genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9841049--9841181	17	7.5	17	70	16	74	27	2	3	66	1.18
9841066--9841137	26	2.7	26	75	14	67	29	2	2	65	1.21
9841102--9841179	20	4.1	19	74	21	65	24	0	3	71	1.02
9841117--9841191	38	1.9	39	86	2	107	22	1	2	73	1.04
9841218--9841242	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
9841148--9841287	59	2.4	57	79	12	151	27	3	2	66	1.22
9841435--9841459	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9842675--9842703	15	2.0	15	93	6	51	55	0	6	37	1.27
9842871--9842896	9	2.9	9	100	0	52	30	0	11	57	1.34
9844377--9844418	19	2.3	18	80	15	50	11	4	4	78	1.06
9844615--9844673	30	1.9	31	89	3	93	37	11	10	40	1.76
9844614--9844683	31	2.3	30	85	2	95	38	11	10	40	1.75
9844630--9844694	31	2.1	31	85	0	85	35	13	10	40	1.80
9846315--9846355	15	2.7	15	80	0	55	80	0	4	14	0.87
9860095--9860502	212	1.9	213	99	0	809	25	24	26	24	2.00
9862079--9862127	25	2.0	25	95	0	89	18	8	32	40	1.80
9862085--9862139	25	2.2	25	90	0	83	16	10	30	41	1.83
9862117--9862207	41	2.2	41	84	0	110	18	18	25	37	1.94
9866350--9866438	43	2.1	43	100	0	178	46	13	6	33	1.70
9869818--9869998	40	4.5	40	82	5	170	23	21	28	26	1.99
9869818--9869998	80	2.3	80	80	5	197	23	21	28	26	1.99
9869871--9870036	40	4.2	40	83	5	160	25	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9879348--9879568	80	2.8	80	83	6	270	24	20	27	26	1.99
9879401--9879568	40	4.2	40	93	1	266	25	20	27	26	1.99
9879401--9879606	80	2.6	80	86	5	249	26	19	27	27	1.99
9879401--9879592	40	4.8	40	89	3	137	25	19	27	27	1.99
9887490--9887531	20	2.0	21	82	13	52	61	4	0	33	1.17
9888136--9888181	16	2.8	16	78	15	58	30	23	6	39	1.80
9889985--9890010	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9890545--9890574	15	1.9	16	93	6	53	43	0	3	53	1.17
9890538--9890590	22	2.4	24	75	15	60	43	0	1	54	1.11
9894533--9894571	19	2.1	19	90	4	62	56	0	15	28	1.40
9899568--9899592	7	3.6	7	100	0	50	56	12	0	32	1.36
9911430--9911573	32	4.4	32	74	2	135	33	22	13	31	1.92
9911431--9911579	65	2.3	65	82	0	163	33	22	12	30	1.92
9911355--9911573	33	6.8	32	71	6	136	30	23	13	31	1.93
9911582--9911650	29	2.4	29	87	0	102	23	28	11	36	1.90
9918573--9918776	98	2.1	98	83	1	248	31	23	12	32	1.91
9918573--9918776	33	6.2	32	75	3	156	31	23	12	32	1.91
9918540--9918743	33	6.2	32	76	4	165	30	25	12	31	1.92
9918573--9918776	65	3.1	65	79	0	192	31	23	12	32	1.91
9918769--9918837	29	2.4	29	82	0	84	24	28	10	36	1.88
9931684--9931722	12	3.4	12	86	6	55	61	0	35	2	1.10
9935088--9935121	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9935152--9935203	23	2.3	23	93	0	95	51	5	11	30	1.61
9935709--9935799	40	2.3	39	84	7	112	29	24	14	31	1.94
9939325--9939529	106	1.9	107	80	1	241	29	22	13	34	1.92
9941621--9941650	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
9942586--9943015	215	2.0	215	90	1	675	23	14	20	41	1.90
9945944--9946051	52	2.1	52	100	0	216	21	10	28	39	1.86
9948487--9948557	35	2.0	35	91	0	115	15	25	32	26	1.95
9959918--9959946	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
9966234--9966308	5	14.6	5	80	15	82	22	1	1	74	0.97
9966235--9966347	52	2.3	50	85	11	144	25	2	1	69	1.11
9966978--9967037	26	2.3	27	94	5	106	33	5	13	48	1.64
9971324--9971371	6	7.8	6	82	13	62	68	0	0	31	0.90
9971306--9971371	26	2.6	25	81	11	71	66	1	0	31	1.01
9971315--9971373	14	3.9	15	77	18	59	69	1	0	28	0.98
9975847--9975912	33	2.0	33	100	0	132	30	18	24	27	1.98
9980645--9980702	29	2.0	29	83	6	73	17	3	22	56	1.55
9985429--9985490	5	12.4	5	100	0	124	40	0	0	59	0.97
9987979--9988027	12	4.0	12	75	15	55	38	4	10	46	1.57
9990928--9990998	37	1.9	37	88	5	108	45	1	2	50	1.25
9990952--9991038	21	4.3	20	70	18	65	47	1	0	51	1.08
9990939--9991015	37	2.1	37	83	9	95	49	1	0	49	1.09
9994116--9994446	50	6.7	50	84	4	377	24	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9994122--9994454	150	2.2	148	86	6	442	24	29	18	27	1.98
9998911--9998951	2	20.5	2	90	9	66	46	0	2	51	1.14
10004210--10004262	27	2.0	27	100	0	106	43	3	22	30	1.71
10009617--10009647	16	1.9	16	93	0	53	12	3	32	51	1.56
10020593--10020630	14	2.5	15	87	8	51	21	2	13	63	1.42
10033284--10033370	27	3.2	26	80	3	84	37	19	22	19	1.94
10033301--10033389	27	3.3	27	81	9	92	37	20	25	16	1.93
10037285--10037347	29	2.1	30	82	8	76	25	4	4	65	1.32
10037439--10037493	27	2.0	28	83	13	71	27	0	3	69	1.05
10037725--10037773	22	2.3	21	82	6	62	55	4	14	26	1.57
10039577--10039641	25	2.7	23	74	19	62	43	0	3	53	1.16
10051340--10051379	21	1.9	21	89	0	62	30	20	27	22	1.98
10051675--10051710	17	2.1	17	100	0	72	47	16	13	22	1.82
10052229--10052263	16	2.3	15	90	5	52	0	25	0	74	0.82
10052223--10052265	22	2.0	22	85	0	59	0	30	0	69	0.88
10053288--10053331	2	21.5	2	86	4	61	52	2	2	43	1.26
10055328--10055575	95	2.5	101	80	10	269	38	2	19	39	1.63
10055622--10056157	126	4.3	126	90	1	806	33	17	21	27	1.96
10055612--10056157	251	2.2	251	89	2	819	33	17	21	28	1.96
10058533--10058574	20	2.1	20	95	0	75	21	19	11	47	1.81
10058652--10058682	15	2.1	15	100	0	62	74	0	6	19	1.03
10061876--10062011	39	3.6	38	85	6	177	30	3	21	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10063620--10063680	10	6.1	10	79	11	63	24	6	3	65	1.32
10063622--10063681	30	2.0	30	84	12	79	25	6	3	65	1.33
10065116--10065164	19	2.5	20	86	3	64	48	2	0	48	1.12
10066706--10066736	16	1.9	16	100	0	62	70	12	9	6	1.31
10072761--10072835	33	2.3	33	81	9	91	49	16	18	16	1.80
10074151--10074192	20	2.0	21	86	4	59	30	21	14	33	1.93
10074224--10074278	21	2.6	21	79	0	65	23	23	14	38	1.92
10074162--10074278	42	2.8	41	77	3	126	22	18	17	41	1.90
10074162--10074299	42	3.3	41	76	5	116	21	19	17	42	1.90
10075968--10076029	21	3.0	21	92	0	97	35	16	12	35	1.87
10075967--10076041	11	7.1	11	77	7	75	32	17	13	37	1.88
10075965--10076041	21	3.7	20	86	5	91	32	18	12	36	1.89
10076154--10076367	27	7.9	27	84	6	263	27	21	15	34	1.94
10076154--10076402	27	9.2	27	84	4	261	28	20	16	35	1.94
10076181--10076564	54	7.1	53	78	7	206	28	14	19	38	1.90
10076358--10076568	27	7.8	27	84	4	239	28	7	22	42	1.79
10076334--10076484	81	1.9	81	80	5	180	28	8	21	41	1.82
10078804--10078845	23	1.9	22	85	9	59	9	9	14	66	1.44
10079956--10080029	38	1.9	38	100	0	148	33	6	10	48	1.64
10094038--10094085	21	2.2	22	82	10	55	31	16	18	33	1.94
10094476--10094500	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
10095693--10095731	20	2.1	19	85	9	53	38	10	10	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10098580--10098612	17	1.9	17	93	0	57	36	0	9	54	1.32
10099007--10099079	37	2.0	36	94	2	128	50	6	2	39	1.43
10101678--10101754	36	2.1	36	90	4	120	33	15	20	29	1.94
10102339--10102415	36	2.1	36	90	4	120	33	15	20	29	1.94
10101469--10105444	660	6.0	660	95	0	7064	27	14	21	36	1.93
10102999--10103075	36	2.1	36	88	4	111	33	14	20	31	1.93
10104319--10104395	36	2.1	36	88	4	111	32	14	22	31	1.93
10104590--10104949	180	2.0	174	82	10	426	24	14	20	39	1.91
10109410--10109608	42	4.7	42	85	2	256	19	19	15	46	1.84
10109410--10109611	63	3.2	63	79	2	217	18	19	15	46	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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