genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.320.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  320  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99774669--99774702	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
99774917--99774963	21	2.2	21	88	0	67	38	0	19	42	1.51
99775658--99775757	22	4.5	22	78	12	105	25	22	16	37	1.93
99775644--99775728	44	2.0	43	88	2	125	25	22	16	35	1.95
99779519--99779579	22	2.7	22	70	7	52	26	9	16	47	1.77
99782071--99782110	21	1.9	21	89	0	62	35	0	25	40	1.56
99782768--99782844	23	3.4	23	85	7	104	19	24	20	35	1.96
99790375--99790415	22	1.9	21	85	5	55	19	29	39	12	1.88
99796415--99796483	27	2.6	27	83	6	95	28	13	26	31	1.93
99803980--99804128	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
99804021--99804128	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
99813853--99813963	42	2.6	42	79	13	102	35	26	14	24	1.94
99814962--99815001	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
99816263--99816485	46	4.7	46	73	12	148	23	27	20	27	1.99
99816308--99816482	46	3.8	46	75	6	172	24	28	20	27	1.99
99826174--99826200	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
99833669--99833727	30	2.0	30	82	0	73	44	8	22	25	1.81
99833948--99833994	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
99834343--99834722	50	7.6	50	76	5	372	25	17	26	30	1.97
99834344--99834734	101	3.9	101	76	6	301	25	17	26	29	1.98
99834342--99834734	151	2.6	151	93	0	653	25	17	26	29	1.98
99834916--99834947	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99837396--99837649	55	4.8	53	82	7	268	37	16	25	20	1.93
99837714--99837758	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
99841161--99841326	93	1.8	88	88	8	253	28	28	21	21	1.98
99841153--99841324	41	3.9	43	76	15	181	29	28	20	21	1.98
99841158--99841342	46	4.1	45	71	23	133	29	28	20	21	1.98
99847863--99848067	55	3.8	53	78	7	225	36	16	25	21	1.94
99848181--99848225	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
99848301--99848333	12	2.8	12	82	17	50	39	0	21	39	1.53
99850977--99851162	40	4.7	40	88	5	227	27	26	20	25	1.99
99856241--99856399	29	5.5	29	81	5	171	25	30	16	26	1.97
99864046--99864205	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
99871554--99871736	40	4.7	40	84	7	225	26	27	21	24	1.99
99871554--99871736	78	2.3	80	83	8	232	26	27	21	24	1.99
99876486--99876595	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
99884538--99884647	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
99888846--99888953	48	2.3	47	82	9	132	30	20	28	20	1.97
99892875--99893137	93	2.8	93	85	1	339	22	18	26	32	1.97
99896325--99896349	12	2.1	12	100	0	50	40	16	16	28	1.89
99901027--99901115	43	2.1	43	89	0	133	23	14	30	31	1.94
99901041--99901133	43	2.2	43	82	3	107	26	15	27	30	1.96
99911147--99911173	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
99913527--99913735	46	4.5	46	73	9	145	33	19	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99913520--99913791	140	1.9	141	82	3	334	32	19	25	22	1.97
99913569--99913790	46	4.7	47	75	7	177	32	19	25	22	1.97
99917188--99917502	46	6.6	48	74	10	240	28	18	29	24	1.98
99917182--99917500	47	6.7	48	71	12	209	28	18	29	23	1.98
99918616--99918678	22	2.9	22	95	2	110	9	42	28	19	1.82
99933315--99933391	34	2.3	34	82	8	95	28	22	18	31	1.97
99934060--99934088	14	2.0	15	93	6	51	20	0	20	58	1.39
99949924--99949976	27	2.0	27	88	0	79	32	16	18	32	1.94
99957860--99957907	24	2.0	25	87	4	71	52	0	2	45	1.12
99957860--99957908	20	2.5	19	81	15	55	51	0	2	46	1.12
99961410--99961481	31	2.3	31	80	4	83	18	11	48	22	1.79
99967032--99967084	22	2.5	22	90	3	81	9	43	24	22	1.83
99975461--99975603	42	3.4	42	75	13	116	27	20	23	27	1.99
99975766--99975860	43	2.2	43	92	0	154	41	9	17	31	1.82
99980842--99980868	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
99981963--99983018	48	22.0	48	92	0	1736	34	6	27	30	1.82
99983063--99983170	37	2.9	37	92	0	189	24	19	32	24	1.98
99984403--99984634	40	5.8	40	94	0	392	25	20	28	26	1.99
99988271--99989158	48	18.0	48	81	10	978	34	6	28	30	1.84
99988443--99988498	29	1.9	29	100	0	112	32	14	30	23	1.94
99988395--99988548	77	2.0	76	93	1	263	32	9	28	29	1.88
99988347--99988596	124	2.0	125	94	0	439	33	8	28	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99988472--99989158	144	4.8	144	96	1	1202	34	6	28	29	1.83
99989203--99989310	37	2.9	37	91	0	180	22	18	34	25	1.96
99991514--99991813	143	2.1	144	98	1	575	21	10	29	39	1.86
99992457--99992646	29	6.6	29	89	0	236	27	15	32	25	1.95
99995519--99995589	18	3.9	18	69	9	54	40	15	11	32	1.83
99995702--99995731	6	5.2	6	92	8	53	50	16	16	16	1.79
99995963--99996010	19	2.5	20	74	16	55	33	8	0	58	1.28
99996911--99996954	16	2.7	16	86	10	54	9	15	0	75	1.05
99996952--99996988	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
99999826--99999979	43	3.6	42	77	10	143	32	22	17	27	1.96
100000817--100000881	32	2.1	32	91	2	105	30	10	1	56	1.42
100000876--100000927	26	2.0	25	82	10	61	42	17	0	40	1.49
100003453--100003522	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
100003453--100003534	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
100011376--100011445	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
100011376--100011457	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
100012953--100013113	34	4.7	34	87	4	211	26	24	20	27	1.99
100013117--100013166	18	2.8	18	78	0	64	40	16	16	28	1.89
100013476--100013592	27	4.3	26	80	12	121	21	17	19	41	1.91
100013584--100013820	27	8.8	27	93	0	366	36	16	15	32	1.89
100016333--100016435	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
100025424--100025629	42	4.9	42	70	8	157	27	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100029885--100029966	42	2.0	42	85	0	110	30	26	13	29	1.94
100035877--100035967	45	2.0	45	86	0	128	36	25	13	25	1.92
100045485--100045549	31	2.1	31	85	5	87	47	7	7	36	1.61
100047152--100047203	23	2.2	24	75	24	58	65	3	1	28	1.21
100056185--100056316	29	4.6	29	85	3	169	31	15	25	28	1.95
100056185--100056316	58	2.3	58	88	5	187	31	15	25	28	1.95
100061376--100061507	65	2.0	65	100	0	264	24	31	10	34	1.89
100061387--100061488	32	3.2	32	66	18	93	25	29	8	36	1.86
100061491--100061706	47	4.6	47	95	0	369	26	31	12	30	1.92
100061491--100061732	94	2.5	94	89	2	376	27	30	11	30	1.92
100065177--100065379	40	5.1	40	96	0	361	25	26	22	26	2.00
100067677--100067808	65	2.0	65	100	0	264	24	31	10	34	1.89
100067688--100067789	32	3.2	32	66	18	93	25	29	8	36	1.86
100067792--100068007	47	4.6	47	95	0	369	26	31	12	30	1.92
100067792--100068033	94	2.5	94	89	2	376	27	30	11	30	1.92
100072283--100072318	16	2.2	16	95	0	63	33	11	19	36	1.87
100075679--100075785	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
100075794--100075863	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
100078452--100078476	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
100079461--100079730	47	5.8	47	79	10	207	23	28	18	29	1.98
100079467--100079678	46	4.6	45	83	7	185	22	29	18	29	1.98
100080972--100081063	40	2.3	41	87	9	136	28	28	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100080988--100081065	40	2.0	40	94	5	140	28	25	15	30	1.96
100088309--100088446	40	3.4	39	78	15	127	28	28	15	27	1.96
100096784--100096920	68	2.0	68	100	0	274	27	23	15	33	1.95
100098700--100098885	39	4.7	39	93	0	282	24	31	20	22	1.98
100106616--100106769	39	3.9	39	89	2	211	25	31	20	22	1.98
100109696--100109844	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
100109737--100109844	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
100113320--100113535	47	4.6	47	95	0	369	26	31	12	30	1.92
100113320--100113561	94	2.5	94	89	2	376	27	30	11	30	1.92
100116720--100116769	24	2.0	25	88	3	75	30	32	8	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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