	2	24.0	2	83	12	62	51	2	0	46	1.13
59966460--59966485	13	2.0	13	100	0	52	69	15	0	15	1.20
59973756--59973951	42	4.7	42	83	3	234	30	25	15	29	1.96
59973756--59973951	85	2.3	84	86	5	254	30	25	15	29	1.96
59979402--59979577	50	3.5	49	81	7	185	28	27	18	25	1.98
59979402--59979587	101	1.9	99	85	4	257	27	28	18	25	1.98
59997742--59997835	40	2.3	41	83	7	113	30	29	14	24	1.95
60000053--60000222	41	4.2	40	72	20	145	27	27	22	22	2.00
60002232--60002418	40	4.7	40	85	6	211	25	26	22	25	2.00
60004521--60004669	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60004562--60004669	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60012578--60012726	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60012619--60012726	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60014487--60014516	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
60017693--60017835	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
60017694--60017875	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
60022335--60022377	13	3.5	13	81	18	65	9	55	30	4	1.52
60022333--60022379	23	2.0	23	100	0	94	8	55	31	4	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60037248--60037389	38	3.7	39	88	4	225	26	20	30	22	1.98
60045804--60045831	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
60046306--60046375	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
60049259--60049367	40	2.7	42	80	8	129	29	27	16	26	1.97
60060198--60060230	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
60061306--60061400	38	2.5	38	84	3	111	22	18	26	32	1.97
60066116--60066300	40	4.6	39	86	5	221	25	22	27	25	2.00
60066116--60066333	79	2.7	79	81	10	241	26	22	26	24	2.00
60074142--60074325	79	2.3	81	83	9	236	25	21	27	25	2.00
60074142--60074325	40	4.6	39	87	4	228	25	21	27	25	2.00
60074188--60074358	79	2.2	78	82	11	197	28	21	26	24	1.99
60076040--60076202	50	3.3	50	79	6	170	33	14	12	40	1.83
60077388--60077436	10	4.6	11	76	16	50	77	4	10	8	1.10
60077380--60077427	22	2.2	22	85	7	62	75	6	8	10	1.20
60079350--60079415	27	2.5	26	92	5	105	31	27	12	28	1.92
60086004--60086213	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
60094135--60094344	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
60096563--60096600	19	2.0	19	100	0	76	31	10	21	36	1.87
60101810--60102000	40	4.8	39	76	11	158	22	28	24	24	2.00
60101818--60102002	78	2.3	80	81	10	202	23	27	24	24	2.00
60103692--60104010	101	3.0	109	89	7	519	36	7	16	40	1.76
60104258--60104283	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60104389--60104458	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
60106572--60106978	200	2.0	200	90	3	640	26	14	17	41	1.88
60107133--60107270	70	2.0	70	94	0	240	27	4	24	43	1.73
60108470--60108556	34	2.5	35	81	3	88	25	25	24	25	2.00
60110022--60110064	22	2.0	22	90	0	68	37	11	34	16	1.85
60114444--60114606	40	4.2	39	83	9	201	23	20	28	26	1.99
60114444--60114606	76	2.1	77	84	6	206	23	20	28	26	1.99
60122479--60122682	39	5.2	39	85	6	254	23	20	28	26	1.99
60122473--60122682	79	2.7	76	85	7	271	23	20	28	27	1.99
60126626--60126829	40	5.1	40	87	1	275	22	21	29	26	1.99
60126622--60126833	80	2.7	80	88	2	311	23	21	28	26	1.99
60145883--60146067	65	3.2	55	77	15	192	35	24	12	28	1.91
60145913--60146037	65	1.9	65	91	0	205	36	23	12	28	1.90
60147950--60147995	20	2.4	19	85	3	56	47	0	23	28	1.52
60148513--60148684	48	3.6	48	88	1	265	25	20	30	24	1.99
60151504--60151636	36	3.7	36	76	10	101	30	15	26	27	1.95
60151537--60151639	36	2.8	37	79	2	118	29	15	25	30	1.96
60154595--60154641	20	2.4	19	85	3	58	46	0	25	27	1.53
60155186--60155401	48	4.5	48	88	2	317	26	18	27	27	1.98
60163325--60163361	1	37.0	1	100	0	74	100	0	0	0	0.00
60166387--60166510	59	2.1	58	81	14	139	55	3	4	37	1.35
60166426--60166509	29	3.0	27	72	11	71	57	2	4	35	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60168296--60168333	19	2.0	20	90	10	62	57	0	5	36	1.21
60171215--60171441	49	4.6	49	79	3	249	23	15	27	32	1.95
60171217--60171441	100	2.3	100	82	3	267	24	16	27	32	1.96
60174655--60174694	22	1.9	21	85	10	55	35	37	0	27	1.57
60176793--60176838	20	2.3	20	96	0	83	21	21	23	32	1.98
60180877--60180976	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
60181826--60181850	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
60184395--60184600	52	3.8	53	74	8	184	19	24	17	37	1.94
60187419--60187471	26	2.0	27	82	10	65	33	15	9	41	1.79
60191184--60191345	38	4.2	38	88	4	200	20	20	26	32	1.97
60191155--60191333	38	4.6	38	86	5	191	23	22	25	29	1.99
60191184--60191345	77	2.1	78	83	5	204	20	20	26	32	1.97
60194048--60194225	40	4.5	40	81	4	173	26	27	19	25	1.99
60198418--60198624	53	3.8	54	79	1	227	19	22	18	38	1.93
60202838--60202922	40	2.1	40	82	4	100	27	18	22	31	1.97
60207261--60207287	12	2.2	12	100	0	54	33	14	25	25	1.95
60211341--60211375	16	2.2	16	100	0	70	54	11	17	17	1.71
60211587--60211647	28	2.1	29	91	8	99	27	13	29	29	1.94
60212973--60213015	22	1.9	23	85	4	61	20	4	51	23	1.66
60214362--60214426	34	1.9	34	93	0	112	30	24	23	21	1.99
60224974--60225138	42	3.9	43	78	14	157	30	25	15	29	1.96
60226751--60226786	18	2.0	18	94	0	63	55	2	5	36	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60226753--60226792	18	2.2	18	86	0	53	57	5	7	30	1.48
60232445--60232595	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
60232482--60232611	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
60236226--60236268	6	7.3	6	81	2	52	16	2	4	76	1.05
60236226--60236268	12	3.7	11	85	11	59	16	2	4	76	1.05
60238903--60238947	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
60243784--60243951	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
60246769--60246933	42	3.9	42	82	7	174	30	25	14	29	1.95
60260351--60260575	40	5.6	40	84	3	265	23	26	24	25	2.00
60260315--60260575	80	3.3	80	80	6	280	24	26	23	26	2.00
60260315--60260575	120	2.2	120	82	7	309	24	26	23	26	2.00
60266025--60266205	40	4.6	40	87	2	240	24	20	29	25	1.99
60273546--60273657	44	2.6	43	86	9	149	23	19	25	32	1.98
60278293--60278500	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
60278293--60278499	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
60286340--60286547	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
60286340--60286546	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
60291729--60291953	40	5.6	40	84	2	281	24	27	23	25	2.00
60291693--60291953	80	3.3	79	83	3	301	24	26	22	25	2.00
60291693--60291953	120	2.2	120	82	6	316	24	26	22	25	2.00
60295514--60295840	40	8.1	40	84	3	399	21	20	29	28	1.98
60295515--60295826	120	2.6	120	88	1	446	22	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60295974--60296024	25	2.0	25	85	7	68	31	13	33	21	1.92
60299654--60299877	40	5.6	40	82	3	263	23	27	24	25	2.00
60299618--60299877	79	3.3	80	81	4	285	24	26	23	25	2.00
60299618--60299877	119	2.2	120	82	6	307	24	26	23	25	2.00
60301670--60301695	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60302863--60303013	47	3.3	47	79	3	164	34	7	29	28	1.85
60306436--60306607	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
60306428--60306603	46	3.8	46	81	10	223	28	29	21	20	1.98
60308474--60308709	40	5.9	40	89	0	346	21	22	28	27	1.99
60312419--60312569	47	3.3	47	81	3	182	33	9	29	27	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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