genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  145  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44185432--44185507	19	4.5	15	68	23	53	27	2	10	59	1.44
44189169--44189234	34	1.9	35	87	3	98	27	18	22	31	1.97
44189178--44189247	34	2.1	34	86	0	95	27	20	22	30	1.98
44198868--44198905	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
44204385--44204486	3	33.3	3	68	21	52	31	2	1	63	1.20
44204444--44204590	29	5.1	29	69	15	94	34	4	0	59	1.23
44204513--44204587	20	3.5	19	67	22	51	34	2	1	61	1.18
44204523--44204596	24	3.2	24	67	25	61	36	4	1	58	1.26
44204636--44204676	20	2.2	19	87	12	59	31	4	0	63	1.15
44204615--44204676	20	3.6	17	74	19	58	32	3	1	62	1.20
44204626--44204678	26	2.0	28	81	7	65	32	3	1	62	1.24
44204817--44204875	22	2.7	23	82	14	72	37	5	0	57	1.21
44208202--44208298	48	2.0	48	91	0	158	39	14	30	15	1.87
44212442--44212483	12	3.5	12	75	12	50	21	21	4	52	1.65
44212442--44212490	24	2.0	24	100	0	98	20	20	4	55	1.60
44216788--44217008	46	4.8	46	91	0	336	41	13	23	21	1.89
44216784--44217008	92	2.5	91	92	2	371	41	13	24	21	1.88
44216788--44217052	137	1.9	138	86	2	372	42	13	23	20	1.88
44216794--44217075	46	6.2	46	84	4	302	42	14	22	20	1.88
44216795--44217075	91	3.1	91	84	4	343	42	14	22	20	1.88
44217338--44217370	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
44220881--44221238	175	2.0	175	90	0	563	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44220680--44221400	381	1.9	379	89	1	1111	30	17	22	29	1.97
44222982--44223080	3	32.3	3	68	18	53	32	3	1	63	1.16
44223024--44223083	29	2.1	29	90	6	95	35	3	0	61	1.12
44223107--44223181	20	3.5	19	67	22	51	34	2	1	61	1.18
44223117--44223190	24	3.2	24	67	25	61	36	4	1	58	1.26
44223230--44223270	20	2.2	19	87	12	59	31	4	0	63	1.15
44223209--44223270	20	3.6	17	74	19	58	32	3	1	62	1.20
44223220--44223272	26	2.0	28	81	7	65	32	3	1	62	1.24
44223813--44223841	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
44229446--44229507	30	2.1	30	96	0	115	27	16	8	48	1.74
44232892--44233075	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
44232934--44233120	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
44244144--44244489	40	8.8	40	92	3	587	25	28	21	24	1.99
44244144--44244489	78	4.4	78	93	3	572	25	28	21	24	1.99
44244144--44244489	118	2.9	119	94	2	592	25	28	21	24	1.99
44245752--44245860	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
44246009--44246154	50	3.0	50	91	4	226	30	23	7	38	1.83
44246114--44246210	47	2.1	47	86	3	135	26	30	11	30	1.91
44246064--44246210	50	3.1	45	83	6	132	27	28	9	34	1.88
44249406--44249460	23	2.4	23	87	3	76	38	1	10	49	1.49
44252128--44252202	34	2.2	34	80	4	89	37	18	4	40	1.70
44270617--44270780	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44270617--44270814	71	2.8	70	92	2	265	20	27	17	34	1.95
44273934--44274141	40	5.2	40	84	1	267	26	28	21	23	1.99
44273934--44274145	80	2.7	80	92	0	345	26	28	21	23	1.99
44276139--44276231	41	2.3	41	92	0	150	21	24	20	33	1.97
44278482--44278526	19	2.4	19	85	3	56	17	6	4	71	1.25
44285139--44285340	55	3.7	54	81	5	212	23	24	16	35	1.95
44286654--44286682	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
44287782--44287868	44	2.0	43	84	6	113	24	25	13	36	1.92
44294069--44294252	55	3.4	54	78	9	196	22	25	15	37	1.93
44297140--44297315	51	3.5	51	99	0	343	32	8	27	30	1.87
44297288--44297420	48	2.8	48	92	0	212	36	6	24	31	1.82
44299022--44299106	44	1.9	44	85	4	118	24	24	14	36	1.93
44304510--44304620	55	2.0	55	98	0	213	19	4	34	41	1.72
44315311--44315367	21	2.7	21	100	0	114	19	26	36	17	1.94
44315813--44315850	12	3.3	12	85	10	53	63	0	7	28	1.23
44316083--44316132	20	2.5	20	78	12	57	28	2	22	48	1.62
44320686--44320745	28	2.3	26	81	15	79	21	5	21	51	1.66
44323004--44323033	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
44323741--44323884	40	3.6	39	85	5	189	25	25	26	22	2.00
44327047--44327147	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
44327076--44327147	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
44331483--44331514	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44339653--44339747	43	2.2	44	88	1	138	27	22	25	25	2.00
44340247--44340376	42	3.1	40	78	9	145	32	19	22	26	1.97
44340266--44340375	41	2.7	41	91	1	175	30	19	22	28	1.98
44341971--44342023	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
44347046--44347083	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
44354503--44354607	37	2.8	37	94	0	174	24	33	20	21	1.97
44354757--44354903	50	3.0	49	92	5	233	29	24	7	38	1.83
44354863--44354959	47	2.1	47	86	3	135	26	30	11	30	1.91
44354813--44354959	50	3.1	45	83	6	132	27	28	9	34	1.88
44359127--44359472	40	8.8	40	93	3	569	24	29	21	23	1.99
44359127--44359472	119	2.9	119	93	2	576	24	29	21	23	1.99
44359127--44359472	159	2.2	155	93	2	593	24	29	21	23	1.99
44360740--44360848	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
44360998--44361130	48	2.7	50	86	6	191	30	26	6	36	1.82
44361010--44361150	50	2.8	49	78	15	148	29	26	7	36	1.84
44361109--44361197	43	2.0	47	86	10	132	24	29	12	33	1.92
44364450--44364619	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
44372542--44372711	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
44383910--44384024	44	2.7	42	78	8	117	32	27	15	24	1.95
44387190--44387274	32	2.7	31	80	7	82	36	20	18	24	1.95
44387209--44387285	32	2.4	32	77	12	86	38	20	16	23	1.92
44387384--44387440	22	2.6	22	100	0	114	29	21	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44387795--44387856	27	2.3	27	88	5	90	32	17	11	38	1.85
44387846--44388045	27	7.5	27	81	8	230	33	5	18	43	1.72
44387810--44388045	54	4.4	54	81	7	250	32	6	18	42	1.75
44387810--44388045	81	2.9	80	80	7	264	32	6	18	42	1.75
44395958--44395987	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
44399181--44399231	25	2.0	26	96	3	95	37	7	7	47	1.62
44400006--44400084	36	2.2	36	88	2	113	37	26	13	21	1.91
44401774--44401856	38	2.2	38	82	4	105	38	13	15	32	1.86
44407488--44407525	15	2.5	16	83	12	53	73	5	5	15	1.19
44408497--44408566	25	2.8	25	80	0	77	27	21	20	31	1.98
44410872--44410915	22	1.9	23	81	9	54	31	2	6	59	1.36
44416326--44416370	20	2.2	20	84	7	56	64	6	2	26	1.30
44417495--44417531	19	1.9	19	94	0	65	45	18	5	29	1.72
44417502--44417543	19	2.2	19	86	4	57	50	11	9	28	1.70
44417589--44417628	19	2.2	19	86	4	55	45	12	5	37	1.64
44417937--44417980	13	3.2	13	78	12	52	38	2	0	59	1.10
44419045--44419100	28	2.0	28	86	10	78	23	46	16	14	1.83
44420080--44420395	46	6.7	47	82	11	271	24	30	18	26	1.98
44420028--44420395	94	3.9	95	75	14	309	25	30	17	26	1.98
44424371--44424433	27	2.3	27	84	12	85	33	4	0	61	1.17
44424757--44424822	32	2.1	32	94	5	116	16	24	12	46	1.81
44429141--44429361	46	4.7	45	74	16	166	28	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44429145--44429408	47	5.7	47	76	14	160	28	19	28	22	1.98
44429142--44429411	140	1.9	141	85	6	370	28	20	29	22	1.98
44432061--44432190	51	2.6	51	86	4	176	27	23	21	27	1.99
44432043--44432190	49	2.9	49	83	7	181	27	22	21	27	1.99
44432442--44432495	27	2.0	27	88	0	81	38	12	7	40	1.72
44435953--44436011	30	2.0	29	86	3	82	38	6	25	28	1.81
44443476--44443535	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
44446759--44446795	18	2.1	18	94	0	65	27	27	8	37	1.84
44448188--44448221	12	2.9	12	91	4	52	0	23	0	76	0.79
44448279--44448340	27	2.4	25	76	15	72	32	6	0	61	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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