genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  115  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34139501--34139550	24	2.0	24	84	7	64	42	4	0	54	1.19
34139516--34139581	33	2.0	32	82	2	78	39	4	1	54	1.30
34156280--34156357	27	2.9	27	88	3	113	30	19	16	33	1.94
34158765--34158954	29	6.6	29	84	2	231	25	16	32	25	1.96
34166013--34166202	29	6.6	29	84	2	231	25	15	32	26	1.96
34171109--34171169	30	2.0	30	90	0	95	29	24	3	42	1.70
34175685--34175726	20	2.1	20	100	0	84	23	4	28	42	1.74
34178120--34178295	46	3.8	47	82	10	236	21	21	28	28	1.98
34178116--34178287	93	1.8	93	96	2	319	20	21	29	27	1.98
34192483--34192649	40	4.2	40	85	4	196	26	28	22	23	1.99
34192483--34192649	80	2.1	78	85	5	219	26	28	22	23	1.99
34195981--34196144	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
34195981--34196178	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
34201255--34201418	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
34201255--34201452	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
34208489--34208656	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
34208489--34208656	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
34213397--34213451	11	5.5	10	79	12	60	36	10	18	34	1.86
34213495--34213589	25	3.8	25	98	0	181	25	27	23	24	2.00
34213809--34213892	31	2.7	31	90	1	134	32	19	25	23	1.97
34221418--34221476	11	5.7	11	76	15	72	38	11	16	32	1.86
34221420--34221476	20	2.8	21	94	5	100	38	10	17	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34221524--34221593	25	2.8	25	100	0	140	24	24	24	27	2.00
34221813--34221896	31	2.7	31	80	8	100	35	15	25	23	1.94
34223170--34223245	38	2.0	38	94	5	136	26	14	26	32	1.94
34227702--34227837	56	2.4	56	86	0	191	30	14	24	30	1.95
34227701--34227866	56	3.0	55	76	11	167	28	15	25	30	1.95
34234281--34234473	56	3.4	56	90	0	305	27	15	23	34	1.94
34234281--34234504	56	4.0	54	81	9	252	27	15	24	33	1.95
34234281--34234504	112	2.0	112	85	3	299	27	15	24	33	1.95
34237672--34237925	47	5.3	47	92	1	373	29	30	8	31	1.86
34237722--34237800	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
34237672--34237927	49	5.3	49	92	2	380	29	30	8	32	1.86
34248422--34248481	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
34263040--34263147	38	2.8	38	87	0	144	21	21	26	30	1.98
34263140--34263337	43	4.6	43	95	0	351	11	26	31	30	1.91
34269342--34269370	14	2.1	14	100	0	58	27	31	6	34	1.83
34272201--34272326	39	3.2	39	90	0	198	20	26	20	31	1.98
34275292--34275446	39	3.9	39	93	0	256	23	19	32	24	1.98
34277911--34278008	48	2.0	48	96	0	178	33	15	23	27	1.95
34278258--34278345	44	2.0	43	85	12	119	46	2	12	38	1.54
34278314--34278356	18	2.4	18	80	7	52	51	2	2	44	1.27
34284441--34284600	45	3.6	45	92	4	236	28	28	21	21	1.98
34286697--34286795	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34291817--34291993	40	4.5	40	87	3	252	24	23	27	24	2.00
34291817--34291993	79	2.2	80	87	2	259	24	23	27	24	2.00
34299081--34299258	40	4.5	40	93	2	288	23	24	28	23	1.99
34304755--34304824	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
34312713--34312782	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
34312791--34312897	42	2.5	42	95	0	196	22	32	14	30	1.93
34316879--34317027	31	4.8	31	81	6	176	29	18	24	27	1.98
34317045--34317200	47	3.3	46	82	4	150	29	14	25	30	1.94
34317096--34317220	49	2.6	47	86	7	155	28	12	27	31	1.93
34317130--34317231	49	2.1	48	87	5	143	28	11	28	31	1.92
34331116--34331146	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
34335247--34335469	40	5.6	40	92	0	347	26	29	22	21	1.99
34335213--34335469	80	3.2	79	86	3	347	26	29	22	22	1.99
34342551--34342616	33	2.0	33	100	0	132	48	12	27	12	1.76
34349125--34349155	12	2.6	12	100	0	62	19	45	0	35	1.51
34351317--34351521	39	5.2	39	89	2	270	25	19	31	23	1.98
34351317--34351521	78	2.6	77	89	3	302	25	19	31	23	1.98
34359488--34359682	39	5.0	39	92	1	293	27	20	30	22	1.98
34359488--34359721	78	3.0	78	85	3	247	25	20	30	23	1.99
34359490--34359709	117	1.9	117	81	1	271	25	20	30	23	1.99
34366722--34366818	34	2.9	34	83	6	124	26	24	23	24	2.00
34370036--34370061	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34372755--34372809	27	2.0	27	100	0	110	10	3	34	50	1.55
34372759--34372817	27	2.2	27	90	0	91	11	5	33	49	1.62
34375378--34375471	44	2.2	42	88	7	136	23	15	27	32	1.95
34375639--34375774	67	2.0	67	97	0	254	35	5	24	34	1.80
34376302--34376348	11	4.6	10	80	12	51	17	2	27	53	1.55
34382013--34382149	56	2.4	56	95	0	238	32	25	16	26	1.96
34385253--34385321	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
34387260--34387294	16	2.2	16	94	0	61	5	28	20	45	1.73
34394839--34394890	22	2.4	22	80	6	61	46	13	3	36	1.62
34395188--34395323	56	2.4	56	88	0	200	35	24	13	26	1.93
34395300--34395385	31	2.7	31	92	1	136	25	33	12	27	1.93
34397736--34397785	25	2.0	25	92	0	82	38	18	22	22	1.94
34400114--34400244	29	4.5	29	87	0	163	29	16	31	22	1.96
34401829--34402006	40	4.5	40	92	3	272	24	28	23	24	2.00
34410069--34410284	39	5.5	40	90	4	325	25	27	23	24	2.00
34410069--34410288	79	2.8	78	90	4	336	25	27	22	25	2.00
34415645--34415754	40	2.8	40	88	0	157	24	15	22	37	1.93
34426306--34426339	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
34426779--34426904	39	3.2	39	87	0	180	23	20	27	27	1.99
34426779--34426922	39	3.7	38	83	5	171	24	21	27	26	1.99
34426779--34426922	78	1.8	78	83	5	193	24	21	27	26	1.99
34433134--34433159	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34433603--34433708	39	2.7	39	85	0	149	23	21	26	28	1.99
34449090--34449199	40	2.8	40	87	0	148	25	23	28	22	2.00
34457279--34457458	40	4.4	40	82	3	191	27	22	26	23	2.00
34459565--34459649	32	2.7	32	86	0	116	22	21	29	27	1.99
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34483469--34483538	25	2.8	25	86	0	95	25	21	24	28	1.99
34483569--34483599	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
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34484449--34484649	54	3.7	53	74	11	183	32	7	18	41	1.78
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34487115--34487197	31	2.7	31	88	3	125	30	25	14	30	1.95
34488357--34488454	27	3.6	27	78	13	92	33	9	18	38	1.82
34488440--34488543	27	3.9	26	79	9	104	28	7	23	40	1.82
34488361--34488517	54	2.9	54	80	8	156	29	7	20	42	1.80
34488440--34488543	54	1.9	54	84	3	138	28	7	23	40	1.82
34488416--34488584	27	6.3	26	72	13	103	28	10	21	39	1.87
34488562--34488649	26	3.4	25	82	6	95	44	10	15	29	1.80
34488574--34488664	27	3.4	26	84	4	119	46	7	16	29	1.75
34492899--34492927	15	1.9	15	100	0	58	48	13	3	34	1.60
34496048--34496267	41	5.3	41	93	4	354	35	25	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34496048--34496267	84	2.7	82	92	4	354	35	25	20	19	1.95
34497688--34497854	43	3.9	42	80	13	180	31	26	19	22	1.98
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34501313--34501556	40	6.1	40	88	5	325	20	22	30	26	1.98
34501945--34501978	6	5.7	6	100	0	68	29	17	35	17	1.93
34509575--34509807	27	8.6	27	85	7	294	27	21	9	40	1.84
34509577--34509807	81	2.8	82	88	2	342	28	21	9	41	1.83
34509686--34509844	81	2.0	81	79	2	176	29	21	10	38	1.86
34511119--34511175	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
34511117--34511176	20	3.0	20	95	0	111	35	11	20	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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