genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  99  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28667366--28667483	27	4.4	27	81	5	141	27	22	16	34	1.95
28667370--28667483	54	2.1	53	90	3	183	26	22	15	35	1.94
28667438--28667618	27	6.7	27	75	12	122	30	11	19	38	1.87
28667462--28667660	54	3.7	54	76	7	172	30	9	21	39	1.84
28667518--28667711	27	7.2	27	77	2	138	30	7	22	38	1.82
28667518--28667684	54	3.1	53	77	8	167	29	7	22	40	1.81
28667493--28667670	81	2.2	81	81	4	207	29	8	20	41	1.81
28667545--28667695	81	1.9	81	80	0	176	31	7	21	39	1.81
28667635--28667872	27	8.9	27	84	0	253	39	6	22	31	1.80
28671334--28671436	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
28673669--28673785	27	4.4	27	81	5	130	28	22	13	35	1.92
28673672--28673785	54	2.1	53	85	3	156	27	22	14	35	1.93
28673740--28673920	27	6.7	27	73	9	120	29	12	18	39	1.88
28673820--28674013	27	7.2	27	78	2	129	30	8	22	38	1.84
28673795--28673972	54	3.3	54	79	7	184	29	9	19	41	1.83
28673820--28674091	54	5.0	54	79	3	181	33	8	22	36	1.84
28673764--28673972	81	2.6	81	78	5	201	29	10	19	40	1.84
28673964--28674174	81	2.6	81	89	0	307	40	7	22	29	1.80
28673937--28674174	27	8.9	27	85	0	271	39	7	22	30	1.82
28676780--28676864	27	3.1	27	91	0	125	29	21	16	32	1.95
28676827--28677002	53	3.3	54	79	10	157	30	11	18	39	1.86
28676849--28677004	27	5.9	27	79	8	167	30	10	19	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28676849--28677056	54	3.9	54	82	4	190	29	9	20	40	1.84
28676852--28677097	27	9.2	27	77	3	156	31	9	20	38	1.85
28676852--28677056	80	2.6	80	82	3	234	29	9	20	40	1.83
28676930--28677081	81	1.9	81	81	0	187	30	8	21	38	1.84
28677049--28677258	27	7.8	27	85	0	260	40	6	22	30	1.79
28677023--28677251	81	2.8	81	86	2	228	40	7	20	31	1.80
28678913--28678985	31	2.4	31	77	6	78	56	4	0	39	1.19
28684969--28685088	58	2.1	58	96	0	222	29	19	22	29	1.98
28686357--28686387	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28686354--28686393	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
28690011--28690076	27	2.4	27	87	0	96	37	16	10	34	1.83
28689988--28690085	27	3.7	27	79	6	94	39	19	9	31	1.83
28690089--28690319	27	8.6	27	90	0	291	27	21	9	41	1.83
28690217--28690464	27	9.1	27	78	9	110	37	18	8	36	1.81
28690191--28690363	81	2.1	81	79	2	186	30	19	9	40	1.84
28690421--28690472	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
28690526--28690589	27	2.4	27	82	7	78	34	21	23	20	1.97
28691750--28691797	25	1.9	25	86	0	69	35	25	12	27	1.92
28691836--28691892	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
28691834--28691904	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
28691845--28691899	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
28691951--28692116	23	7.1	23	88	2	251	28	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28691951--28692118	47	3.6	47	90	0	266	28	22	21	27	1.99
28691949--28692116	70	2.4	70	89	2	257	28	22	20	27	1.99
28692258--28692349	42	2.2	42	86	3	123	27	10	21	40	1.87
28693935--28694034	29	3.5	28	83	9	105	30	28	13	29	1.94
28693934--28694034	27	3.5	28	80	9	89	29	28	12	28	1.93
28698233--28698288	27	2.0	27	86	3	76	39	17	8	33	1.81
28698242--28698341	27	3.7	28	80	9	100	39	20	10	31	1.85
28698344--28698574	27	8.6	27	89	0	282	28	21	8	41	1.82
28698472--28698720	27	9.1	27	78	9	112	37	18	8	36	1.81
28698446--28698618	81	2.1	81	78	2	177	30	19	9	40	1.83
28698677--28698728	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
28698791--28698845	27	2.1	27	86	3	76	32	21	23	21	1.98
28700002--28700049	25	1.9	25	86	0	69	35	25	12	27	1.92
28700088--28700144	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
28700086--28700156	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
28700097--28700151	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
28700203--28700368	23	7.1	23	88	2	242	28	22	21	27	1.99
28700203--28700370	47	3.6	47	90	0	257	28	22	21	27	1.99
28700201--28700368	70	2.4	70	88	2	248	28	23	20	27	1.99
28701480--28701734	55	4.8	54	79	7	238	21	24	18	36	1.95
28701527--28701723	108	1.8	110	87	4	301	22	25	17	35	1.95
28703483--28703530	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28706146--28706185	21	1.9	21	94	0	71	27	20	15	37	1.92
28717130--28717166	16	2.4	16	90	4	58	21	0	43	35	1.53
28719332--28719503	49	3.6	49	84	3	197	29	27	16	25	1.97
28719478--28719696	46	4.7	48	78	12	172	24	32	16	26	1.96
28723408--28723601	78	2.5	79	86	3	248	24	30	21	23	1.99
28723439--28723601	39	4.2	39	91	0	245	24	31	20	23	1.98
28733442--28733496	29	1.9	28	82	10	67	21	25	9	43	1.82
28742841--28742893	20	2.6	21	81	6	72	32	20	13	33	1.91
28745970--28746024	27	2.0	27	83	13	69	32	3	16	47	1.64
28747898--28748119	45	4.9	45	94	0	372	27	28	22	22	1.99
28751600--28751771	46	3.7	47	79	12	153	28	20	28	22	1.99
28762617--28762799	40	4.6	40	80	11	209	25	27	21	25	2.00
28762617--28762800	78	2.3	82	84	9	247	26	27	21	25	2.00
28783857--28783886	15	1.9	16	93	6	53	33	0	23	43	1.54
28784171--28784250	25	3.2	25	80	3	72	22	23	18	35	1.96
28784205--28784255	25	2.0	25	92	0	84	19	19	29	31	1.97
28794485--28794656	93	1.8	93	89	0	272	28	30	19	21	1.98
28794477--28794652	46	3.8	46	76	10	178	29	29	19	21	1.98
28794528--28794671	46	3.1	44	68	21	98	29	28	19	22	1.98
28798897--28799117	40	5.6	40	92	1	347	23	20	30	26	1.98
28805937--28806117	78	2.3	80	85	7	246	25	27	22	24	2.00
28805935--28806117	40	4.7	40	84	9	243	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28813958--28814139	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
28813956--28814139	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
28817306--28817367	30	2.1	30	100	0	124	40	3	9	46	1.53
28825235--28825468	47	5.0	46	87	3	281	25	29	11	33	1.90
28825325--28825443	22	5.1	22	63	25	66	24	28	13	33	1.93
28829020--28829044	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
28829854--28830005	42	3.6	42	85	1	196	26	17	25	30	1.97
28830820--28830879	29	2.1	29	87	3	86	46	1	23	28	1.62
28831364--28831526	43	3.8	42	76	7	141	27	17	24	30	1.97
28834082--28834241	39	4.1	39	85	0	176	25	31	20	21	1.98
28834087--28834241	79	2.0	79	84	2	204	24	31	21	22	1.98
28834118--28834241	39	3.2	39	89	1	185	25	32	19	22	1.97
28838061--28838192	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
28845527--28845658	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
28852865--28853102	39	6.1	39	88	0	242	24	31	20	24	1.98
28852870--28853104	78	3.0	78	87	1	308	23	30	20	25	1.98
28852909--28853104	39	5.0	39	92	0	293	22	30	19	27	1.98
28857948--28858106	39	4.1	39	93	0	264	27	20	21	31	1.98
28864806--28864839	15	2.4	14	85	5	50	32	0	0	67	0.91
28864822--28864869	19	2.5	19	86	6	62	27	0	0	72	0.84
28864822--28864877	19	3.1	19	80	10	55	32	0	0	67	0.91
28865145--28865178	2	17.0	2	93	0	59	47	2	50	0	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28868233--28868264	14	2.1	16	88	11	50	68	3	3	25	1.18
28868263--28868290	7	4.0	7	100	0	56	42	14	0	42	1.45
28886368--28886437	28	2.4	29	97	2	133	30	15	28	25	1.96
28893455--28893525	29	2.4	29	100	0	142	29	15	28	26	1.96
28893455--28893585	29	4.5	29	84	3	106	26	16	31	25	1.97
28905809--28905957	39	3.8	39	92	1	246	23	19	32	24	1.98
28905813--28905986	78	2.2	78	85	3	224	22	21	32	22	1.98
28911682--28911901	80	2.7	81	80	3	221	23	25	23	27	2.00
28911722--28911901	40	4.4	40	83	3	200	22	26	23	27	2.00
28921475--28921652	46	3.8	49	78	16	189	28	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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