genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  127  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38025031--38025160	54	2.4	54	89	2	199	20	25	19	34	1.96
38029612--38029729	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
38029580--38029743	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
38037113--38037230	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
38037081--38037244	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
38040267--38040429	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
38040267--38040463	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
38047801--38047963	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
38047801--38047997	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
38055375--38055482	26	4.2	26	93	0	189	32	8	24	35	1.85
38056898--38056972	26	2.8	26	82	8	71	33	21	13	32	1.92
38057076--38057216	27	5.2	26	82	6	165	19	23	22	34	1.96
38057076--38057216	54	2.6	54	89	2	212	19	23	22	34	1.96
38060241--38060291	25	2.0	26	96	3	95	19	5	19	54	1.64
38067359--38067534	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
38067356--38067527	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
38067828--38067864	16	2.1	19	85	14	53	16	8	16	59	1.59
38071332--38071477	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
38071364--38071515	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
38079443--38079588	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
38079475--38079626	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
38083233--38083284	24	2.1	26	82	13	65	40	15	0	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38087368--38087419	21	2.4	23	72	18	58	25	5	1	67	1.23
38093044--38093079	18	2.0	18	94	0	63	30	0	41	27	1.56
38095504--38095722	46	4.7	46	82	8	266	31	27	18	22	1.97
38101396--38101497	54	1.9	54	84	6	136	40	16	27	15	1.89
38102306--38102394	45	2.0	45	84	4	117	30	15	25	28	1.96
38102370--38102633	143	1.8	143	79	0	303	30	21	21	26	1.98
38102682--38102946	132	2.0	133	82	2	327	32	20	15	31	1.94
38107525--38107745	40	5.5	40	88	3	266	30	26	18	24	1.98
38107525--38107744	120	1.8	120	84	3	300	30	26	18	24	1.98
38112042--38112110	31	2.2	32	92	2	113	55	2	5	36	1.39
38113877--38114041	46	3.6	45	76	15	176	28	29	20	21	1.98
38113876--38114047	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	20	1.98
38113921--38114063	46	3.1	45	71	15	114	30	28	18	22	1.98
38114465--38114522	30	1.9	31	89	3	91	24	22	8	44	1.80
38122571--38122600	15	2.0	15	100	0	60	33	33	0	33	1.58
38128936--38129194	131	2.0	130	90	3	412	39	4	9	46	1.56
38128956--38129215	133	2.0	129	82	4	317	43	3	8	43	1.53
38129071--38129358	145	2.0	143	80	8	327	43	3	10	42	1.55
38130252--38130310	27	2.2	27	93	0	100	38	11	5	44	1.63
38130359--38130474	52	2.2	52	92	0	187	38	3	10	47	1.55
38132197--38132239	21	2.0	21	100	0	86	25	13	27	32	1.94
38134522--38134741	40	5.6	40	79	6	216	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38138474--38138500	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
38149105--38149230	45	2.8	45	87	2	182	29	28	22	19	1.98
38149223--38149420	38	5.2	38	86	1	245	29	24	22	23	1.99
38153930--38154032	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
38158803--38158974	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
38158796--38158971	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
38163050--38163092	18	2.3	18	92	4	68	46	11	2	39	1.53
38164324--38164348	12	2.1	12	100	0	50	84	8	8	0	0.79
38184548--38184617	15	4.8	14	83	10	52	41	0	1	57	1.08
38184533--38184598	27	2.4	27	80	14	66	43	1	1	53	1.19
38184581--38184616	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
38186146--38186203	30	2.0	30	93	3	100	27	17	24	31	1.97
38195731--38195900	47	3.7	46	77	16	183	22	21	27	29	1.99
38200834--38201002	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
38206505--38206571	35	1.9	35	90	0	107	34	23	19	22	1.97
38206880--38206930	20	2.6	20	81	3	59	17	31	33	17	1.94
38219151--38219314	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
38219151--38219348	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
38223694--38223719	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
38229014--38229051	12	3.2	12	92	0	58	34	34	5	26	1.79
38230841--38230985	37	3.9	37	89	0	218	24	33	18	24	1.97
38231030--38231253	48	4.7	48	91	0	358	30	25	7	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38231030--38231253	96	2.3	96	98	0	430	30	25	7	35	1.84
38231079--38231369	48	6.1	47	85	5	236	28	27	9	34	1.88
38231028--38231347	144	2.2	142	83	7	398	29	27	9	34	1.87
38235247--38235297	26	2.0	26	88	0	75	29	23	21	25	1.99
38237245--38237337	6	15.2	6	73	16	75	46	16	17	20	1.84
38237259--38237337	31	2.5	31	89	0	122	48	15	17	18	1.82
38237452--38237533	28	3.0	27	75	18	80	36	23	20	19	1.95
38238127--38238420	27	10.9	27	88	0	417	24	20	19	35	1.95
38238466--38238776	27	11.6	27	83	4	344	30	9	20	40	1.83
38238448--38238783	53	6.3	54	82	3	349	30	9	21	39	1.84
38242898--38243059	40	4.1	40	91	1	263	29	28	19	23	1.98
38242903--38243054	79	1.9	79	95	0	277	26	28	20	24	1.99
38242902--38243117	40	5.4	40	82	7	242	28	25	20	25	1.99
38243006--38243133	40	3.2	40	83	2	141	28	23	20	28	1.99
38251077--38251231	40	3.9	40	92	1	258	30	27	17	23	1.97
38251070--38251288	40	5.5	40	84	8	250	30	26	17	24	1.97
38251070--38251248	79	2.2	80	87	2	263	30	27	17	24	1.97
38251183--38251304	40	3.1	40	83	4	140	29	23	18	28	1.97
38251070--38251288	79	2.8	78	81	7	203	30	26	17	24	1.97
38258722--38258931	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
38263420--38263522	29	3.6	29	84	2	127	23	17	32	27	1.97
38271356--38271458	29	3.6	29	84	2	127	23	17	32	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38275804--38275834	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
38278545--38278576	13	2.5	13	94	0	55	25	31	28	15	1.96
38281627--38281810	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
38281667--38281855	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
38289742--38289925	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
38289782--38289970	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
38302488--38302516	14	2.1	14	100	0	58	27	27	17	27	1.97
38306009--38306059	21	2.4	21	83	0	66	25	29	23	21	1.99
38306094--38306211	43	2.8	42	79	6	157	31	25	17	25	1.97
38308438--38308464	14	1.9	14	100	0	54	74	0	14	11	1.08
38308812--38308925	41	2.7	43	90	2	178	29	28	19	22	1.98
38311017--38311166	38	3.9	38	82	3	158	34	27	18	19	1.95
38311026--38311182	78	2.0	78	82	7	194	32	26	19	21	1.97
38315343--38315368	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
38320106--38320280	9	19.6	9	78	13	148	31	0	23	44	1.58
38320140--38320280	56	2.4	59	88	5	216	33	0	21	43	1.58
38321034--38321086	24	2.2	24	96	0	97	49	3	3	43	1.38
38322974--38323196	122	1.8	123	86	2	324	24	24	13	37	1.92
38323119--38323280	84	1.9	84	86	2	227	22	27	14	36	1.92
38323391--38323470	7	11.4	7	70	5	54	43	32	3	20	1.69
38323385--38323478	21	4.5	21	81	5	127	44	28	5	21	1.74
38323680--38323720	21	2.0	21	90	9	66	58	31	0	9	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38323963--38323997	14	2.4	15	95	4	63	31	0	25	42	1.55
38324323--38324515	41	4.7	40	79	3	197	27	18	20	33	1.96
38324323--38324515	82	2.4	82	80	5	228	27	18	20	33	1.96
38326196--38326247	26	2.0	26	100	0	104	15	15	26	42	1.87
38326852--38326904	3	17.7	3	92	0	88	33	37	0	28	1.58
38329448--38329472	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
38333396--38333568	86	2.0	86	100	0	346	28	30	16	24	1.96
38333547--38333619	26	3.0	24	84	9	85	28	19	24	27	1.98
38333560--38333619	26	2.4	25	88	5	86	28	20	28	23	1.99
38333653--38333729	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425